# TARGET T0268 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0268.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.1622 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.742 0.150 0.053 0.033 0.016 0.005 0.001 2 R 0.589 0.241 0.112 0.045 0.012 0.002 0.001 3 P 0.639 0.250 0.078 0.026 0.006 0.001 0.001 4 M 0.256 0.236 0.236 0.184 0.074 0.013 0.001 5 T 0.255 0.361 0.248 0.098 0.029 0.008 0.001 6 H 0.054 0.060 0.114 0.276 0.348 0.137 0.012 7 V 0.062 0.130 0.204 0.249 0.209 0.122 0.023 8 P 0.097 0.142 0.149 0.175 0.187 0.196 0.054 9 V 0.061 0.095 0.138 0.211 0.243 0.188 0.063 10 L 0.014 0.021 0.034 0.087 0.207 0.429 0.209 11 Y 0.016 0.041 0.070 0.162 0.257 0.307 0.147 12 Q 0.075 0.266 0.267 0.206 0.110 0.060 0.016 13 E 0.027 0.085 0.194 0.293 0.255 0.121 0.024 14 A 0.010 0.024 0.040 0.093 0.227 0.472 0.133 15 L 0.008 0.022 0.063 0.191 0.336 0.314 0.066 16 D 0.074 0.248 0.262 0.221 0.121 0.062 0.012 17 L 0.015 0.059 0.143 0.264 0.289 0.198 0.032 18 L 0.010 0.023 0.054 0.157 0.338 0.344 0.074 19 A 0.110 0.295 0.249 0.186 0.102 0.049 0.008 20 V 0.094 0.176 0.219 0.268 0.189 0.050 0.003 21 R 0.220 0.319 0.254 0.147 0.051 0.008 0.001 22 P 0.527 0.304 0.115 0.043 0.010 0.001 0.001 23 G 0.336 0.400 0.177 0.068 0.016 0.002 0.001 24 G 0.016 0.083 0.195 0.366 0.261 0.074 0.005 25 V 0.001 0.002 0.011 0.070 0.306 0.524 0.087 26 Y 0.001 0.001 0.002 0.017 0.105 0.447 0.428 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.165 0.823 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.102 0.886 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.078 0.912 30 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.181 0.786 31 L 0.001 0.003 0.007 0.027 0.086 0.289 0.587 32 G 0.003 0.009 0.020 0.054 0.124 0.323 0.468 33 G 0.011 0.031 0.053 0.100 0.171 0.308 0.326 34 A 0.009 0.028 0.059 0.116 0.193 0.324 0.270 35 G 0.014 0.037 0.070 0.137 0.223 0.298 0.220 36 H 0.006 0.016 0.035 0.083 0.181 0.384 0.296 37 A 0.002 0.007 0.015 0.050 0.167 0.448 0.311 38 R 0.005 0.032 0.097 0.206 0.290 0.276 0.092 39 G 0.002 0.020 0.071 0.169 0.298 0.354 0.086 40 I 0.001 0.005 0.013 0.059 0.247 0.556 0.120 41 L 0.001 0.014 0.078 0.298 0.439 0.163 0.007 42 E 0.168 0.378 0.281 0.129 0.038 0.005 0.001 43 R 0.292 0.447 0.206 0.049 0.005 0.001 0.001 44 G 0.501 0.377 0.096 0.023 0.003 0.001 0.001 45 G 0.013 0.078 0.251 0.396 0.232 0.030 0.001 46 R 0.014 0.067 0.233 0.361 0.247 0.073 0.004 47 V 0.001 0.002 0.006 0.023 0.145 0.649 0.174 48 I 0.001 0.002 0.008 0.038 0.175 0.536 0.241 49 G 0.001 0.001 0.005 0.018 0.086 0.437 0.453 50 L 0.001 0.006 0.014 0.056 0.201 0.498 0.225 51 D 0.001 0.011 0.040 0.122 0.269 0.447 0.111 52 Q 0.004 0.047 0.143 0.284 0.320 0.175 0.027 53 D 0.041 0.138 0.212 0.240 0.214 0.131 0.024 54 P 0.311 0.314 0.195 0.106 0.051 0.020 0.003 55 E 0.159 0.387 0.298 0.117 0.032 0.007 0.001 56 A 0.016 0.021 0.053 0.211 0.430 0.253 0.016 57 V 0.043 0.143 0.255 0.319 0.179 0.058 0.004 58 A 0.245 0.505 0.176 0.058 0.013 0.003 0.001 59 R 0.057 0.167 0.342 0.326 0.096 0.011 0.001 60 A 0.040 0.036 0.079 0.254 0.403 0.179 0.008 61 K 0.161 0.374 0.296 0.136 0.029 0.003 0.001 62 G 0.482 0.387 0.097 0.027 0.006 0.001 0.001 63 L 0.143 0.278 0.306 0.198 0.064 0.011 0.001 64 H 0.242 0.276 0.248 0.170 0.055 0.008 0.001 65 L 0.556 0.287 0.109 0.038 0.009 0.001 0.001 66 P 0.469 0.319 0.140 0.055 0.014 0.003 0.001 67 G 0.114 0.306 0.304 0.192 0.067 0.015 0.001 68 L 0.009 0.025 0.075 0.229 0.386 0.252 0.023 69 T 0.024 0.126 0.263 0.301 0.193 0.081 0.012 70 V 0.006 0.018 0.041 0.128 0.293 0.430 0.084 71 V 0.007 0.025 0.069 0.198 0.347 0.306 0.049 72 Q 0.029 0.140 0.287 0.292 0.175 0.070 0.008 73 G 0.115 0.300 0.266 0.177 0.097 0.038 0.007 74 N 0.027 0.117 0.197 0.264 0.247 0.134 0.013 75 F 0.010 0.027 0.081 0.250 0.384 0.235 0.014 76 R 0.185 0.465 0.242 0.084 0.019 0.004 0.001 77 H 0.036 0.213 0.357 0.279 0.093 0.020 0.001 78 L 0.002 0.005 0.019 0.117 0.416 0.414 0.026 79 K 0.036 0.200 0.367 0.292 0.092 0.013 0.001 80 R 0.175 0.511 0.232 0.066 0.013 0.002 0.001 81 H 0.014 0.070 0.208 0.362 0.266 0.077 0.002 82 L 0.013 0.035 0.114 0.313 0.390 0.130 0.005 83 A 0.155 0.407 0.276 0.123 0.033 0.006 0.001 84 A 0.271 0.313 0.218 0.129 0.052 0.016 0.001 85 L 0.064 0.163 0.269 0.299 0.169 0.035 0.001 86 G 0.477 0.343 0.122 0.044 0.012 0.002 0.001 87 V 0.095 0.152 0.238 0.321 0.167 0.027 0.001 88 E 0.177 0.470 0.248 0.081 0.020 0.003 0.001 89 R 0.027 0.183 0.333 0.327 0.110 0.018 0.001 90 V 0.001 0.002 0.010 0.072 0.351 0.512 0.053 91 D 0.002 0.028 0.140 0.344 0.350 0.121 0.015 92 G 0.002 0.006 0.019 0.053 0.147 0.508 0.266 93 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.361 0.579 94 L 0.001 0.001 0.004 0.015 0.045 0.182 0.752 95 A 0.001 0.001 0.004 0.012 0.038 0.181 0.763 96 D 0.001 0.004 0.007 0.019 0.060 0.259 0.650 97 L 0.003 0.006 0.014 0.041 0.097 0.310 0.528 98 G 0.014 0.034 0.068 0.146 0.192 0.317 0.230 99 V 0.057 0.062 0.077 0.137 0.193 0.318 0.156 100 S 0.040 0.055 0.082 0.157 0.241 0.303 0.121 101 S 0.092 0.187 0.219 0.221 0.153 0.100 0.027 102 F 0.108 0.163 0.155 0.199 0.188 0.147 0.040 103 H 0.052 0.132 0.198 0.216 0.214 0.153 0.035 104 L 0.026 0.059 0.110 0.216 0.304 0.238 0.046 105 D 0.166 0.270 0.234 0.179 0.098 0.043 0.010 106 D 0.263 0.297 0.221 0.140 0.060 0.016 0.003 107 P 0.431 0.274 0.164 0.091 0.031 0.008 0.001 108 S 0.448 0.274 0.142 0.081 0.037 0.014 0.002 109 R 0.121 0.182 0.254 0.238 0.145 0.055 0.005 110 G 0.072 0.106 0.173 0.243 0.243 0.147 0.016 111 F 0.030 0.043 0.065 0.133 0.254 0.374 0.102 112 S 0.026 0.058 0.101 0.190 0.289 0.273 0.062 113 Y 0.043 0.078 0.125 0.235 0.287 0.200 0.032 114 Q 0.060 0.132 0.213 0.281 0.218 0.087 0.009 115 K 0.206 0.295 0.244 0.156 0.073 0.022 0.003 116 E 0.443 0.289 0.137 0.077 0.038 0.014 0.002 117 G 0.141 0.171 0.225 0.236 0.153 0.067 0.007 118 P 0.160 0.210 0.203 0.177 0.127 0.101 0.023 119 L 0.041 0.057 0.088 0.180 0.279 0.285 0.071 120 D 0.041 0.083 0.140 0.216 0.228 0.217 0.075 121 M 0.037 0.060 0.078 0.129 0.219 0.350 0.126 122 R 0.038 0.089 0.145 0.210 0.261 0.208 0.048 123 M 0.045 0.081 0.143 0.251 0.291 0.167 0.023 124 G 0.247 0.290 0.223 0.144 0.072 0.020 0.002 125 L 0.306 0.320 0.210 0.114 0.040 0.009 0.001 126 E 0.529 0.273 0.122 0.055 0.016 0.004 0.001 127 G 0.375 0.295 0.184 0.102 0.034 0.008 0.001 128 P 0.286 0.267 0.201 0.142 0.078 0.024 0.003 129 T 0.078 0.172 0.252 0.259 0.171 0.062 0.006 130 A 0.032 0.027 0.047 0.158 0.342 0.350 0.044 131 K 0.071 0.262 0.338 0.242 0.072 0.014 0.001 132 E 0.082 0.264 0.330 0.224 0.083 0.017 0.001 133 V 0.018 0.024 0.051 0.161 0.353 0.358 0.035 134 V 0.015 0.043 0.120 0.254 0.341 0.212 0.016 135 N 0.114 0.199 0.223 0.235 0.161 0.061 0.005 136 R 0.151 0.313 0.282 0.171 0.064 0.018 0.002 137 L 0.033 0.070 0.173 0.310 0.287 0.118 0.009 138 P 0.495 0.355 0.096 0.033 0.014 0.006 0.001 139 L 0.093 0.219 0.301 0.249 0.113 0.024 0.001 140 E 0.667 0.239 0.064 0.021 0.007 0.002 0.001 141 A 0.222 0.382 0.246 0.117 0.028 0.005 0.001 142 L 0.029 0.037 0.080 0.267 0.389 0.188 0.010 143 A 0.083 0.231 0.308 0.265 0.096 0.017 0.001 144 R 0.203 0.455 0.245 0.079 0.016 0.002 0.001 145 L 0.046 0.052 0.129 0.327 0.324 0.116 0.004 146 L 0.034 0.032 0.056 0.161 0.376 0.322 0.019 147 R 0.140 0.293 0.308 0.191 0.057 0.011 0.001 148 E 0.253 0.404 0.220 0.094 0.025 0.005 0.001 149 L 0.086 0.126 0.202 0.262 0.220 0.097 0.007 150 G 0.182 0.173 0.182 0.207 0.159 0.085 0.011 151 E 0.378 0.289 0.150 0.098 0.059 0.022 0.004 152 E 0.205 0.300 0.267 0.156 0.056 0.014 0.002 153 P 0.186 0.260 0.218 0.173 0.113 0.045 0.005 154 Q 0.063 0.197 0.256 0.238 0.160 0.077 0.010 155 A 0.021 0.029 0.049 0.172 0.382 0.313 0.034 156 Y 0.049 0.185 0.312 0.305 0.122 0.026 0.001 157 R 0.036 0.138 0.289 0.345 0.160 0.031 0.002 158 I 0.004 0.005 0.008 0.030 0.173 0.613 0.168 159 A 0.002 0.012 0.041 0.190 0.386 0.336 0.033 160 R 0.016 0.191 0.368 0.278 0.109 0.034 0.003 161 A 0.003 0.025 0.147 0.408 0.333 0.081 0.003 162 I 0.001 0.002 0.004 0.031 0.235 0.648 0.080 163 V 0.010 0.084 0.256 0.382 0.227 0.039 0.001 164 A 0.170 0.527 0.220 0.066 0.014 0.002 0.001 165 A 0.053 0.188 0.319 0.325 0.100 0.014 0.001 166 R 0.062 0.167 0.283 0.327 0.142 0.018 0.001 167 E 0.711 0.238 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 168 K 0.688 0.216 0.071 0.021 0.004 0.001 0.001 169 A 0.472 0.316 0.142 0.054 0.013 0.003 0.001 170 P 0.241 0.331 0.221 0.146 0.050 0.011 0.001 171 I 0.066 0.107 0.207 0.311 0.243 0.063 0.004 172 E 0.227 0.305 0.231 0.148 0.064 0.022 0.003 173 T 0.102 0.169 0.208 0.243 0.177 0.089 0.012 174 T 0.047 0.073 0.117 0.236 0.295 0.200 0.031 175 T 0.121 0.250 0.271 0.204 0.106 0.041 0.007 176 Q 0.107 0.266 0.245 0.200 0.115 0.054 0.012 177 L 0.017 0.038 0.063 0.127 0.265 0.381 0.108 178 A 0.020 0.066 0.144 0.294 0.287 0.169 0.020 179 E 0.046 0.327 0.377 0.189 0.050 0.010 0.001 180 I 0.004 0.016 0.077 0.283 0.420 0.189 0.011 181 V 0.003 0.006 0.014 0.080 0.339 0.490 0.069 182 R 0.045 0.270 0.361 0.237 0.073 0.013 0.001 183 K 0.071 0.345 0.358 0.184 0.037 0.004 0.001 184 A 0.012 0.038 0.112 0.313 0.370 0.147 0.007 185 V 0.037 0.139 0.266 0.325 0.191 0.039 0.002 186 G 0.377 0.405 0.142 0.051 0.019 0.005 0.001 187 F 0.165 0.257 0.281 0.207 0.077 0.013 0.001 188 R 0.349 0.320 0.191 0.106 0.029 0.005 0.001 189 R 0.593 0.232 0.100 0.053 0.019 0.003 0.001 190 A 0.597 0.236 0.112 0.042 0.011 0.002 0.001 191 G 0.637 0.262 0.075 0.022 0.004 0.001 0.001 192 H 0.183 0.196 0.220 0.239 0.127 0.033 0.002 193 P 0.183 0.232 0.218 0.187 0.126 0.049 0.005 194 A 0.060 0.078 0.147 0.277 0.293 0.129 0.015 195 R 0.124 0.282 0.291 0.184 0.080 0.033 0.006 196 K 0.055 0.109 0.199 0.256 0.238 0.122 0.021 197 T 0.030 0.043 0.086 0.166 0.265 0.304 0.106 198 F 0.025 0.027 0.034 0.075 0.192 0.429 0.218 199 Q 0.024 0.065 0.161 0.273 0.198 0.170 0.109 200 A 0.027 0.035 0.053 0.097 0.174 0.349 0.265 201 L 0.015 0.020 0.022 0.051 0.124 0.340 0.428 202 R 0.015 0.028 0.038 0.089 0.151 0.333 0.345 203 I 0.024 0.067 0.114 0.160 0.152 0.255 0.229 204 Y 0.013 0.023 0.063 0.182 0.258 0.345 0.116 205 V 0.009 0.014 0.018 0.034 0.117 0.512 0.296 206 N 0.057 0.114 0.187 0.338 0.221 0.079 0.004 207 D 0.125 0.406 0.277 0.131 0.048 0.013 0.001 208 E 0.017 0.047 0.112 0.297 0.360 0.159 0.008 209 L 0.008 0.038 0.108 0.287 0.394 0.161 0.003 210 N 0.213 0.511 0.214 0.052 0.009 0.001 0.001 211 A 0.036 0.141 0.339 0.368 0.103 0.013 0.001 212 L 0.007 0.011 0.023 0.091 0.392 0.454 0.022 213 K 0.042 0.185 0.380 0.316 0.070 0.007 0.001 214 E 0.076 0.407 0.335 0.138 0.038 0.005 0.001 215 F 0.008 0.024 0.074 0.220 0.412 0.249 0.012 216 L 0.005 0.019 0.056 0.301 0.422 0.189 0.008 217 E 0.063 0.458 0.342 0.112 0.022 0.003 0.001 218 Q 0.016 0.090 0.293 0.416 0.165 0.020 0.001 219 A 0.006 0.008 0.015 0.058 0.288 0.564 0.062 220 A 0.018 0.088 0.241 0.397 0.215 0.040 0.001 221 E 0.070 0.488 0.304 0.110 0.024 0.003 0.001 222 V 0.013 0.048 0.134 0.367 0.338 0.094 0.005 223 L 0.013 0.045 0.107 0.327 0.361 0.140 0.007 224 A 0.203 0.387 0.245 0.118 0.039 0.006 0.001 225 P 0.451 0.353 0.141 0.046 0.009 0.001 0.001 226 G 0.265 0.424 0.218 0.077 0.014 0.002 0.001 227 G 0.021 0.084 0.208 0.336 0.279 0.069 0.003 228 R 0.017 0.063 0.187 0.319 0.310 0.094 0.011 229 L 0.001 0.002 0.006 0.026 0.130 0.552 0.282 230 V 0.002 0.006 0.012 0.050 0.183 0.434 0.313 231 V 0.002 0.005 0.011 0.024 0.057 0.256 0.644 232 I 0.002 0.004 0.007 0.019 0.046 0.210 0.711 233 A 0.004 0.008 0.014 0.035 0.075 0.306 0.557 234 F 0.007 0.016 0.028 0.074 0.156 0.315 0.404 235 H 0.033 0.070 0.094 0.162 0.191 0.282 0.167 236 S 0.070 0.132 0.166 0.213 0.185 0.175 0.059 237 L 0.051 0.074 0.117 0.181 0.217 0.262 0.098 238 E 0.105 0.167 0.183 0.185 0.165 0.148 0.048 239 D 0.111 0.136 0.160 0.216 0.194 0.142 0.041 240 R 0.141 0.215 0.222 0.207 0.123 0.076 0.017 241 V 0.063 0.105 0.153 0.206 0.223 0.211 0.039 242 V 0.020 0.045 0.090 0.193 0.294 0.307 0.051 243 K 0.038 0.083 0.140 0.230 0.280 0.198 0.031 244 R 0.122 0.207 0.198 0.205 0.164 0.093 0.011 245 F 0.037 0.152 0.269 0.318 0.175 0.046 0.002 246 L 0.032 0.061 0.144 0.340 0.347 0.073 0.002 247 R 0.311 0.414 0.208 0.058 0.009 0.001 0.001 248 E 0.756 0.205 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 249 S 0.725 0.192 0.061 0.019 0.003 0.001 0.001 250 G 0.527 0.286 0.124 0.050 0.011 0.001 0.001 251 L 0.121 0.139 0.235 0.309 0.166 0.030 0.001 252 K 0.263 0.426 0.214 0.077 0.018 0.003 0.001 253 V 0.119 0.188 0.228 0.249 0.166 0.047 0.003 254 L 0.074 0.105 0.186 0.298 0.252 0.080 0.005 255 T 0.173 0.243 0.261 0.196 0.095 0.030 0.003 256 K 0.304 0.273 0.208 0.137 0.059 0.017 0.002 257 K 0.233 0.282 0.214 0.156 0.085 0.028 0.003 258 P 0.158 0.200 0.207 0.206 0.151 0.069 0.010 259 L 0.094 0.141 0.192 0.252 0.202 0.107 0.012 260 V 0.243 0.312 0.229 0.141 0.057 0.016 0.002 261 P 0.338 0.240 0.192 0.155 0.064 0.011 0.001 262 S 0.731 0.195 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 263 E 0.772 0.175 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 264 K 0.868 0.113 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 265 E 0.431 0.226 0.182 0.124 0.034 0.003 0.001 266 A 0.400 0.231 0.172 0.136 0.052 0.009 0.001 267 A 0.632 0.259 0.086 0.020 0.003 0.001 0.001 268 Q 0.583 0.258 0.107 0.040 0.011 0.002 0.001 269 N 0.400 0.196 0.186 0.143 0.062 0.013 0.001 270 P 0.597 0.185 0.115 0.068 0.029 0.006 0.001 271 R 0.645 0.204 0.092 0.043 0.014 0.003 0.001 272 A 0.549 0.194 0.109 0.080 0.045 0.020 0.003 273 R 0.429 0.224 0.146 0.110 0.061 0.026 0.004 274 S 0.323 0.235 0.167 0.149 0.076 0.038 0.012 275 A 0.171 0.148 0.143 0.191 0.171 0.131 0.045 276 K 0.115 0.153 0.180 0.211 0.172 0.127 0.042 277 L 0.094 0.091 0.094 0.152 0.222 0.269 0.079 278 R 0.105 0.142 0.166 0.219 0.210 0.133 0.023 279 A 0.088 0.093 0.128 0.201 0.262 0.197 0.031 280 A 0.076 0.083 0.116 0.254 0.306 0.153 0.013 281 E 0.154 0.275 0.264 0.208 0.083 0.015 0.001 282 K 0.313 0.347 0.225 0.094 0.019 0.002 0.001 283 E 0.784 0.169 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 284 A 0.875 0.095 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 285 P 0.863 0.099 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001