# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.198 0.086 0.169 0.209 0.034 0.116 0.114 0.007 0.063 0.003 0.001 2 S 0.514 0.080 0.101 0.202 0.022 0.023 0.029 0.008 0.015 0.004 0.001 3 L 0.450 0.082 0.157 0.222 0.014 0.026 0.030 0.007 0.011 0.002 0.001 4 K 0.499 0.110 0.109 0.112 0.031 0.021 0.076 0.023 0.015 0.004 0.001 5 R 0.370 0.206 0.162 0.187 0.024 0.019 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 6 A 0.239 0.123 0.390 0.106 0.045 0.029 0.025 0.016 0.011 0.014 0.002 7 V 0.028 0.530 0.241 0.002 0.034 0.011 0.006 0.001 0.146 0.001 0.001 8 P 0.086 0.005 0.833 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 9 A 0.325 0.091 0.438 0.057 0.040 0.017 0.008 0.012 0.004 0.008 0.001 10 D 0.170 0.086 0.201 0.290 0.022 0.111 0.065 0.016 0.034 0.003 0.002 11 W 0.032 0.239 0.458 0.005 0.028 0.015 0.015 0.001 0.205 0.002 0.001 12 P 0.392 0.003 0.539 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 13 N 0.170 0.051 0.147 0.297 0.025 0.051 0.167 0.062 0.022 0.008 0.001 14 N 0.163 0.122 0.202 0.144 0.054 0.051 0.178 0.054 0.025 0.007 0.001 15 E 0.270 0.304 0.282 0.057 0.023 0.033 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 16 I 0.235 0.230 0.411 0.025 0.007 0.077 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 17 I 0.183 0.360 0.118 0.250 0.033 0.023 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 18 G 0.071 0.066 0.142 0.020 0.425 0.005 0.024 0.075 0.005 0.168 0.001 19 E 0.149 0.249 0.264 0.180 0.099 0.019 0.017 0.006 0.012 0.003 0.002 20 G 0.086 0.162 0.166 0.052 0.303 0.005 0.046 0.108 0.011 0.061 0.001 21 L 0.034 0.634 0.257 0.014 0.045 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 22 I 0.013 0.550 0.355 0.009 0.014 0.037 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 23 V 0.002 0.548 0.234 0.001 0.008 0.015 0.002 0.001 0.190 0.001 0.001 24 P 0.003 0.003 0.932 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 25 P 0.011 0.002 0.930 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 26 P 0.146 0.008 0.694 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 27 T 0.229 0.173 0.324 0.142 0.071 0.034 0.011 0.004 0.008 0.002 0.001 28 T 0.052 0.311 0.293 0.042 0.206 0.043 0.004 0.002 0.038 0.008 0.001 29 E 0.958 0.006 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.955 0.001 0.006 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.953 0.002 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.959 0.002 0.010 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.974 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.950 0.006 0.012 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.869 0.006 0.013 0.102 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 36 M 0.711 0.042 0.082 0.115 0.006 0.017 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 37 E 0.676 0.053 0.098 0.116 0.011 0.014 0.017 0.003 0.007 0.005 0.001 38 S 0.375 0.035 0.167 0.336 0.029 0.007 0.028 0.010 0.007 0.006 0.001 39 G 0.065 0.006 0.045 0.026 0.062 0.001 0.052 0.505 0.001 0.237 0.001 40 Q 0.286 0.137 0.219 0.213 0.035 0.061 0.025 0.004 0.013 0.003 0.002 41 Y 0.076 0.506 0.220 0.060 0.063 0.030 0.011 0.003 0.026 0.003 0.001 42 R 0.101 0.422 0.272 0.043 0.084 0.040 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 43 C 0.134 0.411 0.198 0.051 0.086 0.058 0.012 0.003 0.045 0.002 0.001 44 L 0.251 0.345 0.199 0.067 0.046 0.048 0.009 0.002 0.031 0.002 0.001 45 D 0.287 0.209 0.188 0.104 0.050 0.075 0.038 0.004 0.041 0.003 0.001 46 W 0.254 0.396 0.142 0.076 0.065 0.029 0.011 0.003 0.022 0.001 0.001 47 W 0.279 0.431 0.153 0.045 0.045 0.022 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 48 F 0.169 0.468 0.144 0.052 0.100 0.026 0.011 0.003 0.024 0.002 0.001 49 C 0.159 0.429 0.163 0.092 0.051 0.045 0.012 0.002 0.044 0.002 0.001 50 W 0.253 0.238 0.257 0.099 0.066 0.035 0.020 0.004 0.017 0.009 0.001 51 D 0.314 0.042 0.125 0.346 0.017 0.063 0.060 0.010 0.015 0.004 0.003 52 T 0.037 0.405 0.295 0.006 0.042 0.015 0.015 0.001 0.184 0.001 0.001 53 P 0.178 0.009 0.693 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.085 54 A 0.338 0.096 0.328 0.112 0.054 0.029 0.013 0.012 0.012 0.005 0.002 55 S 0.136 0.191 0.333 0.103 0.106 0.060 0.016 0.010 0.028 0.016 0.001 56 R 0.680 0.054 0.060 0.142 0.020 0.012 0.008 0.005 0.010 0.009 0.001 57 D 0.614 0.024 0.076 0.191 0.019 0.021 0.038 0.007 0.006 0.003 0.001 58 D 0.428 0.030 0.105 0.150 0.024 0.151 0.032 0.006 0.069 0.003 0.002 59 V 0.964 0.002 0.005 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.986 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 R 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.976 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.966 0.003 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.907 0.003 0.013 0.068 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.861 0.012 0.035 0.070 0.004 0.006 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 71 E 0.643 0.019 0.062 0.243 0.005 0.011 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 72 K 0.232 0.165 0.390 0.012 0.034 0.013 0.016 0.002 0.132 0.004 0.001 73 P 0.535 0.003 0.386 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 74 A 0.738 0.031 0.105 0.067 0.014 0.009 0.013 0.014 0.003 0.004 0.001 75 K 0.807 0.045 0.068 0.039 0.009 0.015 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 76 L 0.827 0.040 0.082 0.032 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 77 L 0.802 0.041 0.058 0.071 0.005 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 78 Y 0.741 0.071 0.081 0.046 0.017 0.021 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 79 E 0.905 0.023 0.030 0.024 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.889 0.016 0.029 0.051 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 81 A 0.816 0.022 0.044 0.085 0.009 0.008 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 82 R 0.771 0.042 0.048 0.089 0.011 0.013 0.015 0.002 0.005 0.002 0.001 83 T 0.649 0.079 0.068 0.160 0.021 0.008 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 84 H 0.442 0.085 0.126 0.182 0.023 0.036 0.059 0.005 0.040 0.002 0.001 85 L 0.414 0.118 0.195 0.188 0.010 0.038 0.011 0.002 0.021 0.001 0.001 86 H 0.288 0.146 0.193 0.142 0.071 0.037 0.052 0.018 0.022 0.029 0.001