# TARGET T0268 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.1622 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.005 0.002 0.008 0.076 0.897 2 R 0.030 0.016 0.003 0.021 0.110 0.819 3 P 0.034 0.026 0.011 0.041 0.147 0.741 4 M 0.069 0.036 0.043 0.116 0.253 0.482 5 T 0.082 0.019 0.046 0.221 0.311 0.321 6 H 0.066 0.010 0.036 0.358 0.214 0.316 7 V 0.045 0.007 0.020 0.654 0.101 0.172 8 P 0.012 0.001 0.027 0.888 0.038 0.033 9 V 0.022 0.004 0.051 0.867 0.031 0.027 10 L 0.013 0.003 0.025 0.930 0.014 0.014 11 Y 0.008 0.001 0.010 0.955 0.011 0.015 12 Q 0.006 0.001 0.012 0.960 0.013 0.010 13 E 0.011 0.001 0.014 0.944 0.022 0.009 14 A 0.010 0.001 0.011 0.942 0.023 0.013 15 L 0.018 0.002 0.038 0.868 0.053 0.021 16 D 0.021 0.001 0.055 0.840 0.045 0.038 17 L 0.037 0.002 0.124 0.658 0.069 0.110 18 L 0.102 0.010 0.080 0.427 0.129 0.252 19 A 0.263 0.013 0.054 0.139 0.185 0.347 20 V 0.208 0.060 0.010 0.029 0.134 0.559 21 R 0.143 0.035 0.013 0.012 0.724 0.073 22 P 0.062 0.007 0.006 0.005 0.870 0.051 23 G 0.016 0.002 0.004 0.002 0.920 0.057 24 G 0.573 0.016 0.001 0.001 0.362 0.047 25 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 26 Y 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 27 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 D 0.932 0.002 0.001 0.001 0.016 0.048 29 A 0.482 0.009 0.005 0.002 0.173 0.329 30 T 0.192 0.024 0.038 0.004 0.442 0.300 31 L 0.104 0.017 0.125 0.010 0.538 0.206 32 G 0.052 0.022 0.113 0.018 0.594 0.200 33 G 0.068 0.041 0.062 0.035 0.541 0.253 34 A 0.058 0.029 0.020 0.055 0.505 0.333 35 G 0.036 0.032 0.013 0.073 0.479 0.368 36 H 0.041 0.021 0.051 0.344 0.354 0.190 37 A 0.033 0.009 0.054 0.665 0.160 0.079 38 R 0.031 0.003 0.079 0.660 0.162 0.065 39 G 0.085 0.010 0.075 0.622 0.116 0.092 40 I 0.104 0.021 0.054 0.705 0.066 0.050 41 L 0.087 0.009 0.069 0.686 0.092 0.057 42 E 0.118 0.011 0.103 0.466 0.200 0.102 43 R 0.099 0.011 0.076 0.222 0.394 0.197 44 G 0.062 0.003 0.011 0.011 0.436 0.477 45 G 0.314 0.004 0.001 0.001 0.135 0.547 46 R 0.920 0.003 0.001 0.001 0.011 0.065 47 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 48 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 49 G 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 50 L 0.865 0.002 0.003 0.004 0.044 0.081 51 D 0.401 0.007 0.012 0.008 0.205 0.368 52 Q 0.082 0.014 0.012 0.019 0.289 0.583 53 D 0.020 0.008 0.011 0.037 0.238 0.687 54 P 0.001 0.001 0.089 0.838 0.053 0.019 55 E 0.002 0.001 0.043 0.922 0.026 0.006 56 A 0.002 0.001 0.041 0.937 0.017 0.002 57 V 0.003 0.001 0.015 0.964 0.011 0.006 58 A 0.005 0.001 0.020 0.944 0.021 0.009 59 R 0.008 0.001 0.020 0.918 0.033 0.020 60 A 0.008 0.003 0.019 0.880 0.043 0.046 61 K 0.009 0.003 0.052 0.732 0.093 0.111 62 G 0.018 0.004 0.111 0.447 0.205 0.216 63 L 0.043 0.012 0.088 0.379 0.217 0.260 64 H 0.041 0.020 0.031 0.247 0.230 0.431 65 L 0.022 0.009 0.014 0.043 0.680 0.233 66 P 0.011 0.002 0.022 0.023 0.802 0.140 67 G 0.036 0.002 0.014 0.012 0.779 0.156 68 L 0.620 0.017 0.006 0.009 0.242 0.106 69 T 0.897 0.006 0.001 0.007 0.022 0.067 70 V 0.959 0.004 0.001 0.004 0.011 0.021 71 V 0.896 0.006 0.001 0.007 0.024 0.066 72 Q 0.558 0.007 0.004 0.012 0.165 0.254 73 G 0.106 0.006 0.010 0.019 0.417 0.442 74 N 0.025 0.008 0.045 0.082 0.402 0.439 75 F 0.009 0.005 0.150 0.577 0.201 0.058 76 R 0.007 0.002 0.138 0.671 0.136 0.046 77 H 0.004 0.002 0.132 0.774 0.066 0.023 78 L 0.004 0.003 0.041 0.909 0.021 0.023 79 K 0.002 0.001 0.014 0.966 0.008 0.010 80 R 0.001 0.001 0.009 0.975 0.009 0.006 81 H 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.003 82 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 83 A 0.001 0.001 0.012 0.975 0.006 0.006 84 A 0.001 0.001 0.018 0.967 0.006 0.009 85 L 0.001 0.001 0.019 0.928 0.011 0.041 86 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.942 87 V 0.015 0.012 0.018 0.013 0.159 0.783 88 E 0.065 0.014 0.037 0.010 0.274 0.600 89 R 0.122 0.027 0.108 0.019 0.305 0.418 90 V 0.145 0.010 0.026 0.008 0.306 0.505 91 D 0.242 0.003 0.013 0.004 0.235 0.503 92 G 0.821 0.011 0.003 0.003 0.047 0.114 93 I 0.950 0.007 0.001 0.003 0.013 0.027 94 L 0.974 0.002 0.001 0.003 0.005 0.015 95 A 0.935 0.005 0.001 0.005 0.006 0.048 96 D 0.770 0.010 0.004 0.010 0.110 0.096 97 L 0.320 0.009 0.006 0.014 0.377 0.275 98 G 0.043 0.004 0.003 0.002 0.505 0.443 99 V 0.220 0.062 0.004 0.004 0.446 0.265 100 S 0.146 0.039 0.007 0.007 0.222 0.579 101 S 0.135 0.019 0.151 0.035 0.402 0.257 102 F 0.176 0.009 0.252 0.047 0.321 0.195 103 H 0.334 0.026 0.226 0.062 0.233 0.119 104 L 0.327 0.046 0.045 0.048 0.268 0.266 105 D 0.220 0.053 0.020 0.028 0.329 0.350 106 D 0.068 0.022 0.024 0.010 0.620 0.256 107 P 0.020 0.008 0.276 0.021 0.591 0.084 108 S 0.029 0.011 0.288 0.019 0.571 0.083 109 R 0.037 0.012 0.192 0.040 0.596 0.123 110 G 0.068 0.017 0.024 0.029 0.320 0.542 111 F 0.249 0.066 0.026 0.064 0.172 0.422 112 S 0.384 0.073 0.038 0.092 0.147 0.266 113 Y 0.386 0.037 0.070 0.105 0.197 0.205 114 Q 0.318 0.026 0.102 0.070 0.307 0.176 115 K 0.229 0.021 0.068 0.062 0.409 0.210 116 E 0.090 0.015 0.049 0.063 0.509 0.273 117 G 0.050 0.011 0.018 0.014 0.520 0.386 118 P 0.045 0.019 0.088 0.020 0.431 0.397 119 L 0.068 0.049 0.162 0.042 0.375 0.304 120 D 0.059 0.030 0.238 0.046 0.390 0.235 121 M 0.084 0.029 0.170 0.061 0.335 0.322 122 R 0.152 0.038 0.086 0.044 0.314 0.365 123 M 0.121 0.069 0.042 0.036 0.328 0.406 124 G 0.027 0.026 0.009 0.014 0.778 0.146 125 L 0.005 0.009 0.015 0.018 0.884 0.069 126 E 0.003 0.004 0.012 0.017 0.886 0.077 127 G 0.011 0.012 0.011 0.023 0.808 0.135 128 P 0.048 0.047 0.019 0.105 0.313 0.467 129 T 0.123 0.099 0.018 0.253 0.084 0.422 130 A 0.025 0.002 0.035 0.910 0.015 0.014 131 K 0.039 0.001 0.035 0.887 0.023 0.014 132 E 0.048 0.001 0.042 0.875 0.026 0.008 133 V 0.035 0.002 0.011 0.920 0.020 0.012 134 V 0.026 0.002 0.016 0.896 0.044 0.017 135 N 0.034 0.003 0.016 0.715 0.133 0.100 136 R 0.033 0.006 0.016 0.272 0.259 0.414 137 L 0.024 0.027 0.002 0.035 0.173 0.740 138 P 0.014 0.007 0.001 0.017 0.054 0.907 139 L 0.001 0.001 0.017 0.972 0.005 0.005 140 E 0.001 0.001 0.013 0.982 0.003 0.001 141 A 0.001 0.001 0.013 0.985 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 145 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 R 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 148 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 149 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.004 0.015 150 G 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.962 151 E 0.004 0.009 0.015 0.114 0.114 0.744 152 E 0.018 0.010 0.032 0.136 0.219 0.585 153 P 0.008 0.006 0.073 0.436 0.169 0.308 154 Q 0.003 0.002 0.056 0.830 0.040 0.069 155 A 0.002 0.001 0.007 0.973 0.007 0.010 156 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 157 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 158 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 165 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.010 166 R 0.002 0.001 0.011 0.905 0.031 0.051 167 E 0.004 0.003 0.014 0.788 0.094 0.098 168 K 0.007 0.004 0.009 0.619 0.139 0.223 169 A 0.009 0.004 0.003 0.107 0.195 0.682 170 P 0.011 0.003 0.011 0.123 0.179 0.672 171 I 0.074 0.011 0.026 0.398 0.155 0.336 172 E 0.096 0.010 0.022 0.648 0.070 0.155 173 T 0.073 0.006 0.016 0.750 0.040 0.115 174 T 0.037 0.003 0.008 0.813 0.025 0.115 175 T 0.005 0.001 0.004 0.978 0.005 0.008 176 Q 0.005 0.001 0.005 0.978 0.006 0.007 177 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 178 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 181 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 182 R 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 183 K 0.001 0.001 0.008 0.975 0.008 0.009 184 A 0.002 0.001 0.015 0.854 0.029 0.098 185 V 0.017 0.011 0.034 0.432 0.190 0.316 186 G 0.030 0.005 0.045 0.243 0.327 0.349 187 F 0.058 0.008 0.063 0.173 0.319 0.378 188 R 0.081 0.031 0.055 0.194 0.273 0.366 189 R 0.053 0.022 0.049 0.195 0.297 0.384 190 A 0.027 0.009 0.019 0.228 0.295 0.423 191 G 0.021 0.012 0.004 0.050 0.206 0.707 192 H 0.024 0.019 0.003 0.103 0.173 0.678 193 P 0.009 0.008 0.016 0.651 0.087 0.230 194 A 0.007 0.003 0.023 0.880 0.037 0.050 195 R 0.016 0.003 0.038 0.853 0.038 0.051 196 K 0.018 0.002 0.023 0.903 0.022 0.032 197 T 0.017 0.002 0.011 0.946 0.012 0.013 198 F 0.011 0.001 0.013 0.959 0.011 0.006 199 Q 0.008 0.001 0.009 0.971 0.008 0.004 200 A 0.003 0.001 0.003 0.990 0.003 0.001 201 L 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 202 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 203 I 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 204 Y 0.004 0.001 0.004 0.987 0.003 0.003 205 V 0.003 0.001 0.004 0.983 0.003 0.006 206 N 0.002 0.001 0.014 0.941 0.016 0.026 207 D 0.001 0.001 0.022 0.962 0.009 0.006 208 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.005 209 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.009 0.005 210 N 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 211 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.005 212 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 213 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 214 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 215 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 216 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 217 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 218 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 219 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.007 0.013 220 A 0.001 0.001 0.034 0.921 0.026 0.018 221 E 0.002 0.001 0.046 0.886 0.041 0.024 222 V 0.006 0.002 0.051 0.786 0.061 0.094 223 L 0.018 0.012 0.042 0.477 0.135 0.315 224 A 0.023 0.010 0.031 0.057 0.770 0.109 225 P 0.012 0.002 0.029 0.024 0.886 0.048 226 G 0.011 0.002 0.017 0.005 0.898 0.068 227 G 0.245 0.017 0.005 0.001 0.642 0.089 228 R 0.779 0.005 0.001 0.001 0.043 0.173 229 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 230 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 231 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 232 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 233 A 0.875 0.001 0.001 0.001 0.021 0.102 234 F 0.437 0.003 0.001 0.002 0.072 0.484 235 H 0.109 0.012 0.002 0.003 0.120 0.754 236 S 0.025 0.009 0.002 0.027 0.090 0.847 237 L 0.001 0.001 0.023 0.968 0.005 0.004 238 E 0.001 0.001 0.017 0.976 0.004 0.002 239 D 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 240 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 241 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 242 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 243 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 244 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 245 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 246 L 0.002 0.001 0.007 0.934 0.013 0.043 247 R 0.004 0.003 0.011 0.872 0.031 0.079 248 E 0.010 0.004 0.020 0.652 0.151 0.162 249 S 0.007 0.002 0.039 0.361 0.329 0.263 250 G 0.015 0.002 0.021 0.028 0.402 0.532 251 L 0.246 0.018 0.021 0.025 0.280 0.411 252 K 0.646 0.010 0.011 0.018 0.079 0.236 253 V 0.866 0.009 0.008 0.014 0.034 0.069 254 L 0.852 0.009 0.006 0.012 0.034 0.088 255 T 0.715 0.008 0.006 0.014 0.063 0.194 256 K 0.384 0.009 0.007 0.013 0.151 0.437 257 K 0.155 0.008 0.006 0.005 0.174 0.652 258 P 0.156 0.016 0.011 0.006 0.205 0.606 259 L 0.115 0.063 0.013 0.009 0.173 0.627 260 V 0.036 0.019 0.004 0.004 0.201 0.736 261 P 0.013 0.019 0.010 0.033 0.154 0.772 262 S 0.010 0.006 0.010 0.132 0.151 0.690 263 E 0.001 0.001 0.029 0.956 0.012 0.003 264 K 0.001 0.001 0.043 0.936 0.016 0.004 265 E 0.001 0.001 0.050 0.932 0.013 0.003 266 A 0.001 0.001 0.035 0.934 0.025 0.004 267 A 0.001 0.001 0.019 0.922 0.040 0.016 268 Q 0.001 0.002 0.017 0.837 0.073 0.071 269 N 0.005 0.009 0.013 0.215 0.419 0.338 270 P 0.003 0.003 0.161 0.442 0.217 0.173 271 R 0.012 0.003 0.316 0.449 0.160 0.060 272 A 0.014 0.004 0.218 0.580 0.117 0.066 273 R 0.029 0.005 0.083 0.703 0.084 0.097 274 S 0.082 0.008 0.031 0.638 0.113 0.128 275 A 0.141 0.005 0.039 0.658 0.106 0.051 276 K 0.261 0.005 0.037 0.570 0.078 0.048 277 L 0.325 0.004 0.038 0.541 0.061 0.031 278 R 0.275 0.002 0.031 0.604 0.042 0.047 279 A 0.201 0.002 0.026 0.689 0.024 0.057 280 A 0.176 0.002 0.015 0.734 0.017 0.056 281 E 0.287 0.004 0.027 0.539 0.029 0.114 282 K 0.332 0.016 0.010 0.349 0.045 0.249 283 E 0.080 0.010 0.003 0.091 0.054 0.762 284 A 0.007 0.002 0.001 0.003 0.029 0.958 285 P 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 0.963