# TARGET T0267 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0267.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2336 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.384 0.265 0.147 0.098 0.057 0.041 0.009 2 V 0.155 0.128 0.170 0.224 0.210 0.100 0.012 3 R 0.267 0.240 0.185 0.147 0.095 0.056 0.010 4 I 0.081 0.081 0.120 0.217 0.265 0.198 0.037 5 R 0.149 0.172 0.231 0.217 0.154 0.067 0.010 6 R 0.225 0.297 0.212 0.145 0.079 0.035 0.006 7 A 0.050 0.078 0.144 0.265 0.293 0.155 0.015 8 G 0.240 0.282 0.202 0.132 0.098 0.042 0.005 9 L 0.226 0.269 0.252 0.182 0.059 0.011 0.001 10 E 0.486 0.355 0.104 0.037 0.013 0.004 0.001 11 D 0.091 0.181 0.229 0.258 0.178 0.059 0.004 12 L 0.019 0.072 0.179 0.379 0.276 0.072 0.003 13 P 0.236 0.455 0.217 0.070 0.018 0.003 0.001 14 G 0.019 0.084 0.255 0.356 0.220 0.063 0.004 15 V 0.004 0.004 0.007 0.040 0.221 0.613 0.111 16 A 0.005 0.043 0.168 0.367 0.299 0.110 0.008 17 R 0.015 0.126 0.307 0.331 0.165 0.051 0.005 18 V 0.002 0.005 0.013 0.053 0.232 0.561 0.134 19 L 0.002 0.005 0.014 0.059 0.235 0.520 0.165 20 V 0.020 0.119 0.231 0.266 0.203 0.134 0.028 21 D 0.021 0.131 0.274 0.328 0.183 0.054 0.009 22 T 0.006 0.018 0.039 0.115 0.242 0.428 0.152 23 W 0.012 0.041 0.082 0.202 0.317 0.284 0.061 24 R 0.106 0.233 0.248 0.197 0.131 0.066 0.018 25 A 0.144 0.222 0.224 0.204 0.122 0.065 0.019 26 T 0.097 0.139 0.165 0.207 0.188 0.163 0.040 27 Y 0.111 0.139 0.179 0.215 0.197 0.132 0.029 28 R 0.210 0.196 0.200 0.192 0.132 0.060 0.011 29 G 0.201 0.197 0.180 0.168 0.136 0.097 0.023 30 V 0.139 0.131 0.152 0.196 0.201 0.151 0.031 31 V 0.125 0.139 0.175 0.215 0.201 0.123 0.021 32 P 0.236 0.198 0.188 0.172 0.126 0.068 0.012 33 E 0.343 0.239 0.163 0.125 0.081 0.041 0.008 34 A 0.327 0.228 0.165 0.133 0.092 0.047 0.008 35 F 0.196 0.164 0.179 0.205 0.164 0.082 0.010 36 L 0.202 0.149 0.174 0.218 0.170 0.079 0.007 37 E 0.458 0.260 0.153 0.086 0.033 0.009 0.001 38 G 0.369 0.253 0.174 0.117 0.061 0.022 0.003 39 L 0.163 0.145 0.185 0.233 0.181 0.083 0.009 40 S 0.334 0.246 0.169 0.137 0.075 0.035 0.004 41 Y 0.429 0.251 0.147 0.103 0.050 0.019 0.002 42 E 0.623 0.219 0.083 0.043 0.023 0.009 0.001 43 G 0.313 0.297 0.190 0.120 0.056 0.020 0.003 44 Q 0.101 0.170 0.217 0.257 0.177 0.071 0.007 45 A 0.087 0.194 0.257 0.252 0.153 0.052 0.005 46 E 0.272 0.411 0.221 0.075 0.018 0.003 0.001 47 R 0.032 0.168 0.304 0.313 0.143 0.038 0.002 48 W 0.004 0.007 0.024 0.129 0.398 0.409 0.030 49 A 0.018 0.107 0.289 0.363 0.180 0.040 0.002 50 Q 0.173 0.451 0.257 0.093 0.022 0.005 0.001 51 R 0.018 0.083 0.217 0.363 0.249 0.067 0.003 52 L 0.012 0.031 0.105 0.292 0.389 0.164 0.006 53 K 0.308 0.393 0.196 0.079 0.020 0.003 0.001 54 T 0.537 0.284 0.111 0.049 0.015 0.003 0.001 55 P 0.464 0.275 0.137 0.078 0.033 0.011 0.001 56 T 0.600 0.229 0.092 0.051 0.021 0.006 0.001 57 W 0.300 0.251 0.206 0.152 0.074 0.016 0.001 58 P 0.216 0.300 0.229 0.160 0.071 0.021 0.003 59 G 0.059 0.182 0.239 0.261 0.169 0.074 0.016 60 R 0.005 0.026 0.096 0.248 0.359 0.228 0.038 61 L 0.001 0.004 0.023 0.101 0.280 0.457 0.134 62 F 0.001 0.002 0.006 0.017 0.091 0.519 0.365 63 V 0.001 0.002 0.006 0.029 0.150 0.479 0.333 64 A 0.001 0.001 0.004 0.030 0.180 0.556 0.229 65 E 0.002 0.031 0.116 0.298 0.350 0.187 0.016 66 S 0.030 0.211 0.339 0.280 0.115 0.023 0.002 67 E 0.320 0.372 0.199 0.083 0.022 0.004 0.001 68 S 0.640 0.233 0.082 0.034 0.010 0.002 0.001 69 G 0.210 0.308 0.276 0.149 0.047 0.010 0.001 70 E 0.033 0.158 0.239 0.270 0.210 0.083 0.007 71 V 0.001 0.008 0.031 0.112 0.297 0.425 0.126 72 V 0.001 0.005 0.018 0.072 0.211 0.449 0.244 73 G 0.001 0.002 0.005 0.018 0.068 0.367 0.540 74 F 0.001 0.002 0.006 0.026 0.082 0.287 0.596 75 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.263 0.693 76 A 0.001 0.002 0.012 0.068 0.226 0.415 0.277 77 F 0.001 0.001 0.002 0.018 0.133 0.551 0.295 78 G 0.002 0.026 0.107 0.291 0.349 0.207 0.019 79 P 0.025 0.158 0.283 0.291 0.175 0.061 0.006 80 D 0.131 0.282 0.289 0.196 0.077 0.023 0.002 81 R 0.410 0.272 0.175 0.100 0.035 0.007 0.001 82 A 0.587 0.225 0.108 0.055 0.020 0.005 0.001 83 S 0.638 0.213 0.085 0.043 0.016 0.004 0.001 84 G 0.637 0.206 0.088 0.045 0.018 0.005 0.001 85 F 0.375 0.237 0.157 0.134 0.073 0.023 0.002 86 P 0.451 0.268 0.154 0.081 0.033 0.010 0.002 87 G 0.233 0.295 0.200 0.141 0.089 0.036 0.006 88 Y 0.022 0.089 0.208 0.299 0.252 0.111 0.020 89 T 0.013 0.065 0.152 0.272 0.285 0.177 0.037 90 A 0.004 0.010 0.021 0.063 0.234 0.473 0.196 91 E 0.002 0.008 0.033 0.143 0.300 0.343 0.171 92 L 0.002 0.003 0.005 0.014 0.044 0.274 0.659 93 W 0.003 0.011 0.030 0.102 0.189 0.335 0.329 94 A 0.005 0.012 0.031 0.065 0.126 0.341 0.421 95 I 0.005 0.008 0.009 0.025 0.080 0.346 0.527 96 Y 0.008 0.019 0.037 0.105 0.201 0.397 0.233 97 V 0.016 0.043 0.070 0.149 0.237 0.351 0.134 98 L 0.031 0.095 0.168 0.227 0.230 0.195 0.054 99 P 0.132 0.304 0.270 0.174 0.082 0.033 0.006 100 T 0.299 0.358 0.184 0.097 0.041 0.017 0.004 101 W 0.071 0.116 0.185 0.258 0.236 0.120 0.014 102 Q 0.072 0.109 0.161 0.243 0.243 0.151 0.021 103 R 0.127 0.229 0.237 0.229 0.124 0.046 0.008 104 K 0.156 0.327 0.266 0.157 0.065 0.025 0.005 105 G 0.061 0.161 0.252 0.249 0.191 0.078 0.008 106 L 0.005 0.018 0.058 0.157 0.330 0.382 0.049 107 G 0.007 0.021 0.039 0.134 0.342 0.405 0.052 108 R 0.014 0.142 0.320 0.340 0.150 0.033 0.001 109 A 0.005 0.033 0.167 0.441 0.303 0.050 0.001 110 L 0.001 0.002 0.002 0.008 0.072 0.629 0.287 111 F 0.001 0.002 0.011 0.120 0.446 0.402 0.020 112 H 0.001 0.052 0.318 0.417 0.179 0.031 0.002 113 E 0.001 0.003 0.036 0.215 0.496 0.240 0.011 114 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.564 0.409 115 A 0.001 0.005 0.062 0.380 0.430 0.119 0.004 116 R 0.005 0.309 0.418 0.204 0.054 0.009 0.001 117 L 0.001 0.006 0.066 0.400 0.402 0.119 0.005 118 L 0.001 0.001 0.006 0.073 0.433 0.446 0.040 119 Q 0.045 0.401 0.407 0.127 0.019 0.001 0.001 120 A 0.515 0.398 0.072 0.013 0.002 0.001 0.001 121 E 0.079 0.297 0.373 0.203 0.044 0.004 0.001 122 G 0.285 0.418 0.207 0.076 0.013 0.001 0.001 123 Y 0.032 0.081 0.179 0.341 0.303 0.063 0.002 124 G 0.040 0.257 0.331 0.228 0.107 0.034 0.003 125 R 0.005 0.035 0.145 0.369 0.314 0.119 0.014 126 M 0.001 0.004 0.011 0.035 0.158 0.615 0.176 127 L 0.001 0.003 0.020 0.105 0.310 0.413 0.149 128 V 0.001 0.001 0.005 0.019 0.091 0.469 0.414 129 W 0.001 0.010 0.043 0.171 0.340 0.358 0.077 130 V 0.001 0.004 0.015 0.080 0.276 0.518 0.106 131 L 0.010 0.064 0.167 0.291 0.291 0.163 0.014 132 K 0.255 0.405 0.211 0.091 0.030 0.007 0.001 133 E 0.111 0.267 0.320 0.208 0.075 0.018 0.002 134 N 0.040 0.097 0.172 0.291 0.281 0.113 0.005 135 P 0.297 0.395 0.203 0.074 0.025 0.005 0.001 136 K 0.109 0.292 0.303 0.215 0.067 0.014 0.001 137 G 0.042 0.034 0.055 0.184 0.381 0.279 0.023 138 R 0.045 0.191 0.324 0.308 0.107 0.024 0.001 139 G 0.135 0.335 0.300 0.164 0.052 0.012 0.001 140 F 0.031 0.044 0.082 0.190 0.345 0.282 0.026 141 Y 0.028 0.047 0.104 0.245 0.330 0.220 0.025 142 E 0.165 0.366 0.268 0.138 0.047 0.014 0.002 143 H 0.099 0.245 0.287 0.220 0.109 0.036 0.005 144 L 0.028 0.052 0.100 0.195 0.296 0.273 0.057 145 G 0.074 0.201 0.220 0.187 0.149 0.130 0.040 146 G 0.027 0.034 0.068 0.194 0.359 0.264 0.054 147 V 0.075 0.207 0.243 0.233 0.145 0.079 0.019 148 L 0.083 0.146 0.170 0.222 0.209 0.146 0.024 149 L 0.090 0.168 0.234 0.250 0.172 0.074 0.012 150 G 0.276 0.252 0.198 0.155 0.084 0.030 0.005 151 E 0.292 0.294 0.201 0.132 0.058 0.020 0.003 152 R 0.319 0.230 0.200 0.157 0.074 0.019 0.001 153 E 0.459 0.292 0.143 0.072 0.026 0.008 0.001 154 I 0.316 0.218 0.185 0.165 0.086 0.028 0.002 155 E 0.387 0.269 0.160 0.106 0.054 0.021 0.002 156 L 0.282 0.179 0.174 0.193 0.120 0.047 0.005 157 G 0.535 0.258 0.112 0.059 0.025 0.009 0.002 158 G 0.515 0.232 0.127 0.075 0.035 0.013 0.002 159 A 0.290 0.264 0.185 0.134 0.082 0.037 0.008 160 K 0.110 0.172 0.214 0.215 0.162 0.098 0.029 161 L 0.059 0.089 0.118 0.180 0.246 0.234 0.074 162 W 0.022 0.040 0.076 0.156 0.225 0.322 0.159 163 E 0.027 0.049 0.089 0.156 0.215 0.287 0.176 164 V 0.021 0.031 0.055 0.100 0.164 0.343 0.286 165 A 0.013 0.025 0.051 0.118 0.208 0.355 0.230 166 Y 0.025 0.028 0.046 0.096 0.198 0.384 0.223 167 G 0.032 0.086 0.144 0.238 0.264 0.192 0.045 168 F 0.065 0.098 0.162 0.246 0.260 0.147 0.022 169 D 0.230 0.317 0.216 0.141 0.069 0.024 0.003 170 L 0.163 0.189 0.241 0.255 0.126 0.026 0.001 171 G 0.679 0.221 0.068 0.024 0.007 0.001 0.001 172 G 0.697 0.209 0.065 0.022 0.005 0.001 0.001 173 H 0.625 0.214 0.101 0.045 0.012 0.002 0.001 174 K 0.640 0.203 0.089 0.049 0.016 0.003 0.001 175 W 0.531 0.226 0.137 0.072 0.028 0.006 0.001