# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.149 0.091 0.163 0.099 0.075 0.061 0.042 0.035 0.026 0.021 2 V 0.057 0.036 0.025 0.058 0.069 0.096 0.163 0.151 0.159 0.123 0.063 3 R 0.104 0.197 0.123 0.278 0.172 0.069 0.036 0.012 0.006 0.002 0.001 4 I 0.021 0.014 0.013 0.024 0.028 0.029 0.072 0.115 0.198 0.214 0.272 5 R 0.036 0.052 0.079 0.190 0.199 0.173 0.151 0.056 0.033 0.017 0.013 6 R 0.175 0.213 0.144 0.232 0.107 0.057 0.044 0.015 0.008 0.004 0.001 7 A 0.010 0.011 0.013 0.021 0.033 0.062 0.144 0.148 0.196 0.192 0.170 8 G 0.157 0.420 0.147 0.144 0.069 0.029 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 9 L 0.197 0.107 0.079 0.198 0.150 0.107 0.094 0.033 0.022 0.010 0.005 10 E 0.646 0.159 0.073 0.073 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.002 0.036 0.022 0.079 0.102 0.167 0.255 0.155 0.103 0.053 0.026 12 L 0.005 0.008 0.005 0.025 0.073 0.146 0.227 0.185 0.156 0.099 0.071 13 P 0.488 0.187 0.197 0.078 0.030 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.007 0.031 0.038 0.218 0.217 0.195 0.187 0.064 0.027 0.012 0.005 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.051 0.167 0.289 0.470 16 A 0.003 0.003 0.014 0.061 0.117 0.284 0.306 0.110 0.061 0.029 0.012 17 R 0.002 0.019 0.422 0.264 0.143 0.076 0.045 0.017 0.008 0.003 0.001 18 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.021 0.122 0.165 0.196 0.254 0.229 19 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.017 0.092 0.161 0.256 0.272 0.186 20 V 0.002 0.013 0.176 0.180 0.201 0.182 0.131 0.053 0.036 0.018 0.007 21 D 0.012 0.030 0.172 0.163 0.150 0.181 0.175 0.060 0.034 0.016 0.006 22 T 0.008 0.007 0.013 0.016 0.017 0.030 0.126 0.164 0.242 0.235 0.142 23 W 0.009 0.007 0.012 0.023 0.029 0.079 0.185 0.180 0.193 0.165 0.117 24 R 0.016 0.048 0.213 0.209 0.183 0.135 0.102 0.047 0.028 0.013 0.005 25 A 0.042 0.058 0.198 0.125 0.106 0.115 0.131 0.081 0.069 0.047 0.027 26 T 0.063 0.051 0.051 0.101 0.095 0.106 0.176 0.127 0.116 0.075 0.038 27 Y 0.030 0.027 0.038 0.058 0.064 0.111 0.191 0.151 0.147 0.113 0.071 28 R 0.061 0.104 0.151 0.190 0.150 0.111 0.109 0.058 0.039 0.020 0.008 29 G 0.273 0.112 0.102 0.124 0.089 0.072 0.085 0.051 0.046 0.031 0.015 30 V 0.124 0.077 0.037 0.085 0.085 0.091 0.145 0.114 0.104 0.088 0.049 31 V 0.058 0.112 0.033 0.084 0.092 0.113 0.135 0.108 0.118 0.092 0.054 32 P 0.154 0.137 0.057 0.120 0.119 0.113 0.104 0.072 0.065 0.041 0.019 33 E 0.450 0.127 0.073 0.136 0.085 0.046 0.038 0.018 0.014 0.008 0.004 34 A 0.258 0.105 0.097 0.130 0.096 0.077 0.080 0.052 0.048 0.033 0.025 35 F 0.025 0.025 0.028 0.072 0.074 0.116 0.192 0.169 0.138 0.100 0.062 36 L 0.027 0.030 0.077 0.073 0.088 0.127 0.204 0.147 0.114 0.073 0.040 37 E 0.071 0.094 0.477 0.158 0.079 0.045 0.038 0.017 0.012 0.007 0.003 38 G 0.264 0.125 0.131 0.164 0.097 0.069 0.069 0.030 0.026 0.016 0.009 39 L 0.065 0.027 0.024 0.038 0.045 0.070 0.148 0.142 0.171 0.166 0.105 40 S 0.116 0.220 0.080 0.117 0.100 0.100 0.105 0.058 0.053 0.035 0.018 41 Y 0.086 0.076 0.085 0.108 0.109 0.126 0.139 0.096 0.091 0.056 0.029 42 E 0.443 0.164 0.080 0.117 0.075 0.041 0.043 0.017 0.012 0.006 0.002 43 G 0.300 0.183 0.142 0.161 0.092 0.051 0.037 0.016 0.010 0.005 0.003 44 Q 0.018 0.034 0.022 0.047 0.050 0.108 0.197 0.162 0.163 0.130 0.068 45 A 0.007 0.010 0.037 0.073 0.125 0.229 0.298 0.124 0.063 0.026 0.009 46 E 0.129 0.084 0.621 0.115 0.029 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.004 0.017 0.080 0.208 0.220 0.215 0.162 0.053 0.025 0.011 0.005 48 W 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.010 0.064 0.131 0.269 0.300 0.216 49 A 0.001 0.003 0.132 0.162 0.244 0.240 0.161 0.036 0.016 0.004 0.001 50 Q 0.007 0.024 0.819 0.102 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.001 0.003 0.010 0.020 0.046 0.143 0.396 0.194 0.114 0.054 0.019 52 L 0.002 0.002 0.007 0.007 0.011 0.028 0.143 0.197 0.244 0.218 0.143 53 K 0.046 0.138 0.454 0.183 0.102 0.043 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 54 T 0.125 0.170 0.196 0.188 0.120 0.091 0.065 0.023 0.013 0.007 0.002 55 P 0.549 0.110 0.033 0.060 0.042 0.041 0.053 0.034 0.031 0.027 0.020 56 T 0.405 0.212 0.044 0.100 0.061 0.054 0.057 0.025 0.020 0.012 0.009 57 W 0.121 0.080 0.038 0.096 0.093 0.106 0.133 0.099 0.103 0.080 0.051 58 P 0.102 0.135 0.049 0.186 0.147 0.125 0.116 0.058 0.042 0.025 0.014 59 G 0.058 0.058 0.056 0.134 0.143 0.133 0.144 0.108 0.085 0.051 0.028 60 R 0.004 0.011 0.009 0.077 0.125 0.166 0.251 0.174 0.105 0.057 0.020 61 L 0.001 0.002 0.003 0.018 0.033 0.080 0.175 0.195 0.200 0.168 0.125 62 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.026 0.100 0.187 0.254 0.251 0.159 63 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.031 0.119 0.196 0.242 0.224 0.158 64 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.050 0.101 0.237 0.311 0.280 65 E 0.002 0.008 0.005 0.084 0.148 0.185 0.272 0.150 0.091 0.038 0.018 66 S 0.007 0.020 0.012 0.068 0.101 0.150 0.247 0.187 0.128 0.056 0.024 67 E 0.286 0.217 0.096 0.193 0.091 0.057 0.035 0.013 0.007 0.004 0.002 68 S 0.495 0.305 0.052 0.103 0.031 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.159 0.121 0.033 0.143 0.153 0.125 0.113 0.073 0.044 0.023 0.013 70 E 0.011 0.095 0.040 0.237 0.259 0.191 0.111 0.034 0.014 0.005 0.003 71 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.040 0.155 0.207 0.245 0.202 0.130 72 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.041 0.127 0.199 0.224 0.216 0.167 73 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 0.102 0.190 0.268 0.246 0.162 74 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.022 0.083 0.151 0.220 0.264 0.245 75 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.047 0.125 0.233 0.331 0.249 76 A 0.002 0.006 0.005 0.041 0.070 0.100 0.206 0.206 0.175 0.121 0.070 77 F 0.001 0.003 0.004 0.015 0.023 0.036 0.102 0.163 0.240 0.248 0.166 78 G 0.012 0.036 0.019 0.140 0.194 0.183 0.184 0.119 0.068 0.032 0.012 79 P 0.060 0.075 0.040 0.135 0.141 0.142 0.161 0.109 0.072 0.046 0.019 80 D 0.164 0.161 0.063 0.190 0.144 0.086 0.081 0.049 0.032 0.021 0.010 81 R 0.172 0.136 0.052 0.155 0.120 0.103 0.109 0.063 0.045 0.029 0.016 82 A 0.284 0.153 0.064 0.128 0.080 0.062 0.075 0.049 0.043 0.036 0.026 83 S 0.321 0.174 0.056 0.122 0.076 0.062 0.071 0.042 0.036 0.025 0.015 84 G 0.420 0.139 0.039 0.093 0.068 0.059 0.061 0.038 0.035 0.027 0.023 85 F 0.157 0.114 0.034 0.099 0.085 0.082 0.114 0.089 0.094 0.079 0.054 86 P 0.309 0.137 0.043 0.122 0.101 0.078 0.074 0.046 0.042 0.029 0.019 87 G 0.213 0.139 0.052 0.178 0.145 0.097 0.077 0.042 0.029 0.017 0.009 88 Y 0.021 0.035 0.022 0.098 0.124 0.164 0.202 0.136 0.101 0.067 0.032 89 T 0.021 0.051 0.037 0.166 0.193 0.182 0.153 0.086 0.059 0.033 0.019 90 A 0.006 0.004 0.004 0.013 0.018 0.033 0.117 0.181 0.251 0.222 0.152 91 E 0.005 0.014 0.020 0.108 0.145 0.162 0.242 0.136 0.093 0.048 0.028 92 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.045 0.108 0.222 0.294 0.305 93 W 0.002 0.005 0.013 0.064 0.104 0.151 0.243 0.178 0.128 0.073 0.038 94 A 0.003 0.010 0.022 0.046 0.052 0.089 0.201 0.187 0.186 0.135 0.069 95 I 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 0.016 0.074 0.151 0.253 0.289 0.194 96 Y 0.002 0.006 0.012 0.029 0.043 0.069 0.202 0.200 0.209 0.145 0.083 97 V 0.002 0.008 0.015 0.023 0.024 0.033 0.100 0.141 0.221 0.236 0.198 98 L 0.005 0.028 0.020 0.103 0.141 0.166 0.218 0.141 0.105 0.050 0.023 99 P 0.222 0.173 0.076 0.195 0.141 0.088 0.064 0.024 0.011 0.004 0.001 100 T 0.483 0.164 0.060 0.147 0.079 0.036 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 101 W 0.026 0.027 0.025 0.071 0.078 0.120 0.207 0.162 0.148 0.084 0.052 102 Q 0.012 0.030 0.035 0.129 0.164 0.180 0.191 0.117 0.074 0.045 0.023 103 R 0.049 0.137 0.205 0.168 0.126 0.111 0.107 0.052 0.027 0.013 0.006 104 K 0.029 0.054 0.065 0.204 0.230 0.187 0.135 0.053 0.027 0.012 0.004 105 G 0.225 0.112 0.066 0.118 0.107 0.104 0.125 0.061 0.045 0.024 0.013 106 L 0.001 0.013 0.022 0.057 0.072 0.096 0.182 0.158 0.167 0.127 0.106 107 G 0.001 0.003 0.013 0.011 0.018 0.035 0.152 0.192 0.232 0.198 0.144 108 R 0.028 0.037 0.119 0.268 0.244 0.174 0.087 0.024 0.012 0.005 0.002 109 A 0.016 0.038 0.197 0.193 0.173 0.147 0.154 0.050 0.021 0.007 0.003 110 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.007 0.038 0.086 0.191 0.298 0.369 111 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.016 0.137 0.177 0.225 0.235 0.201 112 H 0.004 0.013 0.498 0.271 0.135 0.054 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 113 E 0.001 0.003 0.016 0.039 0.116 0.264 0.405 0.106 0.035 0.012 0.004 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.193 0.339 0.415 115 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.036 0.160 0.411 0.176 0.113 0.062 0.032 116 R 0.004 0.017 0.650 0.224 0.073 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.132 0.434 0.220 0.105 0.050 0.018 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.155 0.328 0.470 119 Q 0.001 0.006 0.099 0.205 0.296 0.221 0.126 0.031 0.010 0.003 0.002 120 A 0.006 0.027 0.590 0.146 0.094 0.072 0.041 0.013 0.007 0.003 0.002 121 E 0.007 0.011 0.006 0.037 0.063 0.167 0.406 0.168 0.080 0.042 0.013 122 G 0.562 0.237 0.037 0.080 0.033 0.021 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 123 Y 0.002 0.009 0.010 0.031 0.043 0.050 0.105 0.155 0.203 0.202 0.190 124 G 0.135 0.159 0.063 0.230 0.165 0.122 0.086 0.024 0.010 0.004 0.002 125 R 0.007 0.039 0.034 0.167 0.207 0.203 0.191 0.083 0.043 0.018 0.009 126 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.118 0.232 0.314 0.282 127 L 0.002 0.011 0.009 0.125 0.216 0.233 0.190 0.097 0.064 0.032 0.021 128 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.039 0.089 0.241 0.337 0.279 129 W 0.003 0.012 0.011 0.128 0.226 0.226 0.221 0.100 0.048 0.016 0.007 130 V 0.001 0.003 0.002 0.007 0.008 0.012 0.061 0.134 0.264 0.303 0.205 131 L 0.002 0.009 0.011 0.109 0.221 0.211 0.217 0.113 0.072 0.026 0.010 132 K 0.176 0.176 0.146 0.277 0.122 0.054 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 133 E 0.057 0.173 0.056 0.238 0.177 0.137 0.097 0.039 0.018 0.006 0.002 134 N 0.003 0.009 0.002 0.018 0.037 0.096 0.226 0.237 0.202 0.110 0.059 135 P 0.748 0.164 0.028 0.035 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.069 0.096 0.076 0.276 0.215 0.148 0.085 0.023 0.009 0.003 0.001 137 G 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.049 0.121 0.239 0.287 0.282 138 R 0.002 0.004 0.014 0.186 0.251 0.263 0.154 0.066 0.035 0.017 0.006 139 G 0.008 0.047 0.491 0.148 0.119 0.097 0.055 0.018 0.011 0.004 0.002 140 F 0.001 0.002 0.006 0.020 0.039 0.113 0.295 0.229 0.151 0.095 0.049 141 Y 0.003 0.002 0.004 0.007 0.009 0.014 0.090 0.178 0.256 0.279 0.158 142 E 0.008 0.032 0.122 0.273 0.232 0.147 0.095 0.045 0.026 0.012 0.008 143 H 0.021 0.059 0.229 0.200 0.175 0.136 0.104 0.038 0.024 0.010 0.003 144 L 0.004 0.008 0.005 0.025 0.041 0.084 0.209 0.201 0.190 0.153 0.079 145 G 0.145 0.166 0.048 0.124 0.096 0.085 0.128 0.082 0.068 0.040 0.018 146 G 0.023 0.022 0.013 0.040 0.052 0.072 0.145 0.163 0.187 0.163 0.119 147 V 0.076 0.136 0.084 0.241 0.162 0.102 0.092 0.048 0.031 0.018 0.011 148 L 0.041 0.050 0.027 0.094 0.113 0.136 0.194 0.136 0.110 0.065 0.034 149 L 0.042 0.078 0.046 0.163 0.143 0.136 0.143 0.100 0.077 0.050 0.023 150 G 0.205 0.110 0.046 0.110 0.109 0.104 0.120 0.076 0.062 0.039 0.019 151 E 0.146 0.169 0.103 0.222 0.129 0.081 0.072 0.035 0.022 0.013 0.007 152 R 0.071 0.083 0.063 0.132 0.131 0.116 0.159 0.097 0.074 0.048 0.026 153 E 0.122 0.170 0.101 0.245 0.138 0.092 0.066 0.032 0.019 0.010 0.005 154 I 0.078 0.074 0.064 0.125 0.136 0.131 0.152 0.099 0.074 0.046 0.022 155 E 0.126 0.134 0.101 0.201 0.129 0.099 0.096 0.050 0.033 0.019 0.012 156 L 0.061 0.054 0.038 0.084 0.094 0.109 0.186 0.134 0.112 0.082 0.047 157 G 0.332 0.213 0.062 0.125 0.077 0.057 0.051 0.031 0.026 0.017 0.009 158 G 0.413 0.173 0.044 0.104 0.075 0.057 0.051 0.030 0.026 0.018 0.010 159 A 0.230 0.152 0.054 0.132 0.102 0.084 0.094 0.055 0.048 0.032 0.018 160 K 0.071 0.105 0.051 0.193 0.179 0.152 0.123 0.055 0.042 0.020 0.008 161 L 0.018 0.028 0.025 0.077 0.100 0.130 0.170 0.152 0.148 0.091 0.059 162 W 0.013 0.017 0.023 0.077 0.086 0.125 0.212 0.169 0.148 0.087 0.042 163 E 0.007 0.013 0.039 0.080 0.100 0.136 0.202 0.158 0.135 0.083 0.046 164 V 0.004 0.004 0.022 0.033 0.032 0.052 0.136 0.164 0.214 0.199 0.140 165 A 0.001 0.004 0.022 0.060 0.088 0.137 0.198 0.171 0.154 0.105 0.059 166 Y 0.001 0.004 0.034 0.020 0.020 0.030 0.100 0.148 0.247 0.231 0.167 167 G 0.005 0.009 0.037 0.084 0.124 0.157 0.221 0.153 0.116 0.066 0.029 168 F 0.005 0.013 0.040 0.055 0.072 0.108 0.220 0.174 0.164 0.103 0.045 169 D 0.073 0.110 0.135 0.227 0.176 0.120 0.094 0.034 0.020 0.008 0.003 170 L 0.021 0.019 0.018 0.031 0.033 0.055 0.156 0.176 0.194 0.183 0.114 171 G 0.311 0.322 0.078 0.137 0.069 0.033 0.025 0.012 0.008 0.004 0.002 172 G 0.582 0.137 0.036 0.072 0.048 0.038 0.037 0.022 0.016 0.009 0.004 173 H 0.332 0.125 0.035 0.088 0.073 0.068 0.093 0.061 0.054 0.043 0.028 174 K 0.309 0.237 0.064 0.131 0.087 0.054 0.044 0.028 0.024 0.015 0.007 175 W 0.353 0.119 0.033 0.103 0.091 0.074 0.077 0.056 0.046 0.030 0.018