# TARGET T0268 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.734 0.182 0.060 0.020 0.004 0.001 0.001 2 R 0.716 0.188 0.061 0.028 0.007 0.001 0.001 3 P 0.693 0.221 0.058 0.020 0.006 0.001 0.001 4 M 0.456 0.248 0.153 0.098 0.037 0.008 0.001 5 T 0.498 0.306 0.130 0.049 0.013 0.003 0.001 6 H 0.142 0.196 0.195 0.243 0.166 0.053 0.005 7 V 0.087 0.161 0.207 0.267 0.201 0.072 0.005 8 P 0.185 0.354 0.255 0.145 0.050 0.010 0.001 9 V 0.092 0.237 0.307 0.258 0.088 0.016 0.001 10 L 0.065 0.086 0.081 0.203 0.316 0.220 0.028 11 Y 0.015 0.055 0.104 0.279 0.335 0.187 0.024 12 Q 0.047 0.256 0.337 0.264 0.080 0.015 0.001 13 E 0.015 0.077 0.183 0.326 0.307 0.082 0.009 14 A 0.003 0.007 0.014 0.053 0.217 0.553 0.154 15 L 0.005 0.031 0.095 0.277 0.341 0.225 0.026 16 D 0.044 0.276 0.307 0.218 0.101 0.046 0.009 17 L 0.014 0.053 0.115 0.229 0.302 0.238 0.049 18 L 0.004 0.016 0.045 0.158 0.375 0.363 0.040 19 A 0.044 0.212 0.304 0.279 0.128 0.030 0.002 20 V 0.089 0.185 0.204 0.303 0.182 0.036 0.003 21 R 0.212 0.354 0.266 0.137 0.027 0.003 0.001 22 P 0.458 0.357 0.128 0.046 0.010 0.001 0.001 23 G 0.240 0.502 0.187 0.060 0.011 0.001 0.001 24 G 0.006 0.096 0.263 0.416 0.193 0.025 0.001 25 V 0.001 0.001 0.009 0.068 0.317 0.557 0.047 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.013 0.107 0.569 0.310 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.171 0.817 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 0.924 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 0.918 30 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.158 0.824 31 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.041 0.247 0.703 32 G 0.001 0.005 0.013 0.042 0.117 0.327 0.495 33 G 0.003 0.010 0.022 0.058 0.154 0.331 0.422 34 A 0.006 0.022 0.053 0.102 0.160 0.313 0.343 35 G 0.007 0.022 0.051 0.135 0.237 0.337 0.212 36 H 0.004 0.011 0.030 0.081 0.211 0.382 0.280 37 A 0.002 0.004 0.007 0.023 0.088 0.352 0.525 38 R 0.007 0.031 0.077 0.153 0.251 0.307 0.174 39 G 0.006 0.034 0.089 0.185 0.238 0.325 0.123 40 I 0.010 0.037 0.067 0.150 0.277 0.391 0.069 41 L 0.004 0.018 0.070 0.279 0.441 0.178 0.010 42 E 0.203 0.391 0.264 0.112 0.026 0.003 0.001 43 R 0.359 0.372 0.185 0.074 0.010 0.001 0.001 44 G 0.447 0.472 0.071 0.008 0.001 0.001 0.001 45 G 0.002 0.033 0.140 0.417 0.359 0.047 0.001 46 R 0.001 0.012 0.065 0.252 0.367 0.285 0.018 47 V 0.001 0.001 0.002 0.013 0.103 0.614 0.268 48 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.060 0.407 0.520 49 G 0.001 0.001 0.005 0.021 0.076 0.428 0.469 50 L 0.001 0.002 0.008 0.034 0.122 0.449 0.385 51 D 0.001 0.006 0.016 0.048 0.189 0.520 0.220 52 Q 0.003 0.048 0.149 0.315 0.295 0.157 0.032 53 D 0.006 0.059 0.174 0.258 0.305 0.175 0.022 54 P 0.255 0.389 0.220 0.092 0.032 0.011 0.001 55 E 0.064 0.350 0.353 0.168 0.049 0.013 0.003 56 A 0.003 0.008 0.033 0.161 0.478 0.302 0.014 57 V 0.008 0.095 0.274 0.361 0.217 0.045 0.001 58 A 0.136 0.577 0.204 0.063 0.016 0.004 0.001 59 R 0.012 0.086 0.308 0.394 0.171 0.029 0.001 60 A 0.008 0.024 0.075 0.292 0.431 0.165 0.005 61 K 0.179 0.482 0.237 0.081 0.018 0.003 0.001 62 G 0.427 0.406 0.128 0.033 0.005 0.001 0.001 63 L 0.156 0.329 0.297 0.170 0.042 0.005 0.001 64 H 0.379 0.336 0.181 0.087 0.017 0.001 0.001 65 L 0.584 0.317 0.077 0.019 0.003 0.001 0.001 66 P 0.359 0.354 0.166 0.092 0.026 0.003 0.001 67 G 0.073 0.300 0.321 0.229 0.066 0.012 0.001 68 L 0.005 0.015 0.037 0.144 0.395 0.366 0.038 69 T 0.009 0.073 0.254 0.356 0.230 0.071 0.006 70 V 0.005 0.016 0.036 0.112 0.282 0.461 0.087 71 V 0.006 0.042 0.113 0.272 0.333 0.210 0.024 72 Q 0.018 0.096 0.186 0.291 0.257 0.140 0.012 73 G 0.032 0.153 0.194 0.238 0.211 0.146 0.025 74 N 0.022 0.157 0.215 0.293 0.201 0.098 0.014 75 F 0.004 0.021 0.076 0.226 0.386 0.268 0.019 76 R 0.091 0.411 0.334 0.123 0.031 0.009 0.001 77 H 0.046 0.276 0.312 0.232 0.103 0.027 0.004 78 L 0.003 0.006 0.014 0.074 0.357 0.509 0.037 79 K 0.007 0.079 0.264 0.424 0.197 0.029 0.001 80 R 0.085 0.625 0.225 0.052 0.011 0.002 0.001 81 H 0.008 0.068 0.287 0.429 0.181 0.026 0.001 82 L 0.013 0.034 0.098 0.378 0.397 0.080 0.001 83 A 0.364 0.490 0.121 0.021 0.003 0.001 0.001 84 A 0.688 0.265 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 85 L 0.084 0.210 0.356 0.265 0.078 0.007 0.001 86 G 0.467 0.404 0.105 0.021 0.003 0.001 0.001 87 V 0.082 0.145 0.217 0.340 0.190 0.025 0.001 88 E 0.144 0.334 0.264 0.189 0.062 0.008 0.001 89 R 0.034 0.220 0.313 0.274 0.133 0.025 0.001 90 V 0.001 0.002 0.010 0.065 0.303 0.541 0.079 91 D 0.001 0.008 0.038 0.169 0.377 0.347 0.058 92 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.049 0.340 0.600 93 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.212 0.768 94 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.208 0.744 95 A 0.001 0.002 0.005 0.014 0.044 0.224 0.710 96 D 0.001 0.003 0.006 0.020 0.064 0.293 0.613 97 L 0.001 0.003 0.007 0.020 0.066 0.286 0.616 98 G 0.009 0.022 0.044 0.099 0.195 0.322 0.308 99 V 0.017 0.045 0.087 0.139 0.210 0.304 0.198 100 S 0.026 0.059 0.094 0.187 0.222 0.264 0.147 101 S 0.033 0.068 0.112 0.174 0.241 0.260 0.112 102 F 0.063 0.097 0.128 0.186 0.218 0.209 0.099 103 H 0.080 0.145 0.167 0.240 0.222 0.119 0.026 104 L 0.059 0.088 0.127 0.216 0.297 0.180 0.033 105 D 0.129 0.232 0.261 0.236 0.100 0.034 0.007 106 D 0.383 0.292 0.161 0.096 0.045 0.019 0.004 107 P 0.350 0.262 0.179 0.125 0.056 0.022 0.005 108 S 0.352 0.253 0.146 0.116 0.084 0.040 0.010 109 R 0.192 0.226 0.209 0.178 0.121 0.061 0.014 110 G 0.271 0.211 0.155 0.153 0.109 0.077 0.025 111 F 0.214 0.168 0.166 0.187 0.140 0.095 0.029 112 S 0.229 0.176 0.143 0.160 0.163 0.105 0.024 113 Y 0.186 0.132 0.124 0.183 0.204 0.138 0.033 114 Q 0.259 0.238 0.198 0.178 0.087 0.033 0.008 115 K 0.332 0.279 0.185 0.124 0.055 0.020 0.005 116 E 0.324 0.253 0.156 0.134 0.088 0.037 0.008 117 G 0.156 0.184 0.202 0.206 0.145 0.087 0.021 118 P 0.147 0.119 0.155 0.216 0.191 0.140 0.032 119 L 0.094 0.101 0.143 0.206 0.220 0.190 0.047 120 D 0.035 0.043 0.080 0.159 0.287 0.327 0.069 121 M 0.040 0.048 0.090 0.163 0.295 0.300 0.064 122 R 0.062 0.120 0.193 0.265 0.230 0.113 0.017 123 M 0.205 0.251 0.259 0.181 0.080 0.022 0.001 124 G 0.357 0.252 0.196 0.145 0.044 0.006 0.001 125 L 0.656 0.209 0.088 0.036 0.009 0.002 0.001 126 E 0.876 0.102 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 127 G 0.801 0.149 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 128 P 0.456 0.255 0.171 0.086 0.028 0.004 0.001 129 T 0.291 0.411 0.200 0.078 0.017 0.002 0.001 130 A 0.094 0.161 0.203 0.281 0.202 0.056 0.004 131 K 0.155 0.357 0.271 0.158 0.050 0.009 0.001 132 E 0.212 0.350 0.239 0.147 0.043 0.009 0.001 133 V 0.126 0.165 0.198 0.267 0.182 0.059 0.003 134 V 0.127 0.133 0.172 0.259 0.214 0.090 0.006 135 N 0.177 0.310 0.222 0.190 0.080 0.020 0.001 136 R 0.129 0.352 0.289 0.165 0.055 0.009 0.001 137 L 0.030 0.102 0.229 0.360 0.215 0.058 0.005 138 P 0.305 0.488 0.153 0.042 0.009 0.002 0.001 139 L 0.080 0.233 0.302 0.262 0.107 0.015 0.001 140 E 0.411 0.419 0.135 0.029 0.005 0.001 0.001 141 A 0.059 0.281 0.341 0.225 0.078 0.014 0.002 142 L 0.005 0.017 0.054 0.192 0.447 0.268 0.016 143 A 0.034 0.206 0.322 0.280 0.130 0.026 0.001 144 R 0.147 0.432 0.261 0.124 0.030 0.006 0.001 145 L 0.028 0.061 0.141 0.310 0.321 0.134 0.005 146 L 0.046 0.046 0.080 0.223 0.378 0.212 0.014 147 R 0.202 0.374 0.254 0.128 0.035 0.007 0.001 148 E 0.287 0.383 0.223 0.083 0.020 0.003 0.001 149 L 0.114 0.188 0.222 0.239 0.166 0.063 0.008 150 G 0.226 0.287 0.222 0.153 0.079 0.029 0.004 151 E 0.377 0.245 0.157 0.138 0.064 0.017 0.002 152 E 0.336 0.261 0.163 0.130 0.079 0.028 0.003 153 P 0.268 0.246 0.189 0.157 0.098 0.036 0.005 154 Q 0.118 0.153 0.163 0.224 0.196 0.120 0.025 155 A 0.041 0.073 0.108 0.193 0.249 0.265 0.071 156 Y 0.061 0.180 0.254 0.261 0.166 0.068 0.010 157 R 0.035 0.134 0.221 0.266 0.217 0.111 0.015 158 I 0.005 0.012 0.023 0.084 0.276 0.516 0.085 159 A 0.003 0.012 0.039 0.152 0.365 0.388 0.040 160 R 0.027 0.213 0.374 0.266 0.094 0.025 0.001 161 A 0.012 0.050 0.158 0.349 0.329 0.097 0.004 162 I 0.005 0.006 0.008 0.044 0.251 0.617 0.069 163 V 0.012 0.076 0.241 0.431 0.201 0.037 0.002 164 A 0.170 0.559 0.215 0.048 0.008 0.001 0.001 165 A 0.064 0.196 0.310 0.313 0.104 0.012 0.001 166 R 0.050 0.109 0.216 0.381 0.214 0.029 0.001 167 E 0.571 0.336 0.074 0.016 0.002 0.001 0.001 168 K 0.653 0.282 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 169 A 0.333 0.363 0.220 0.073 0.010 0.001 0.001 170 P 0.383 0.365 0.162 0.066 0.020 0.003 0.001 171 I 0.053 0.098 0.176 0.354 0.266 0.051 0.002 172 E 0.102 0.302 0.293 0.200 0.085 0.018 0.001 173 T 0.024 0.101 0.197 0.324 0.257 0.091 0.006 174 T 0.005 0.030 0.064 0.159 0.368 0.335 0.039 175 T 0.029 0.174 0.287 0.313 0.147 0.045 0.004 176 Q 0.012 0.128 0.283 0.361 0.162 0.047 0.006 177 L 0.001 0.003 0.005 0.024 0.165 0.655 0.149 178 A 0.001 0.006 0.032 0.173 0.395 0.361 0.032 179 E 0.005 0.167 0.400 0.320 0.093 0.014 0.001 180 I 0.001 0.006 0.055 0.315 0.461 0.158 0.004 181 V 0.001 0.003 0.004 0.029 0.249 0.637 0.077 182 R 0.017 0.137 0.330 0.353 0.131 0.029 0.002 183 K 0.069 0.370 0.359 0.160 0.036 0.006 0.001 184 A 0.009 0.053 0.158 0.347 0.351 0.080 0.002 185 V 0.038 0.172 0.282 0.317 0.168 0.022 0.001 186 G 0.321 0.346 0.219 0.092 0.020 0.003 0.001 187 F 0.542 0.320 0.096 0.035 0.006 0.001 0.001 188 R 0.599 0.273 0.095 0.028 0.005 0.001 0.001 189 R 0.715 0.190 0.067 0.023 0.004 0.001 0.001 190 A 0.749 0.192 0.044 0.013 0.002 0.001 0.001 191 G 0.387 0.320 0.164 0.092 0.032 0.004 0.001 192 H 0.166 0.224 0.253 0.222 0.113 0.020 0.001 193 P 0.185 0.255 0.250 0.211 0.078 0.020 0.002 194 A 0.069 0.098 0.119 0.237 0.291 0.166 0.020 195 R 0.089 0.196 0.235 0.226 0.180 0.066 0.008 196 K 0.083 0.167 0.175 0.238 0.199 0.118 0.021 197 T 0.043 0.069 0.088 0.156 0.225 0.322 0.097 198 F 0.043 0.062 0.095 0.193 0.267 0.268 0.073 199 Q 0.107 0.160 0.163 0.197 0.212 0.135 0.027 200 A 0.084 0.122 0.143 0.203 0.229 0.177 0.042 201 L 0.036 0.032 0.044 0.116 0.191 0.373 0.207 202 R 0.056 0.100 0.111 0.205 0.241 0.213 0.074 203 I 0.200 0.200 0.188 0.161 0.142 0.088 0.020 204 Y 0.148 0.149 0.157 0.230 0.187 0.111 0.018 205 V 0.150 0.122 0.114 0.175 0.219 0.200 0.020 206 N 0.316 0.259 0.219 0.139 0.053 0.013 0.001 207 D 0.373 0.365 0.163 0.071 0.022 0.005 0.001 208 E 0.145 0.178 0.207 0.283 0.146 0.040 0.002 209 L 0.052 0.137 0.235 0.325 0.211 0.037 0.001 210 N 0.276 0.461 0.201 0.054 0.008 0.001 0.001 211 A 0.100 0.265 0.286 0.245 0.091 0.012 0.001 212 L 0.012 0.027 0.047 0.138 0.405 0.353 0.017 213 K 0.028 0.201 0.381 0.309 0.073 0.008 0.001 214 E 0.065 0.437 0.354 0.120 0.021 0.002 0.001 215 F 0.009 0.023 0.049 0.192 0.436 0.275 0.016 216 L 0.004 0.023 0.062 0.259 0.475 0.173 0.005 217 E 0.029 0.416 0.416 0.128 0.011 0.001 0.001 218 Q 0.053 0.206 0.386 0.283 0.067 0.004 0.001 219 A 0.002 0.008 0.013 0.076 0.363 0.502 0.036 220 A 0.009 0.083 0.251 0.436 0.190 0.030 0.001 221 E 0.146 0.516 0.244 0.078 0.013 0.002 0.001 222 V 0.041 0.166 0.203 0.259 0.212 0.107 0.012 223 L 0.006 0.019 0.060 0.213 0.484 0.209 0.008 224 A 0.056 0.239 0.348 0.257 0.085 0.013 0.001 225 P 0.127 0.283 0.238 0.248 0.088 0.015 0.001 226 G 0.061 0.374 0.329 0.175 0.051 0.009 0.001 227 G 0.002 0.025 0.086 0.262 0.433 0.182 0.009 228 R 0.001 0.007 0.033 0.150 0.371 0.369 0.071 229 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.367 0.578 230 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.174 0.807 231 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.114 0.876 232 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.210 0.748 233 A 0.001 0.003 0.007 0.025 0.066 0.256 0.642 234 F 0.001 0.007 0.017 0.049 0.102 0.315 0.509 235 H 0.009 0.018 0.031 0.081 0.223 0.397 0.241 236 S 0.019 0.048 0.073 0.140 0.291 0.293 0.135 237 L 0.019 0.039 0.081 0.158 0.193 0.326 0.185 238 E 0.034 0.070 0.093 0.167 0.252 0.294 0.090 239 D 0.022 0.068 0.134 0.217 0.247 0.245 0.068 240 R 0.053 0.112 0.211 0.247 0.208 0.138 0.031 241 V 0.026 0.064 0.107 0.191 0.293 0.245 0.074 242 V 0.024 0.030 0.050 0.138 0.293 0.379 0.086 243 K 0.030 0.120 0.234 0.319 0.214 0.074 0.009 244 R 0.158 0.335 0.250 0.146 0.078 0.030 0.003 245 F 0.035 0.100 0.218 0.334 0.242 0.070 0.002 246 L 0.067 0.080 0.131 0.325 0.324 0.073 0.001 247 R 0.477 0.377 0.111 0.030 0.004 0.001 0.001 248 E 0.708 0.232 0.049 0.009 0.001 0.001 0.001 249 S 0.627 0.226 0.098 0.040 0.008 0.001 0.001 250 G 0.695 0.226 0.060 0.015 0.003 0.001 0.001 251 L 0.271 0.214 0.216 0.218 0.073 0.007 0.001 252 K 0.372 0.373 0.170 0.064 0.019 0.003 0.001 253 V 0.204 0.287 0.247 0.182 0.068 0.012 0.001 254 L 0.127 0.137 0.204 0.297 0.188 0.045 0.002 255 T 0.378 0.277 0.179 0.115 0.041 0.008 0.001 256 K 0.519 0.268 0.127 0.063 0.020 0.003 0.001 257 K 0.430 0.279 0.150 0.094 0.038 0.009 0.001 258 P 0.446 0.269 0.163 0.084 0.030 0.008 0.001 259 L 0.399 0.264 0.146 0.125 0.054 0.012 0.001 260 V 0.448 0.316 0.158 0.059 0.016 0.003 0.001 261 P 0.374 0.234 0.193 0.142 0.050 0.005 0.001 262 S 0.634 0.254 0.076 0.029 0.007 0.001 0.001 263 E 0.870 0.111 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 264 K 0.860 0.124 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 265 E 0.653 0.213 0.084 0.042 0.008 0.001 0.001 266 A 0.584 0.257 0.115 0.038 0.005 0.001 0.001 267 A 0.764 0.198 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 268 Q 0.733 0.208 0.047 0.011 0.001 0.001 0.001 269 N 0.328 0.197 0.178 0.177 0.100 0.019 0.001 270 P 0.509 0.286 0.132 0.056 0.014 0.002 0.001 271 R 0.501 0.278 0.133 0.063 0.020 0.004 0.001 272 A 0.363 0.194 0.137 0.147 0.099 0.052 0.008 273 R 0.476 0.195 0.123 0.111 0.067 0.024 0.004 274 S 0.642 0.211 0.094 0.038 0.012 0.003 0.001 275 A 0.591 0.161 0.089 0.087 0.050 0.019 0.003 276 K 0.489 0.158 0.114 0.112 0.074 0.045 0.007 277 L 0.605 0.159 0.096 0.076 0.042 0.019 0.003 278 R 0.565 0.206 0.113 0.071 0.036 0.009 0.001 279 A 0.525 0.158 0.099 0.094 0.085 0.036 0.003 280 A 0.613 0.153 0.096 0.087 0.038 0.012 0.001 281 E 0.679 0.207 0.076 0.029 0.007 0.001 0.001 282 K 0.771 0.151 0.050 0.019 0.007 0.001 0.001 283 E 0.802 0.118 0.047 0.024 0.008 0.002 0.001 284 A 0.880 0.082 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 285 P 0.901 0.081 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001