# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.041 0.012 0.027 0.030 0.362 0.528 2 S 0.053 0.018 0.063 0.066 0.412 0.389 3 L 0.063 0.016 0.148 0.083 0.354 0.335 4 K 0.142 0.017 0.195 0.090 0.293 0.262 5 R 0.230 0.025 0.122 0.076 0.239 0.308 6 A 0.258 0.063 0.048 0.046 0.182 0.403 7 V 0.214 0.050 0.020 0.011 0.179 0.525 8 P 0.179 0.057 0.039 0.009 0.309 0.407 9 A 0.140 0.062 0.049 0.007 0.341 0.401 10 D 0.064 0.044 0.027 0.005 0.540 0.320 11 W 0.015 0.020 0.027 0.006 0.867 0.064 12 P 0.016 0.013 0.024 0.011 0.855 0.080 13 N 0.010 0.006 0.036 0.027 0.869 0.051 14 N 0.042 0.010 0.029 0.031 0.772 0.116 15 E 0.278 0.042 0.038 0.064 0.314 0.264 16 I 0.667 0.049 0.028 0.044 0.149 0.063 17 I 0.768 0.026 0.010 0.021 0.107 0.068 18 G 0.536 0.007 0.011 0.013 0.278 0.155 19 E 0.497 0.003 0.009 0.006 0.284 0.202 20 G 0.821 0.007 0.005 0.004 0.064 0.099 21 L 0.957 0.006 0.002 0.002 0.015 0.019 22 I 0.961 0.005 0.002 0.001 0.008 0.023 23 V 0.782 0.008 0.003 0.003 0.036 0.168 24 P 0.268 0.009 0.004 0.002 0.122 0.596 25 P 0.049 0.008 0.003 0.002 0.185 0.755 26 P 0.025 0.017 0.006 0.005 0.234 0.712 27 T 0.017 0.023 0.004 0.013 0.259 0.683 28 T 0.012 0.012 0.005 0.066 0.200 0.705 29 E 0.001 0.001 0.014 0.950 0.019 0.015 30 D 0.001 0.001 0.015 0.967 0.013 0.005 31 Q 0.001 0.001 0.012 0.974 0.010 0.003 32 A 0.002 0.001 0.007 0.974 0.009 0.007 33 R 0.002 0.001 0.008 0.974 0.009 0.006 34 A 0.002 0.001 0.010 0.964 0.014 0.009 35 R 0.004 0.001 0.010 0.931 0.026 0.027 36 M 0.009 0.004 0.016 0.879 0.055 0.038 37 E 0.010 0.004 0.013 0.782 0.122 0.070 38 S 0.006 0.002 0.010 0.635 0.158 0.189 39 G 0.009 0.004 0.007 0.081 0.265 0.634 40 Q 0.058 0.021 0.014 0.050 0.247 0.610 41 Y 0.260 0.031 0.021 0.032 0.191 0.466 42 R 0.514 0.019 0.026 0.031 0.164 0.247 43 C 0.671 0.022 0.025 0.016 0.120 0.146 44 L 0.657 0.011 0.021 0.012 0.151 0.148 45 D 0.555 0.005 0.029 0.016 0.208 0.187 46 W 0.698 0.011 0.033 0.020 0.119 0.119 47 W 0.838 0.009 0.031 0.017 0.045 0.060 48 F 0.857 0.015 0.039 0.022 0.028 0.039 49 C 0.722 0.023 0.028 0.031 0.117 0.080 50 W 0.386 0.015 0.024 0.021 0.329 0.224 51 D 0.126 0.010 0.019 0.014 0.556 0.274 52 T 0.062 0.021 0.023 0.010 0.604 0.280 53 P 0.036 0.019 0.078 0.023 0.478 0.365 54 A 0.032 0.047 0.112 0.037 0.384 0.389 55 S 0.020 0.021 0.109 0.050 0.470 0.330 56 R 0.005 0.005 0.399 0.202 0.265 0.125 57 D 0.009 0.006 0.173 0.332 0.296 0.184 58 D 0.005 0.003 0.069 0.691 0.127 0.104 59 V 0.001 0.001 0.005 0.969 0.010 0.015 60 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 61 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 62 A 0.002 0.001 0.002 0.988 0.003 0.004 63 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 64 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 65 Y 0.001 0.001 0.004 0.981 0.006 0.008 66 L 0.002 0.001 0.005 0.975 0.007 0.010 67 R 0.001 0.001 0.008 0.976 0.008 0.007 68 R 0.001 0.001 0.011 0.968 0.010 0.010 69 A 0.001 0.001 0.020 0.893 0.032 0.052 70 A 0.003 0.001 0.026 0.797 0.074 0.099 71 E 0.005 0.005 0.018 0.736 0.108 0.129 72 K 0.005 0.004 0.016 0.482 0.213 0.280 73 P 0.003 0.002 0.073 0.421 0.236 0.264 74 A 0.012 0.004 0.231 0.434 0.179 0.141 75 K 0.026 0.004 0.224 0.584 0.097 0.064 76 L 0.046 0.005 0.118 0.716 0.052 0.063 77 L 0.076 0.008 0.049 0.724 0.055 0.087 78 Y 0.103 0.006 0.029 0.748 0.049 0.066 79 E 0.065 0.002 0.039 0.804 0.058 0.032 80 E 0.041 0.002 0.035 0.828 0.065 0.029 81 A 0.021 0.003 0.029 0.843 0.061 0.044 82 R 0.022 0.003 0.048 0.749 0.094 0.083 83 T 0.031 0.003 0.049 0.650 0.117 0.150 84 H 0.042 0.007 0.029 0.436 0.126 0.360 85 L 0.038 0.017 0.009 0.244 0.104 0.589 86 H 0.020 0.006 0.002 0.031 0.072 0.870