# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.156 0.199 0.090 0.256 0.015 0.103 0.060 0.020 0.041 0.001 2 V 0.017 0.490 0.398 0.008 0.071 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 3 R 0.007 0.686 0.241 0.003 0.011 0.032 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 4 I 0.015 0.440 0.452 0.003 0.006 0.061 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 5 R 0.022 0.668 0.142 0.003 0.035 0.027 0.005 0.001 0.098 0.001 0.001 6 R 0.027 0.070 0.813 0.005 0.005 0.057 0.004 0.001 0.005 0.001 0.014 7 A 0.085 0.259 0.462 0.068 0.085 0.026 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 8 G 0.013 0.246 0.276 0.007 0.365 0.026 0.005 0.003 0.025 0.032 0.001 9 L 0.914 0.009 0.015 0.052 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.773 0.004 0.016 0.193 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.243 0.012 0.049 0.569 0.005 0.054 0.029 0.003 0.036 0.001 0.001 12 L 0.776 0.021 0.140 0.015 0.003 0.011 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 13 P 0.969 0.001 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.987 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 15 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.979 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.952 0.002 0.005 0.032 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.911 0.003 0.005 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 W 0.878 0.015 0.029 0.058 0.004 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 24 R 0.875 0.014 0.028 0.065 0.003 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.781 0.035 0.057 0.089 0.011 0.009 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 26 T 0.653 0.053 0.053 0.208 0.012 0.008 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 27 Y 0.399 0.103 0.131 0.189 0.030 0.038 0.056 0.015 0.035 0.004 0.001 28 R 0.305 0.114 0.174 0.295 0.030 0.017 0.038 0.005 0.017 0.005 0.001 29 G 0.211 0.029 0.118 0.088 0.099 0.008 0.075 0.236 0.004 0.131 0.001 30 V 0.235 0.226 0.327 0.124 0.029 0.032 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 31 V 0.054 0.218 0.538 0.008 0.021 0.039 0.014 0.001 0.103 0.003 0.001 32 P 0.321 0.012 0.591 0.012 0.002 0.036 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 33 E 0.811 0.025 0.081 0.047 0.014 0.006 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 34 A 0.833 0.018 0.063 0.052 0.012 0.005 0.004 0.006 0.003 0.005 0.001 35 F 0.758 0.028 0.063 0.108 0.012 0.012 0.008 0.003 0.006 0.002 0.001 36 L 0.697 0.047 0.074 0.128 0.008 0.020 0.014 0.002 0.008 0.001 0.001 37 E 0.595 0.044 0.139 0.179 0.011 0.011 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 38 G 0.393 0.018 0.105 0.110 0.041 0.009 0.092 0.177 0.009 0.045 0.001 39 L 0.423 0.084 0.273 0.139 0.013 0.035 0.014 0.002 0.014 0.001 0.001 40 S 0.311 0.089 0.328 0.141 0.030 0.044 0.025 0.008 0.014 0.008 0.001 41 Y 0.515 0.098 0.171 0.120 0.025 0.021 0.012 0.007 0.018 0.013 0.001 42 E 0.689 0.025 0.151 0.087 0.011 0.008 0.013 0.005 0.005 0.007 0.001 43 G 0.608 0.005 0.059 0.043 0.026 0.005 0.033 0.160 0.002 0.060 0.001 44 Q 0.858 0.013 0.051 0.047 0.005 0.013 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 45 A 0.982 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.821 0.002 0.004 0.170 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.652 0.030 0.096 0.185 0.005 0.014 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 53 K 0.384 0.046 0.094 0.387 0.009 0.035 0.028 0.005 0.010 0.002 0.001 54 T 0.038 0.192 0.460 0.011 0.055 0.019 0.014 0.001 0.203 0.006 0.001 55 P 0.565 0.005 0.340 0.029 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 56 T 0.219 0.055 0.113 0.513 0.020 0.030 0.016 0.013 0.020 0.002 0.001 57 W 0.040 0.188 0.527 0.007 0.054 0.018 0.012 0.002 0.145 0.007 0.001 58 P 0.218 0.007 0.646 0.059 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 59 G 0.059 0.074 0.141 0.063 0.232 0.005 0.042 0.296 0.004 0.084 0.001 60 R 0.022 0.514 0.315 0.029 0.071 0.026 0.004 0.001 0.016 0.001 0.002 61 L 0.004 0.706 0.223 0.004 0.025 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 62 F 0.002 0.837 0.106 0.002 0.034 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 V 0.002 0.898 0.045 0.001 0.031 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 64 A 0.002 0.815 0.085 0.002 0.067 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 65 E 0.009 0.702 0.177 0.012 0.034 0.041 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 66 S 0.022 0.345 0.433 0.012 0.137 0.021 0.002 0.001 0.020 0.007 0.001 67 E 0.761 0.040 0.022 0.139 0.007 0.009 0.006 0.002 0.011 0.002 0.001 68 S 0.062 0.018 0.049 0.518 0.009 0.007 0.311 0.007 0.009 0.010 0.001 69 G 0.002 0.002 0.009 0.006 0.020 0.001 0.171 0.770 0.001 0.020 0.001 70 E 0.008 0.502 0.432 0.006 0.014 0.019 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 71 V 0.001 0.048 0.901 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.292 0.145 0.009 0.539 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 73 G 0.001 0.322 0.017 0.001 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 F 0.001 0.904 0.030 0.001 0.051 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 75 A 0.001 0.866 0.029 0.001 0.091 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 76 A 0.004 0.758 0.122 0.004 0.085 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 F 0.012 0.621 0.186 0.040 0.085 0.030 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 78 G 0.005 0.298 0.230 0.001 0.255 0.010 0.040 0.002 0.123 0.037 0.001 79 P 0.284 0.012 0.507 0.020 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 80 D 0.192 0.207 0.254 0.142 0.058 0.081 0.019 0.005 0.038 0.003 0.001 81 R 0.352 0.166 0.217 0.148 0.039 0.030 0.015 0.005 0.022 0.004 0.001 82 A 0.446 0.107 0.158 0.180 0.031 0.023 0.014 0.008 0.026 0.005 0.001 83 S 0.254 0.069 0.227 0.389 0.022 0.010 0.015 0.004 0.005 0.004 0.001 84 G 0.080 0.009 0.100 0.092 0.031 0.008 0.101 0.428 0.005 0.144 0.001 85 F 0.018 0.271 0.558 0.003 0.018 0.017 0.006 0.001 0.107 0.001 0.001 86 P 0.070 0.005 0.831 0.014 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 87 G 0.040 0.023 0.112 0.020 0.116 0.003 0.053 0.467 0.003 0.163 0.001 88 Y 0.225 0.174 0.204 0.191 0.067 0.056 0.050 0.009 0.017 0.004 0.003 89 T 0.026 0.702 0.092 0.060 0.092 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 90 A 0.010 0.616 0.149 0.009 0.196 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 91 E 0.004 0.797 0.113 0.002 0.048 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 92 L 0.017 0.547 0.327 0.003 0.013 0.073 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 W 0.166 0.570 0.079 0.068 0.073 0.018 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 94 A 0.023 0.589 0.182 0.005 0.158 0.019 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 95 I 0.032 0.792 0.096 0.014 0.032 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 96 Y 0.021 0.765 0.103 0.005 0.066 0.017 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 97 V 0.024 0.670 0.212 0.016 0.013 0.035 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 98 L 0.009 0.129 0.631 0.001 0.011 0.051 0.002 0.001 0.164 0.001 0.001 99 P 0.947 0.001 0.034 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 T 0.860 0.007 0.018 0.103 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 101 W 0.651 0.019 0.028 0.261 0.007 0.009 0.013 0.003 0.009 0.001 0.001 102 Q 0.478 0.024 0.106 0.237 0.007 0.011 0.122 0.005 0.005 0.004 0.001 103 R 0.173 0.011 0.020 0.118 0.022 0.014 0.364 0.224 0.006 0.047 0.001 104 K 0.383 0.106 0.220 0.232 0.022 0.016 0.014 0.001 0.004 0.002 0.001 105 G 0.269 0.024 0.139 0.022 0.101 0.018 0.037 0.171 0.005 0.214 0.001 106 L 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.190 0.001 0.003 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 G 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.255 0.728 0.001 0.007 0.001 123 Y 0.035 0.137 0.648 0.066 0.026 0.059 0.016 0.001 0.009 0.003 0.001 124 G 0.216 0.076 0.134 0.339 0.140 0.010 0.017 0.036 0.002 0.029 0.001 125 R 0.005 0.707 0.064 0.007 0.205 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 126 M 0.002 0.848 0.104 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 127 L 0.003 0.795 0.155 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 128 V 0.007 0.780 0.143 0.002 0.031 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 129 W 0.006 0.711 0.178 0.002 0.036 0.037 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 130 V 0.055 0.568 0.257 0.013 0.019 0.055 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 131 L 0.052 0.258 0.445 0.013 0.042 0.113 0.007 0.001 0.067 0.002 0.001 132 K 0.655 0.051 0.172 0.071 0.022 0.011 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 133 E 0.204 0.149 0.107 0.423 0.068 0.020 0.010 0.007 0.009 0.002 0.001 134 N 0.008 0.099 0.447 0.008 0.034 0.085 0.005 0.001 0.312 0.002 0.001 135 P 0.968 0.001 0.008 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.721 0.002 0.015 0.251 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 137 G 0.579 0.017 0.109 0.240 0.011 0.011 0.011 0.013 0.006 0.003 0.001 138 R 0.890 0.012 0.055 0.028 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 139 G 0.883 0.011 0.022 0.014 0.014 0.001 0.003 0.032 0.001 0.019 0.001 140 F 0.952 0.012 0.010 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.911 0.033 0.015 0.024 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 142 E 0.889 0.055 0.027 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 143 H 0.847 0.037 0.044 0.049 0.007 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 144 L 0.345 0.028 0.024 0.580 0.002 0.004 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 145 G 0.013 0.002 0.016 0.023 0.016 0.001 0.385 0.390 0.002 0.153 0.001 146 G 0.034 0.036 0.272 0.042 0.149 0.004 0.038 0.178 0.001 0.245 0.001 147 V 0.020 0.648 0.275 0.006 0.025 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 148 L 0.016 0.078 0.779 0.001 0.001 0.117 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 149 L 0.294 0.185 0.066 0.407 0.012 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 150 G 0.008 0.049 0.053 0.005 0.762 0.001 0.019 0.046 0.001 0.055 0.001 151 E 0.048 0.639 0.180 0.038 0.072 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 152 R 0.024 0.592 0.188 0.015 0.093 0.022 0.008 0.001 0.054 0.003 0.001 153 E 0.054 0.295 0.541 0.020 0.022 0.049 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 154 I 0.069 0.473 0.258 0.040 0.072 0.038 0.009 0.002 0.037 0.002 0.001 155 E 0.071 0.301 0.516 0.021 0.025 0.040 0.006 0.001 0.014 0.002 0.002 156 L 0.148 0.256 0.323 0.152 0.018 0.035 0.013 0.002 0.051 0.002 0.001 157 G 0.016 0.006 0.058 0.026 0.031 0.002 0.448 0.118 0.004 0.291 0.001 158 G 0.038 0.006 0.067 0.029 0.031 0.004 0.094 0.585 0.001 0.145 0.002 159 A 0.142 0.278 0.412 0.079 0.048 0.014 0.011 0.004 0.009 0.003 0.001 160 K 0.121 0.207 0.526 0.025 0.024 0.050 0.016 0.004 0.021 0.005 0.001 161 L 0.245 0.391 0.265 0.024 0.025 0.029 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 162 W 0.401 0.200 0.179 0.123 0.037 0.034 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 163 E 0.115 0.564 0.147 0.024 0.121 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 164 V 0.085 0.698 0.120 0.013 0.044 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 165 A 0.110 0.644 0.161 0.018 0.028 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 166 Y 0.091 0.476 0.107 0.095 0.129 0.026 0.025 0.003 0.045 0.002 0.001 167 G 0.087 0.249 0.221 0.058 0.214 0.023 0.044 0.039 0.016 0.047 0.001 168 F 0.056 0.554 0.260 0.011 0.070 0.017 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 169 D 0.078 0.079 0.688 0.017 0.006 0.100 0.008 0.001 0.017 0.001 0.005 170 L 0.273 0.153 0.278 0.211 0.017 0.026 0.011 0.002 0.025 0.001 0.001 171 G 0.071 0.012 0.081 0.045 0.048 0.002 0.115 0.276 0.004 0.346 0.001 172 G 0.117 0.019 0.189 0.058 0.077 0.006 0.065 0.217 0.003 0.245 0.003 173 H 0.217 0.157 0.377 0.130 0.043 0.031 0.021 0.007 0.012 0.003 0.003 174 K 0.151 0.284 0.348 0.101 0.026 0.043 0.013 0.003 0.028 0.002 0.001 175 W 0.168 0.224 0.368 0.071 0.071 0.037 0.017 0.010 0.017 0.015 0.001