# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 966 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.185 0.181 0.114 0.198 0.025 0.142 0.034 0.029 0.019 0.001 2 V 0.011 0.653 0.272 0.004 0.043 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 3 R 0.008 0.512 0.392 0.002 0.004 0.061 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 4 I 0.018 0.446 0.426 0.004 0.004 0.070 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 5 R 0.021 0.632 0.170 0.003 0.029 0.034 0.005 0.001 0.107 0.001 0.001 6 R 0.029 0.047 0.841 0.005 0.003 0.054 0.003 0.001 0.003 0.001 0.013 7 A 0.070 0.257 0.436 0.063 0.129 0.026 0.006 0.004 0.007 0.002 0.001 8 G 0.014 0.246 0.266 0.007 0.363 0.024 0.006 0.004 0.028 0.041 0.001 9 L 0.900 0.011 0.021 0.056 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.759 0.005 0.020 0.198 0.003 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 11 D 0.312 0.012 0.041 0.518 0.004 0.051 0.025 0.003 0.033 0.001 0.001 12 L 0.837 0.017 0.094 0.014 0.002 0.009 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 13 P 0.979 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.943 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 W 0.930 0.006 0.012 0.042 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 24 R 0.908 0.007 0.017 0.056 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.803 0.019 0.043 0.102 0.009 0.007 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 26 T 0.656 0.027 0.038 0.244 0.008 0.009 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 27 Y 0.321 0.092 0.112 0.257 0.023 0.049 0.074 0.016 0.051 0.004 0.001 28 R 0.269 0.079 0.158 0.290 0.029 0.022 0.114 0.013 0.017 0.009 0.001 29 G 0.222 0.037 0.120 0.086 0.098 0.009 0.066 0.239 0.003 0.120 0.001 30 V 0.275 0.249 0.259 0.130 0.028 0.034 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 31 V 0.048 0.249 0.438 0.008 0.023 0.046 0.014 0.001 0.171 0.002 0.001 32 P 0.311 0.009 0.617 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 33 E 0.859 0.013 0.055 0.052 0.007 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 34 A 0.802 0.021 0.046 0.083 0.021 0.003 0.006 0.008 0.003 0.006 0.001 35 F 0.701 0.027 0.063 0.154 0.014 0.016 0.013 0.003 0.006 0.002 0.001 36 L 0.545 0.101 0.114 0.157 0.017 0.027 0.020 0.003 0.014 0.002 0.001 37 E 0.455 0.068 0.222 0.194 0.018 0.015 0.013 0.003 0.009 0.002 0.001 38 G 0.279 0.020 0.116 0.086 0.061 0.008 0.078 0.255 0.008 0.087 0.001 39 L 0.329 0.112 0.341 0.121 0.016 0.046 0.012 0.001 0.020 0.001 0.002 40 S 0.281 0.085 0.380 0.119 0.038 0.044 0.018 0.010 0.011 0.013 0.002 41 Y 0.541 0.082 0.132 0.152 0.021 0.024 0.011 0.005 0.021 0.009 0.001 42 E 0.721 0.019 0.126 0.100 0.008 0.006 0.008 0.004 0.003 0.004 0.001 43 G 0.520 0.005 0.050 0.060 0.027 0.005 0.047 0.225 0.002 0.060 0.001 44 Q 0.781 0.016 0.083 0.065 0.006 0.026 0.003 0.001 0.012 0.004 0.001 45 A 0.974 0.002 0.008 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.838 0.002 0.004 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.659 0.022 0.080 0.206 0.004 0.011 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 53 K 0.399 0.043 0.093 0.361 0.009 0.035 0.037 0.008 0.012 0.003 0.001 54 T 0.051 0.189 0.454 0.014 0.056 0.021 0.018 0.002 0.189 0.007 0.001 55 P 0.455 0.007 0.427 0.034 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 56 T 0.229 0.064 0.162 0.438 0.020 0.036 0.016 0.014 0.020 0.002 0.001 57 W 0.049 0.231 0.454 0.006 0.092 0.014 0.013 0.003 0.121 0.016 0.001 58 P 0.205 0.009 0.582 0.090 0.001 0.031 0.003 0.001 0.002 0.001 0.075 59 G 0.038 0.122 0.219 0.050 0.310 0.008 0.035 0.166 0.006 0.047 0.001 60 R 0.029 0.525 0.289 0.035 0.073 0.027 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 61 L 0.002 0.792 0.140 0.003 0.035 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 62 F 0.002 0.846 0.106 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 63 V 0.002 0.893 0.046 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 64 A 0.002 0.782 0.085 0.003 0.093 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 65 E 0.009 0.696 0.159 0.016 0.052 0.038 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 66 S 0.027 0.271 0.450 0.018 0.167 0.022 0.004 0.002 0.023 0.015 0.001 67 E 0.742 0.044 0.036 0.125 0.012 0.010 0.007 0.005 0.011 0.006 0.001 68 S 0.076 0.017 0.070 0.448 0.007 0.009 0.344 0.007 0.010 0.011 0.001 69 G 0.002 0.001 0.005 0.006 0.015 0.001 0.167 0.785 0.001 0.017 0.001 70 E 0.010 0.471 0.455 0.007 0.014 0.022 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 71 V 0.001 0.057 0.892 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 V 0.304 0.145 0.008 0.527 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 73 G 0.001 0.328 0.017 0.001 0.652 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 F 0.001 0.900 0.030 0.001 0.052 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 75 A 0.002 0.860 0.032 0.001 0.093 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 76 A 0.005 0.757 0.127 0.004 0.080 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 F 0.013 0.609 0.182 0.046 0.093 0.030 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 78 G 0.005 0.301 0.219 0.001 0.243 0.010 0.040 0.002 0.139 0.042 0.001 79 P 0.331 0.009 0.460 0.021 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 80 D 0.238 0.142 0.178 0.237 0.047 0.089 0.027 0.007 0.030 0.003 0.001 81 R 0.271 0.226 0.209 0.138 0.057 0.027 0.021 0.005 0.041 0.004 0.001 82 A 0.475 0.078 0.228 0.132 0.026 0.022 0.010 0.008 0.014 0.005 0.002 83 S 0.260 0.097 0.208 0.371 0.031 0.010 0.010 0.004 0.006 0.003 0.001 84 G 0.089 0.013 0.131 0.105 0.046 0.009 0.077 0.333 0.005 0.191 0.001 85 F 0.019 0.298 0.494 0.003 0.024 0.016 0.007 0.001 0.137 0.001 0.001 86 P 0.072 0.004 0.823 0.011 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 87 G 0.049 0.018 0.104 0.025 0.092 0.003 0.049 0.541 0.002 0.117 0.001 88 Y 0.174 0.218 0.244 0.141 0.102 0.047 0.040 0.011 0.014 0.006 0.002 89 T 0.029 0.699 0.086 0.056 0.101 0.014 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 90 A 0.011 0.652 0.109 0.008 0.203 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 91 E 0.004 0.817 0.105 0.002 0.038 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 92 L 0.014 0.525 0.355 0.002 0.012 0.073 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 93 W 0.169 0.601 0.074 0.054 0.056 0.018 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 94 A 0.024 0.584 0.215 0.005 0.131 0.019 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 95 I 0.028 0.809 0.085 0.014 0.032 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 96 Y 0.019 0.765 0.106 0.004 0.058 0.021 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 97 V 0.027 0.647 0.222 0.016 0.010 0.042 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 98 L 0.013 0.149 0.565 0.001 0.012 0.055 0.004 0.001 0.200 0.002 0.001 99 P 0.888 0.001 0.079 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 100 T 0.847 0.010 0.025 0.099 0.005 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 101 W 0.673 0.022 0.032 0.218 0.011 0.011 0.016 0.005 0.010 0.002 0.001 102 Q 0.475 0.033 0.101 0.264 0.009 0.015 0.089 0.005 0.006 0.003 0.001 103 R 0.226 0.020 0.029 0.120 0.033 0.017 0.323 0.169 0.009 0.054 0.001 104 K 0.374 0.098 0.223 0.240 0.025 0.017 0.016 0.001 0.004 0.002 0.001 105 G 0.258 0.017 0.109 0.021 0.086 0.014 0.043 0.216 0.004 0.232 0.001 106 L 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.195 0.001 0.004 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.203 0.774 0.001 0.010 0.001 123 Y 0.046 0.129 0.614 0.084 0.031 0.057 0.022 0.002 0.010 0.005 0.001 124 G 0.205 0.070 0.162 0.260 0.175 0.009 0.017 0.051 0.002 0.049 0.001 125 R 0.006 0.694 0.073 0.009 0.203 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 126 M 0.002 0.828 0.120 0.001 0.013 0.014 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 127 L 0.003 0.799 0.154 0.001 0.009 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 128 V 0.005 0.807 0.121 0.002 0.027 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 129 W 0.005 0.717 0.177 0.001 0.031 0.039 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 130 V 0.039 0.609 0.224 0.011 0.023 0.055 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 131 L 0.046 0.249 0.469 0.015 0.042 0.117 0.005 0.001 0.054 0.001 0.001 132 K 0.625 0.061 0.169 0.084 0.029 0.012 0.007 0.004 0.003 0.004 0.002 133 E 0.215 0.138 0.109 0.431 0.054 0.023 0.010 0.007 0.010 0.002 0.001 134 N 0.009 0.102 0.442 0.008 0.031 0.082 0.007 0.001 0.317 0.002 0.001 135 P 0.964 0.001 0.012 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.653 0.003 0.019 0.311 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 137 G 0.467 0.026 0.153 0.272 0.015 0.015 0.018 0.020 0.008 0.005 0.001 138 R 0.832 0.022 0.087 0.034 0.004 0.004 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 139 G 0.827 0.013 0.034 0.016 0.020 0.001 0.004 0.047 0.001 0.036 0.001 140 F 0.934 0.015 0.015 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.904 0.036 0.016 0.026 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 142 E 0.895 0.050 0.027 0.015 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 H 0.844 0.036 0.044 0.052 0.007 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 144 L 0.347 0.029 0.027 0.574 0.002 0.004 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 145 G 0.013 0.002 0.017 0.022 0.015 0.001 0.385 0.374 0.002 0.169 0.001 146 G 0.035 0.034 0.271 0.045 0.135 0.005 0.043 0.188 0.001 0.241 0.002 147 V 0.019 0.640 0.284 0.004 0.023 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 148 L 0.016 0.055 0.814 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 149 L 0.294 0.197 0.078 0.378 0.013 0.017 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 150 G 0.013 0.045 0.064 0.005 0.707 0.001 0.017 0.066 0.001 0.080 0.001 151 E 0.072 0.582 0.200 0.048 0.074 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 152 R 0.033 0.563 0.228 0.010 0.081 0.020 0.007 0.001 0.055 0.003 0.001 153 E 0.111 0.226 0.569 0.013 0.012 0.054 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 154 I 0.175 0.432 0.216 0.045 0.047 0.045 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 155 E 0.172 0.309 0.371 0.051 0.034 0.036 0.008 0.001 0.014 0.002 0.002 156 L 0.159 0.176 0.188 0.286 0.046 0.023 0.053 0.011 0.053 0.005 0.001 157 G 0.018 0.007 0.059 0.022 0.040 0.002 0.332 0.144 0.002 0.372 0.001 158 G 0.055 0.010 0.108 0.036 0.054 0.005 0.075 0.427 0.001 0.227 0.002 159 A 0.171 0.242 0.431 0.067 0.048 0.016 0.010 0.004 0.008 0.003 0.001 160 K 0.150 0.224 0.518 0.017 0.017 0.041 0.008 0.002 0.018 0.003 0.001 161 L 0.315 0.308 0.288 0.021 0.017 0.033 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 162 W 0.593 0.147 0.123 0.071 0.025 0.023 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 163 E 0.252 0.455 0.137 0.030 0.095 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 164 V 0.210 0.564 0.124 0.019 0.037 0.019 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 165 A 0.274 0.503 0.148 0.019 0.024 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 166 Y 0.301 0.342 0.070 0.117 0.089 0.022 0.015 0.004 0.037 0.003 0.001 167 G 0.295 0.235 0.194 0.061 0.104 0.027 0.024 0.014 0.020 0.025 0.001 168 F 0.223 0.452 0.197 0.012 0.075 0.019 0.006 0.001 0.012 0.004 0.001 169 D 0.256 0.076 0.530 0.027 0.009 0.078 0.007 0.001 0.012 0.001 0.004 170 L 0.241 0.078 0.145 0.492 0.010 0.012 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 171 G 0.021 0.003 0.021 0.027 0.015 0.001 0.342 0.402 0.004 0.163 0.001 172 G 0.041 0.022 0.303 0.023 0.083 0.007 0.032 0.129 0.003 0.356 0.001 173 H 0.198 0.130 0.350 0.155 0.060 0.041 0.036 0.010 0.010 0.006 0.004 174 K 0.174 0.319 0.261 0.132 0.039 0.033 0.011 0.004 0.025 0.002 0.001 175 W 0.171 0.258 0.332 0.073 0.075 0.040 0.012 0.008 0.021 0.010 0.001