# TARGET T0267 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 966 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.626 0.196 0.100 0.056 0.017 0.004 0.001 2 V 0.649 0.157 0.088 0.063 0.035 0.008 0.001 3 R 0.543 0.227 0.103 0.070 0.039 0.015 0.003 4 I 0.433 0.133 0.117 0.134 0.104 0.068 0.011 5 R 0.368 0.227 0.159 0.142 0.072 0.029 0.004 6 R 0.522 0.236 0.123 0.062 0.040 0.015 0.002 7 A 0.407 0.213 0.156 0.133 0.073 0.018 0.001 8 G 0.352 0.279 0.171 0.139 0.048 0.010 0.001 9 L 0.513 0.304 0.129 0.044 0.009 0.002 0.001 10 E 0.650 0.251 0.073 0.022 0.004 0.001 0.001 11 D 0.185 0.198 0.183 0.222 0.168 0.041 0.002 12 L 0.048 0.122 0.289 0.332 0.180 0.027 0.001 13 P 0.170 0.473 0.259 0.083 0.013 0.002 0.001 14 G 0.035 0.126 0.259 0.325 0.201 0.050 0.003 15 V 0.001 0.002 0.006 0.039 0.243 0.602 0.107 16 A 0.002 0.043 0.206 0.406 0.247 0.086 0.009 17 R 0.024 0.196 0.347 0.282 0.110 0.037 0.005 18 V 0.003 0.009 0.018 0.062 0.252 0.530 0.125 19 L 0.002 0.004 0.014 0.081 0.263 0.529 0.108 20 V 0.016 0.143 0.287 0.289 0.168 0.082 0.015 21 D 0.025 0.110 0.234 0.350 0.204 0.068 0.008 22 T 0.003 0.014 0.038 0.129 0.336 0.417 0.062 23 W 0.016 0.052 0.099 0.221 0.355 0.229 0.027 24 R 0.078 0.262 0.255 0.234 0.120 0.043 0.006 25 A 0.159 0.284 0.238 0.181 0.095 0.037 0.006 26 T 0.218 0.218 0.193 0.173 0.118 0.066 0.014 27 Y 0.240 0.167 0.151 0.168 0.156 0.098 0.019 28 R 0.347 0.226 0.170 0.127 0.080 0.040 0.009 29 G 0.360 0.222 0.151 0.128 0.082 0.046 0.011 30 V 0.300 0.199 0.143 0.138 0.118 0.081 0.020 31 V 0.205 0.164 0.167 0.178 0.152 0.106 0.027 32 P 0.242 0.166 0.144 0.169 0.149 0.104 0.025 33 E 0.291 0.205 0.150 0.143 0.112 0.077 0.022 34 A 0.300 0.178 0.150 0.154 0.120 0.077 0.020 35 F 0.321 0.208 0.144 0.132 0.106 0.070 0.019 36 L 0.268 0.182 0.154 0.156 0.127 0.088 0.025 37 E 0.350 0.216 0.151 0.128 0.088 0.054 0.014 38 G 0.301 0.201 0.147 0.144 0.110 0.077 0.020 39 L 0.239 0.173 0.139 0.160 0.154 0.106 0.030 40 S 0.224 0.209 0.184 0.167 0.126 0.071 0.019 41 Y 0.210 0.208 0.178 0.178 0.126 0.080 0.021 42 E 0.382 0.238 0.133 0.108 0.077 0.050 0.014 43 G 0.199 0.231 0.201 0.158 0.117 0.072 0.021 44 Q 0.058 0.117 0.155 0.229 0.248 0.161 0.032 45 A 0.051 0.144 0.213 0.261 0.196 0.111 0.024 46 E 0.272 0.369 0.193 0.090 0.045 0.025 0.005 47 R 0.044 0.169 0.267 0.266 0.172 0.071 0.010 48 W 0.007 0.012 0.036 0.137 0.366 0.398 0.044 49 A 0.045 0.143 0.254 0.300 0.179 0.071 0.008 50 Q 0.270 0.391 0.179 0.089 0.047 0.023 0.002 51 R 0.037 0.111 0.211 0.316 0.227 0.090 0.009 52 L 0.023 0.040 0.105 0.263 0.363 0.193 0.014 53 K 0.273 0.289 0.193 0.142 0.076 0.025 0.003 54 T 0.416 0.284 0.153 0.096 0.037 0.012 0.002 55 P 0.361 0.233 0.152 0.138 0.078 0.033 0.005 56 T 0.359 0.246 0.153 0.114 0.084 0.039 0.005 57 W 0.229 0.213 0.199 0.208 0.115 0.033 0.003 58 P 0.107 0.224 0.261 0.241 0.129 0.035 0.002 59 G 0.017 0.058 0.120 0.251 0.336 0.198 0.020 60 R 0.004 0.018 0.056 0.185 0.328 0.345 0.065 61 L 0.001 0.002 0.008 0.036 0.139 0.538 0.277 62 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.084 0.445 0.452 63 V 0.001 0.002 0.008 0.028 0.114 0.435 0.412 64 A 0.001 0.003 0.013 0.053 0.218 0.534 0.178 65 E 0.003 0.039 0.162 0.379 0.292 0.113 0.011 66 S 0.096 0.281 0.277 0.231 0.099 0.015 0.001 67 E 0.356 0.324 0.201 0.096 0.021 0.003 0.001 68 S 0.793 0.170 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 69 G 0.528 0.334 0.101 0.030 0.006 0.001 0.001 70 E 0.052 0.278 0.334 0.259 0.068 0.009 0.001 71 V 0.001 0.008 0.037 0.180 0.424 0.321 0.029 72 V 0.001 0.002 0.011 0.055 0.223 0.520 0.189 73 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.320 0.633 74 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.221 0.747 75 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.222 0.752 76 A 0.001 0.001 0.005 0.026 0.099 0.362 0.507 77 F 0.001 0.001 0.002 0.012 0.095 0.511 0.379 78 G 0.001 0.009 0.042 0.155 0.408 0.337 0.049 79 P 0.007 0.066 0.165 0.273 0.303 0.169 0.018 80 D 0.030 0.132 0.185 0.298 0.244 0.104 0.007 81 R 0.112 0.208 0.229 0.245 0.148 0.053 0.004 82 A 0.326 0.299 0.176 0.117 0.056 0.024 0.003 83 S 0.508 0.256 0.126 0.070 0.029 0.009 0.001 84 G 0.472 0.246 0.152 0.089 0.032 0.008 0.001 85 F 0.466 0.273 0.135 0.078 0.034 0.011 0.002 86 P 0.352 0.264 0.191 0.125 0.052 0.014 0.002 87 G 0.265 0.265 0.200 0.161 0.081 0.025 0.003 88 Y 0.089 0.187 0.210 0.261 0.183 0.066 0.005 89 T 0.021 0.084 0.186 0.317 0.290 0.094 0.007 90 A 0.020 0.040 0.061 0.156 0.311 0.355 0.058 91 E 0.007 0.038 0.129 0.309 0.310 0.182 0.025 92 L 0.003 0.004 0.008 0.029 0.127 0.518 0.310 93 W 0.006 0.029 0.064 0.170 0.289 0.323 0.118 94 A 0.005 0.024 0.070 0.138 0.214 0.367 0.182 95 I 0.002 0.005 0.011 0.040 0.125 0.451 0.366 96 Y 0.004 0.016 0.041 0.113 0.241 0.409 0.176 97 V 0.017 0.037 0.070 0.134 0.263 0.356 0.122 98 L 0.054 0.134 0.203 0.300 0.209 0.084 0.016 99 P 0.303 0.294 0.173 0.133 0.065 0.026 0.006 100 T 0.375 0.341 0.164 0.079 0.029 0.010 0.002 101 W 0.161 0.185 0.197 0.226 0.160 0.066 0.006 102 Q 0.112 0.171 0.213 0.230 0.179 0.084 0.011 103 R 0.147 0.183 0.166 0.209 0.175 0.105 0.017 104 K 0.058 0.216 0.297 0.246 0.141 0.037 0.004 105 G 0.061 0.175 0.251 0.286 0.168 0.053 0.006 106 L 0.008 0.027 0.052 0.145 0.294 0.383 0.092 107 G 0.005 0.012 0.020 0.078 0.247 0.516 0.123 108 R 0.004 0.063 0.241 0.404 0.233 0.052 0.003 109 A 0.004 0.047 0.183 0.398 0.277 0.086 0.006 110 L 0.001 0.001 0.002 0.014 0.112 0.618 0.253 111 F 0.001 0.001 0.003 0.036 0.240 0.608 0.113 112 H 0.001 0.087 0.420 0.376 0.097 0.018 0.001 113 E 0.001 0.014 0.103 0.414 0.375 0.089 0.004 114 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.721 0.204 115 A 0.001 0.005 0.047 0.329 0.467 0.148 0.004 116 R 0.015 0.448 0.350 0.140 0.041 0.006 0.001 117 L 0.001 0.024 0.222 0.532 0.198 0.023 0.001 118 L 0.002 0.019 0.052 0.260 0.542 0.124 0.001 119 Q 0.133 0.458 0.283 0.108 0.017 0.002 0.001 120 A 0.587 0.348 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 121 E 0.130 0.390 0.357 0.108 0.014 0.001 0.001 122 G 0.469 0.407 0.097 0.023 0.003 0.001 0.001 123 Y 0.020 0.064 0.168 0.369 0.321 0.057 0.001 124 G 0.056 0.266 0.313 0.259 0.092 0.015 0.001 125 R 0.007 0.059 0.169 0.295 0.319 0.142 0.009 126 M 0.001 0.001 0.004 0.027 0.168 0.611 0.189 127 L 0.001 0.009 0.046 0.177 0.344 0.349 0.074 128 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.052 0.415 0.520 129 W 0.001 0.018 0.083 0.242 0.320 0.274 0.061 130 V 0.001 0.007 0.023 0.099 0.316 0.478 0.075 131 L 0.012 0.097 0.175 0.274 0.298 0.133 0.011 132 K 0.090 0.274 0.266 0.213 0.104 0.044 0.008 133 E 0.127 0.348 0.273 0.162 0.066 0.021 0.003 134 N 0.041 0.149 0.266 0.304 0.195 0.043 0.002 135 P 0.356 0.424 0.160 0.047 0.010 0.002 0.001 136 K 0.122 0.310 0.312 0.183 0.059 0.012 0.002 137 G 0.013 0.034 0.083 0.220 0.415 0.220 0.014 138 R 0.052 0.244 0.314 0.251 0.113 0.024 0.002 139 G 0.142 0.336 0.261 0.170 0.064 0.024 0.003 140 F 0.022 0.050 0.080 0.184 0.326 0.302 0.037 141 Y 0.014 0.032 0.099 0.266 0.350 0.210 0.029 142 E 0.124 0.329 0.294 0.162 0.065 0.022 0.004 143 H 0.130 0.257 0.271 0.210 0.101 0.028 0.003 144 L 0.029 0.073 0.133 0.259 0.281 0.198 0.026 145 G 0.081 0.191 0.217 0.212 0.175 0.107 0.016 146 G 0.039 0.061 0.102 0.203 0.289 0.254 0.054 147 V 0.098 0.242 0.268 0.227 0.118 0.042 0.005 148 L 0.157 0.230 0.216 0.205 0.136 0.051 0.006 149 L 0.178 0.209 0.208 0.226 0.128 0.045 0.005 150 G 0.349 0.272 0.178 0.124 0.056 0.018 0.002 151 E 0.339 0.291 0.182 0.110 0.056 0.020 0.002 152 R 0.220 0.195 0.185 0.194 0.140 0.060 0.005 153 E 0.343 0.241 0.181 0.140 0.069 0.023 0.002 154 I 0.381 0.268 0.157 0.115 0.056 0.020 0.002 155 E 0.372 0.256 0.176 0.119 0.057 0.018 0.002 156 L 0.375 0.190 0.158 0.153 0.090 0.030 0.003 157 G 0.534 0.223 0.120 0.077 0.035 0.011 0.001 158 G 0.591 0.215 0.096 0.060 0.027 0.009 0.001 159 A 0.397 0.276 0.161 0.101 0.048 0.015 0.002 160 K 0.229 0.239 0.196 0.182 0.106 0.042 0.006 161 L 0.090 0.110 0.146 0.220 0.250 0.156 0.028 162 W 0.091 0.166 0.197 0.243 0.185 0.100 0.019 163 E 0.031 0.071 0.120 0.217 0.276 0.233 0.053 164 V 0.028 0.045 0.076 0.154 0.251 0.346 0.100 165 A 0.026 0.057 0.115 0.210 0.260 0.253 0.079 166 Y 0.006 0.013 0.042 0.120 0.304 0.424 0.091 167 G 0.018 0.054 0.145 0.260 0.317 0.185 0.021 168 F 0.063 0.164 0.198 0.223 0.226 0.118 0.008 169 D 0.148 0.318 0.329 0.169 0.032 0.003 0.001 170 L 0.033 0.067 0.186 0.373 0.301 0.038 0.001 171 G 0.749 0.203 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 172 G 0.922 0.069 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 173 H 0.833 0.118 0.035 0.012 0.002 0.001 0.001 174 K 0.864 0.106 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 175 W 0.705 0.187 0.063 0.032 0.010 0.002 0.001