# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.219 0.088 0.017 0.339 0.010 0.015 0.026 0.023 0.053 0.037 2 V 0.171 0.211 0.020 0.003 0.551 0.004 0.004 0.008 0.004 0.005 0.020 3 R 0.170 0.164 0.019 0.001 0.612 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.022 4 I 0.394 0.078 0.015 0.004 0.399 0.004 0.004 0.005 0.005 0.015 0.077 5 R 0.037 0.351 0.142 0.042 0.264 0.031 0.060 0.035 0.016 0.010 0.011 6 R 0.250 0.135 0.095 0.003 0.187 0.002 0.005 0.007 0.010 0.099 0.208 7 A 0.031 0.345 0.162 0.080 0.162 0.046 0.072 0.031 0.033 0.024 0.014 8 G 0.003 0.554 0.405 0.003 0.027 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.322 0.659 0.009 0.002 10 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.720 0.224 0.030 0.002 11 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.227 0.189 0.574 0.001 12 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.857 0.124 0.008 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.933 0.057 0.001 0.001 14 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.042 0.017 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.078 0.009 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.041 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.016 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.022 0.003 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.056 0.007 0.001 20 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.873 0.101 0.006 0.001 21 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.034 0.871 0.060 0.018 0.002 22 T 0.003 0.009 0.007 0.002 0.006 0.005 0.028 0.839 0.074 0.024 0.002 23 W 0.011 0.013 0.004 0.003 0.012 0.003 0.012 0.750 0.124 0.059 0.009 24 R 0.009 0.024 0.006 0.005 0.017 0.011 0.036 0.704 0.155 0.029 0.006 25 A 0.020 0.036 0.014 0.006 0.044 0.013 0.066 0.606 0.131 0.049 0.015 26 T 0.036 0.079 0.047 0.013 0.075 0.026 0.100 0.442 0.107 0.059 0.015 27 Y 0.095 0.061 0.033 0.018 0.085 0.013 0.036 0.267 0.113 0.218 0.061 28 R 0.022 0.143 0.066 0.056 0.064 0.073 0.124 0.241 0.126 0.069 0.017 29 G 0.028 0.055 0.050 0.064 0.046 0.028 0.034 0.179 0.132 0.321 0.062 30 V 0.077 0.175 0.108 0.016 0.170 0.021 0.076 0.139 0.088 0.095 0.035 31 V 0.054 0.368 0.221 0.018 0.177 0.007 0.020 0.076 0.023 0.017 0.020 32 P 0.035 0.300 0.117 0.012 0.105 0.009 0.019 0.222 0.121 0.045 0.016 33 E 0.018 0.055 0.027 0.008 0.037 0.015 0.036 0.420 0.294 0.075 0.015 34 A 0.028 0.063 0.022 0.008 0.057 0.010 0.035 0.497 0.166 0.092 0.021 35 F 0.045 0.054 0.025 0.010 0.048 0.014 0.043 0.449 0.144 0.144 0.025 36 L 0.048 0.071 0.036 0.021 0.070 0.016 0.029 0.416 0.161 0.102 0.032 37 E 0.012 0.095 0.058 0.039 0.033 0.068 0.113 0.416 0.125 0.032 0.010 38 G 0.032 0.033 0.025 0.025 0.037 0.017 0.047 0.286 0.140 0.289 0.070 39 L 0.088 0.138 0.034 0.007 0.144 0.013 0.041 0.217 0.134 0.132 0.052 40 S 0.075 0.175 0.083 0.022 0.126 0.018 0.032 0.208 0.096 0.125 0.041 41 Y 0.044 0.127 0.079 0.021 0.075 0.013 0.022 0.353 0.135 0.107 0.025 42 E 0.015 0.069 0.044 0.022 0.033 0.041 0.073 0.563 0.099 0.030 0.012 43 G 0.020 0.057 0.036 0.021 0.032 0.014 0.022 0.503 0.088 0.168 0.038 44 Q 0.016 0.099 0.058 0.004 0.030 0.003 0.006 0.640 0.070 0.068 0.006 45 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.931 0.052 0.006 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.030 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.017 0.005 0.001 48 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.049 0.007 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.867 0.125 0.004 0.001 50 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.866 0.091 0.006 0.001 51 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.094 0.671 0.151 0.068 0.001 52 L 0.046 0.053 0.010 0.002 0.062 0.003 0.030 0.480 0.150 0.137 0.025 53 K 0.038 0.035 0.015 0.012 0.049 0.043 0.120 0.196 0.142 0.308 0.041 54 T 0.072 0.262 0.171 0.010 0.351 0.003 0.008 0.029 0.029 0.034 0.031 55 P 0.028 0.085 0.047 0.010 0.063 0.021 0.053 0.334 0.285 0.061 0.015 56 T 0.052 0.076 0.048 0.023 0.082 0.020 0.127 0.128 0.121 0.281 0.042 57 W 0.097 0.194 0.154 0.057 0.154 0.038 0.050 0.081 0.049 0.074 0.052 58 P 0.028 0.122 0.083 0.062 0.060 0.064 0.149 0.193 0.131 0.080 0.027 59 G 0.061 0.107 0.078 0.068 0.096 0.047 0.029 0.054 0.082 0.322 0.055 60 R 0.189 0.207 0.036 0.010 0.428 0.008 0.016 0.021 0.017 0.044 0.025 61 L 0.312 0.068 0.010 0.003 0.564 0.004 0.005 0.002 0.002 0.005 0.024 62 F 0.287 0.074 0.010 0.002 0.603 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 63 V 0.406 0.059 0.005 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 64 A 0.176 0.240 0.029 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 65 E 0.082 0.287 0.021 0.001 0.572 0.004 0.002 0.003 0.001 0.009 0.017 66 S 0.091 0.143 0.583 0.011 0.093 0.001 0.005 0.048 0.015 0.002 0.007 67 E 0.001 0.001 0.005 0.072 0.001 0.205 0.156 0.435 0.111 0.012 0.002 68 S 0.001 0.740 0.144 0.111 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.673 0.312 70 E 0.001 0.842 0.072 0.001 0.080 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 71 V 0.763 0.005 0.001 0.001 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 72 V 0.043 0.016 0.011 0.246 0.076 0.405 0.192 0.002 0.002 0.002 0.005 73 G 0.174 0.118 0.023 0.013 0.644 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 74 F 0.414 0.043 0.003 0.001 0.491 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 75 A 0.272 0.086 0.010 0.003 0.521 0.005 0.002 0.002 0.001 0.014 0.084 76 A 0.315 0.101 0.022 0.002 0.459 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 0.077 77 F 0.156 0.189 0.080 0.084 0.190 0.053 0.033 0.029 0.036 0.077 0.073 78 G 0.071 0.221 0.274 0.121 0.168 0.028 0.014 0.026 0.020 0.034 0.023 79 P 0.060 0.236 0.080 0.022 0.179 0.030 0.062 0.131 0.109 0.063 0.027 80 D 0.098 0.169 0.094 0.016 0.269 0.019 0.047 0.073 0.064 0.099 0.053 81 R 0.078 0.128 0.117 0.023 0.112 0.016 0.045 0.214 0.145 0.080 0.041 82 A 0.027 0.069 0.064 0.034 0.056 0.044 0.137 0.261 0.180 0.106 0.021 83 S 0.018 0.366 0.181 0.083 0.087 0.042 0.081 0.059 0.036 0.033 0.013 84 G 0.036 0.019 0.045 0.066 0.021 0.035 0.015 0.024 0.043 0.508 0.189 85 F 0.063 0.263 0.301 0.084 0.140 0.036 0.022 0.029 0.015 0.024 0.024 86 P 0.019 0.099 0.103 0.155 0.039 0.112 0.231 0.126 0.060 0.038 0.017 87 G 0.022 0.058 0.111 0.203 0.026 0.076 0.022 0.043 0.090 0.307 0.043 88 Y 0.101 0.176 0.066 0.024 0.256 0.023 0.029 0.070 0.091 0.110 0.053 89 T 0.251 0.082 0.018 0.011 0.219 0.017 0.047 0.069 0.065 0.111 0.111 90 A 0.186 0.231 0.032 0.004 0.482 0.003 0.004 0.009 0.009 0.017 0.023 91 E 0.192 0.181 0.016 0.001 0.563 0.001 0.004 0.009 0.005 0.012 0.015 92 L 0.622 0.013 0.002 0.001 0.224 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.124 93 W 0.015 0.020 0.008 0.115 0.052 0.380 0.295 0.082 0.021 0.008 0.005 94 A 0.277 0.092 0.013 0.002 0.541 0.001 0.002 0.008 0.005 0.017 0.041 95 I 0.188 0.092 0.004 0.002 0.672 0.003 0.002 0.005 0.003 0.004 0.026 96 Y 0.258 0.056 0.006 0.001 0.565 0.001 0.002 0.004 0.003 0.021 0.084 97 V 0.086 0.395 0.133 0.007 0.317 0.003 0.007 0.005 0.003 0.013 0.032 98 L 0.115 0.366 0.058 0.001 0.443 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 99 P 0.005 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.318 0.634 0.011 0.003 100 T 0.005 0.017 0.006 0.002 0.010 0.005 0.049 0.631 0.198 0.073 0.007 101 W 0.014 0.030 0.007 0.004 0.030 0.004 0.026 0.381 0.188 0.306 0.011 102 Q 0.010 0.017 0.014 0.005 0.009 0.014 0.067 0.684 0.144 0.025 0.010 103 R 0.010 0.047 0.032 0.013 0.022 0.030 0.077 0.510 0.124 0.113 0.020 104 K 0.010 0.401 0.295 0.047 0.065 0.019 0.025 0.088 0.016 0.025 0.009 105 G 0.015 0.028 0.058 0.123 0.013 0.042 0.018 0.407 0.050 0.153 0.093 106 L 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.882 0.078 0.016 0.002 107 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.002 0.001 108 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.029 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.016 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.002 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 112 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.003 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 116 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.009 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.012 0.003 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.003 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.823 0.164 0.003 0.001 120 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.118 0.797 0.072 0.006 0.001 121 E 0.001 0.602 0.355 0.003 0.030 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 122 G 0.059 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.009 0.010 0.422 0.484 123 Y 0.273 0.196 0.023 0.011 0.311 0.015 0.008 0.011 0.011 0.031 0.111 124 G 0.011 0.016 0.007 0.135 0.035 0.274 0.201 0.165 0.096 0.046 0.015 125 R 0.241 0.147 0.044 0.010 0.482 0.006 0.008 0.014 0.013 0.015 0.020 126 M 0.223 0.077 0.006 0.001 0.665 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.017 127 L 0.262 0.044 0.003 0.001 0.629 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.046 128 V 0.270 0.095 0.006 0.002 0.533 0.003 0.004 0.007 0.003 0.009 0.068 129 W 0.316 0.090 0.013 0.003 0.467 0.003 0.013 0.012 0.006 0.020 0.057 130 V 0.118 0.276 0.099 0.014 0.218 0.007 0.015 0.088 0.053 0.063 0.050 131 L 0.072 0.281 0.110 0.016 0.232 0.010 0.022 0.107 0.084 0.035 0.031 132 K 0.010 0.060 0.017 0.006 0.019 0.031 0.109 0.430 0.284 0.028 0.007 133 E 0.023 0.042 0.031 0.022 0.035 0.033 0.112 0.083 0.083 0.461 0.075 134 N 0.220 0.188 0.054 0.003 0.429 0.001 0.002 0.011 0.008 0.022 0.061 135 P 0.002 0.006 0.004 0.001 0.005 0.008 0.017 0.532 0.408 0.013 0.004 136 K 0.003 0.006 0.004 0.002 0.003 0.003 0.025 0.691 0.161 0.094 0.007 137 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.708 0.170 0.095 0.004 138 R 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.915 0.066 0.003 0.001 139 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.935 0.047 0.007 0.001 140 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.025 0.003 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.928 0.054 0.011 0.001 142 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.894 0.085 0.003 0.001 143 H 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.127 0.789 0.053 0.015 0.001 144 L 0.004 0.485 0.370 0.025 0.055 0.010 0.018 0.020 0.004 0.008 0.002 145 G 0.056 0.018 0.018 0.105 0.009 0.013 0.007 0.021 0.013 0.423 0.316 146 G 0.087 0.351 0.124 0.020 0.223 0.012 0.007 0.037 0.035 0.072 0.032 147 V 0.021 0.564 0.053 0.001 0.328 0.002 0.003 0.016 0.007 0.003 0.002 148 L 0.680 0.015 0.005 0.001 0.195 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.093 149 L 0.005 0.006 0.007 0.123 0.009 0.469 0.317 0.041 0.012 0.007 0.004 150 G 0.122 0.212 0.195 0.053 0.233 0.008 0.003 0.013 0.013 0.086 0.063 151 E 0.249 0.125 0.026 0.019 0.307 0.015 0.011 0.045 0.037 0.081 0.087 152 R 0.111 0.234 0.121 0.030 0.342 0.012 0.013 0.052 0.024 0.029 0.031 153 E 0.248 0.106 0.025 0.012 0.282 0.016 0.043 0.076 0.045 0.051 0.097 154 I 0.082 0.319 0.067 0.017 0.290 0.022 0.024 0.079 0.037 0.043 0.020 155 E 0.280 0.094 0.092 0.013 0.183 0.014 0.046 0.130 0.032 0.037 0.078 156 L 0.048 0.051 0.060 0.183 0.045 0.190 0.151 0.135 0.052 0.060 0.026 157 G 0.003 0.097 0.129 0.577 0.012 0.103 0.039 0.017 0.007 0.012 0.004 158 G 0.014 0.012 0.024 0.070 0.007 0.019 0.005 0.012 0.030 0.680 0.126 159 A 0.018 0.498 0.231 0.011 0.147 0.004 0.012 0.042 0.021 0.012 0.004 160 K 0.137 0.300 0.064 0.004 0.271 0.004 0.011 0.067 0.041 0.060 0.042 161 L 0.172 0.142 0.037 0.011 0.290 0.013 0.025 0.155 0.085 0.026 0.045 162 W 0.063 0.039 0.011 0.022 0.102 0.060 0.081 0.473 0.084 0.041 0.023 163 E 0.197 0.102 0.012 0.006 0.473 0.007 0.012 0.097 0.028 0.046 0.020 164 V 0.323 0.050 0.004 0.003 0.515 0.006 0.007 0.046 0.008 0.009 0.030 165 A 0.244 0.067 0.011 0.010 0.404 0.011 0.026 0.052 0.014 0.054 0.107 166 Y 0.135 0.192 0.066 0.028 0.241 0.014 0.020 0.048 0.022 0.146 0.089 167 G 0.154 0.133 0.059 0.027 0.218 0.020 0.029 0.046 0.050 0.181 0.084 168 F 0.051 0.386 0.160 0.023 0.187 0.021 0.030 0.072 0.039 0.017 0.014 169 D 0.242 0.150 0.107 0.011 0.249 0.010 0.033 0.051 0.024 0.039 0.085 170 L 0.056 0.130 0.050 0.091 0.086 0.122 0.122 0.136 0.108 0.069 0.030 171 G 0.012 0.065 0.123 0.325 0.021 0.112 0.058 0.051 0.058 0.146 0.029 172 G 0.026 0.072 0.109 0.139 0.042 0.040 0.027 0.058 0.085 0.354 0.048 173 H 0.091 0.168 0.073 0.020 0.177 0.013 0.033 0.109 0.127 0.126 0.063 174 K 0.073 0.208 0.120 0.031 0.159 0.034 0.050 0.111 0.087 0.078 0.048 175 W 0.137 0.212 0.073 0.018 0.217 0.016 0.035 0.100 0.069 0.070 0.053