# TARGET T0268 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 R 0.037 0.033 0.008 0.044 0.006 0.028 0.844 3 P 0.046 0.019 0.014 0.063 0.228 0.066 0.565 4 M 0.036 0.006 0.027 0.126 0.151 0.113 0.540 5 T 0.066 0.009 0.032 0.181 0.176 0.186 0.350 6 H 0.118 0.017 0.046 0.282 0.129 0.080 0.329 7 V 0.085 0.009 0.030 0.466 0.108 0.026 0.275 8 P 0.080 0.005 0.021 0.662 0.042 0.034 0.158 9 V 0.048 0.056 0.028 0.628 0.021 0.099 0.120 10 L 0.021 0.013 0.010 0.737 0.029 0.081 0.110 11 Y 0.002 0.001 0.004 0.950 0.010 0.013 0.020 12 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.002 0.001 13 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 15 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.009 0.001 16 D 0.001 0.001 0.008 0.938 0.001 0.052 0.001 17 L 0.001 0.001 0.017 0.790 0.003 0.188 0.002 18 L 0.011 0.006 0.023 0.495 0.096 0.265 0.104 19 A 0.037 0.011 0.040 0.080 0.156 0.228 0.449 20 V 0.100 0.095 0.018 0.028 0.172 0.048 0.539 21 R 0.034 0.011 0.015 0.003 0.047 0.027 0.862 22 P 0.007 0.003 0.027 0.002 0.099 0.816 0.046 23 G 0.007 0.002 0.018 0.001 0.086 0.867 0.019 24 G 0.184 0.005 0.007 0.001 0.341 0.061 0.402 25 V 0.782 0.023 0.001 0.001 0.029 0.006 0.159 26 Y 0.945 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 27 V 0.958 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 28 D 0.929 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.048 29 A 0.803 0.004 0.004 0.001 0.025 0.015 0.147 30 T 0.592 0.020 0.016 0.005 0.056 0.050 0.261 31 L 0.283 0.009 0.025 0.006 0.278 0.090 0.309 32 G 0.088 0.010 0.046 0.010 0.313 0.136 0.398 33 G 0.044 0.032 0.053 0.026 0.360 0.113 0.373 34 A 0.031 0.013 0.068 0.093 0.272 0.150 0.373 35 G 0.026 0.019 0.140 0.384 0.120 0.163 0.148 36 H 0.032 0.011 0.140 0.605 0.044 0.097 0.071 37 A 0.021 0.005 0.169 0.671 0.021 0.061 0.052 38 R 0.046 0.003 0.177 0.683 0.017 0.053 0.021 39 G 0.077 0.002 0.186 0.579 0.013 0.115 0.029 40 I 0.075 0.023 0.120 0.473 0.021 0.241 0.047 41 L 0.089 0.051 0.093 0.300 0.081 0.183 0.203 42 E 0.055 0.005 0.147 0.066 0.177 0.109 0.440 43 R 0.003 0.003 0.109 0.017 0.046 0.815 0.007 44 G 0.004 0.001 0.017 0.001 0.011 0.958 0.009 45 G 0.179 0.002 0.001 0.001 0.093 0.010 0.714 46 R 0.863 0.002 0.001 0.001 0.061 0.002 0.073 47 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 48 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 L 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 51 D 0.527 0.006 0.002 0.001 0.099 0.008 0.357 52 Q 0.046 0.005 0.002 0.002 0.310 0.012 0.623 53 D 0.010 0.005 0.001 0.005 0.179 0.006 0.794 54 P 0.001 0.001 0.065 0.821 0.036 0.065 0.012 55 E 0.001 0.001 0.032 0.917 0.013 0.031 0.007 56 A 0.001 0.001 0.019 0.952 0.006 0.013 0.009 57 V 0.001 0.001 0.004 0.979 0.003 0.008 0.006 58 A 0.002 0.001 0.006 0.951 0.006 0.028 0.006 59 R 0.002 0.001 0.014 0.922 0.004 0.051 0.007 60 A 0.002 0.002 0.022 0.886 0.009 0.061 0.017 61 K 0.007 0.002 0.041 0.834 0.017 0.075 0.023 62 G 0.009 0.001 0.065 0.676 0.034 0.169 0.046 63 L 0.006 0.002 0.038 0.493 0.074 0.304 0.083 64 H 0.022 0.010 0.047 0.153 0.121 0.350 0.298 65 L 0.037 0.006 0.074 0.043 0.223 0.289 0.328 66 P 0.022 0.003 0.040 0.013 0.215 0.607 0.099 67 G 0.268 0.009 0.037 0.015 0.189 0.181 0.301 68 L 0.840 0.011 0.003 0.005 0.010 0.007 0.124 69 T 0.915 0.006 0.002 0.008 0.006 0.003 0.060 70 V 0.882 0.010 0.004 0.012 0.012 0.007 0.073 71 V 0.690 0.009 0.013 0.031 0.027 0.033 0.197 72 Q 0.339 0.013 0.043 0.085 0.142 0.108 0.270 73 G 0.142 0.018 0.065 0.086 0.261 0.134 0.293 74 N 0.061 0.010 0.049 0.066 0.252 0.115 0.446 75 F 0.008 0.005 0.179 0.583 0.058 0.096 0.071 76 R 0.002 0.001 0.146 0.695 0.034 0.108 0.015 77 H 0.001 0.002 0.100 0.749 0.018 0.111 0.020 78 L 0.001 0.001 0.031 0.929 0.006 0.020 0.013 79 K 0.001 0.001 0.011 0.972 0.002 0.011 0.003 80 R 0.001 0.001 0.007 0.975 0.002 0.013 0.002 81 H 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.011 0.002 82 L 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.012 0.003 83 A 0.001 0.001 0.018 0.932 0.002 0.046 0.002 84 A 0.001 0.001 0.028 0.874 0.005 0.089 0.003 85 L 0.001 0.001 0.025 0.647 0.022 0.298 0.008 86 G 0.001 0.005 0.016 0.093 0.031 0.777 0.078 87 V 0.003 0.005 0.035 0.041 0.067 0.097 0.751 88 E 0.028 0.013 0.070 0.062 0.209 0.239 0.380 89 R 0.107 0.030 0.095 0.036 0.151 0.241 0.340 90 V 0.231 0.008 0.002 0.002 0.057 0.008 0.691 91 D 0.388 0.001 0.001 0.001 0.452 0.002 0.155 92 G 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 93 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 94 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 95 A 0.970 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 96 D 0.533 0.005 0.003 0.010 0.060 0.009 0.380 97 L 0.109 0.002 0.014 0.013 0.246 0.100 0.515 98 G 0.047 0.027 0.025 0.007 0.386 0.130 0.377 99 V 0.058 0.046 0.027 0.008 0.437 0.062 0.362 100 S 0.053 0.030 0.020 0.012 0.209 0.037 0.639 101 S 0.034 0.030 0.225 0.089 0.175 0.195 0.252 102 F 0.031 0.011 0.173 0.067 0.167 0.270 0.280 103 H 0.028 0.028 0.191 0.098 0.237 0.151 0.268 104 L 0.062 0.067 0.076 0.120 0.182 0.053 0.441 105 D 0.021 0.014 0.058 0.077 0.114 0.121 0.595 106 D 0.013 0.010 0.177 0.264 0.157 0.238 0.139 107 P 0.007 0.007 0.347 0.217 0.069 0.282 0.072 108 S 0.017 0.008 0.373 0.138 0.094 0.247 0.123 109 R 0.013 0.010 0.237 0.120 0.100 0.426 0.094 110 G 0.026 0.014 0.076 0.045 0.126 0.555 0.158 111 F 0.087 0.028 0.038 0.027 0.107 0.057 0.656 112 S 0.201 0.103 0.050 0.030 0.117 0.038 0.462 113 Y 0.122 0.058 0.140 0.086 0.109 0.114 0.371 114 Q 0.041 0.024 0.151 0.053 0.103 0.143 0.485 115 K 0.022 0.009 0.078 0.045 0.157 0.528 0.161 116 E 0.014 0.012 0.038 0.023 0.282 0.400 0.230 117 G 0.008 0.023 0.017 0.021 0.428 0.039 0.463 118 P 0.021 0.034 0.052 0.038 0.179 0.135 0.541 119 L 0.044 0.040 0.186 0.056 0.110 0.265 0.300 120 D 0.040 0.043 0.255 0.056 0.109 0.139 0.359 121 M 0.060 0.051 0.222 0.078 0.183 0.164 0.243 122 R 0.083 0.033 0.104 0.073 0.151 0.214 0.341 123 M 0.013 0.016 0.020 0.018 0.085 0.037 0.811 124 G 0.009 0.025 0.009 0.007 0.039 0.026 0.885 125 L 0.014 0.011 0.054 0.012 0.234 0.297 0.378 126 E 0.016 0.004 0.064 0.009 0.208 0.498 0.201 127 G 0.024 0.051 0.036 0.009 0.287 0.115 0.478 128 P 0.017 0.092 0.003 0.006 0.346 0.018 0.519 129 T 0.038 0.125 0.001 0.016 0.151 0.007 0.662 130 A 0.001 0.001 0.013 0.972 0.005 0.007 0.003 131 K 0.001 0.001 0.014 0.976 0.003 0.004 0.002 132 E 0.001 0.001 0.025 0.968 0.001 0.003 0.002 133 V 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.008 0.002 134 V 0.002 0.002 0.023 0.846 0.012 0.106 0.010 135 N 0.004 0.001 0.024 0.425 0.018 0.511 0.017 136 R 0.005 0.005 0.015 0.177 0.106 0.471 0.220 137 L 0.005 0.032 0.002 0.008 0.397 0.019 0.537 138 P 0.005 0.009 0.001 0.004 0.112 0.004 0.865 139 L 0.001 0.001 0.036 0.919 0.016 0.015 0.013 140 E 0.001 0.001 0.018 0.963 0.006 0.009 0.005 141 A 0.001 0.001 0.012 0.974 0.002 0.009 0.003 142 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 144 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 145 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 146 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.007 0.003 147 R 0.001 0.001 0.008 0.941 0.004 0.043 0.003 148 E 0.001 0.001 0.007 0.808 0.010 0.169 0.006 149 L 0.001 0.001 0.007 0.387 0.037 0.550 0.018 150 G 0.001 0.003 0.011 0.079 0.096 0.754 0.057 151 E 0.005 0.008 0.015 0.058 0.149 0.058 0.709 152 E 0.010 0.009 0.072 0.281 0.169 0.054 0.405 153 P 0.010 0.013 0.070 0.338 0.184 0.119 0.266 154 Q 0.010 0.012 0.043 0.513 0.097 0.119 0.206 155 A 0.004 0.001 0.027 0.827 0.029 0.035 0.077 156 Y 0.005 0.001 0.010 0.918 0.021 0.020 0.026 157 R 0.001 0.001 0.005 0.969 0.006 0.007 0.012 158 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.003 0.005 159 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 160 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.002 164 A 0.001 0.001 0.005 0.839 0.003 0.147 0.004 165 A 0.002 0.002 0.008 0.590 0.030 0.333 0.036 166 R 0.006 0.004 0.028 0.413 0.091 0.249 0.209 167 E 0.010 0.005 0.071 0.290 0.159 0.272 0.193 168 K 0.008 0.008 0.073 0.243 0.254 0.261 0.152 169 A 0.009 0.003 0.012 0.102 0.468 0.065 0.341 170 P 0.030 0.011 0.010 0.097 0.165 0.119 0.568 171 I 0.182 0.034 0.013 0.218 0.076 0.071 0.406 172 E 0.178 0.019 0.028 0.239 0.091 0.050 0.394 173 T 0.115 0.021 0.031 0.363 0.085 0.037 0.348 174 T 0.034 0.002 0.018 0.822 0.022 0.016 0.085 175 T 0.003 0.001 0.011 0.963 0.005 0.008 0.010 176 Q 0.002 0.001 0.005 0.976 0.003 0.008 0.005 177 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.008 0.002 178 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 179 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.005 0.002 180 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.007 0.001 181 V 0.001 0.001 0.015 0.968 0.001 0.013 0.001 182 R 0.001 0.001 0.032 0.896 0.004 0.064 0.002 183 K 0.001 0.001 0.033 0.810 0.004 0.148 0.004 184 A 0.004 0.004 0.038 0.652 0.080 0.139 0.083 185 V 0.029 0.030 0.017 0.080 0.311 0.082 0.451 186 G 0.039 0.009 0.017 0.019 0.128 0.079 0.710 187 F 0.038 0.026 0.037 0.035 0.139 0.100 0.626 188 R 0.041 0.011 0.045 0.020 0.153 0.081 0.649 189 R 0.021 0.002 0.062 0.021 0.326 0.386 0.183 190 A 0.018 0.009 0.040 0.014 0.261 0.297 0.360 191 G 0.017 0.042 0.011 0.017 0.399 0.035 0.479 192 H 0.023 0.016 0.003 0.035 0.160 0.018 0.745 193 P 0.003 0.001 0.042 0.774 0.025 0.109 0.045 194 A 0.004 0.001 0.024 0.858 0.013 0.071 0.028 195 R 0.007 0.001 0.014 0.930 0.014 0.017 0.017 196 K 0.016 0.001 0.005 0.945 0.008 0.007 0.018 197 T 0.013 0.001 0.006 0.951 0.005 0.012 0.013 198 F 0.019 0.001 0.006 0.954 0.004 0.009 0.008 199 Q 0.020 0.001 0.004 0.958 0.003 0.009 0.005 200 A 0.022 0.001 0.002 0.951 0.005 0.015 0.004 201 L 0.015 0.001 0.001 0.966 0.003 0.009 0.005 202 R 0.014 0.001 0.001 0.968 0.003 0.006 0.007 203 I 0.033 0.001 0.003 0.939 0.008 0.011 0.005 204 Y 0.074 0.002 0.013 0.859 0.009 0.031 0.014 205 V 0.040 0.003 0.024 0.836 0.012 0.059 0.027 206 N 0.049 0.006 0.035 0.738 0.058 0.061 0.053 207 D 0.025 0.006 0.069 0.523 0.076 0.140 0.161 208 E 0.009 0.004 0.041 0.435 0.102 0.195 0.214 209 L 0.002 0.003 0.031 0.712 0.050 0.126 0.075 210 N 0.002 0.002 0.021 0.758 0.072 0.096 0.050 211 A 0.001 0.001 0.027 0.828 0.030 0.066 0.046 212 L 0.001 0.002 0.012 0.900 0.027 0.027 0.031 213 K 0.001 0.001 0.004 0.954 0.010 0.022 0.009 214 E 0.001 0.001 0.004 0.949 0.007 0.030 0.008 215 F 0.001 0.001 0.005 0.949 0.005 0.032 0.009 216 L 0.001 0.001 0.005 0.963 0.004 0.018 0.009 217 E 0.001 0.001 0.008 0.953 0.004 0.032 0.003 218 Q 0.001 0.001 0.008 0.938 0.004 0.046 0.003 219 A 0.001 0.001 0.019 0.925 0.013 0.025 0.015 220 A 0.002 0.001 0.089 0.850 0.006 0.043 0.009 221 E 0.009 0.001 0.176 0.631 0.006 0.167 0.010 222 V 0.014 0.005 0.176 0.350 0.019 0.408 0.028 223 L 0.113 0.025 0.015 0.082 0.251 0.091 0.423 224 A 0.136 0.003 0.011 0.005 0.251 0.025 0.568 225 P 0.143 0.043 0.050 0.009 0.104 0.560 0.092 226 G 0.082 0.001 0.016 0.001 0.033 0.827 0.040 227 G 0.702 0.003 0.001 0.001 0.066 0.010 0.217 228 R 0.916 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.067 229 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 230 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 231 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 232 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 233 A 0.876 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.107 234 F 0.327 0.007 0.004 0.001 0.103 0.013 0.545 235 H 0.042 0.011 0.003 0.002 0.404 0.016 0.522 236 S 0.011 0.008 0.002 0.008 0.383 0.017 0.570 237 L 0.001 0.001 0.094 0.689 0.069 0.126 0.020 238 E 0.001 0.001 0.090 0.787 0.008 0.092 0.023 239 D 0.001 0.001 0.034 0.890 0.013 0.013 0.051 240 R 0.002 0.001 0.005 0.957 0.004 0.008 0.024 241 V 0.004 0.001 0.003 0.955 0.008 0.010 0.019 242 V 0.004 0.001 0.004 0.963 0.004 0.014 0.011 243 K 0.003 0.001 0.004 0.971 0.003 0.016 0.003 244 R 0.003 0.001 0.005 0.957 0.004 0.026 0.005 245 F 0.001 0.001 0.007 0.916 0.005 0.064 0.005 246 L 0.005 0.002 0.010 0.811 0.031 0.100 0.040 247 R 0.010 0.003 0.046 0.626 0.052 0.191 0.072 248 E 0.013 0.002 0.036 0.322 0.223 0.236 0.167 249 S 0.014 0.005 0.048 0.149 0.175 0.235 0.375 250 G 0.031 0.008 0.071 0.087 0.154 0.320 0.331 251 L 0.171 0.023 0.109 0.085 0.111 0.126 0.376 252 K 0.348 0.032 0.069 0.066 0.073 0.037 0.374 253 V 0.495 0.035 0.067 0.069 0.059 0.042 0.233 254 L 0.452 0.025 0.068 0.072 0.064 0.097 0.223 255 T 0.299 0.017 0.038 0.046 0.149 0.135 0.315 256 K 0.150 0.007 0.013 0.016 0.272 0.098 0.444 257 K 0.117 0.010 0.005 0.008 0.315 0.026 0.519 258 P 0.138 0.015 0.003 0.002 0.139 0.016 0.687 259 L 0.297 0.037 0.004 0.003 0.084 0.009 0.566 260 V 0.153 0.050 0.002 0.003 0.062 0.008 0.722 261 P 0.011 0.007 0.001 0.002 0.035 0.006 0.939 262 S 0.003 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.973 263 E 0.001 0.001 0.018 0.947 0.007 0.019 0.008 264 K 0.001 0.001 0.031 0.944 0.005 0.013 0.006 265 E 0.001 0.001 0.047 0.933 0.002 0.013 0.005 266 A 0.001 0.001 0.018 0.968 0.004 0.007 0.002 267 A 0.002 0.001 0.016 0.941 0.004 0.031 0.006 268 Q 0.001 0.001 0.012 0.839 0.014 0.126 0.008 269 N 0.001 0.001 0.010 0.177 0.309 0.067 0.434 270 P 0.001 0.001 0.117 0.195 0.069 0.536 0.081 271 R 0.001 0.001 0.160 0.231 0.066 0.446 0.095 272 A 0.001 0.003 0.147 0.289 0.107 0.131 0.322 273 R 0.005 0.002 0.063 0.534 0.098 0.175 0.123 274 S 0.031 0.006 0.061 0.598 0.061 0.091 0.152 275 A 0.033 0.016 0.031 0.653 0.038 0.026 0.204 276 K 0.054 0.006 0.010 0.832 0.016 0.021 0.061 277 L 0.113 0.005 0.012 0.773 0.014 0.017 0.065 278 R 0.058 0.002 0.017 0.860 0.010 0.023 0.030 279 A 0.059 0.001 0.019 0.851 0.011 0.019 0.039 280 A 0.029 0.002 0.018 0.899 0.012 0.021 0.020 281 E 0.042 0.001 0.016 0.856 0.015 0.051 0.018 282 K 0.029 0.003 0.014 0.735 0.064 0.081 0.074 283 E 0.034 0.009 0.009 0.406 0.238 0.111 0.193 284 A 0.016 0.010 0.002 0.025 0.010 0.089 0.850 285 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999