# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.004 0.003 0.004 0.061 0.849 2 V 0.589 0.008 0.004 0.012 0.045 0.343 3 R 0.777 0.006 0.003 0.011 0.038 0.164 4 I 0.872 0.011 0.006 0.015 0.028 0.067 5 R 0.846 0.006 0.003 0.013 0.047 0.084 6 R 0.440 0.005 0.006 0.012 0.144 0.394 7 A 0.133 0.020 0.005 0.012 0.216 0.614 8 G 0.058 0.021 0.010 0.007 0.252 0.652 9 L 0.003 0.002 0.736 0.075 0.152 0.031 10 E 0.004 0.002 0.742 0.091 0.135 0.027 11 D 0.002 0.002 0.696 0.201 0.081 0.017 12 L 0.005 0.005 0.055 0.744 0.075 0.116 13 P 0.001 0.001 0.022 0.943 0.021 0.013 14 G 0.001 0.001 0.016 0.971 0.009 0.003 15 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 17 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.003 18 V 0.002 0.001 0.010 0.969 0.013 0.006 19 L 0.002 0.001 0.005 0.972 0.009 0.012 20 V 0.002 0.001 0.006 0.961 0.010 0.020 21 D 0.002 0.001 0.007 0.963 0.012 0.016 22 T 0.002 0.001 0.009 0.944 0.016 0.028 23 W 0.006 0.002 0.016 0.912 0.029 0.035 24 R 0.007 0.001 0.023 0.915 0.032 0.022 25 A 0.008 0.001 0.026 0.886 0.041 0.037 26 T 0.012 0.003 0.033 0.792 0.065 0.095 27 Y 0.024 0.008 0.057 0.523 0.175 0.213 28 R 0.029 0.009 0.070 0.405 0.263 0.224 29 G 0.049 0.012 0.059 0.206 0.343 0.331 30 V 0.048 0.029 0.029 0.145 0.292 0.457 31 V 0.028 0.025 0.010 0.076 0.248 0.614 32 P 0.014 0.007 0.036 0.260 0.212 0.471 33 E 0.006 0.002 0.122 0.745 0.083 0.041 34 A 0.013 0.005 0.180 0.638 0.129 0.035 35 F 0.018 0.009 0.163 0.664 0.106 0.041 36 L 0.032 0.015 0.116 0.616 0.145 0.076 37 E 0.023 0.006 0.158 0.516 0.208 0.089 38 G 0.024 0.004 0.159 0.442 0.239 0.132 39 L 0.027 0.014 0.092 0.393 0.258 0.216 40 S 0.020 0.020 0.051 0.375 0.197 0.337 41 Y 0.017 0.009 0.035 0.338 0.194 0.408 42 E 0.012 0.007 0.039 0.465 0.211 0.266 43 G 0.012 0.008 0.031 0.424 0.244 0.281 44 Q 0.005 0.004 0.016 0.749 0.077 0.149 45 A 0.001 0.001 0.005 0.971 0.011 0.011 46 E 0.002 0.001 0.004 0.984 0.006 0.004 47 R 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.005 48 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 49 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 50 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.006 51 R 0.001 0.001 0.008 0.958 0.016 0.017 52 L 0.001 0.004 0.007 0.903 0.043 0.042 53 K 0.002 0.006 0.011 0.607 0.152 0.223 54 T 0.001 0.004 0.006 0.035 0.604 0.349 55 P 0.001 0.002 0.020 0.013 0.687 0.277 56 T 0.002 0.005 0.023 0.005 0.753 0.212 57 W 0.005 0.014 0.027 0.005 0.769 0.180 58 P 0.016 0.012 0.038 0.009 0.602 0.323 59 G 0.104 0.014 0.036 0.006 0.524 0.317 60 R 0.553 0.014 0.021 0.004 0.230 0.178 61 L 0.883 0.004 0.004 0.002 0.037 0.070 62 F 0.965 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 63 V 0.971 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 64 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 65 E 0.940 0.006 0.001 0.001 0.013 0.040 66 S 0.539 0.014 0.003 0.002 0.421 0.021 67 E 0.090 0.002 0.009 0.001 0.876 0.021 68 S 0.009 0.001 0.011 0.002 0.962 0.017 69 G 0.119 0.010 0.004 0.001 0.812 0.054 70 E 0.785 0.014 0.001 0.001 0.044 0.155 71 V 0.975 0.005 0.001 0.001 0.004 0.016 72 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 73 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 74 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 75 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 76 A 0.957 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 77 F 0.866 0.005 0.001 0.001 0.021 0.106 78 G 0.582 0.009 0.006 0.002 0.140 0.260 79 P 0.291 0.019 0.022 0.007 0.297 0.364 80 D 0.135 0.033 0.062 0.008 0.485 0.277 81 R 0.092 0.050 0.121 0.015 0.528 0.194 82 A 0.042 0.026 0.125 0.016 0.624 0.166 83 S 0.026 0.014 0.087 0.021 0.691 0.160 84 G 0.021 0.017 0.036 0.011 0.697 0.217 85 F 0.020 0.035 0.014 0.010 0.633 0.288 86 P 0.028 0.026 0.015 0.014 0.586 0.331 87 G 0.037 0.017 0.019 0.025 0.575 0.326 88 Y 0.085 0.013 0.029 0.036 0.477 0.360 89 T 0.423 0.036 0.021 0.045 0.218 0.257 90 A 0.785 0.011 0.008 0.020 0.070 0.106 91 E 0.908 0.005 0.005 0.013 0.025 0.044 92 L 0.922 0.005 0.006 0.016 0.020 0.031 93 W 0.871 0.002 0.009 0.030 0.035 0.053 94 A 0.900 0.002 0.015 0.024 0.026 0.034 95 I 0.918 0.003 0.014 0.024 0.020 0.021 96 Y 0.898 0.006 0.013 0.025 0.023 0.035 97 V 0.711 0.029 0.011 0.045 0.057 0.147 98 L 0.191 0.013 0.018 0.106 0.284 0.388 99 P 0.005 0.001 0.435 0.398 0.136 0.025 100 T 0.003 0.001 0.506 0.357 0.123 0.011 101 W 0.003 0.006 0.380 0.437 0.169 0.006 102 Q 0.005 0.010 0.095 0.514 0.292 0.084 103 R 0.005 0.008 0.033 0.477 0.303 0.175 104 K 0.007 0.004 0.016 0.538 0.239 0.196 105 G 0.014 0.007 0.011 0.710 0.098 0.159 106 L 0.010 0.006 0.010 0.892 0.030 0.051 107 G 0.003 0.001 0.007 0.972 0.007 0.010 108 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.003 109 A 0.001 0.001 0.008 0.987 0.002 0.002 110 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 112 H 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 113 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 120 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 121 E 0.001 0.001 0.012 0.936 0.012 0.039 122 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.976 123 Y 0.011 0.004 0.005 0.001 0.124 0.857 124 G 0.178 0.002 0.007 0.001 0.179 0.633 125 R 0.915 0.004 0.002 0.001 0.019 0.059 126 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 127 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 128 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 129 W 0.961 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 130 V 0.843 0.006 0.002 0.004 0.029 0.115 131 L 0.397 0.013 0.022 0.007 0.476 0.086 132 K 0.068 0.009 0.044 0.015 0.775 0.088 133 E 0.014 0.006 0.052 0.031 0.816 0.081 134 N 0.014 0.019 0.021 0.023 0.846 0.077 135 P 0.009 0.008 0.221 0.277 0.341 0.144 136 K 0.005 0.008 0.273 0.575 0.110 0.030 137 G 0.008 0.005 0.256 0.604 0.084 0.043 138 R 0.003 0.001 0.042 0.897 0.023 0.033 139 G 0.009 0.002 0.034 0.899 0.033 0.024 140 F 0.009 0.004 0.036 0.903 0.037 0.011 141 Y 0.010 0.003 0.031 0.911 0.036 0.009 142 E 0.007 0.001 0.037 0.925 0.024 0.005 143 H 0.006 0.001 0.023 0.934 0.027 0.008 144 L 0.003 0.001 0.014 0.899 0.037 0.047 145 G 0.005 0.001 0.005 0.042 0.111 0.837 146 G 0.056 0.004 0.005 0.008 0.106 0.822 147 V 0.603 0.016 0.005 0.009 0.058 0.308 148 L 0.756 0.014 0.004 0.007 0.089 0.129 149 L 0.650 0.010 0.004 0.009 0.134 0.193 150 G 0.486 0.003 0.007 0.009 0.247 0.248 151 E 0.682 0.009 0.005 0.013 0.150 0.141 152 R 0.680 0.014 0.006 0.016 0.082 0.202 153 E 0.772 0.009 0.008 0.017 0.068 0.126 154 I 0.712 0.016 0.015 0.017 0.066 0.174 155 E 0.619 0.023 0.020 0.024 0.247 0.068 156 L 0.302 0.012 0.023 0.046 0.539 0.077 157 G 0.052 0.004 0.012 0.044 0.782 0.106 158 G 0.146 0.014 0.008 0.030 0.632 0.170 159 A 0.508 0.030 0.006 0.066 0.120 0.272 160 K 0.655 0.029 0.006 0.084 0.059 0.167 161 L 0.563 0.010 0.018 0.212 0.078 0.120 162 W 0.545 0.005 0.025 0.178 0.105 0.143 163 E 0.554 0.003 0.045 0.229 0.094 0.075 164 V 0.559 0.005 0.027 0.306 0.053 0.051 165 A 0.578 0.006 0.028 0.275 0.057 0.057 166 Y 0.530 0.012 0.029 0.242 0.072 0.115 167 G 0.424 0.012 0.044 0.166 0.121 0.234 168 F 0.333 0.017 0.076 0.142 0.176 0.256 169 D 0.220 0.027 0.072 0.109 0.306 0.267 170 L 0.045 0.018 0.126 0.188 0.382 0.241 171 G 0.017 0.006 0.076 0.076 0.518 0.306 172 G 0.019 0.005 0.057 0.041 0.569 0.310 173 H 0.034 0.019 0.030 0.040 0.340 0.537 174 K 0.054 0.052 0.014 0.035 0.194 0.651 175 W 0.038 0.016 0.005 0.018 0.111 0.813