# TARGET T0267 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 966 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.196 0.087 0.055 0.355 0.014 0.015 0.028 0.022 0.051 0.040 2 V 0.188 0.152 0.016 0.003 0.581 0.002 0.003 0.009 0.004 0.013 0.030 3 R 0.185 0.137 0.025 0.003 0.581 0.003 0.005 0.009 0.005 0.019 0.029 4 I 0.300 0.142 0.023 0.006 0.407 0.003 0.004 0.014 0.011 0.024 0.066 5 R 0.027 0.410 0.287 0.016 0.208 0.013 0.011 0.009 0.006 0.005 0.007 6 R 0.159 0.356 0.125 0.001 0.292 0.001 0.002 0.005 0.006 0.014 0.041 7 A 0.085 0.369 0.142 0.011 0.251 0.021 0.044 0.011 0.009 0.027 0.030 8 G 0.002 0.664 0.300 0.009 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.392 0.588 0.005 0.001 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.583 0.366 0.029 0.001 11 D 0.032 0.032 0.008 0.001 0.045 0.001 0.007 0.168 0.094 0.579 0.033 12 L 0.006 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.719 0.244 0.012 0.002 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.911 0.075 0.001 0.001 14 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.889 0.071 0.034 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.054 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.037 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.960 0.031 0.002 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.945 0.039 0.005 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.078 0.006 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.885 0.092 0.007 0.001 21 D 0.001 0.005 0.003 0.001 0.004 0.003 0.053 0.853 0.065 0.012 0.002 22 T 0.006 0.006 0.003 0.002 0.006 0.006 0.062 0.715 0.128 0.059 0.006 23 W 0.017 0.031 0.008 0.002 0.031 0.004 0.026 0.608 0.179 0.077 0.017 24 R 0.007 0.036 0.008 0.005 0.020 0.013 0.061 0.648 0.162 0.036 0.004 25 A 0.016 0.049 0.030 0.014 0.040 0.026 0.137 0.433 0.142 0.101 0.013 26 T 0.060 0.098 0.050 0.015 0.082 0.018 0.080 0.329 0.114 0.113 0.041 27 Y 0.066 0.097 0.050 0.020 0.096 0.016 0.025 0.260 0.160 0.157 0.054 28 R 0.030 0.097 0.042 0.030 0.068 0.035 0.069 0.350 0.178 0.080 0.021 29 G 0.043 0.088 0.053 0.020 0.087 0.018 0.046 0.298 0.163 0.153 0.032 30 V 0.057 0.091 0.047 0.019 0.098 0.022 0.076 0.305 0.137 0.118 0.031 31 V 0.078 0.167 0.103 0.035 0.141 0.021 0.031 0.178 0.083 0.115 0.047 32 P 0.075 0.183 0.096 0.030 0.162 0.017 0.026 0.204 0.096 0.071 0.039 33 E 0.052 0.116 0.060 0.020 0.106 0.019 0.044 0.308 0.165 0.085 0.024 34 A 0.044 0.099 0.057 0.022 0.090 0.020 0.049 0.308 0.173 0.107 0.031 35 F 0.055 0.082 0.038 0.017 0.094 0.018 0.048 0.307 0.154 0.147 0.040 36 L 0.055 0.116 0.056 0.025 0.101 0.020 0.048 0.242 0.137 0.158 0.041 37 E 0.045 0.193 0.107 0.032 0.118 0.020 0.040 0.218 0.111 0.088 0.026 38 G 0.043 0.160 0.090 0.021 0.098 0.018 0.043 0.271 0.140 0.088 0.030 39 L 0.052 0.152 0.084 0.019 0.100 0.017 0.042 0.246 0.121 0.119 0.047 40 S 0.056 0.219 0.105 0.020 0.126 0.014 0.027 0.206 0.094 0.099 0.033 41 Y 0.041 0.181 0.084 0.013 0.106 0.011 0.018 0.323 0.132 0.071 0.020 42 E 0.019 0.058 0.021 0.007 0.041 0.014 0.033 0.596 0.154 0.044 0.013 43 G 0.018 0.058 0.021 0.005 0.039 0.007 0.022 0.637 0.111 0.067 0.016 44 Q 0.017 0.073 0.030 0.003 0.027 0.002 0.006 0.677 0.098 0.057 0.011 45 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.875 0.095 0.009 0.002 46 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.931 0.049 0.003 0.001 47 R 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.916 0.052 0.015 0.001 48 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.889 0.084 0.018 0.001 49 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.853 0.117 0.009 0.001 50 Q 0.001 0.005 0.003 0.002 0.005 0.004 0.025 0.821 0.112 0.019 0.001 51 R 0.005 0.009 0.007 0.005 0.011 0.009 0.067 0.687 0.135 0.062 0.005 52 L 0.032 0.029 0.007 0.004 0.042 0.008 0.055 0.492 0.172 0.130 0.029 53 K 0.018 0.057 0.022 0.020 0.039 0.042 0.130 0.388 0.146 0.123 0.016 54 T 0.050 0.190 0.104 0.037 0.139 0.032 0.078 0.153 0.065 0.118 0.033 55 P 0.072 0.115 0.081 0.047 0.097 0.038 0.078 0.152 0.110 0.154 0.055 56 T 0.062 0.128 0.131 0.075 0.105 0.050 0.068 0.109 0.098 0.130 0.044 57 W 0.062 0.169 0.094 0.047 0.154 0.034 0.069 0.129 0.113 0.094 0.034 58 P 0.108 0.115 0.051 0.019 0.151 0.026 0.054 0.086 0.117 0.203 0.069 59 G 0.117 0.182 0.055 0.025 0.265 0.023 0.037 0.058 0.060 0.127 0.050 60 R 0.343 0.073 0.011 0.005 0.445 0.004 0.011 0.014 0.009 0.030 0.056 61 L 0.200 0.143 0.016 0.007 0.601 0.009 0.004 0.003 0.002 0.004 0.012 62 F 0.318 0.045 0.003 0.001 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 63 V 0.416 0.059 0.005 0.001 0.454 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.055 64 A 0.141 0.296 0.042 0.001 0.488 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.023 65 E 0.190 0.167 0.009 0.003 0.519 0.004 0.001 0.003 0.002 0.025 0.076 66 S 0.018 0.162 0.640 0.127 0.023 0.012 0.003 0.007 0.003 0.001 0.003 67 E 0.001 0.002 0.022 0.041 0.001 0.081 0.120 0.526 0.200 0.006 0.001 68 S 0.001 0.521 0.258 0.149 0.014 0.007 0.012 0.017 0.014 0.005 0.001 69 G 0.010 0.027 0.019 0.004 0.017 0.001 0.001 0.003 0.009 0.516 0.394 70 E 0.006 0.745 0.074 0.001 0.168 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.732 0.007 0.001 0.001 0.234 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 72 V 0.017 0.021 0.006 0.140 0.040 0.603 0.162 0.003 0.001 0.002 0.005 73 G 0.183 0.196 0.029 0.005 0.566 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 74 F 0.412 0.045 0.007 0.003 0.444 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.073 75 A 0.283 0.114 0.014 0.010 0.479 0.018 0.015 0.006 0.003 0.009 0.049 76 A 0.284 0.097 0.019 0.002 0.501 0.002 0.004 0.007 0.005 0.011 0.067 77 F 0.294 0.097 0.031 0.022 0.285 0.015 0.016 0.020 0.025 0.067 0.129 78 G 0.078 0.284 0.159 0.066 0.264 0.025 0.016 0.024 0.025 0.029 0.028 79 P 0.124 0.176 0.080 0.027 0.217 0.018 0.039 0.118 0.094 0.063 0.044 80 D 0.103 0.123 0.056 0.024 0.174 0.031 0.093 0.135 0.101 0.113 0.047 81 R 0.094 0.178 0.101 0.042 0.169 0.025 0.036 0.086 0.078 0.129 0.064 82 A 0.075 0.184 0.107 0.043 0.152 0.035 0.058 0.121 0.094 0.091 0.040 83 S 0.064 0.169 0.112 0.038 0.136 0.026 0.052 0.158 0.117 0.094 0.033 84 G 0.069 0.093 0.075 0.040 0.094 0.050 0.088 0.191 0.119 0.137 0.044 85 F 0.056 0.125 0.098 0.077 0.095 0.074 0.099 0.170 0.085 0.087 0.035 86 P 0.064 0.090 0.101 0.105 0.085 0.060 0.060 0.103 0.092 0.171 0.069 87 G 0.090 0.186 0.082 0.039 0.170 0.042 0.052 0.122 0.101 0.084 0.033 88 Y 0.103 0.080 0.042 0.035 0.144 0.031 0.043 0.115 0.086 0.250 0.071 89 T 0.235 0.109 0.029 0.021 0.310 0.013 0.027 0.049 0.038 0.089 0.079 90 A 0.215 0.192 0.055 0.026 0.419 0.008 0.006 0.013 0.007 0.022 0.038 91 E 0.122 0.264 0.050 0.003 0.522 0.003 0.008 0.008 0.002 0.006 0.013 92 L 0.645 0.013 0.001 0.001 0.237 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.096 93 W 0.016 0.086 0.031 0.168 0.085 0.403 0.171 0.020 0.006 0.009 0.004 94 A 0.341 0.066 0.005 0.001 0.533 0.001 0.002 0.006 0.003 0.006 0.037 95 I 0.284 0.066 0.006 0.013 0.484 0.031 0.008 0.010 0.009 0.014 0.074 96 Y 0.348 0.051 0.007 0.001 0.477 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 0.091 97 V 0.066 0.450 0.165 0.007 0.238 0.003 0.002 0.003 0.003 0.025 0.036 98 L 0.040 0.508 0.189 0.012 0.240 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 99 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.360 0.605 0.011 0.001 100 T 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.137 0.661 0.162 0.026 0.001 101 W 0.010 0.009 0.002 0.003 0.009 0.013 0.121 0.453 0.110 0.253 0.018 102 Q 0.013 0.057 0.028 0.021 0.020 0.041 0.100 0.486 0.137 0.079 0.017 103 R 0.031 0.044 0.034 0.033 0.041 0.029 0.074 0.234 0.117 0.325 0.039 104 K 0.008 0.319 0.263 0.106 0.031 0.044 0.080 0.098 0.014 0.029 0.008 105 G 0.021 0.060 0.064 0.099 0.026 0.057 0.063 0.299 0.050 0.193 0.068 106 L 0.013 0.060 0.029 0.003 0.016 0.002 0.009 0.697 0.132 0.027 0.013 107 G 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.896 0.078 0.011 0.001 108 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.049 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.039 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.044 0.006 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.051 0.004 0.001 112 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.944 0.037 0.003 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.022 0.004 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.060 0.011 0.001 115 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.053 0.003 0.001 116 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.033 0.003 0.001 117 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.935 0.043 0.005 0.001 118 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.910 0.058 0.013 0.005 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.787 0.179 0.007 0.001 120 A 0.001 0.026 0.009 0.004 0.004 0.006 0.066 0.725 0.138 0.019 0.001 121 E 0.001 0.635 0.344 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 122 G 0.043 0.009 0.006 0.003 0.009 0.001 0.003 0.004 0.005 0.474 0.444 123 Y 0.172 0.277 0.030 0.005 0.371 0.007 0.006 0.014 0.017 0.035 0.066 124 G 0.050 0.137 0.035 0.091 0.208 0.137 0.165 0.078 0.036 0.043 0.020 125 R 0.407 0.054 0.007 0.002 0.466 0.002 0.005 0.007 0.005 0.012 0.033 126 M 0.208 0.086 0.005 0.004 0.663 0.004 0.003 0.005 0.002 0.003 0.018 127 L 0.269 0.040 0.006 0.001 0.636 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.037 128 V 0.291 0.081 0.008 0.005 0.543 0.007 0.006 0.007 0.003 0.006 0.042 129 W 0.339 0.069 0.010 0.003 0.462 0.003 0.005 0.010 0.006 0.014 0.080 130 V 0.201 0.203 0.059 0.017 0.344 0.010 0.009 0.033 0.017 0.037 0.072 131 L 0.078 0.301 0.117 0.031 0.281 0.013 0.022 0.060 0.037 0.030 0.031 132 K 0.029 0.073 0.053 0.036 0.048 0.043 0.096 0.371 0.196 0.039 0.016 133 E 0.016 0.040 0.041 0.036 0.026 0.064 0.173 0.269 0.115 0.194 0.026 134 N 0.142 0.162 0.053 0.009 0.204 0.006 0.009 0.170 0.095 0.079 0.070 135 P 0.003 0.014 0.008 0.004 0.008 0.010 0.009 0.625 0.288 0.026 0.004 136 K 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.881 0.082 0.012 0.002 137 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.806 0.144 0.043 0.001 138 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.905 0.083 0.002 0.001 139 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.045 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.949 0.043 0.002 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.060 0.006 0.001 142 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.811 0.169 0.003 0.001 143 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.097 0.851 0.041 0.003 0.001 144 L 0.002 0.531 0.409 0.006 0.035 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 145 G 0.131 0.023 0.015 0.046 0.034 0.013 0.011 0.021 0.016 0.324 0.367 146 G 0.177 0.284 0.052 0.005 0.325 0.003 0.003 0.022 0.022 0.049 0.057 147 V 0.033 0.527 0.145 0.015 0.241 0.004 0.005 0.012 0.005 0.004 0.009 148 L 0.469 0.083 0.022 0.002 0.304 0.005 0.007 0.027 0.011 0.011 0.056 149 L 0.040 0.142 0.068 0.134 0.115 0.151 0.139 0.110 0.045 0.038 0.018 150 G 0.089 0.143 0.152 0.080 0.158 0.024 0.020 0.082 0.052 0.126 0.073 151 E 0.160 0.127 0.061 0.017 0.212 0.019 0.039 0.128 0.092 0.096 0.049 152 R 0.113 0.317 0.109 0.015 0.300 0.006 0.010 0.041 0.028 0.030 0.033 153 E 0.117 0.208 0.063 0.020 0.234 0.026 0.052 0.124 0.074 0.039 0.043 154 I 0.112 0.195 0.102 0.021 0.247 0.015 0.034 0.097 0.061 0.076 0.040 155 E 0.168 0.115 0.072 0.032 0.133 0.038 0.066 0.160 0.073 0.068 0.077 156 L 0.029 0.078 0.148 0.203 0.059 0.143 0.077 0.116 0.052 0.073 0.023 157 G 0.015 0.141 0.087 0.293 0.036 0.112 0.100 0.085 0.042 0.072 0.017 158 G 0.023 0.029 0.048 0.078 0.024 0.033 0.017 0.041 0.057 0.548 0.104 159 A 0.069 0.324 0.147 0.021 0.180 0.013 0.025 0.089 0.063 0.046 0.024 160 K 0.154 0.244 0.144 0.019 0.219 0.007 0.012 0.046 0.027 0.069 0.061 161 L 0.060 0.392 0.106 0.015 0.188 0.011 0.026 0.116 0.042 0.024 0.020 162 W 0.094 0.120 0.041 0.011 0.119 0.013 0.022 0.389 0.112 0.053 0.027 163 E 0.043 0.043 0.013 0.005 0.066 0.009 0.023 0.587 0.155 0.043 0.014 164 V 0.117 0.047 0.007 0.004 0.181 0.007 0.016 0.496 0.087 0.019 0.020 165 A 0.105 0.055 0.017 0.019 0.169 0.019 0.029 0.444 0.074 0.042 0.028 166 Y 0.095 0.092 0.022 0.007 0.241 0.010 0.020 0.361 0.068 0.052 0.032 167 G 0.171 0.079 0.018 0.012 0.188 0.011 0.027 0.234 0.084 0.108 0.069 168 F 0.041 0.321 0.145 0.032 0.198 0.019 0.033 0.136 0.040 0.021 0.013 169 D 0.189 0.148 0.079 0.017 0.186 0.013 0.039 0.133 0.053 0.074 0.070 170 L 0.050 0.188 0.136 0.057 0.121 0.045 0.090 0.181 0.069 0.042 0.020 171 G 0.024 0.098 0.098 0.236 0.046 0.132 0.077 0.071 0.043 0.142 0.033 172 G 0.055 0.154 0.132 0.123 0.097 0.049 0.042 0.080 0.088 0.124 0.055 173 H 0.089 0.121 0.073 0.027 0.156 0.019 0.033 0.117 0.125 0.172 0.069 174 K 0.073 0.200 0.114 0.027 0.158 0.022 0.057 0.141 0.109 0.066 0.033 175 W 0.146 0.159 0.068 0.019 0.219 0.019 0.031 0.092 0.062 0.110 0.074