# TARGET T0266 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.916 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.004 0.024 0.005 0.005 0.014 2 L 0.001 0.029 0.822 0.001 0.005 0.088 0.001 0.001 0.018 0.014 0.010 0.002 0.012 3 E 0.001 0.007 0.422 0.001 0.005 0.234 0.001 0.001 0.017 0.280 0.011 0.021 0.003 4 K 0.001 0.006 0.235 0.001 0.006 0.643 0.001 0.001 0.005 0.056 0.036 0.001 0.013 5 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 6 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.887 0.001 0.001 0.001 0.008 0.086 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.259 0.001 0.001 0.001 0.018 0.702 0.001 0.001 13 G 0.001 0.001 0.026 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 0.933 0.001 0.001 14 L 0.001 0.003 0.889 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.086 0.006 0.002 0.002 15 T 0.001 0.006 0.589 0.016 0.018 0.002 0.001 0.001 0.102 0.195 0.027 0.011 0.032 16 W 0.003 0.011 0.146 0.009 0.020 0.002 0.019 0.040 0.614 0.037 0.014 0.022 0.063 17 R 0.003 0.005 0.063 0.011 0.005 0.001 0.024 0.040 0.754 0.009 0.002 0.062 0.022 18 L 0.004 0.003 0.036 0.010 0.001 0.001 0.036 0.044 0.757 0.005 0.001 0.007 0.096 19 L 0.002 0.005 0.083 0.054 0.001 0.001 0.021 0.024 0.643 0.008 0.001 0.148 0.010 20 I 0.003 0.017 0.316 0.012 0.001 0.001 0.026 0.018 0.383 0.032 0.005 0.013 0.172 21 M 0.001 0.014 0.605 0.014 0.005 0.002 0.003 0.003 0.133 0.140 0.012 0.042 0.025 22 Q 0.001 0.008 0.658 0.006 0.022 0.003 0.001 0.001 0.018 0.199 0.048 0.011 0.026 23 K 0.001 0.020 0.413 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.009 0.349 0.148 0.003 0.011 24 P 0.001 0.014 0.667 0.001 0.022 0.009 0.001 0.001 0.007 0.188 0.073 0.005 0.015 25 T 0.001 0.007 0.188 0.001 0.146 0.101 0.001 0.001 0.001 0.260 0.290 0.002 0.004 26 R 0.001 0.014 0.152 0.001 0.106 0.154 0.001 0.001 0.001 0.307 0.261 0.002 0.002 27 T 0.001 0.010 0.469 0.001 0.054 0.286 0.001 0.001 0.001 0.116 0.050 0.001 0.012 28 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.906 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.449 0.001 0.001 0.002 0.070 0.455 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.090 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.050 0.824 0.001 0.001 37 V 0.001 0.011 0.756 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.221 0.005 0.001 0.001 38 S 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.042 0.001 0.278 0.359 0.001 0.001 0.001 0.031 0.289 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.481 0.195 0.001 0.001 0.001 0.020 0.289 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.036 0.001 0.683 0.171 0.001 0.001 0.002 0.040 0.060 0.002 0.004 42 I 0.011 0.056 0.211 0.006 0.131 0.190 0.010 0.007 0.105 0.064 0.094 0.010 0.105 43 V 0.090 0.026 0.296 0.058 0.028 0.047 0.013 0.010 0.096 0.059 0.035 0.086 0.154 44 K 0.106 0.002 0.083 0.587 0.006 0.007 0.003 0.001 0.007 0.070 0.012 0.059 0.058 45 T 0.429 0.003 0.067 0.034 0.005 0.010 0.008 0.001 0.011 0.018 0.005 0.170 0.239 46 L 0.635 0.001 0.018 0.036 0.005 0.009 0.016 0.001 0.001 0.010 0.004 0.045 0.218 47 I 0.814 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.046 48 V 0.843 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.119 49 L 0.822 0.001 0.007 0.007 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.069 50 D 0.340 0.002 0.051 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.012 0.008 0.068 0.506 51 N 0.028 0.003 0.069 0.005 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.144 0.595 0.036 0.096 52 A 0.002 0.001 0.012 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.816 0.022 0.012 53 G 0.002 0.002 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.728 0.021 0.016 54 G 0.076 0.003 0.246 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.272 0.143 0.109 0.115 55 V 0.356 0.003 0.055 0.010 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.010 0.001 0.058 0.480 56 Y 0.664 0.001 0.008 0.018 0.001 0.001 0.054 0.001 0.004 0.002 0.001 0.122 0.127 57 A 0.767 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.112 0.003 0.002 0.001 0.001 0.041 0.063 58 V 0.781 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.131 0.004 0.002 0.001 0.001 0.048 0.031 59 V 0.703 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.156 0.007 0.007 0.001 0.001 0.014 0.103 60 I 0.304 0.001 0.060 0.007 0.001 0.001 0.041 0.005 0.035 0.006 0.001 0.473 0.066 61 P 0.069 0.003 0.256 0.019 0.003 0.002 0.013 0.003 0.066 0.082 0.063 0.017 0.403 62 G 0.019 0.021 0.303 0.016 0.033 0.007 0.003 0.001 0.026 0.255 0.230 0.061 0.025 63 D 0.005 0.016 0.240 0.004 0.064 0.010 0.001 0.001 0.011 0.284 0.324 0.007 0.032 64 K 0.006 0.009 0.337 0.004 0.039 0.012 0.003 0.001 0.019 0.260 0.261 0.026 0.023 65 R 0.029 0.042 0.359 0.003 0.022 0.019 0.020 0.002 0.033 0.145 0.050 0.034 0.241 66 L 0.026 0.159 0.273 0.001 0.003 0.014 0.015 0.001 0.039 0.118 0.010 0.253 0.087 67 N 0.002 0.064 0.540 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.020 0.066 0.006 0.003 0.259 68 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 69 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 70 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.866 0.001 0.001 0.001 0.012 0.096 0.001 0.001 75 A 0.001 0.002 0.068 0.001 0.019 0.615 0.001 0.001 0.001 0.071 0.222 0.001 0.001 76 G 0.001 0.001 0.311 0.001 0.049 0.048 0.001 0.001 0.001 0.169 0.420 0.001 0.001 77 K 0.001 0.003 0.204 0.001 0.133 0.058 0.001 0.001 0.002 0.338 0.257 0.001 0.001 78 P 0.001 0.012 0.441 0.005 0.123 0.026 0.001 0.001 0.035 0.094 0.247 0.004 0.013 79 V 0.001 0.016 0.714 0.001 0.031 0.008 0.003 0.001 0.121 0.068 0.009 0.004 0.025 80 R 0.001 0.005 0.232 0.025 0.010 0.004 0.006 0.004 0.501 0.148 0.017 0.039 0.008 81 L 0.001 0.020 0.152 0.003 0.010 0.004 0.010 0.008 0.656 0.049 0.013 0.003 0.072 82 A 0.001 0.059 0.450 0.007 0.002 0.011 0.006 0.007 0.297 0.087 0.007 0.059 0.008 83 R 0.001 0.016 0.856 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.038 0.027 0.002 0.001 0.047 84 A 0.001 0.001 0.028 0.001 0.024 0.905 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 85 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 88 V 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 89 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 90 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 91 T 0.001 0.002 0.017 0.001 0.006 0.545 0.001 0.001 0.001 0.049 0.377 0.001 0.001 92 G 0.001 0.001 0.159 0.007 0.005 0.046 0.001 0.001 0.001 0.143 0.635 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.012 0.723 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.006 0.214 0.016 0.009 0.007 94 P 0.001 0.049 0.791 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.015 0.063 0.027 0.006 0.032 95 V 0.001 0.043 0.498 0.005 0.064 0.009 0.001 0.005 0.035 0.158 0.145 0.016 0.020 96 G 0.003 0.025 0.403 0.015 0.082 0.011 0.001 0.006 0.058 0.210 0.143 0.011 0.033 97 G 0.012 0.030 0.329 0.016 0.106 0.015 0.005 0.007 0.050 0.196 0.151 0.041 0.042 98 V 0.015 0.041 0.344 0.016 0.078 0.019 0.006 0.005 0.058 0.178 0.132 0.022 0.087 99 P 0.007 0.033 0.561 0.006 0.026 0.012 0.002 0.001 0.035 0.158 0.033 0.087 0.038 100 P 0.007 0.015 0.333 0.019 0.083 0.031 0.002 0.001 0.013 0.145 0.222 0.017 0.112 101 V 0.011 0.029 0.254 0.033 0.106 0.030 0.004 0.001 0.008 0.164 0.277 0.048 0.035 102 A 0.011 0.033 0.393 0.008 0.077 0.034 0.005 0.001 0.005 0.187 0.093 0.058 0.095 103 L 0.005 0.050 0.423 0.003 0.052 0.039 0.004 0.001 0.009 0.168 0.084 0.042 0.120 104 P 0.002 0.018 0.351 0.004 0.092 0.032 0.002 0.001 0.003 0.145 0.276 0.013 0.061 105 P 0.001 0.008 0.144 0.035 0.053 0.025 0.001 0.001 0.002 0.182 0.533 0.011 0.005 106 N 0.001 0.004 0.299 0.041 0.023 0.010 0.001 0.001 0.007 0.284 0.292 0.006 0.033 107 I 0.002 0.011 0.682 0.005 0.001 0.003 0.004 0.001 0.071 0.104 0.005 0.082 0.028 108 V 0.004 0.012 0.517 0.026 0.001 0.002 0.024 0.024 0.221 0.026 0.003 0.011 0.129 109 L 0.045 0.008 0.053 0.005 0.001 0.002 0.251 0.229 0.314 0.004 0.001 0.044 0.043 110 V 0.075 0.008 0.030 0.003 0.001 0.003 0.220 0.271 0.280 0.003 0.001 0.044 0.062 111 V 0.045 0.011 0.103 0.003 0.001 0.003 0.133 0.215 0.293 0.012 0.002 0.078 0.101 112 D 0.005 0.007 0.541 0.027 0.002 0.008 0.014 0.011 0.169 0.047 0.007 0.010 0.151 113 R 0.001 0.003 0.167 0.006 0.123 0.191 0.002 0.001 0.013 0.202 0.277 0.009 0.006 114 I 0.001 0.003 0.092 0.001 0.273 0.227 0.001 0.001 0.005 0.094 0.301 0.001 0.003 115 L 0.001 0.003 0.074 0.001 0.602 0.155 0.001 0.001 0.003 0.049 0.110 0.001 0.003 116 L 0.001 0.006 0.060 0.003 0.316 0.168 0.001 0.002 0.005 0.065 0.371 0.001 0.003 117 S 0.001 0.016 0.089 0.007 0.150 0.073 0.001 0.001 0.002 0.081 0.573 0.002 0.005 118 R 0.001 0.013 0.644 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.006 0.221 0.077 0.005 0.008 119 K 0.001 0.001 0.464 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.416 0.066 0.007 0.009 120 K 0.050 0.011 0.220 0.006 0.005 0.002 0.037 0.084 0.261 0.148 0.037 0.035 0.101 121 V 0.207 0.006 0.054 0.004 0.002 0.002 0.109 0.371 0.113 0.007 0.002 0.062 0.061 122 Y 0.183 0.005 0.020 0.002 0.001 0.003 0.139 0.417 0.159 0.002 0.001 0.026 0.042 123 G 0.131 0.003 0.088 0.014 0.001 0.003 0.062 0.359 0.205 0.006 0.003 0.060 0.065 124 G 0.030 0.008 0.451 0.053 0.006 0.007 0.016 0.074 0.149 0.052 0.030 0.044 0.080 125 G 0.010 0.015 0.333 0.012 0.057 0.012 0.003 0.007 0.017 0.259 0.202 0.015 0.058 126 G 0.008 0.024 0.229 0.007 0.094 0.011 0.001 0.001 0.006 0.244 0.313 0.021 0.041 127 R 0.005 0.024 0.320 0.005 0.085 0.008 0.001 0.001 0.004 0.277 0.177 0.027 0.067 128 E 0.001 0.009 0.048 0.006 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.161 0.706 0.012 0.010 129 N 0.004 0.001 0.066 0.020 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.151 0.714 0.006 0.015 130 A 0.168 0.013 0.311 0.003 0.011 0.003 0.013 0.002 0.014 0.094 0.026 0.179 0.163 131 L 0.370 0.024 0.054 0.010 0.001 0.002 0.045 0.002 0.031 0.013 0.003 0.030 0.415 132 L 0.378 0.007 0.049 0.014 0.001 0.001 0.060 0.004 0.038 0.010 0.002 0.382 0.054 133 E 0.449 0.005 0.039 0.004 0.001 0.001 0.064 0.004 0.037 0.006 0.002 0.025 0.363 134 F 0.134 0.017 0.203 0.003 0.001 0.005 0.020 0.002 0.040 0.042 0.002 0.453 0.077 135 S 0.009 0.011 0.501 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.030 0.068 0.002 0.006 0.356 136 P 0.001 0.001 0.032 0.001 0.052 0.846 0.001 0.001 0.001 0.020 0.040 0.002 0.004 137 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.059 0.889 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 138 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.065 0.897 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.002 139 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.031 0.924 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.004 140 V 0.001 0.002 0.017 0.001 0.043 0.872 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.005 0.002 141 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.050 0.793 0.001 0.001 0.001 0.010 0.130 0.001 0.002 142 A 0.001 0.002 0.039 0.001 0.078 0.542 0.001 0.001 0.001 0.043 0.288 0.002 0.004 143 T 0.001 0.002 0.069 0.001 0.043 0.241 0.001 0.001 0.002 0.103 0.534 0.003 0.003 144 G 0.001 0.002 0.194 0.007 0.024 0.064 0.001 0.001 0.003 0.162 0.537 0.003 0.004 145 A 0.001 0.008 0.726 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 0.042 0.128 0.014 0.006 0.031 146 V 0.005 0.020 0.371 0.016 0.006 0.034 0.009 0.001 0.175 0.116 0.018 0.189 0.041 147 V 0.010 0.023 0.152 0.003 0.007 0.044 0.060 0.019 0.320 0.026 0.008 0.012 0.316 148 A 0.014 0.012 0.232 0.094 0.011 0.078 0.065 0.026 0.219 0.032 0.006 0.185 0.029 149 D 0.012 0.011 0.274 0.015 0.021 0.070 0.045 0.007 0.239 0.051 0.011 0.048 0.195 150 V 0.011 0.016 0.411 0.024 0.092 0.086 0.042 0.002 0.096 0.064 0.061 0.028 0.067 151 S 0.005 0.017 0.605 0.003 0.038 0.046 0.013 0.001 0.080 0.053 0.062 0.032 0.045 152 E 0.001 0.002 0.961 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.014