# TARGET T0268 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.005 0.011 0.024 0.208 0.729 2 R 0.046 0.030 0.026 0.043 0.219 0.635 3 P 0.054 0.027 0.035 0.050 0.263 0.570 4 M 0.061 0.025 0.039 0.086 0.316 0.473 5 T 0.037 0.006 0.017 0.063 0.230 0.647 6 H 0.123 0.043 0.016 0.073 0.195 0.550 7 V 0.192 0.021 0.018 0.337 0.127 0.304 8 P 0.180 0.007 0.032 0.580 0.084 0.117 9 V 0.165 0.010 0.043 0.631 0.068 0.084 10 L 0.122 0.012 0.044 0.691 0.057 0.074 11 Y 0.008 0.001 0.033 0.881 0.043 0.034 12 Q 0.001 0.001 0.016 0.969 0.011 0.003 13 E 0.001 0.001 0.011 0.969 0.016 0.002 14 A 0.004 0.002 0.006 0.965 0.018 0.004 15 L 0.019 0.001 0.009 0.914 0.040 0.018 16 D 0.023 0.001 0.023 0.864 0.061 0.028 17 L 0.041 0.005 0.038 0.746 0.109 0.061 18 L 0.083 0.012 0.013 0.257 0.200 0.435 19 A 0.091 0.008 0.008 0.020 0.209 0.664 20 V 0.169 0.046 0.010 0.014 0.216 0.544 21 R 0.051 0.037 0.006 0.007 0.839 0.059 22 P 0.019 0.002 0.007 0.004 0.935 0.034 23 G 0.025 0.001 0.002 0.001 0.942 0.030 24 G 0.433 0.011 0.001 0.001 0.507 0.048 25 V 0.944 0.006 0.001 0.001 0.008 0.042 26 Y 0.984 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 27 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 28 D 0.968 0.002 0.001 0.001 0.006 0.024 29 A 0.870 0.003 0.001 0.001 0.024 0.101 30 T 0.744 0.009 0.002 0.004 0.087 0.154 31 L 0.399 0.022 0.007 0.006 0.182 0.384 32 G 0.076 0.020 0.008 0.008 0.281 0.607 33 G 0.028 0.010 0.017 0.037 0.342 0.566 34 A 0.015 0.005 0.022 0.094 0.419 0.445 35 G 0.012 0.011 0.114 0.367 0.372 0.125 36 H 0.014 0.006 0.122 0.576 0.242 0.041 37 A 0.027 0.004 0.141 0.609 0.195 0.023 38 R 0.055 0.010 0.097 0.627 0.171 0.039 39 G 0.054 0.007 0.122 0.519 0.227 0.070 40 I 0.160 0.114 0.089 0.375 0.180 0.081 41 L 0.188 0.087 0.050 0.258 0.190 0.227 42 E 0.090 0.022 0.007 0.029 0.725 0.127 43 R 0.022 0.004 0.020 0.010 0.808 0.136 44 G 0.043 0.002 0.010 0.002 0.794 0.150 45 G 0.435 0.007 0.005 0.002 0.447 0.104 46 R 0.838 0.008 0.001 0.001 0.026 0.127 47 V 0.979 0.007 0.001 0.001 0.003 0.011 48 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 49 G 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 50 L 0.929 0.003 0.004 0.002 0.027 0.035 51 D 0.672 0.009 0.012 0.010 0.151 0.145 52 Q 0.075 0.022 0.028 0.029 0.280 0.565 53 D 0.013 0.011 0.011 0.061 0.331 0.572 54 P 0.001 0.001 0.055 0.887 0.050 0.009 55 E 0.001 0.001 0.025 0.918 0.051 0.005 56 A 0.001 0.002 0.025 0.928 0.042 0.003 57 V 0.002 0.001 0.006 0.950 0.027 0.014 58 A 0.007 0.001 0.008 0.948 0.030 0.006 59 R 0.007 0.001 0.012 0.943 0.030 0.007 60 A 0.008 0.001 0.015 0.926 0.036 0.015 61 K 0.007 0.002 0.017 0.926 0.030 0.018 62 G 0.017 0.002 0.020 0.830 0.073 0.058 63 L 0.036 0.010 0.013 0.572 0.170 0.200 64 H 0.060 0.032 0.008 0.132 0.504 0.264 65 L 0.016 0.003 0.007 0.037 0.802 0.134 66 P 0.028 0.001 0.010 0.025 0.794 0.141 67 G 0.590 0.015 0.009 0.025 0.268 0.093 68 L 0.940 0.009 0.001 0.005 0.013 0.032 69 T 0.963 0.002 0.001 0.004 0.007 0.025 70 V 0.954 0.005 0.002 0.003 0.008 0.028 71 V 0.829 0.006 0.003 0.008 0.029 0.125 72 Q 0.462 0.005 0.013 0.018 0.134 0.368 73 G 0.088 0.008 0.022 0.029 0.307 0.545 74 N 0.058 0.026 0.026 0.036 0.355 0.499 75 F 0.010 0.005 0.175 0.405 0.298 0.107 76 R 0.004 0.002 0.112 0.598 0.203 0.081 77 H 0.005 0.004 0.048 0.730 0.094 0.120 78 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.007 0.009 79 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.005 80 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.009 0.003 81 H 0.001 0.001 0.002 0.985 0.010 0.002 82 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.012 0.002 83 A 0.001 0.001 0.008 0.969 0.019 0.004 84 A 0.001 0.001 0.010 0.938 0.035 0.016 85 L 0.001 0.001 0.014 0.842 0.058 0.084 86 G 0.001 0.001 0.003 0.027 0.113 0.855 87 V 0.013 0.002 0.009 0.011 0.230 0.734 88 E 0.095 0.012 0.014 0.009 0.279 0.591 89 R 0.391 0.022 0.016 0.005 0.223 0.344 90 V 0.682 0.009 0.008 0.003 0.109 0.189 91 D 0.725 0.002 0.005 0.001 0.080 0.186 92 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 93 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 94 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 95 A 0.918 0.003 0.002 0.002 0.023 0.052 96 D 0.519 0.004 0.005 0.003 0.112 0.357 97 L 0.330 0.007 0.012 0.012 0.243 0.395 98 G 0.178 0.013 0.022 0.011 0.380 0.396 99 V 0.171 0.042 0.024 0.022 0.352 0.389 100 S 0.127 0.052 0.048 0.030 0.324 0.418 101 S 0.111 0.014 0.054 0.081 0.280 0.460 102 F 0.078 0.022 0.131 0.165 0.353 0.251 103 H 0.088 0.031 0.125 0.134 0.476 0.146 104 L 0.086 0.038 0.075 0.191 0.494 0.116 105 D 0.053 0.027 0.038 0.090 0.610 0.182 106 D 0.034 0.010 0.062 0.048 0.739 0.108 107 P 0.027 0.014 0.145 0.103 0.572 0.139 108 S 0.044 0.020 0.157 0.107 0.515 0.156 109 R 0.089 0.023 0.150 0.079 0.473 0.187 110 G 0.109 0.023 0.048 0.038 0.351 0.431 111 F 0.207 0.047 0.041 0.027 0.249 0.429 112 S 0.217 0.052 0.050 0.030 0.282 0.368 113 Y 0.180 0.035 0.079 0.042 0.403 0.260 114 Q 0.172 0.024 0.067 0.031 0.503 0.204 115 K 0.128 0.012 0.033 0.034 0.525 0.268 116 E 0.076 0.013 0.014 0.021 0.517 0.359 117 G 0.083 0.022 0.007 0.009 0.316 0.563 118 P 0.138 0.042 0.051 0.016 0.289 0.464 119 L 0.157 0.022 0.112 0.020 0.327 0.362 120 D 0.197 0.040 0.156 0.015 0.236 0.356 121 M 0.266 0.095 0.052 0.012 0.146 0.430 122 R 0.255 0.115 0.023 0.012 0.244 0.352 123 M 0.220 0.150 0.011 0.016 0.268 0.336 124 G 0.025 0.036 0.006 0.005 0.879 0.048 125 L 0.008 0.006 0.018 0.004 0.953 0.011 126 E 0.006 0.002 0.013 0.003 0.961 0.014 127 G 0.014 0.015 0.012 0.005 0.925 0.029 128 P 0.037 0.116 0.003 0.018 0.381 0.445 129 T 0.035 0.134 0.003 0.037 0.128 0.662 130 A 0.002 0.001 0.024 0.928 0.030 0.016 131 K 0.001 0.001 0.026 0.951 0.019 0.003 132 E 0.002 0.001 0.047 0.912 0.035 0.003 133 V 0.002 0.001 0.041 0.919 0.032 0.005 134 V 0.003 0.003 0.108 0.803 0.074 0.009 135 N 0.002 0.001 0.160 0.629 0.165 0.043 136 R 0.005 0.001 0.060 0.347 0.294 0.293 137 L 0.012 0.047 0.006 0.040 0.187 0.709 138 P 0.005 0.009 0.001 0.029 0.094 0.862 139 L 0.001 0.001 0.013 0.967 0.011 0.009 140 E 0.001 0.001 0.009 0.962 0.024 0.005 141 A 0.001 0.001 0.006 0.978 0.011 0.004 142 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 143 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 145 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 146 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 147 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.012 0.005 148 E 0.001 0.001 0.003 0.971 0.015 0.010 149 L 0.001 0.001 0.001 0.969 0.009 0.021 150 G 0.001 0.001 0.001 0.336 0.046 0.616 151 E 0.001 0.001 0.001 0.713 0.032 0.252 152 E 0.001 0.001 0.003 0.919 0.022 0.055 153 P 0.001 0.001 0.006 0.925 0.028 0.040 154 Q 0.001 0.001 0.009 0.934 0.021 0.035 155 A 0.001 0.001 0.002 0.969 0.007 0.020 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 157 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 165 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.008 166 R 0.001 0.001 0.010 0.957 0.017 0.015 167 E 0.001 0.001 0.019 0.912 0.041 0.027 168 K 0.002 0.001 0.015 0.725 0.103 0.154 169 A 0.003 0.002 0.007 0.038 0.286 0.664 170 P 0.013 0.002 0.010 0.058 0.261 0.657 171 I 0.078 0.014 0.010 0.155 0.233 0.509 172 E 0.122 0.038 0.010 0.271 0.141 0.418 173 T 0.148 0.040 0.007 0.464 0.039 0.301 174 T 0.006 0.001 0.005 0.973 0.003 0.013 175 T 0.002 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 176 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.003 177 L 0.002 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 178 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 180 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 181 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 182 R 0.001 0.001 0.020 0.951 0.021 0.007 183 K 0.001 0.001 0.024 0.876 0.060 0.039 184 A 0.002 0.001 0.021 0.618 0.127 0.232 185 V 0.006 0.013 0.012 0.070 0.218 0.681 186 G 0.026 0.012 0.016 0.021 0.272 0.654 187 F 0.075 0.018 0.051 0.026 0.318 0.512 188 R 0.053 0.012 0.065 0.017 0.411 0.442 189 R 0.048 0.006 0.054 0.011 0.450 0.430 190 A 0.032 0.014 0.024 0.009 0.473 0.448 191 G 0.051 0.030 0.014 0.016 0.415 0.474 192 H 0.058 0.046 0.007 0.019 0.468 0.403 193 P 0.096 0.021 0.029 0.122 0.536 0.196 194 A 0.158 0.016 0.043 0.174 0.473 0.136 195 R 0.236 0.013 0.046 0.361 0.270 0.074 196 K 0.237 0.006 0.056 0.545 0.110 0.045 197 T 0.172 0.006 0.024 0.722 0.044 0.032 198 F 0.176 0.004 0.008 0.774 0.021 0.016 199 Q 0.132 0.001 0.003 0.822 0.013 0.028 200 A 0.172 0.003 0.002 0.784 0.008 0.031 201 L 0.188 0.003 0.003 0.774 0.007 0.025 202 R 0.280 0.004 0.005 0.649 0.019 0.043 203 I 0.219 0.004 0.011 0.586 0.050 0.130 204 Y 0.225 0.010 0.012 0.556 0.072 0.124 205 V 0.184 0.004 0.011 0.481 0.134 0.186 206 N 0.049 0.002 0.010 0.483 0.202 0.254 207 D 0.014 0.006 0.009 0.429 0.178 0.364 208 E 0.004 0.002 0.010 0.840 0.065 0.079 209 L 0.001 0.001 0.002 0.962 0.016 0.018 210 N 0.001 0.001 0.004 0.956 0.016 0.023 211 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 212 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.007 0.007 213 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 214 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.006 0.011 215 F 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.010 216 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 217 E 0.001 0.001 0.005 0.971 0.013 0.012 218 Q 0.001 0.001 0.006 0.970 0.016 0.009 219 A 0.001 0.001 0.011 0.958 0.022 0.008 220 A 0.001 0.001 0.062 0.896 0.032 0.008 221 E 0.001 0.001 0.136 0.772 0.071 0.020 222 V 0.003 0.001 0.121 0.676 0.124 0.074 223 L 0.015 0.040 0.038 0.379 0.180 0.349 224 A 0.019 0.024 0.009 0.027 0.853 0.068 225 P 0.007 0.002 0.012 0.005 0.928 0.046 226 G 0.011 0.001 0.005 0.001 0.930 0.053 227 G 0.323 0.003 0.002 0.001 0.587 0.085 228 R 0.889 0.003 0.001 0.001 0.011 0.097 229 L 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 230 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 231 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 232 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 233 A 0.922 0.001 0.001 0.001 0.010 0.066 234 F 0.859 0.010 0.001 0.001 0.024 0.106 235 H 0.727 0.015 0.001 0.001 0.041 0.215 236 S 0.179 0.016 0.001 0.002 0.057 0.744 237 L 0.007 0.001 0.100 0.839 0.032 0.021 238 E 0.001 0.001 0.061 0.909 0.026 0.003 239 D 0.001 0.001 0.061 0.885 0.049 0.004 240 R 0.001 0.001 0.022 0.951 0.023 0.004 241 V 0.001 0.001 0.010 0.964 0.020 0.005 242 V 0.001 0.001 0.009 0.960 0.023 0.006 243 K 0.001 0.001 0.012 0.955 0.026 0.006 244 R 0.001 0.001 0.015 0.936 0.034 0.013 245 F 0.001 0.001 0.026 0.918 0.038 0.017 246 L 0.002 0.003 0.033 0.845 0.074 0.044 247 R 0.006 0.004 0.031 0.761 0.119 0.080 248 E 0.005 0.002 0.017 0.351 0.214 0.411 249 S 0.004 0.002 0.021 0.077 0.263 0.633 250 G 0.009 0.005 0.049 0.051 0.316 0.571 251 L 0.044 0.015 0.158 0.086 0.391 0.306 252 K 0.135 0.018 0.149 0.093 0.317 0.286 253 V 0.408 0.027 0.095 0.067 0.208 0.195 254 L 0.532 0.016 0.044 0.049 0.170 0.190 255 T 0.452 0.015 0.016 0.043 0.189 0.285 256 K 0.285 0.014 0.011 0.032 0.224 0.434 257 K 0.228 0.017 0.004 0.009 0.198 0.545 258 P 0.150 0.011 0.003 0.004 0.124 0.708 259 L 0.131 0.017 0.001 0.004 0.118 0.729 260 V 0.056 0.017 0.001 0.005 0.063 0.858 261 P 0.037 0.025 0.001 0.011 0.066 0.860 262 S 0.008 0.002 0.001 0.018 0.041 0.930 263 E 0.001 0.001 0.016 0.929 0.017 0.036 264 K 0.001 0.001 0.015 0.967 0.013 0.004 265 E 0.001 0.001 0.045 0.926 0.023 0.004 266 A 0.001 0.002 0.037 0.938 0.019 0.004 267 A 0.001 0.002 0.022 0.941 0.028 0.007 268 Q 0.001 0.002 0.008 0.905 0.046 0.040 269 N 0.001 0.004 0.009 0.342 0.468 0.177 270 P 0.001 0.009 0.020 0.209 0.576 0.185 271 R 0.001 0.003 0.050 0.140 0.710 0.097 272 A 0.003 0.011 0.028 0.137 0.702 0.119 273 R 0.019 0.018 0.032 0.184 0.428 0.319 274 S 0.047 0.033 0.033 0.231 0.329 0.326 275 A 0.076 0.021 0.077 0.436 0.248 0.142 276 K 0.102 0.026 0.064 0.607 0.115 0.086 277 L 0.247 0.007 0.067 0.484 0.115 0.080 278 R 0.212 0.005 0.040 0.612 0.075 0.057 279 A 0.242 0.006 0.028 0.622 0.054 0.048 280 A 0.253 0.005 0.026 0.527 0.085 0.104 281 E 0.264 0.005 0.019 0.456 0.085 0.171 282 K 0.264 0.012 0.021 0.268 0.114 0.321 283 E 0.149 0.021 0.007 0.157 0.093 0.572 284 A 0.039 0.006 0.003 0.024 0.080 0.847 285 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.971