# TARGET T0268 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.1622 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.001 0.004 0.010 0.005 0.968 2 R 0.048 0.034 0.006 0.013 0.029 0.011 0.859 3 P 0.076 0.024 0.041 0.034 0.109 0.051 0.666 4 M 0.068 0.011 0.175 0.048 0.104 0.150 0.443 5 T 0.101 0.029 0.101 0.081 0.150 0.191 0.347 6 H 0.080 0.027 0.062 0.154 0.252 0.102 0.323 7 V 0.074 0.007 0.020 0.378 0.216 0.033 0.271 8 P 0.077 0.008 0.024 0.600 0.048 0.040 0.204 9 V 0.178 0.026 0.024 0.603 0.055 0.036 0.078 10 L 0.172 0.022 0.019 0.645 0.033 0.033 0.075 11 Y 0.059 0.004 0.034 0.808 0.013 0.045 0.037 12 Q 0.017 0.001 0.046 0.877 0.010 0.036 0.013 13 E 0.029 0.003 0.082 0.800 0.019 0.041 0.027 14 A 0.038 0.009 0.102 0.739 0.014 0.067 0.031 15 L 0.055 0.010 0.203 0.621 0.021 0.046 0.045 16 D 0.075 0.004 0.192 0.569 0.030 0.085 0.045 17 L 0.039 0.003 0.181 0.583 0.019 0.142 0.032 18 L 0.152 0.009 0.067 0.396 0.129 0.136 0.111 19 A 0.393 0.028 0.021 0.153 0.091 0.073 0.242 20 V 0.378 0.094 0.005 0.040 0.061 0.030 0.392 21 R 0.086 0.011 0.002 0.001 0.047 0.012 0.840 22 P 0.012 0.002 0.019 0.003 0.089 0.832 0.042 23 G 0.008 0.001 0.013 0.001 0.143 0.803 0.032 24 G 0.180 0.004 0.013 0.002 0.327 0.059 0.415 25 V 0.860 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.117 26 Y 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 27 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 D 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 29 A 0.774 0.002 0.007 0.002 0.045 0.014 0.155 30 T 0.460 0.016 0.013 0.005 0.144 0.037 0.325 31 L 0.239 0.030 0.019 0.011 0.247 0.056 0.399 32 G 0.075 0.019 0.025 0.018 0.383 0.176 0.303 33 G 0.039 0.014 0.056 0.101 0.268 0.238 0.284 34 A 0.022 0.014 0.073 0.333 0.205 0.200 0.154 35 G 0.011 0.011 0.058 0.527 0.108 0.184 0.100 36 H 0.014 0.008 0.032 0.668 0.094 0.088 0.096 37 A 0.013 0.005 0.025 0.846 0.019 0.032 0.060 38 R 0.008 0.001 0.050 0.895 0.006 0.026 0.013 39 G 0.025 0.001 0.095 0.799 0.013 0.049 0.017 40 I 0.056 0.007 0.135 0.701 0.015 0.066 0.019 41 L 0.069 0.009 0.114 0.611 0.038 0.117 0.044 42 E 0.085 0.005 0.081 0.438 0.058 0.218 0.115 43 R 0.051 0.007 0.063 0.122 0.162 0.493 0.102 44 G 0.037 0.002 0.015 0.005 0.154 0.531 0.256 45 G 0.167 0.004 0.005 0.001 0.214 0.102 0.508 46 R 0.872 0.007 0.001 0.001 0.016 0.004 0.100 47 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 48 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 49 G 0.967 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.023 50 L 0.795 0.002 0.005 0.002 0.036 0.007 0.152 51 D 0.215 0.009 0.011 0.005 0.145 0.047 0.568 52 Q 0.026 0.010 0.006 0.011 0.461 0.070 0.417 53 D 0.004 0.006 0.001 0.014 0.380 0.003 0.593 54 P 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.021 0.003 55 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.010 0.001 56 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.005 0.003 57 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.002 58 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 59 R 0.001 0.001 0.003 0.962 0.001 0.028 0.005 60 A 0.001 0.001 0.009 0.945 0.005 0.029 0.010 61 K 0.002 0.003 0.032 0.840 0.008 0.108 0.007 62 G 0.002 0.001 0.057 0.644 0.012 0.266 0.019 63 L 0.005 0.005 0.048 0.485 0.079 0.253 0.125 64 H 0.008 0.010 0.040 0.214 0.157 0.249 0.321 65 L 0.018 0.007 0.034 0.019 0.395 0.053 0.474 66 P 0.017 0.002 0.052 0.018 0.248 0.536 0.126 67 G 0.094 0.004 0.045 0.009 0.134 0.589 0.124 68 L 0.642 0.019 0.004 0.013 0.013 0.004 0.304 69 T 0.921 0.009 0.001 0.007 0.005 0.001 0.056 70 V 0.937 0.007 0.004 0.008 0.007 0.002 0.035 71 V 0.841 0.011 0.005 0.022 0.019 0.012 0.090 72 Q 0.481 0.013 0.015 0.021 0.157 0.034 0.280 73 G 0.106 0.014 0.023 0.016 0.547 0.117 0.178 74 N 0.091 0.017 0.029 0.048 0.353 0.145 0.317 75 F 0.025 0.010 0.147 0.583 0.039 0.059 0.136 76 R 0.004 0.002 0.111 0.803 0.012 0.058 0.011 77 H 0.002 0.001 0.116 0.823 0.003 0.044 0.011 78 L 0.002 0.001 0.073 0.879 0.003 0.016 0.026 79 K 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.008 0.003 80 R 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.010 0.002 81 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.005 0.003 82 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 83 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.014 0.001 84 A 0.001 0.001 0.010 0.919 0.003 0.065 0.002 85 L 0.001 0.001 0.018 0.356 0.009 0.608 0.008 86 G 0.001 0.001 0.006 0.027 0.015 0.904 0.046 87 V 0.008 0.004 0.009 0.009 0.048 0.020 0.903 88 E 0.094 0.012 0.041 0.027 0.233 0.051 0.541 89 R 0.327 0.027 0.059 0.030 0.129 0.088 0.339 90 V 0.539 0.008 0.011 0.005 0.026 0.006 0.405 91 D 0.628 0.002 0.005 0.004 0.233 0.010 0.118 92 G 0.979 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 93 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 94 L 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 95 A 0.930 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.059 96 D 0.606 0.007 0.004 0.003 0.039 0.011 0.330 97 L 0.168 0.013 0.041 0.019 0.234 0.169 0.356 98 G 0.042 0.011 0.055 0.008 0.251 0.283 0.350 99 V 0.057 0.023 0.037 0.015 0.212 0.116 0.540 100 S 0.061 0.025 0.021 0.018 0.272 0.058 0.545 101 S 0.074 0.018 0.085 0.087 0.239 0.101 0.395 102 F 0.090 0.012 0.092 0.082 0.134 0.133 0.458 103 H 0.209 0.061 0.093 0.107 0.098 0.105 0.328 104 L 0.245 0.091 0.032 0.052 0.115 0.072 0.393 105 D 0.136 0.045 0.019 0.033 0.138 0.198 0.431 106 D 0.063 0.027 0.011 0.008 0.296 0.059 0.536 107 P 0.018 0.005 0.080 0.034 0.108 0.657 0.098 108 S 0.027 0.014 0.108 0.025 0.117 0.612 0.096 109 R 0.120 0.034 0.113 0.030 0.222 0.197 0.285 110 G 0.286 0.035 0.037 0.033 0.103 0.090 0.417 111 F 0.493 0.045 0.035 0.051 0.070 0.050 0.257 112 S 0.519 0.064 0.039 0.080 0.076 0.051 0.171 113 Y 0.412 0.025 0.057 0.124 0.054 0.108 0.219 114 Q 0.367 0.021 0.081 0.080 0.078 0.128 0.244 115 K 0.225 0.023 0.049 0.060 0.152 0.341 0.150 116 E 0.085 0.009 0.025 0.030 0.290 0.412 0.148 117 G 0.086 0.010 0.005 0.013 0.490 0.031 0.365 118 P 0.173 0.031 0.035 0.045 0.093 0.093 0.531 119 L 0.353 0.034 0.089 0.062 0.114 0.108 0.241 120 D 0.434 0.027 0.100 0.058 0.077 0.084 0.220 121 M 0.428 0.022 0.131 0.077 0.054 0.102 0.187 122 R 0.467 0.031 0.075 0.061 0.075 0.124 0.167 123 M 0.380 0.058 0.042 0.035 0.092 0.082 0.311 124 G 0.181 0.018 0.030 0.020 0.121 0.124 0.506 125 L 0.036 0.012 0.046 0.017 0.329 0.290 0.269 126 E 0.019 0.010 0.041 0.023 0.325 0.369 0.213 127 G 0.017 0.008 0.008 0.026 0.378 0.038 0.525 128 P 0.029 0.017 0.003 0.062 0.081 0.011 0.797 129 T 0.126 0.123 0.006 0.182 0.049 0.014 0.500 130 A 0.007 0.001 0.009 0.960 0.002 0.005 0.016 131 K 0.005 0.001 0.014 0.966 0.004 0.003 0.008 132 E 0.003 0.001 0.022 0.969 0.001 0.002 0.003 133 V 0.008 0.001 0.033 0.944 0.002 0.010 0.003 134 V 0.017 0.006 0.071 0.810 0.010 0.080 0.005 135 N 0.012 0.002 0.049 0.538 0.016 0.375 0.009 136 R 0.009 0.002 0.032 0.251 0.145 0.497 0.065 137 L 0.007 0.017 0.001 0.023 0.636 0.011 0.305 138 P 0.003 0.018 0.002 0.013 0.053 0.011 0.900 139 L 0.001 0.001 0.028 0.946 0.002 0.015 0.009 140 E 0.001 0.001 0.018 0.976 0.001 0.004 0.001 141 A 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 142 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 145 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 146 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.001 147 R 0.001 0.001 0.011 0.961 0.001 0.025 0.001 148 E 0.001 0.001 0.011 0.844 0.002 0.141 0.002 149 L 0.001 0.001 0.023 0.565 0.025 0.358 0.027 150 G 0.002 0.005 0.016 0.103 0.157 0.601 0.117 151 E 0.006 0.010 0.014 0.019 0.217 0.064 0.670 152 E 0.012 0.008 0.011 0.057 0.218 0.015 0.680 153 P 0.014 0.011 0.015 0.257 0.071 0.023 0.609 154 Q 0.010 0.009 0.017 0.778 0.022 0.021 0.143 155 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.005 0.012 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 157 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 158 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 164 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.011 0.001 165 A 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.028 0.003 166 R 0.001 0.001 0.009 0.895 0.010 0.071 0.014 167 E 0.004 0.003 0.022 0.625 0.050 0.230 0.065 168 K 0.007 0.002 0.011 0.460 0.251 0.140 0.129 169 A 0.010 0.003 0.001 0.088 0.245 0.016 0.638 170 P 0.019 0.008 0.010 0.207 0.040 0.065 0.651 171 I 0.145 0.027 0.034 0.324 0.110 0.073 0.286 172 E 0.288 0.022 0.033 0.287 0.098 0.034 0.238 173 T 0.223 0.029 0.016 0.405 0.096 0.023 0.209 174 T 0.030 0.003 0.007 0.841 0.020 0.020 0.079 175 T 0.004 0.001 0.006 0.962 0.009 0.008 0.011 176 Q 0.004 0.001 0.006 0.973 0.003 0.003 0.010 177 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.003 0.003 178 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 181 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 182 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 183 K 0.001 0.001 0.005 0.919 0.001 0.075 0.001 184 A 0.001 0.001 0.007 0.842 0.008 0.125 0.018 185 V 0.001 0.003 0.015 0.552 0.070 0.218 0.140 186 G 0.008 0.007 0.031 0.112 0.115 0.285 0.442 187 F 0.023 0.015 0.060 0.072 0.180 0.173 0.477 188 R 0.028 0.022 0.044 0.039 0.193 0.126 0.548 189 R 0.024 0.021 0.051 0.036 0.185 0.222 0.460 190 A 0.011 0.010 0.025 0.054 0.183 0.484 0.233 191 G 0.013 0.007 0.014 0.054 0.282 0.264 0.366 192 H 0.022 0.026 0.006 0.109 0.342 0.022 0.473 193 P 0.028 0.026 0.028 0.582 0.045 0.092 0.200 194 A 0.014 0.004 0.029 0.868 0.009 0.036 0.041 195 R 0.035 0.006 0.030 0.836 0.023 0.014 0.055 196 K 0.043 0.004 0.026 0.866 0.024 0.015 0.022 197 T 0.068 0.006 0.028 0.826 0.018 0.031 0.022 198 F 0.048 0.003 0.041 0.837 0.013 0.045 0.013 199 Q 0.089 0.002 0.043 0.760 0.028 0.064 0.014 200 A 0.084 0.003 0.050 0.749 0.015 0.075 0.024 201 L 0.063 0.002 0.027 0.813 0.018 0.043 0.033 202 R 0.202 0.004 0.016 0.692 0.021 0.034 0.031 203 I 0.526 0.010 0.007 0.385 0.009 0.037 0.027 204 Y 0.387 0.017 0.006 0.437 0.019 0.071 0.063 205 V 0.137 0.019 0.006 0.445 0.051 0.097 0.245 206 N 0.009 0.002 0.021 0.613 0.082 0.195 0.079 207 D 0.004 0.002 0.059 0.596 0.077 0.247 0.015 208 E 0.002 0.002 0.081 0.761 0.018 0.102 0.034 209 L 0.001 0.004 0.076 0.851 0.009 0.025 0.034 210 N 0.001 0.001 0.032 0.930 0.002 0.034 0.002 211 A 0.001 0.001 0.029 0.923 0.002 0.042 0.004 212 L 0.001 0.001 0.010 0.973 0.001 0.014 0.002 213 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 214 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.016 0.001 215 F 0.001 0.001 0.009 0.970 0.001 0.017 0.003 216 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.010 0.002 217 E 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.013 0.001 218 Q 0.001 0.001 0.008 0.959 0.001 0.031 0.001 219 A 0.001 0.001 0.014 0.959 0.001 0.023 0.003 220 A 0.001 0.001 0.048 0.933 0.002 0.015 0.002 221 E 0.001 0.001 0.055 0.891 0.002 0.049 0.002 222 V 0.001 0.001 0.055 0.842 0.008 0.082 0.010 223 L 0.011 0.018 0.022 0.484 0.248 0.089 0.128 224 A 0.017 0.004 0.013 0.037 0.225 0.070 0.634 225 P 0.003 0.001 0.033 0.037 0.095 0.816 0.016 226 G 0.011 0.001 0.015 0.005 0.071 0.874 0.023 227 G 0.397 0.008 0.007 0.001 0.050 0.026 0.511 228 R 0.860 0.003 0.001 0.001 0.039 0.002 0.095 229 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 230 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 231 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 232 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 233 A 0.869 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.108 234 F 0.480 0.007 0.014 0.005 0.152 0.039 0.303 235 H 0.217 0.036 0.011 0.006 0.376 0.048 0.306 236 S 0.080 0.025 0.015 0.023 0.216 0.033 0.607 237 L 0.001 0.001 0.164 0.710 0.006 0.107 0.011 238 E 0.001 0.001 0.083 0.838 0.004 0.065 0.009 239 D 0.001 0.001 0.043 0.914 0.002 0.020 0.020 240 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.002 241 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 242 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 243 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 244 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 245 F 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.014 0.002 246 L 0.007 0.003 0.017 0.909 0.010 0.044 0.011 247 R 0.018 0.005 0.033 0.795 0.024 0.087 0.039 248 E 0.024 0.003 0.054 0.401 0.249 0.141 0.128 249 S 0.009 0.001 0.041 0.112 0.081 0.637 0.119 250 G 0.023 0.005 0.044 0.032 0.115 0.653 0.127 251 L 0.254 0.029 0.034 0.026 0.097 0.072 0.487 252 K 0.575 0.013 0.026 0.017 0.083 0.026 0.259 253 V 0.737 0.018 0.019 0.015 0.035 0.014 0.162 254 L 0.635 0.026 0.012 0.014 0.023 0.012 0.277 255 T 0.489 0.009 0.010 0.009 0.066 0.034 0.383 256 K 0.230 0.015 0.013 0.009 0.297 0.067 0.369 257 K 0.106 0.007 0.001 0.001 0.415 0.012 0.457 258 P 0.052 0.010 0.001 0.001 0.094 0.021 0.821 259 L 0.094 0.044 0.002 0.001 0.116 0.020 0.724 260 V 0.120 0.026 0.001 0.001 0.078 0.006 0.769 261 P 0.053 0.029 0.001 0.002 0.064 0.003 0.848 262 S 0.016 0.035 0.001 0.010 0.102 0.001 0.835 263 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 264 K 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.002 0.001 265 E 0.001 0.001 0.027 0.970 0.001 0.002 0.001 266 A 0.001 0.001 0.033 0.952 0.001 0.012 0.001 267 A 0.001 0.001 0.040 0.682 0.002 0.271 0.002 268 Q 0.001 0.002 0.019 0.376 0.025 0.561 0.016 269 N 0.004 0.002 0.002 0.012 0.401 0.015 0.564 270 P 0.005 0.006 0.050 0.077 0.177 0.547 0.138 271 R 0.012 0.008 0.055 0.044 0.114 0.703 0.065 272 A 0.138 0.049 0.088 0.096 0.106 0.107 0.417 273 R 0.390 0.021 0.017 0.087 0.175 0.030 0.281 274 S 0.377 0.015 0.048 0.298 0.066 0.016 0.180 275 A 0.256 0.004 0.048 0.599 0.025 0.017 0.051 276 K 0.268 0.004 0.034 0.613 0.018 0.026 0.037 277 L 0.520 0.006 0.030 0.352 0.010 0.019 0.063 278 R 0.602 0.004 0.013 0.306 0.012 0.025 0.039 279 A 0.635 0.005 0.018 0.235 0.011 0.064 0.032 280 A 0.665 0.007 0.011 0.180 0.018 0.072 0.046 281 E 0.710 0.007 0.009 0.125 0.036 0.043 0.069 282 K 0.461 0.024 0.007 0.055 0.140 0.033 0.280 283 E 0.080 0.008 0.006 0.020 0.154 0.078 0.655 284 A 0.016 0.007 0.001 0.003 0.051 0.012 0.910 285 P 0.004 0.002 0.002 0.001 0.013 0.008 0.971