# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 966 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.110 0.084 0.166 0.122 0.110 0.104 0.071 0.060 0.046 0.037 2 V 0.047 0.031 0.032 0.060 0.073 0.098 0.172 0.158 0.161 0.111 0.056 3 R 0.059 0.124 0.149 0.299 0.207 0.090 0.047 0.015 0.006 0.002 0.001 4 I 0.013 0.019 0.032 0.041 0.041 0.042 0.097 0.127 0.189 0.196 0.204 5 R 0.020 0.026 0.062 0.141 0.193 0.183 0.195 0.083 0.052 0.027 0.018 6 R 0.155 0.203 0.228 0.224 0.091 0.047 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 7 A 0.008 0.014 0.027 0.034 0.052 0.089 0.183 0.153 0.169 0.153 0.118 8 G 0.151 0.330 0.170 0.142 0.084 0.047 0.041 0.015 0.010 0.006 0.004 9 L 0.191 0.119 0.105 0.205 0.149 0.096 0.082 0.027 0.016 0.007 0.003 10 E 0.665 0.161 0.084 0.059 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.002 0.035 0.021 0.069 0.092 0.157 0.255 0.162 0.112 0.062 0.032 12 L 0.007 0.010 0.007 0.028 0.077 0.146 0.230 0.177 0.150 0.095 0.073 13 P 0.513 0.174 0.172 0.079 0.035 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 14 G 0.005 0.025 0.035 0.172 0.191 0.197 0.224 0.087 0.039 0.017 0.007 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.052 0.167 0.290 0.467 16 A 0.003 0.003 0.017 0.062 0.112 0.268 0.307 0.113 0.067 0.033 0.014 17 R 0.002 0.017 0.347 0.283 0.164 0.090 0.057 0.023 0.010 0.004 0.002 18 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.015 0.097 0.147 0.196 0.269 0.264 19 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.076 0.146 0.254 0.286 0.215 20 V 0.001 0.006 0.126 0.153 0.202 0.213 0.159 0.065 0.043 0.022 0.009 21 D 0.004 0.014 0.106 0.126 0.149 0.214 0.235 0.080 0.044 0.020 0.007 22 T 0.002 0.002 0.007 0.008 0.009 0.016 0.090 0.152 0.255 0.275 0.182 23 W 0.003 0.003 0.006 0.013 0.016 0.046 0.141 0.177 0.213 0.213 0.171 24 R 0.005 0.022 0.143 0.190 0.215 0.180 0.132 0.061 0.033 0.014 0.005 25 A 0.026 0.045 0.189 0.117 0.107 0.127 0.150 0.090 0.073 0.049 0.027 26 T 0.051 0.042 0.029 0.073 0.074 0.090 0.181 0.149 0.151 0.105 0.054 27 Y 0.025 0.017 0.015 0.030 0.033 0.071 0.147 0.156 0.186 0.176 0.145 28 R 0.064 0.115 0.115 0.190 0.156 0.124 0.112 0.059 0.039 0.019 0.007 29 G 0.263 0.106 0.121 0.126 0.084 0.067 0.077 0.051 0.049 0.036 0.021 30 V 0.076 0.069 0.033 0.095 0.104 0.105 0.159 0.121 0.108 0.086 0.045 31 V 0.022 0.050 0.021 0.055 0.065 0.101 0.143 0.139 0.171 0.139 0.095 32 P 0.067 0.068 0.047 0.099 0.119 0.139 0.147 0.108 0.105 0.066 0.035 33 E 0.383 0.115 0.086 0.137 0.091 0.059 0.053 0.029 0.024 0.015 0.008 34 A 0.137 0.078 0.068 0.117 0.101 0.097 0.118 0.087 0.088 0.061 0.047 35 F 0.023 0.016 0.019 0.044 0.047 0.086 0.167 0.169 0.170 0.149 0.110 36 L 0.014 0.021 0.058 0.063 0.081 0.114 0.203 0.157 0.132 0.097 0.059 37 E 0.063 0.092 0.347 0.171 0.105 0.068 0.068 0.035 0.027 0.016 0.008 38 G 0.208 0.096 0.085 0.146 0.104 0.091 0.114 0.057 0.048 0.033 0.018 39 L 0.049 0.028 0.024 0.045 0.055 0.081 0.160 0.150 0.163 0.155 0.089 40 S 0.117 0.228 0.072 0.109 0.092 0.089 0.092 0.062 0.065 0.048 0.027 41 Y 0.098 0.082 0.059 0.102 0.106 0.125 0.142 0.099 0.095 0.061 0.032 42 E 0.489 0.157 0.066 0.103 0.068 0.038 0.040 0.018 0.014 0.006 0.003 43 G 0.359 0.176 0.145 0.154 0.076 0.039 0.027 0.012 0.008 0.004 0.002 44 Q 0.021 0.031 0.021 0.050 0.054 0.118 0.208 0.163 0.155 0.117 0.062 45 A 0.008 0.010 0.039 0.064 0.101 0.199 0.297 0.146 0.084 0.038 0.014 46 E 0.072 0.066 0.674 0.124 0.036 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 47 R 0.007 0.024 0.132 0.226 0.208 0.185 0.131 0.045 0.024 0.011 0.006 48 W 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.013 0.074 0.139 0.276 0.290 0.194 49 A 0.001 0.004 0.111 0.136 0.213 0.250 0.196 0.053 0.026 0.008 0.002 50 Q 0.008 0.025 0.817 0.099 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.001 0.005 0.015 0.029 0.060 0.166 0.392 0.175 0.098 0.044 0.015 52 L 0.003 0.003 0.009 0.008 0.011 0.027 0.126 0.182 0.237 0.232 0.163 53 K 0.063 0.149 0.389 0.190 0.111 0.052 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 54 T 0.145 0.169 0.197 0.175 0.112 0.085 0.063 0.026 0.017 0.009 0.003 55 P 0.505 0.106 0.033 0.065 0.049 0.048 0.064 0.040 0.036 0.032 0.023 56 T 0.371 0.184 0.040 0.095 0.062 0.061 0.074 0.038 0.035 0.022 0.018 57 W 0.121 0.084 0.040 0.110 0.104 0.110 0.120 0.093 0.098 0.074 0.046 58 P 0.070 0.104 0.037 0.148 0.141 0.133 0.146 0.085 0.067 0.043 0.027 59 G 0.043 0.041 0.039 0.109 0.129 0.129 0.158 0.136 0.110 0.069 0.036 60 R 0.004 0.011 0.009 0.077 0.131 0.176 0.255 0.163 0.100 0.054 0.020 61 L 0.001 0.002 0.003 0.016 0.024 0.054 0.132 0.185 0.214 0.197 0.173 62 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.084 0.173 0.248 0.275 0.186 63 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.022 0.037 0.133 0.190 0.244 0.214 0.145 64 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.055 0.107 0.236 0.303 0.276 65 E 0.002 0.008 0.005 0.071 0.145 0.187 0.296 0.148 0.088 0.034 0.016 66 S 0.009 0.027 0.013 0.071 0.101 0.149 0.254 0.184 0.115 0.054 0.024 67 E 0.486 0.256 0.075 0.117 0.039 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 68 S 0.546 0.256 0.048 0.101 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.290 0.176 0.040 0.149 0.136 0.086 0.062 0.032 0.017 0.008 0.004 70 E 0.006 0.075 0.035 0.212 0.259 0.225 0.131 0.036 0.014 0.005 0.002 71 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.046 0.158 0.199 0.235 0.204 0.134 72 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.039 0.127 0.182 0.216 0.218 0.194 73 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.022 0.111 0.193 0.259 0.243 0.157 74 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.026 0.092 0.160 0.222 0.254 0.226 75 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.052 0.126 0.232 0.324 0.245 76 A 0.002 0.007 0.007 0.046 0.078 0.108 0.207 0.201 0.171 0.112 0.062 77 F 0.001 0.004 0.005 0.018 0.025 0.039 0.108 0.167 0.244 0.234 0.153 78 G 0.015 0.038 0.023 0.128 0.163 0.164 0.189 0.132 0.087 0.044 0.018 79 P 0.080 0.081 0.041 0.134 0.134 0.136 0.159 0.105 0.071 0.043 0.017 80 D 0.206 0.152 0.054 0.157 0.129 0.089 0.081 0.055 0.038 0.025 0.014 81 R 0.115 0.109 0.043 0.136 0.117 0.113 0.136 0.091 0.068 0.046 0.027 82 A 0.205 0.120 0.055 0.108 0.081 0.073 0.101 0.076 0.070 0.062 0.050 83 S 0.255 0.171 0.066 0.138 0.090 0.071 0.078 0.048 0.040 0.027 0.017 84 G 0.321 0.123 0.041 0.112 0.087 0.077 0.077 0.049 0.044 0.036 0.032 85 F 0.073 0.084 0.031 0.096 0.097 0.097 0.144 0.112 0.114 0.091 0.061 86 P 0.292 0.134 0.041 0.114 0.096 0.080 0.083 0.053 0.050 0.035 0.022 87 G 0.222 0.118 0.042 0.151 0.140 0.106 0.091 0.051 0.039 0.024 0.016 88 Y 0.025 0.045 0.023 0.096 0.109 0.150 0.197 0.131 0.107 0.076 0.042 89 T 0.016 0.042 0.028 0.161 0.202 0.201 0.161 0.083 0.057 0.031 0.018 90 A 0.010 0.005 0.005 0.012 0.015 0.026 0.097 0.154 0.246 0.241 0.188 91 E 0.004 0.010 0.020 0.115 0.158 0.176 0.247 0.128 0.079 0.040 0.022 92 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.007 0.010 0.046 0.106 0.220 0.291 0.305 93 W 0.002 0.004 0.016 0.073 0.117 0.171 0.244 0.164 0.111 0.066 0.032 94 A 0.003 0.011 0.036 0.051 0.056 0.092 0.211 0.186 0.180 0.119 0.056 95 I 0.001 0.002 0.005 0.010 0.011 0.020 0.089 0.163 0.250 0.274 0.175 96 Y 0.002 0.007 0.014 0.029 0.043 0.066 0.208 0.203 0.208 0.144 0.077 97 V 0.003 0.011 0.023 0.031 0.030 0.039 0.110 0.146 0.214 0.216 0.176 98 L 0.007 0.028 0.023 0.098 0.130 0.156 0.217 0.145 0.113 0.058 0.026 99 P 0.166 0.158 0.077 0.198 0.153 0.104 0.084 0.034 0.018 0.006 0.002 100 T 0.449 0.158 0.059 0.151 0.092 0.046 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 101 W 0.039 0.038 0.033 0.092 0.094 0.125 0.194 0.144 0.126 0.072 0.043 102 Q 0.014 0.037 0.038 0.136 0.164 0.171 0.180 0.113 0.076 0.047 0.025 103 R 0.056 0.124 0.165 0.165 0.132 0.118 0.118 0.062 0.034 0.017 0.008 104 K 0.060 0.077 0.081 0.220 0.214 0.160 0.110 0.042 0.022 0.010 0.003 105 G 0.241 0.114 0.068 0.118 0.104 0.097 0.118 0.059 0.044 0.024 0.013 106 L 0.003 0.022 0.030 0.064 0.071 0.086 0.159 0.142 0.163 0.136 0.125 107 G 0.003 0.008 0.021 0.023 0.033 0.061 0.195 0.198 0.205 0.153 0.100 108 R 0.066 0.063 0.155 0.260 0.207 0.144 0.070 0.019 0.010 0.004 0.002 109 A 0.020 0.038 0.152 0.173 0.171 0.156 0.184 0.064 0.027 0.010 0.005 110 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.007 0.031 0.074 0.182 0.296 0.396 111 F 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.023 0.164 0.183 0.219 0.217 0.178 112 H 0.005 0.016 0.507 0.265 0.128 0.052 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 113 E 0.001 0.003 0.020 0.038 0.102 0.232 0.413 0.122 0.046 0.017 0.006 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.193 0.335 0.415 115 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.035 0.161 0.424 0.169 0.107 0.060 0.031 116 R 0.003 0.013 0.612 0.237 0.089 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.029 0.125 0.418 0.222 0.114 0.057 0.022 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.156 0.322 0.473 119 Q 0.001 0.006 0.105 0.192 0.282 0.221 0.140 0.036 0.012 0.004 0.002 120 A 0.006 0.025 0.590 0.146 0.095 0.073 0.041 0.012 0.007 0.003 0.002 121 E 0.007 0.011 0.008 0.035 0.061 0.161 0.409 0.166 0.083 0.044 0.015 122 G 0.511 0.222 0.042 0.092 0.042 0.032 0.029 0.014 0.009 0.005 0.003 123 Y 0.003 0.015 0.017 0.049 0.068 0.073 0.129 0.156 0.180 0.166 0.143 124 G 0.114 0.120 0.057 0.203 0.165 0.141 0.124 0.041 0.021 0.010 0.005 125 R 0.006 0.033 0.030 0.146 0.196 0.206 0.207 0.092 0.050 0.022 0.012 126 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.110 0.228 0.323 0.291 127 L 0.001 0.007 0.006 0.089 0.170 0.219 0.208 0.123 0.090 0.050 0.036 128 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.039 0.088 0.240 0.342 0.277 129 W 0.002 0.006 0.007 0.091 0.183 0.213 0.254 0.138 0.071 0.025 0.010 130 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.007 0.011 0.056 0.128 0.264 0.313 0.210 131 L 0.002 0.007 0.009 0.097 0.207 0.205 0.226 0.126 0.081 0.029 0.010 132 K 0.143 0.162 0.151 0.289 0.132 0.063 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 133 E 0.067 0.159 0.055 0.233 0.181 0.140 0.098 0.040 0.018 0.006 0.002 134 N 0.004 0.012 0.003 0.021 0.039 0.094 0.219 0.238 0.203 0.110 0.057 135 P 0.719 0.175 0.031 0.042 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 136 K 0.105 0.116 0.082 0.264 0.198 0.129 0.073 0.021 0.008 0.003 0.001 137 G 0.004 0.003 0.003 0.006 0.006 0.012 0.062 0.138 0.244 0.272 0.249 138 R 0.003 0.006 0.017 0.193 0.252 0.256 0.151 0.065 0.035 0.017 0.006 139 G 0.012 0.058 0.452 0.150 0.121 0.102 0.062 0.022 0.013 0.005 0.002 140 F 0.001 0.003 0.007 0.025 0.044 0.111 0.271 0.221 0.156 0.103 0.057 141 Y 0.004 0.003 0.005 0.009 0.011 0.017 0.094 0.173 0.249 0.267 0.168 142 E 0.013 0.040 0.128 0.268 0.220 0.143 0.094 0.045 0.027 0.014 0.009 143 H 0.026 0.063 0.244 0.205 0.173 0.128 0.094 0.034 0.021 0.009 0.003 144 L 0.006 0.011 0.008 0.032 0.051 0.096 0.209 0.190 0.179 0.139 0.078 145 G 0.171 0.175 0.054 0.118 0.090 0.078 0.116 0.075 0.066 0.039 0.018 146 G 0.040 0.030 0.019 0.048 0.060 0.079 0.151 0.152 0.170 0.143 0.106 147 V 0.102 0.151 0.094 0.222 0.153 0.096 0.086 0.043 0.027 0.016 0.010 148 L 0.067 0.079 0.041 0.112 0.122 0.132 0.173 0.109 0.083 0.052 0.031 149 L 0.048 0.074 0.044 0.130 0.123 0.128 0.144 0.108 0.092 0.070 0.038 150 G 0.328 0.161 0.056 0.105 0.094 0.076 0.075 0.042 0.032 0.020 0.011 151 E 0.200 0.184 0.106 0.192 0.113 0.069 0.064 0.031 0.021 0.012 0.008 152 R 0.087 0.088 0.065 0.129 0.133 0.116 0.155 0.088 0.065 0.045 0.029 153 E 0.160 0.188 0.117 0.242 0.126 0.073 0.049 0.021 0.013 0.007 0.005 154 I 0.093 0.075 0.075 0.125 0.135 0.137 0.149 0.087 0.064 0.040 0.020 155 E 0.145 0.135 0.115 0.191 0.120 0.094 0.092 0.046 0.031 0.018 0.012 156 L 0.062 0.061 0.041 0.079 0.091 0.104 0.187 0.131 0.112 0.084 0.048 157 G 0.285 0.206 0.063 0.122 0.081 0.063 0.063 0.039 0.034 0.027 0.017 158 G 0.357 0.166 0.044 0.110 0.085 0.067 0.062 0.036 0.033 0.024 0.016 159 A 0.314 0.158 0.063 0.131 0.094 0.073 0.069 0.036 0.030 0.019 0.011 160 K 0.119 0.135 0.069 0.220 0.167 0.119 0.088 0.038 0.027 0.013 0.006 161 L 0.035 0.036 0.032 0.067 0.077 0.106 0.152 0.148 0.157 0.111 0.079 162 W 0.034 0.033 0.054 0.115 0.114 0.147 0.195 0.127 0.099 0.056 0.027 163 E 0.024 0.042 0.124 0.154 0.142 0.152 0.163 0.087 0.061 0.034 0.018 164 V 0.013 0.013 0.050 0.060 0.052 0.072 0.156 0.152 0.172 0.152 0.109 165 A 0.007 0.013 0.040 0.084 0.103 0.127 0.176 0.144 0.142 0.102 0.061 166 Y 0.005 0.010 0.071 0.037 0.032 0.044 0.120 0.144 0.216 0.183 0.137 167 G 0.013 0.024 0.082 0.160 0.199 0.178 0.170 0.084 0.052 0.027 0.012 168 F 0.011 0.023 0.053 0.057 0.071 0.099 0.194 0.161 0.163 0.113 0.055 169 D 0.110 0.139 0.121 0.228 0.178 0.105 0.073 0.025 0.014 0.006 0.002 170 L 0.017 0.012 0.013 0.017 0.019 0.033 0.114 0.149 0.215 0.230 0.179 171 G 0.248 0.326 0.087 0.163 0.086 0.040 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 172 G 0.583 0.167 0.042 0.080 0.047 0.030 0.024 0.012 0.008 0.004 0.002 173 H 0.321 0.140 0.043 0.103 0.084 0.078 0.086 0.050 0.041 0.032 0.022 174 K 0.283 0.258 0.082 0.159 0.096 0.047 0.035 0.017 0.013 0.007 0.004 175 W 0.186 0.083 0.023 0.086 0.098 0.099 0.132 0.106 0.089 0.061 0.037