# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.960 2 V 0.439 0.020 0.001 0.009 0.004 0.006 0.520 3 R 0.771 0.019 0.003 0.009 0.015 0.003 0.181 4 I 0.836 0.007 0.002 0.004 0.007 0.002 0.141 5 R 0.647 0.011 0.005 0.007 0.027 0.007 0.296 6 R 0.429 0.031 0.016 0.008 0.090 0.017 0.410 7 A 0.118 0.038 0.012 0.004 0.243 0.032 0.554 8 G 0.046 0.021 0.021 0.003 0.123 0.017 0.770 9 L 0.002 0.001 0.700 0.139 0.020 0.110 0.026 10 E 0.001 0.004 0.578 0.196 0.016 0.185 0.019 11 D 0.001 0.004 0.356 0.301 0.082 0.122 0.133 12 L 0.001 0.001 0.032 0.933 0.005 0.011 0.020 13 P 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.004 0.001 14 G 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.004 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 19 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.014 0.002 20 V 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.016 0.002 21 D 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.017 0.003 22 T 0.001 0.001 0.004 0.959 0.004 0.021 0.010 23 W 0.002 0.001 0.010 0.937 0.006 0.030 0.013 24 R 0.007 0.002 0.024 0.909 0.011 0.032 0.015 25 A 0.008 0.001 0.031 0.873 0.014 0.053 0.020 26 T 0.013 0.003 0.032 0.789 0.021 0.098 0.044 27 Y 0.024 0.011 0.056 0.568 0.063 0.170 0.108 28 R 0.038 0.010 0.080 0.289 0.113 0.325 0.146 29 G 0.038 0.008 0.059 0.147 0.178 0.349 0.220 30 V 0.041 0.035 0.033 0.096 0.204 0.114 0.477 31 V 0.030 0.022 0.011 0.033 0.153 0.030 0.721 32 P 0.023 0.016 0.051 0.130 0.076 0.065 0.639 33 E 0.008 0.005 0.186 0.542 0.054 0.078 0.127 34 A 0.009 0.005 0.254 0.525 0.035 0.090 0.082 35 F 0.015 0.008 0.204 0.549 0.028 0.083 0.112 36 L 0.016 0.009 0.176 0.576 0.034 0.075 0.115 37 E 0.009 0.004 0.135 0.509 0.030 0.264 0.049 38 G 0.007 0.002 0.107 0.267 0.045 0.466 0.106 39 L 0.017 0.021 0.072 0.240 0.111 0.234 0.306 40 S 0.016 0.015 0.038 0.184 0.109 0.173 0.465 41 Y 0.009 0.004 0.032 0.320 0.133 0.098 0.404 42 E 0.006 0.005 0.031 0.650 0.041 0.133 0.135 43 G 0.007 0.006 0.032 0.614 0.067 0.095 0.179 44 Q 0.010 0.006 0.014 0.731 0.035 0.029 0.176 45 A 0.001 0.001 0.005 0.974 0.003 0.006 0.010 46 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.006 0.003 47 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.005 0.005 48 W 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.005 0.004 49 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.007 0.970 0.001 0.020 0.001 51 R 0.001 0.001 0.013 0.917 0.004 0.058 0.007 52 L 0.004 0.007 0.029 0.702 0.042 0.166 0.050 53 K 0.011 0.023 0.039 0.265 0.112 0.413 0.137 54 T 0.008 0.006 0.010 0.009 0.437 0.053 0.476 55 P 0.007 0.005 0.025 0.007 0.191 0.511 0.252 56 T 0.011 0.020 0.029 0.004 0.270 0.439 0.225 57 W 0.038 0.011 0.020 0.003 0.382 0.034 0.512 58 P 0.057 0.014 0.056 0.003 0.224 0.192 0.453 59 G 0.342 0.028 0.032 0.001 0.168 0.139 0.290 60 R 0.609 0.016 0.005 0.001 0.080 0.011 0.278 61 L 0.923 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.065 62 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 63 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 64 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 65 E 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 66 S 0.713 0.005 0.002 0.001 0.015 0.041 0.224 67 E 0.066 0.002 0.007 0.001 0.059 0.836 0.031 68 S 0.004 0.001 0.002 0.001 0.073 0.916 0.005 69 G 0.052 0.001 0.003 0.001 0.555 0.283 0.106 70 E 0.540 0.020 0.001 0.001 0.051 0.004 0.384 71 V 0.979 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 72 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 73 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 76 A 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.052 77 F 0.867 0.007 0.001 0.001 0.015 0.005 0.106 78 G 0.548 0.015 0.001 0.001 0.113 0.013 0.309 79 P 0.205 0.018 0.055 0.027 0.170 0.204 0.321 80 D 0.060 0.016 0.124 0.023 0.211 0.322 0.243 81 R 0.032 0.015 0.237 0.025 0.190 0.256 0.244 82 A 0.038 0.014 0.184 0.026 0.202 0.244 0.292 83 S 0.036 0.016 0.144 0.026 0.156 0.413 0.209 84 G 0.037 0.016 0.079 0.021 0.233 0.364 0.251 85 F 0.058 0.022 0.030 0.009 0.273 0.073 0.535 86 P 0.048 0.018 0.068 0.015 0.191 0.325 0.336 87 G 0.069 0.012 0.057 0.007 0.205 0.387 0.263 88 Y 0.198 0.019 0.033 0.006 0.227 0.108 0.410 89 T 0.545 0.015 0.011 0.004 0.092 0.023 0.310 90 A 0.854 0.004 0.003 0.002 0.018 0.003 0.116 91 E 0.975 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 92 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 93 W 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.034 94 A 0.960 0.001 0.002 0.001 0.010 0.005 0.022 95 I 0.967 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.021 96 Y 0.950 0.004 0.001 0.002 0.008 0.003 0.033 97 V 0.828 0.021 0.001 0.004 0.018 0.005 0.123 98 L 0.210 0.008 0.001 0.004 0.126 0.006 0.645 99 P 0.010 0.001 0.183 0.349 0.041 0.363 0.054 100 T 0.004 0.002 0.281 0.371 0.024 0.294 0.024 101 W 0.005 0.009 0.479 0.266 0.019 0.164 0.057 102 Q 0.006 0.007 0.217 0.287 0.048 0.380 0.056 103 R 0.006 0.003 0.087 0.264 0.080 0.504 0.057 104 K 0.011 0.012 0.023 0.267 0.258 0.260 0.169 105 G 0.009 0.018 0.008 0.443 0.194 0.133 0.194 106 L 0.006 0.004 0.010 0.850 0.018 0.024 0.088 107 G 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.003 0.005 108 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 112 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 116 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 120 A 0.001 0.001 0.005 0.917 0.003 0.073 0.002 121 E 0.001 0.001 0.006 0.250 0.007 0.733 0.004 122 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.952 0.027 123 Y 0.010 0.001 0.002 0.001 0.036 0.011 0.940 124 G 0.164 0.001 0.007 0.001 0.594 0.026 0.208 125 R 0.950 0.002 0.002 0.001 0.008 0.002 0.036 126 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 127 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 129 W 0.932 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.053 130 V 0.839 0.004 0.002 0.003 0.020 0.007 0.124 131 L 0.570 0.013 0.015 0.010 0.115 0.017 0.260 132 K 0.204 0.013 0.139 0.090 0.186 0.230 0.139 133 E 0.031 0.011 0.114 0.095 0.239 0.306 0.203 134 N 0.009 0.008 0.033 0.077 0.269 0.026 0.577 135 P 0.001 0.001 0.073 0.657 0.024 0.224 0.020 136 K 0.001 0.001 0.063 0.801 0.005 0.116 0.012 137 G 0.002 0.001 0.043 0.912 0.003 0.022 0.017 138 R 0.003 0.001 0.009 0.961 0.004 0.014 0.008 139 G 0.004 0.001 0.009 0.962 0.003 0.018 0.004 140 F 0.008 0.001 0.010 0.961 0.003 0.013 0.005 141 Y 0.008 0.002 0.006 0.969 0.004 0.009 0.003 142 E 0.011 0.001 0.016 0.930 0.003 0.038 0.002 143 H 0.019 0.001 0.013 0.825 0.010 0.125 0.007 144 L 0.032 0.005 0.014 0.424 0.036 0.428 0.061 145 G 0.054 0.002 0.007 0.056 0.177 0.519 0.184 146 G 0.377 0.010 0.006 0.021 0.101 0.043 0.442 147 V 0.906 0.010 0.003 0.015 0.011 0.007 0.048 148 L 0.937 0.012 0.001 0.016 0.004 0.003 0.026 149 L 0.814 0.004 0.003 0.022 0.024 0.069 0.064 150 G 0.558 0.001 0.004 0.010 0.108 0.195 0.124 151 E 0.733 0.009 0.003 0.013 0.071 0.025 0.146 152 R 0.857 0.012 0.003 0.008 0.032 0.008 0.080 153 E 0.846 0.006 0.004 0.007 0.031 0.011 0.096 154 I 0.814 0.012 0.007 0.010 0.023 0.014 0.120 155 E 0.684 0.013 0.014 0.030 0.034 0.039 0.185 156 L 0.409 0.023 0.033 0.037 0.090 0.179 0.230 157 G 0.100 0.006 0.020 0.023 0.167 0.493 0.191 158 G 0.102 0.006 0.018 0.020 0.243 0.320 0.290 159 A 0.266 0.018 0.019 0.045 0.134 0.107 0.412 160 K 0.554 0.035 0.019 0.060 0.085 0.048 0.200 161 L 0.639 0.017 0.017 0.054 0.053 0.017 0.203 162 W 0.645 0.005 0.015 0.058 0.069 0.017 0.193 163 E 0.865 0.004 0.011 0.054 0.020 0.016 0.030 164 V 0.880 0.004 0.006 0.066 0.004 0.010 0.030 165 A 0.887 0.004 0.006 0.047 0.010 0.017 0.030 166 Y 0.775 0.006 0.010 0.055 0.015 0.044 0.094 167 G 0.705 0.011 0.011 0.042 0.040 0.055 0.137 168 F 0.466 0.018 0.023 0.049 0.135 0.041 0.268 169 D 0.201 0.023 0.043 0.046 0.088 0.073 0.526 170 L 0.050 0.013 0.120 0.084 0.134 0.267 0.331 171 G 0.018 0.005 0.087 0.057 0.093 0.571 0.168 172 G 0.014 0.005 0.098 0.034 0.213 0.395 0.241 173 H 0.028 0.016 0.061 0.037 0.201 0.213 0.443 174 K 0.058 0.033 0.023 0.027 0.141 0.075 0.642 175 W 0.019 0.005 0.005 0.006 0.025 0.008 0.932