# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.013 0.559 0.021 0.009 0.011 0.009 0.001 0.028 0.069 0.017 0.077 0.159 2 V 0.058 0.020 0.287 0.035 0.003 0.006 0.037 0.002 0.118 0.052 0.005 0.080 0.297 3 R 0.032 0.006 0.140 0.012 0.001 0.005 0.039 0.003 0.209 0.013 0.002 0.458 0.077 4 I 0.026 0.013 0.122 0.006 0.001 0.004 0.052 0.006 0.189 0.005 0.001 0.007 0.569 5 R 0.007 0.002 0.115 0.016 0.001 0.001 0.009 0.002 0.190 0.018 0.001 0.628 0.009 6 R 0.004 0.012 0.241 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.121 0.021 0.004 0.004 0.580 7 A 0.003 0.027 0.701 0.014 0.009 0.003 0.005 0.001 0.041 0.070 0.037 0.073 0.018 8 G 0.001 0.010 0.818 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.099 0.012 0.007 0.034 9 L 0.001 0.001 0.034 0.001 0.602 0.157 0.001 0.001 0.001 0.025 0.178 0.001 0.001 10 E 0.001 0.007 0.054 0.001 0.444 0.157 0.001 0.001 0.001 0.054 0.279 0.002 0.002 11 D 0.001 0.005 0.061 0.001 0.370 0.303 0.001 0.001 0.002 0.040 0.217 0.001 0.002 12 L 0.001 0.001 0.033 0.001 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 13 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 23 W 0.001 0.002 0.026 0.001 0.008 0.933 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.001 0.002 24 R 0.001 0.002 0.027 0.001 0.013 0.901 0.001 0.001 0.002 0.011 0.031 0.006 0.005 25 A 0.004 0.002 0.030 0.001 0.021 0.800 0.001 0.001 0.003 0.021 0.105 0.004 0.007 26 T 0.003 0.006 0.074 0.001 0.033 0.673 0.001 0.001 0.004 0.032 0.159 0.005 0.008 27 Y 0.004 0.016 0.167 0.002 0.050 0.495 0.001 0.001 0.007 0.079 0.149 0.011 0.017 28 R 0.003 0.011 0.161 0.003 0.054 0.352 0.001 0.001 0.006 0.095 0.289 0.013 0.012 29 G 0.003 0.013 0.212 0.002 0.043 0.217 0.001 0.001 0.008 0.156 0.318 0.009 0.017 30 V 0.003 0.032 0.372 0.002 0.025 0.154 0.001 0.001 0.010 0.248 0.120 0.015 0.017 31 V 0.001 0.024 0.583 0.001 0.013 0.089 0.001 0.001 0.006 0.220 0.041 0.009 0.011 32 P 0.001 0.009 0.293 0.001 0.062 0.420 0.001 0.001 0.002 0.080 0.118 0.002 0.010 33 E 0.001 0.004 0.079 0.001 0.116 0.658 0.001 0.001 0.001 0.048 0.085 0.002 0.004 34 A 0.001 0.005 0.059 0.001 0.122 0.710 0.001 0.001 0.002 0.026 0.063 0.004 0.005 35 F 0.002 0.008 0.066 0.002 0.094 0.723 0.001 0.001 0.003 0.027 0.066 0.004 0.007 36 L 0.003 0.009 0.117 0.002 0.058 0.658 0.001 0.001 0.003 0.050 0.077 0.009 0.012 37 E 0.002 0.007 0.064 0.002 0.043 0.561 0.001 0.001 0.002 0.045 0.260 0.006 0.007 38 G 0.001 0.005 0.127 0.001 0.041 0.386 0.001 0.001 0.002 0.054 0.371 0.003 0.006 39 L 0.002 0.018 0.324 0.001 0.048 0.301 0.001 0.001 0.005 0.114 0.168 0.006 0.013 40 S 0.001 0.018 0.353 0.001 0.041 0.258 0.001 0.001 0.005 0.158 0.139 0.011 0.013 41 Y 0.001 0.009 0.440 0.001 0.027 0.234 0.001 0.001 0.005 0.196 0.072 0.005 0.010 42 E 0.001 0.006 0.249 0.001 0.036 0.480 0.001 0.001 0.003 0.067 0.150 0.003 0.004 43 G 0.001 0.015 0.191 0.001 0.037 0.488 0.001 0.001 0.003 0.129 0.126 0.003 0.005 44 Q 0.001 0.005 0.231 0.001 0.017 0.641 0.001 0.001 0.002 0.061 0.037 0.001 0.005 45 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 52 L 0.001 0.006 0.029 0.001 0.015 0.812 0.001 0.001 0.001 0.022 0.113 0.001 0.001 53 K 0.001 0.016 0.147 0.001 0.028 0.368 0.001 0.001 0.001 0.093 0.343 0.001 0.002 54 T 0.001 0.004 0.623 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.322 0.029 0.001 0.001 55 P 0.001 0.006 0.332 0.001 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.185 0.429 0.001 0.001 56 T 0.001 0.018 0.302 0.001 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.181 0.442 0.001 0.005 57 W 0.001 0.021 0.553 0.003 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.329 0.047 0.009 0.004 58 P 0.001 0.010 0.406 0.011 0.045 0.006 0.001 0.001 0.003 0.167 0.324 0.004 0.022 59 G 0.007 0.012 0.305 0.018 0.049 0.002 0.003 0.001 0.011 0.224 0.308 0.029 0.031 60 R 0.138 0.012 0.300 0.015 0.012 0.001 0.012 0.002 0.025 0.079 0.020 0.214 0.170 61 L 0.316 0.005 0.113 0.023 0.001 0.001 0.039 0.003 0.022 0.012 0.001 0.085 0.380 62 F 0.682 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.026 0.003 0.003 0.002 0.001 0.207 0.056 63 V 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.050 64 A 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.036 65 E 0.713 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.032 0.001 0.005 0.002 0.001 0.088 0.137 66 S 0.164 0.003 0.288 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.044 0.049 0.054 0.371 67 E 0.019 0.004 0.076 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.552 0.126 0.045 68 S 0.001 0.001 0.022 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.855 0.003 0.004 69 G 0.001 0.001 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.669 0.138 0.008 0.004 70 E 0.041 0.012 0.416 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.098 0.016 0.248 0.161 71 V 0.062 0.025 0.026 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.005 0.001 0.014 0.846 72 V 0.192 0.001 0.018 0.642 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.015 73 G 0.771 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.002 0.001 0.001 0.074 0.078 74 F 0.818 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.091 75 A 0.699 0.001 0.009 0.033 0.001 0.001 0.080 0.003 0.006 0.001 0.001 0.124 0.044 76 A 0.647 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.062 0.005 0.013 0.004 0.003 0.096 0.144 77 F 0.526 0.002 0.067 0.014 0.001 0.001 0.048 0.002 0.007 0.014 0.004 0.056 0.258 78 G 0.133 0.005 0.144 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.034 0.005 0.580 0.070 79 P 0.020 0.018 0.344 0.007 0.008 0.002 0.003 0.001 0.011 0.072 0.036 0.012 0.467 80 D 0.019 0.029 0.409 0.024 0.037 0.005 0.002 0.001 0.005 0.148 0.120 0.158 0.044 81 R 0.011 0.026 0.321 0.003 0.083 0.008 0.001 0.001 0.004 0.218 0.194 0.030 0.100 82 A 0.002 0.020 0.352 0.003 0.105 0.010 0.001 0.001 0.002 0.171 0.273 0.020 0.040 83 S 0.001 0.010 0.220 0.004 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 0.166 0.510 0.018 0.014 84 G 0.001 0.016 0.239 0.003 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.398 0.295 0.007 0.019 85 F 0.001 0.018 0.483 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.414 0.040 0.021 0.012 86 P 0.001 0.015 0.280 0.008 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.241 0.391 0.006 0.028 87 G 0.003 0.015 0.261 0.010 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.204 0.428 0.013 0.019 88 Y 0.024 0.021 0.447 0.017 0.025 0.007 0.003 0.001 0.005 0.200 0.092 0.089 0.069 89 T 0.123 0.017 0.265 0.031 0.010 0.006 0.022 0.001 0.017 0.047 0.020 0.065 0.377 90 A 0.241 0.007 0.127 0.006 0.002 0.005 0.051 0.006 0.026 0.014 0.003 0.342 0.169 91 E 0.346 0.011 0.037 0.009 0.001 0.003 0.103 0.008 0.026 0.007 0.002 0.287 0.160 92 L 0.242 0.005 0.037 0.011 0.004 0.008 0.099 0.008 0.055 0.002 0.002 0.047 0.479 93 W 0.158 0.001 0.066 0.536 0.007 0.007 0.030 0.003 0.024 0.015 0.009 0.098 0.045 94 A 0.411 0.001 0.030 0.031 0.017 0.007 0.038 0.005 0.032 0.064 0.007 0.127 0.230 95 I 0.372 0.002 0.037 0.005 0.019 0.012 0.066 0.008 0.030 0.009 0.009 0.097 0.336 96 Y 0.397 0.010 0.040 0.003 0.005 0.016 0.073 0.016 0.036 0.005 0.008 0.319 0.073 97 V 0.323 0.013 0.134 0.011 0.004 0.021 0.041 0.011 0.017 0.022 0.018 0.045 0.342 98 L 0.024 0.006 0.584 0.010 0.006 0.024 0.001 0.001 0.005 0.093 0.011 0.169 0.066 99 P 0.002 0.001 0.053 0.004 0.185 0.394 0.001 0.001 0.001 0.039 0.296 0.002 0.023 100 T 0.001 0.002 0.018 0.001 0.241 0.435 0.001 0.001 0.001 0.033 0.263 0.001 0.003 101 W 0.001 0.007 0.026 0.001 0.200 0.601 0.001 0.002 0.002 0.018 0.137 0.002 0.003 102 Q 0.001 0.008 0.035 0.001 0.067 0.523 0.001 0.001 0.002 0.018 0.342 0.001 0.002 103 R 0.001 0.005 0.067 0.001 0.030 0.188 0.001 0.001 0.001 0.070 0.635 0.001 0.001 104 K 0.001 0.006 0.185 0.001 0.009 0.109 0.001 0.001 0.002 0.260 0.422 0.001 0.004 105 G 0.001 0.030 0.314 0.001 0.006 0.318 0.001 0.001 0.005 0.198 0.113 0.005 0.010 106 L 0.001 0.015 0.096 0.001 0.006 0.824 0.001 0.001 0.003 0.022 0.029 0.001 0.003 107 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 108 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.159 0.001 0.001 0.001 0.004 0.831 0.001 0.001 122 G 0.001 0.001 0.046 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.025 0.916 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.004 0.887 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.079 0.013 0.001 0.004 124 G 0.001 0.003 0.357 0.105 0.011 0.001 0.002 0.001 0.031 0.413 0.053 0.017 0.006 125 R 0.042 0.004 0.107 0.008 0.008 0.001 0.115 0.102 0.368 0.046 0.007 0.049 0.144 126 M 0.082 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.210 0.356 0.248 0.008 0.001 0.034 0.030 127 L 0.075 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.204 0.493 0.198 0.001 0.001 0.013 0.010 128 V 0.245 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.252 0.311 0.125 0.001 0.001 0.013 0.033 129 W 0.282 0.001 0.062 0.003 0.001 0.002 0.191 0.088 0.207 0.007 0.002 0.117 0.037 130 V 0.066 0.009 0.279 0.008 0.001 0.003 0.034 0.029 0.237 0.017 0.003 0.024 0.288 131 L 0.008 0.014 0.626 0.018 0.033 0.013 0.003 0.002 0.064 0.089 0.045 0.049 0.036 132 K 0.002 0.007 0.197 0.002 0.186 0.028 0.001 0.001 0.007 0.219 0.323 0.006 0.024 133 E 0.001 0.013 0.161 0.001 0.140 0.080 0.001 0.001 0.004 0.219 0.363 0.006 0.011 134 N 0.001 0.006 0.574 0.001 0.020 0.048 0.001 0.001 0.001 0.328 0.019 0.002 0.002 135 P 0.001 0.001 0.041 0.001 0.103 0.513 0.001 0.001 0.001 0.022 0.319 0.001 0.001 136 K 0.001 0.005 0.028 0.001 0.107 0.510 0.001 0.001 0.001 0.029 0.319 0.001 0.001 137 G 0.001 0.006 0.082 0.001 0.083 0.721 0.001 0.001 0.001 0.027 0.077 0.001 0.002 138 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 0.936 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 139 G 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 143 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.008 0.370 0.001 0.001 0.001 0.019 0.583 0.001 0.001 145 G 0.001 0.004 0.104 0.011 0.008 0.046 0.001 0.001 0.002 0.070 0.750 0.003 0.002 146 G 0.003 0.006 0.658 0.018 0.010 0.018 0.001 0.001 0.014 0.106 0.081 0.012 0.071 147 V 0.020 0.018 0.177 0.001 0.004 0.010 0.006 0.001 0.101 0.047 0.010 0.567 0.038 148 L 0.010 0.032 0.076 0.001 0.003 0.012 0.013 0.002 0.094 0.006 0.004 0.010 0.738 149 L 0.011 0.009 0.110 0.520 0.005 0.015 0.012 0.003 0.040 0.014 0.067 0.166 0.027 150 G 0.029 0.003 0.177 0.021 0.009 0.008 0.006 0.001 0.030 0.142 0.305 0.141 0.128 151 E 0.061 0.006 0.212 0.007 0.006 0.010 0.009 0.001 0.017 0.076 0.035 0.062 0.497 152 R 0.082 0.010 0.086 0.011 0.003 0.004 0.007 0.001 0.008 0.024 0.007 0.674 0.085 153 E 0.093 0.010 0.105 0.019 0.006 0.007 0.012 0.002 0.014 0.023 0.010 0.054 0.647 154 I 0.176 0.014 0.082 0.033 0.009 0.012 0.023 0.001 0.009 0.024 0.019 0.408 0.190 155 E 0.142 0.019 0.167 0.024 0.019 0.016 0.018 0.001 0.009 0.049 0.056 0.081 0.398 156 L 0.053 0.019 0.197 0.010 0.025 0.024 0.008 0.001 0.007 0.101 0.243 0.194 0.117 157 G 0.002 0.003 0.052 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.075 0.814 0.014 0.017 158 G 0.001 0.002 0.125 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.258 0.584 0.006 0.009 159 A 0.008 0.017 0.490 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.217 0.083 0.104 0.062 160 K 0.044 0.045 0.275 0.003 0.006 0.010 0.008 0.001 0.004 0.087 0.032 0.061 0.424 161 L 0.134 0.025 0.258 0.059 0.013 0.046 0.023 0.002 0.006 0.033 0.027 0.223 0.153 162 W 0.310 0.006 0.101 0.040 0.006 0.028 0.035 0.001 0.004 0.027 0.007 0.185 0.250 163 E 0.539 0.001 0.027 0.023 0.003 0.014 0.031 0.001 0.003 0.009 0.003 0.148 0.198 164 V 0.696 0.001 0.009 0.004 0.001 0.007 0.028 0.001 0.003 0.002 0.001 0.119 0.128 165 A 0.725 0.001 0.007 0.008 0.001 0.010 0.030 0.001 0.003 0.002 0.003 0.104 0.105 166 Y 0.687 0.001 0.015 0.006 0.001 0.011 0.029 0.001 0.003 0.005 0.008 0.094 0.139 167 G 0.586 0.003 0.041 0.009 0.004 0.019 0.018 0.001 0.004 0.014 0.029 0.138 0.136 168 F 0.314 0.012 0.099 0.004 0.011 0.028 0.013 0.001 0.006 0.055 0.061 0.199 0.196 169 D 0.085 0.018 0.347 0.008 0.026 0.041 0.004 0.001 0.004 0.094 0.108 0.065 0.199 170 L 0.021 0.027 0.261 0.005 0.071 0.042 0.002 0.001 0.002 0.147 0.303 0.057 0.062 171 G 0.001 0.005 0.159 0.005 0.070 0.021 0.001 0.001 0.001 0.110 0.611 0.007 0.011 172 G 0.001 0.006 0.291 0.004 0.073 0.012 0.001 0.001 0.001 0.302 0.298 0.006 0.007 173 H 0.001 0.016 0.600 0.002 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.221 0.087 0.012 0.022 174 K 0.001 0.032 0.705 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.003 0.142 0.044 0.017 0.034 175 W 0.001 0.017 0.894 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.044 0.008 0.008 0.015