# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.840 0.112 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 2 S 0.732 0.171 0.062 0.026 0.008 0.001 0.001 3 L 0.569 0.209 0.123 0.075 0.020 0.003 0.001 4 K 0.631 0.254 0.082 0.026 0.006 0.001 0.001 5 R 0.484 0.256 0.154 0.075 0.025 0.005 0.001 6 A 0.227 0.174 0.196 0.219 0.141 0.040 0.003 7 V 0.240 0.186 0.193 0.205 0.120 0.050 0.006 8 P 0.410 0.253 0.148 0.101 0.053 0.029 0.005 9 A 0.389 0.223 0.155 0.123 0.076 0.030 0.005 10 D 0.506 0.287 0.117 0.053 0.023 0.011 0.003 11 W 0.250 0.183 0.182 0.188 0.127 0.056 0.013 12 P 0.323 0.189 0.164 0.147 0.102 0.060 0.014 13 N 0.343 0.223 0.158 0.139 0.088 0.041 0.008 14 N 0.291 0.226 0.185 0.143 0.089 0.050 0.016 15 E 0.249 0.190 0.158 0.159 0.133 0.087 0.024 16 I 0.108 0.110 0.133 0.199 0.213 0.176 0.060 17 I 0.105 0.127 0.138 0.175 0.176 0.189 0.090 18 G 0.135 0.140 0.151 0.198 0.184 0.136 0.055 19 E 0.199 0.251 0.210 0.178 0.092 0.052 0.019 20 G 0.109 0.115 0.152 0.199 0.207 0.164 0.054 21 L 0.049 0.062 0.083 0.132 0.226 0.326 0.123 22 I 0.048 0.054 0.067 0.110 0.200 0.350 0.172 23 V 0.059 0.067 0.081 0.150 0.248 0.282 0.112 24 P 0.068 0.123 0.167 0.234 0.228 0.143 0.037 25 P 0.091 0.178 0.211 0.237 0.177 0.085 0.020 26 P 0.182 0.237 0.210 0.188 0.118 0.053 0.011 27 T 0.254 0.287 0.214 0.141 0.074 0.025 0.005 28 T 0.324 0.256 0.185 0.140 0.069 0.022 0.004 29 E 0.325 0.269 0.207 0.128 0.054 0.014 0.002 30 D 0.584 0.279 0.094 0.032 0.009 0.002 0.001 31 Q 0.332 0.342 0.205 0.093 0.023 0.005 0.001 32 A 0.166 0.128 0.166 0.263 0.213 0.060 0.003 33 R 0.305 0.301 0.240 0.117 0.033 0.005 0.001 34 A 0.606 0.296 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 35 R 0.281 0.288 0.224 0.144 0.050 0.012 0.001 36 M 0.286 0.199 0.198 0.182 0.107 0.028 0.002 37 E 0.589 0.237 0.106 0.048 0.016 0.004 0.001 38 S 0.722 0.193 0.056 0.021 0.007 0.002 0.001 39 G 0.441 0.255 0.158 0.097 0.038 0.010 0.001 40 Q 0.439 0.301 0.154 0.074 0.025 0.006 0.001 41 Y 0.158 0.164 0.206 0.232 0.177 0.057 0.006 42 R 0.192 0.244 0.236 0.183 0.104 0.036 0.005 43 C 0.123 0.092 0.105 0.188 0.245 0.200 0.047 44 L 0.109 0.131 0.168 0.241 0.182 0.128 0.040 45 D 0.072 0.132 0.168 0.201 0.174 0.178 0.075 46 W 0.026 0.037 0.070 0.147 0.218 0.308 0.193 47 W 0.019 0.032 0.045 0.083 0.166 0.365 0.291 48 F 0.027 0.046 0.060 0.112 0.199 0.370 0.186 49 C 0.020 0.037 0.080 0.176 0.299 0.316 0.072 50 W 0.028 0.037 0.074 0.176 0.342 0.302 0.041 51 D 0.094 0.201 0.263 0.261 0.138 0.040 0.004 52 T 0.238 0.305 0.233 0.148 0.061 0.014 0.002 53 P 0.382 0.292 0.166 0.102 0.044 0.012 0.001 54 A 0.307 0.232 0.186 0.162 0.085 0.026 0.002 55 S 0.523 0.257 0.127 0.062 0.024 0.006 0.001 56 R 0.470 0.274 0.152 0.077 0.023 0.004 0.001 57 D 0.664 0.226 0.070 0.028 0.009 0.002 0.001 58 D 0.472 0.315 0.135 0.058 0.016 0.003 0.001 59 V 0.156 0.212 0.268 0.233 0.108 0.022 0.001 60 E 0.665 0.227 0.068 0.029 0.010 0.002 0.001 61 E 0.388 0.333 0.186 0.072 0.017 0.003 0.001 62 A 0.158 0.107 0.152 0.271 0.227 0.081 0.005 63 R 0.194 0.267 0.271 0.183 0.069 0.016 0.001 64 R 0.357 0.380 0.173 0.065 0.020 0.005 0.001 65 Y 0.165 0.138 0.185 0.245 0.191 0.072 0.005 66 L 0.126 0.096 0.137 0.233 0.259 0.138 0.011 67 R 0.299 0.340 0.217 0.105 0.030 0.008 0.001 68 R 0.400 0.332 0.168 0.076 0.021 0.004 0.001 69 A 0.289 0.181 0.170 0.184 0.126 0.045 0.004 70 A 0.453 0.231 0.147 0.107 0.049 0.012 0.001 71 E 0.703 0.213 0.059 0.018 0.005 0.001 0.001 72 K 0.562 0.245 0.117 0.056 0.016 0.003 0.001 73 P 0.412 0.257 0.151 0.111 0.051 0.018 0.001 74 A 0.251 0.213 0.207 0.184 0.110 0.032 0.003 75 K 0.410 0.347 0.162 0.061 0.016 0.004 0.001 76 L 0.267 0.165 0.177 0.213 0.136 0.040 0.003 77 L 0.195 0.165 0.163 0.207 0.181 0.083 0.006 78 Y 0.271 0.199 0.196 0.194 0.107 0.031 0.002 79 E 0.522 0.309 0.116 0.042 0.010 0.001 0.001 80 E 0.391 0.286 0.180 0.102 0.033 0.008 0.001 81 A 0.347 0.169 0.138 0.173 0.123 0.048 0.003 82 R 0.385 0.261 0.189 0.111 0.044 0.011 0.001 83 T 0.648 0.227 0.077 0.035 0.011 0.002 0.001 84 H 0.448 0.259 0.160 0.091 0.033 0.009 0.001 85 L 0.445 0.209 0.160 0.113 0.056 0.015 0.001 86 H 0.666 0.192 0.084 0.040 0.014 0.004 0.001