# TARGET T0267 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 966 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.876 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.044 0.004 0.016 0.030 2 V 0.006 0.010 0.676 0.016 0.001 0.005 0.009 0.006 0.139 0.016 0.002 0.015 0.098 3 R 0.042 0.011 0.158 0.003 0.001 0.007 0.074 0.060 0.368 0.013 0.002 0.191 0.072 4 I 0.057 0.017 0.107 0.010 0.001 0.013 0.122 0.134 0.262 0.015 0.002 0.025 0.236 5 R 0.005 0.006 0.279 0.009 0.001 0.010 0.023 0.048 0.293 0.037 0.004 0.249 0.036 6 R 0.001 0.007 0.586 0.006 0.003 0.005 0.004 0.003 0.136 0.077 0.036 0.003 0.133 7 A 0.001 0.021 0.739 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.019 0.181 0.010 0.012 0.003 8 G 0.001 0.013 0.802 0.001 0.018 0.008 0.001 0.001 0.013 0.129 0.008 0.001 0.008 9 L 0.001 0.002 0.046 0.001 0.590 0.121 0.001 0.001 0.001 0.047 0.192 0.001 0.001 10 E 0.001 0.005 0.055 0.001 0.472 0.138 0.001 0.001 0.001 0.074 0.255 0.001 0.001 11 D 0.001 0.008 0.154 0.001 0.426 0.279 0.001 0.001 0.003 0.064 0.062 0.001 0.003 12 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.021 0.935 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.001 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 14 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.904 0.001 0.001 0.001 0.011 0.065 0.001 0.001 23 W 0.001 0.003 0.073 0.001 0.018 0.794 0.001 0.001 0.001 0.032 0.076 0.001 0.001 24 R 0.001 0.002 0.052 0.001 0.044 0.755 0.001 0.001 0.001 0.031 0.112 0.001 0.002 25 A 0.001 0.001 0.079 0.001 0.047 0.603 0.001 0.001 0.001 0.067 0.199 0.001 0.001 26 T 0.001 0.006 0.152 0.001 0.044 0.486 0.001 0.001 0.002 0.084 0.221 0.001 0.003 27 Y 0.001 0.009 0.200 0.001 0.063 0.451 0.001 0.001 0.003 0.097 0.171 0.002 0.003 28 R 0.001 0.005 0.150 0.001 0.135 0.380 0.001 0.001 0.003 0.097 0.222 0.002 0.003 29 G 0.001 0.005 0.141 0.001 0.167 0.345 0.001 0.001 0.005 0.102 0.222 0.003 0.006 30 V 0.002 0.014 0.198 0.001 0.128 0.349 0.001 0.002 0.009 0.095 0.185 0.006 0.011 31 V 0.004 0.018 0.260 0.002 0.080 0.323 0.001 0.003 0.011 0.141 0.128 0.015 0.015 32 P 0.003 0.015 0.305 0.002 0.077 0.342 0.001 0.002 0.010 0.104 0.112 0.007 0.018 33 E 0.002 0.012 0.194 0.003 0.119 0.419 0.001 0.001 0.006 0.076 0.150 0.005 0.011 34 A 0.003 0.008 0.138 0.002 0.139 0.433 0.001 0.001 0.004 0.081 0.177 0.007 0.006 35 F 0.004 0.011 0.182 0.001 0.146 0.361 0.001 0.001 0.005 0.082 0.189 0.005 0.012 36 L 0.004 0.016 0.230 0.001 0.106 0.337 0.001 0.001 0.006 0.126 0.155 0.008 0.011 37 E 0.002 0.012 0.324 0.001 0.073 0.285 0.001 0.001 0.006 0.153 0.127 0.007 0.009 38 G 0.001 0.010 0.311 0.001 0.085 0.295 0.001 0.001 0.005 0.115 0.165 0.003 0.008 39 L 0.001 0.011 0.366 0.001 0.070 0.273 0.001 0.001 0.004 0.134 0.131 0.004 0.004 40 S 0.001 0.013 0.467 0.001 0.044 0.243 0.001 0.001 0.004 0.145 0.076 0.002 0.005 41 Y 0.001 0.005 0.211 0.001 0.060 0.538 0.001 0.001 0.002 0.086 0.094 0.001 0.002 42 E 0.001 0.002 0.093 0.001 0.061 0.708 0.001 0.001 0.001 0.042 0.091 0.001 0.001 43 G 0.001 0.004 0.113 0.001 0.050 0.701 0.001 0.001 0.001 0.049 0.079 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.004 0.151 0.001 0.023 0.744 0.001 0.001 0.002 0.035 0.037 0.001 0.002 45 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 48 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 49 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 52 L 0.001 0.002 0.027 0.001 0.015 0.855 0.001 0.001 0.001 0.021 0.076 0.001 0.001 53 K 0.001 0.003 0.070 0.001 0.025 0.631 0.001 0.001 0.001 0.036 0.230 0.002 0.002 54 T 0.001 0.003 0.161 0.001 0.030 0.297 0.001 0.001 0.001 0.140 0.362 0.002 0.004 55 P 0.001 0.006 0.392 0.001 0.033 0.087 0.001 0.001 0.001 0.159 0.314 0.002 0.006 56 T 0.001 0.013 0.425 0.001 0.059 0.045 0.001 0.001 0.001 0.214 0.227 0.005 0.009 57 W 0.001 0.007 0.307 0.006 0.093 0.030 0.001 0.001 0.001 0.315 0.226 0.006 0.009 58 P 0.003 0.007 0.280 0.009 0.088 0.016 0.001 0.001 0.004 0.315 0.235 0.016 0.025 59 G 0.049 0.015 0.348 0.013 0.019 0.012 0.010 0.003 0.046 0.169 0.068 0.048 0.199 60 R 0.259 0.007 0.220 0.019 0.002 0.003 0.020 0.002 0.034 0.034 0.008 0.257 0.136 61 L 0.440 0.004 0.049 0.016 0.001 0.001 0.033 0.002 0.031 0.009 0.001 0.052 0.362 62 F 0.729 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.035 0.003 0.009 0.002 0.001 0.148 0.048 63 V 0.787 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.057 0.002 0.005 0.001 0.001 0.011 0.130 64 A 0.821 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.004 0.001 0.001 0.100 0.035 65 E 0.742 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.200 66 S 0.125 0.006 0.367 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.021 0.020 0.018 0.068 0.363 67 E 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.897 0.009 0.005 68 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.974 0.001 0.001 69 G 0.001 0.001 0.102 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.511 0.362 0.008 0.013 70 E 0.016 0.024 0.625 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.003 0.135 0.138 71 V 0.008 0.028 0.022 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 72 V 0.030 0.001 0.012 0.807 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.012 73 G 0.348 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.112 0.001 0.004 0.003 0.001 0.177 0.339 74 F 0.544 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.147 0.002 0.003 0.001 0.001 0.051 0.234 75 A 0.708 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.100 0.003 0.005 0.001 0.001 0.128 0.035 76 A 0.744 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.073 0.008 0.019 0.001 0.001 0.043 0.104 77 F 0.670 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.071 0.035 0.034 0.004 0.001 0.070 0.088 78 G 0.378 0.004 0.087 0.005 0.001 0.002 0.030 0.015 0.054 0.020 0.003 0.300 0.102 79 P 0.086 0.015 0.217 0.006 0.005 0.006 0.008 0.013 0.057 0.050 0.023 0.029 0.485 80 D 0.032 0.034 0.424 0.052 0.036 0.018 0.004 0.005 0.014 0.169 0.071 0.075 0.066 81 R 0.010 0.025 0.350 0.015 0.062 0.028 0.001 0.001 0.007 0.306 0.099 0.032 0.064 82 A 0.002 0.015 0.344 0.004 0.131 0.047 0.001 0.001 0.003 0.222 0.186 0.014 0.032 83 S 0.002 0.019 0.348 0.002 0.163 0.061 0.001 0.001 0.002 0.186 0.179 0.015 0.022 84 G 0.002 0.014 0.261 0.002 0.153 0.058 0.001 0.001 0.001 0.224 0.253 0.011 0.020 85 F 0.002 0.016 0.234 0.005 0.107 0.059 0.001 0.001 0.001 0.230 0.320 0.007 0.018 86 P 0.005 0.027 0.269 0.008 0.079 0.091 0.001 0.001 0.001 0.261 0.219 0.022 0.017 87 G 0.011 0.014 0.292 0.012 0.049 0.053 0.001 0.001 0.001 0.212 0.289 0.014 0.051 88 Y 0.057 0.008 0.302 0.029 0.036 0.026 0.003 0.001 0.004 0.193 0.198 0.082 0.063 89 T 0.243 0.012 0.119 0.022 0.017 0.012 0.031 0.010 0.033 0.059 0.028 0.066 0.348 90 A 0.465 0.006 0.053 0.010 0.005 0.005 0.050 0.060 0.058 0.013 0.005 0.134 0.136 91 E 0.531 0.006 0.021 0.002 0.001 0.001 0.048 0.028 0.093 0.006 0.002 0.193 0.069 92 L 0.251 0.004 0.041 0.004 0.001 0.001 0.024 0.034 0.115 0.002 0.001 0.013 0.509 93 W 0.051 0.001 0.010 0.871 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.006 0.001 0.036 0.004 94 A 0.297 0.003 0.093 0.040 0.003 0.003 0.031 0.015 0.080 0.040 0.002 0.182 0.211 95 I 0.462 0.002 0.050 0.006 0.007 0.003 0.104 0.039 0.038 0.014 0.004 0.023 0.247 96 Y 0.410 0.007 0.037 0.001 0.001 0.002 0.150 0.056 0.055 0.005 0.003 0.229 0.045 97 V 0.174 0.023 0.202 0.001 0.001 0.006 0.045 0.071 0.065 0.013 0.003 0.042 0.355 98 L 0.018 0.010 0.746 0.007 0.001 0.018 0.002 0.001 0.028 0.069 0.005 0.038 0.057 99 P 0.002 0.003 0.072 0.002 0.084 0.475 0.001 0.001 0.002 0.061 0.290 0.001 0.009 100 T 0.001 0.001 0.012 0.001 0.124 0.578 0.001 0.001 0.001 0.027 0.254 0.001 0.001 101 W 0.001 0.003 0.018 0.001 0.281 0.513 0.001 0.001 0.001 0.012 0.169 0.001 0.002 102 Q 0.001 0.007 0.064 0.001 0.136 0.471 0.001 0.001 0.004 0.039 0.275 0.001 0.002 103 R 0.001 0.010 0.158 0.001 0.081 0.351 0.001 0.001 0.004 0.092 0.290 0.009 0.004 104 K 0.001 0.028 0.207 0.001 0.022 0.246 0.001 0.001 0.005 0.268 0.203 0.001 0.019 105 G 0.001 0.032 0.327 0.001 0.010 0.315 0.001 0.001 0.002 0.217 0.085 0.004 0.006 106 L 0.001 0.005 0.081 0.001 0.006 0.830 0.001 0.001 0.001 0.042 0.033 0.001 0.002 107 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 108 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 116 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.040 0.830 0.001 0.001 0.001 0.011 0.110 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.141 0.001 0.001 0.001 0.010 0.835 0.001 0.001 122 G 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.952 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.003 0.001 0.003 124 G 0.001 0.007 0.384 0.042 0.008 0.001 0.002 0.002 0.136 0.351 0.021 0.023 0.022 125 R 0.012 0.010 0.119 0.006 0.008 0.001 0.062 0.078 0.516 0.043 0.007 0.047 0.090 126 M 0.032 0.004 0.032 0.013 0.004 0.001 0.295 0.274 0.284 0.003 0.001 0.019 0.040 127 L 0.073 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.289 0.361 0.215 0.002 0.001 0.020 0.023 128 V 0.068 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.188 0.323 0.328 0.003 0.001 0.022 0.027 129 W 0.084 0.005 0.171 0.003 0.001 0.001 0.105 0.084 0.425 0.019 0.001 0.063 0.039 130 V 0.025 0.019 0.473 0.010 0.005 0.002 0.013 0.015 0.228 0.085 0.012 0.020 0.093 131 L 0.004 0.012 0.538 0.009 0.016 0.005 0.001 0.001 0.051 0.257 0.056 0.014 0.035 132 K 0.001 0.024 0.209 0.006 0.038 0.015 0.001 0.001 0.004 0.354 0.328 0.005 0.013 133 E 0.001 0.025 0.369 0.001 0.032 0.021 0.001 0.001 0.001 0.356 0.185 0.004 0.005 134 N 0.001 0.004 0.484 0.001 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 0.425 0.022 0.001 0.004 135 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.034 0.884 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.001 0.001 136 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.911 0.001 0.001 0.001 0.010 0.058 0.001 0.001 137 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 139 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 143 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.387 0.001 0.001 0.001 0.016 0.584 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.067 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.065 0.843 0.001 0.001 146 G 0.001 0.015 0.753 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.042 0.080 0.017 0.005 0.072 147 V 0.002 0.016 0.223 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.110 0.037 0.001 0.579 0.025 148 L 0.004 0.017 0.166 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.082 0.011 0.002 0.010 0.693 149 L 0.010 0.008 0.119 0.718 0.006 0.003 0.003 0.002 0.024 0.020 0.005 0.057 0.024 150 G 0.038 0.007 0.211 0.049 0.021 0.008 0.007 0.002 0.042 0.179 0.025 0.225 0.187 151 E 0.044 0.011 0.291 0.029 0.029 0.017 0.013 0.002 0.026 0.094 0.019 0.027 0.397 152 R 0.044 0.006 0.200 0.004 0.006 0.015 0.007 0.002 0.019 0.041 0.005 0.590 0.061 153 E 0.038 0.014 0.210 0.019 0.009 0.020 0.005 0.001 0.010 0.039 0.024 0.025 0.585 154 I 0.054 0.022 0.341 0.028 0.031 0.041 0.006 0.001 0.012 0.101 0.086 0.205 0.074 155 E 0.065 0.031 0.259 0.013 0.040 0.031 0.005 0.001 0.006 0.118 0.150 0.053 0.228 156 L 0.020 0.026 0.287 0.004 0.038 0.032 0.001 0.001 0.004 0.178 0.273 0.072 0.064 157 G 0.002 0.007 0.158 0.006 0.021 0.013 0.001 0.001 0.001 0.255 0.502 0.015 0.020 158 G 0.002 0.005 0.251 0.006 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.340 0.340 0.010 0.023 159 A 0.011 0.020 0.481 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.002 0.221 0.071 0.080 0.072 160 K 0.024 0.041 0.433 0.005 0.010 0.104 0.003 0.001 0.006 0.090 0.037 0.024 0.223 161 L 0.052 0.031 0.313 0.035 0.021 0.155 0.012 0.001 0.012 0.070 0.028 0.181 0.089 162 W 0.067 0.011 0.232 0.020 0.026 0.269 0.016 0.003 0.014 0.049 0.033 0.054 0.206 163 E 0.207 0.012 0.122 0.020 0.037 0.267 0.029 0.002 0.015 0.041 0.035 0.061 0.153 164 V 0.437 0.007 0.036 0.003 0.012 0.211 0.049 0.004 0.026 0.010 0.009 0.065 0.131 165 A 0.515 0.002 0.020 0.020 0.012 0.261 0.040 0.009 0.015 0.008 0.012 0.031 0.054 166 Y 0.397 0.001 0.037 0.003 0.014 0.288 0.021 0.008 0.024 0.012 0.017 0.120 0.058 167 G 0.313 0.007 0.041 0.008 0.015 0.301 0.040 0.009 0.013 0.020 0.023 0.023 0.187 168 F 0.086 0.011 0.096 0.004 0.031 0.450 0.012 0.003 0.014 0.039 0.060 0.147 0.048 169 D 0.028 0.009 0.261 0.008 0.028 0.269 0.004 0.001 0.010 0.055 0.182 0.015 0.130 170 L 0.003 0.011 0.242 0.003 0.057 0.135 0.001 0.001 0.002 0.118 0.410 0.006 0.013 171 G 0.001 0.006 0.111 0.001 0.048 0.052 0.001 0.001 0.001 0.277 0.498 0.004 0.003 172 G 0.001 0.004 0.395 0.001 0.042 0.036 0.001 0.001 0.001 0.358 0.152 0.005 0.006 173 H 0.001 0.021 0.624 0.001 0.023 0.034 0.001 0.001 0.002 0.179 0.085 0.005 0.026 174 K 0.001 0.037 0.807 0.001 0.012 0.035 0.001 0.001 0.008 0.026 0.043 0.012 0.018 175 W 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005