# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.004 0.030 0.046 0.051 0.077 0.779 2 S 0.051 0.033 0.091 0.110 0.053 0.154 0.508 3 L 0.087 0.033 0.157 0.125 0.100 0.129 0.370 4 K 0.130 0.007 0.196 0.073 0.101 0.147 0.347 5 R 0.289 0.023 0.070 0.079 0.121 0.057 0.360 6 A 0.319 0.051 0.019 0.039 0.069 0.023 0.480 7 V 0.297 0.089 0.005 0.015 0.089 0.006 0.500 8 P 0.138 0.042 0.013 0.014 0.034 0.015 0.744 9 A 0.046 0.013 0.112 0.028 0.123 0.538 0.141 10 D 0.048 0.030 0.109 0.039 0.166 0.423 0.187 11 W 0.031 0.019 0.059 0.017 0.284 0.068 0.523 12 P 0.035 0.037 0.037 0.039 0.179 0.310 0.363 13 N 0.037 0.013 0.087 0.067 0.215 0.424 0.157 14 N 0.100 0.018 0.119 0.076 0.251 0.187 0.249 15 E 0.238 0.024 0.115 0.129 0.120 0.116 0.256 16 I 0.531 0.057 0.083 0.067 0.077 0.057 0.128 17 I 0.513 0.037 0.050 0.061 0.051 0.092 0.196 18 G 0.445 0.011 0.037 0.022 0.115 0.136 0.235 19 E 0.432 0.008 0.023 0.010 0.177 0.115 0.235 20 G 0.715 0.004 0.012 0.005 0.053 0.099 0.112 21 L 0.888 0.008 0.002 0.002 0.006 0.005 0.088 22 I 0.942 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 23 V 0.782 0.011 0.001 0.001 0.024 0.001 0.181 24 P 0.232 0.017 0.001 0.001 0.038 0.002 0.711 25 P 0.020 0.004 0.001 0.001 0.025 0.003 0.948 26 P 0.012 0.009 0.006 0.001 0.112 0.059 0.802 27 T 0.007 0.018 0.007 0.009 0.282 0.087 0.589 28 T 0.007 0.012 0.008 0.045 0.308 0.024 0.597 29 E 0.001 0.001 0.024 0.874 0.020 0.044 0.037 30 D 0.001 0.001 0.021 0.942 0.006 0.022 0.008 31 Q 0.001 0.001 0.031 0.937 0.004 0.012 0.014 32 A 0.003 0.002 0.016 0.949 0.004 0.013 0.013 33 R 0.003 0.002 0.022 0.938 0.004 0.021 0.010 34 A 0.009 0.001 0.041 0.858 0.011 0.064 0.017 35 R 0.015 0.003 0.039 0.763 0.017 0.123 0.039 36 M 0.032 0.014 0.040 0.587 0.067 0.099 0.162 37 E 0.032 0.009 0.029 0.446 0.076 0.201 0.206 38 S 0.008 0.002 0.029 0.188 0.074 0.643 0.056 39 G 0.016 0.002 0.026 0.049 0.172 0.631 0.104 40 Q 0.108 0.022 0.025 0.031 0.191 0.070 0.553 41 Y 0.341 0.051 0.015 0.017 0.118 0.021 0.438 42 R 0.528 0.030 0.016 0.012 0.069 0.019 0.325 43 C 0.569 0.029 0.038 0.022 0.060 0.039 0.242 44 L 0.575 0.016 0.038 0.012 0.110 0.041 0.209 45 D 0.550 0.007 0.036 0.012 0.107 0.035 0.253 46 W 0.693 0.007 0.036 0.021 0.043 0.037 0.162 47 W 0.797 0.014 0.020 0.026 0.026 0.031 0.084 48 F 0.840 0.016 0.012 0.027 0.014 0.021 0.069 49 C 0.810 0.027 0.007 0.015 0.013 0.020 0.108 50 W 0.473 0.019 0.011 0.016 0.101 0.198 0.182 51 D 0.154 0.012 0.018 0.010 0.348 0.244 0.215 52 T 0.094 0.017 0.011 0.007 0.438 0.028 0.404 53 P 0.065 0.025 0.063 0.020 0.144 0.240 0.442 54 A 0.040 0.038 0.056 0.016 0.171 0.172 0.507 55 S 0.048 0.020 0.060 0.028 0.111 0.102 0.631 56 R 0.028 0.015 0.140 0.232 0.136 0.166 0.283 57 D 0.026 0.012 0.077 0.294 0.198 0.198 0.194 58 D 0.024 0.019 0.052 0.386 0.137 0.092 0.290 59 V 0.003 0.001 0.010 0.946 0.006 0.011 0.023 60 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.005 0.005 61 E 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.004 0.003 62 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.006 0.005 63 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.003 64 R 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.010 0.003 65 Y 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.015 0.003 66 L 0.002 0.001 0.003 0.971 0.003 0.015 0.006 67 R 0.001 0.001 0.007 0.969 0.003 0.013 0.006 68 R 0.001 0.001 0.009 0.954 0.004 0.026 0.006 69 A 0.001 0.001 0.014 0.911 0.005 0.055 0.013 70 A 0.003 0.002 0.022 0.798 0.020 0.115 0.041 71 E 0.008 0.003 0.021 0.721 0.063 0.109 0.076 72 K 0.018 0.004 0.005 0.328 0.356 0.025 0.263 73 P 0.014 0.005 0.016 0.566 0.032 0.054 0.314 74 A 0.032 0.006 0.037 0.700 0.045 0.061 0.120 75 K 0.111 0.009 0.035 0.682 0.042 0.040 0.082 76 L 0.121 0.008 0.020 0.749 0.021 0.022 0.059 77 L 0.084 0.005 0.010 0.798 0.012 0.034 0.056 78 Y 0.043 0.002 0.015 0.842 0.015 0.028 0.054 79 E 0.032 0.002 0.019 0.883 0.014 0.021 0.028 80 E 0.031 0.003 0.041 0.833 0.015 0.035 0.042 81 A 0.027 0.003 0.042 0.794 0.018 0.055 0.061 82 R 0.035 0.005 0.042 0.750 0.031 0.062 0.075 83 T 0.041 0.005 0.058 0.622 0.065 0.109 0.099 84 H 0.029 0.007 0.042 0.467 0.070 0.260 0.126 85 L 0.027 0.017 0.017 0.293 0.082 0.117 0.447 86 H 0.011 0.003 0.009 0.046 0.026 0.036 0.869