# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.966 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.094 0.050 0.086 0.061 0.091 0.131 0.123 0.127 0.125 0.086 2 L 0.010 0.020 0.035 0.067 0.129 0.195 0.265 0.133 0.084 0.041 0.021 3 E 0.229 0.193 0.323 0.160 0.058 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 4 K 0.008 0.040 0.067 0.270 0.274 0.181 0.110 0.035 0.011 0.003 0.001 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.077 0.210 0.314 0.363 6 E 0.001 0.001 0.011 0.070 0.190 0.354 0.262 0.069 0.029 0.010 0.003 7 E 0.003 0.020 0.630 0.236 0.076 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 8 W 0.001 0.001 0.003 0.008 0.023 0.100 0.379 0.230 0.135 0.077 0.044 9 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.072 0.212 0.339 0.352 10 K 0.002 0.013 0.412 0.281 0.209 0.062 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 11 A 0.006 0.029 0.621 0.147 0.098 0.061 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 12 R 0.003 0.004 0.003 0.018 0.046 0.141 0.420 0.198 0.102 0.046 0.018 13 G 0.602 0.268 0.039 0.062 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.003 0.005 0.010 0.016 0.029 0.079 0.127 0.210 0.259 0.259 15 T 0.231 0.339 0.085 0.204 0.084 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 16 W 0.004 0.005 0.003 0.009 0.015 0.031 0.121 0.156 0.249 0.209 0.198 17 R 0.079 0.128 0.067 0.252 0.170 0.125 0.094 0.036 0.023 0.014 0.011 18 L 0.008 0.016 0.010 0.047 0.070 0.099 0.157 0.164 0.184 0.141 0.103 19 L 0.012 0.019 0.017 0.069 0.094 0.135 0.198 0.151 0.137 0.102 0.066 20 I 0.026 0.044 0.031 0.128 0.152 0.137 0.187 0.121 0.088 0.053 0.032 21 M 0.012 0.021 0.018 0.059 0.081 0.097 0.201 0.171 0.160 0.111 0.069 22 Q 0.260 0.231 0.108 0.205 0.099 0.046 0.029 0.011 0.007 0.003 0.002 23 K 0.152 0.129 0.044 0.142 0.141 0.116 0.128 0.065 0.044 0.027 0.011 24 P 0.359 0.231 0.068 0.123 0.074 0.047 0.042 0.023 0.017 0.010 0.004 25 T 0.357 0.128 0.039 0.124 0.096 0.079 0.092 0.038 0.026 0.013 0.007 26 R 0.261 0.147 0.061 0.141 0.112 0.089 0.078 0.048 0.035 0.019 0.009 27 T 0.016 0.197 0.037 0.133 0.124 0.129 0.106 0.088 0.079 0.057 0.033 28 V 0.006 0.008 0.004 0.023 0.054 0.109 0.184 0.186 0.195 0.138 0.094 29 A 0.198 0.063 0.057 0.136 0.171 0.166 0.130 0.040 0.026 0.009 0.004 30 E 0.006 0.042 0.140 0.381 0.221 0.107 0.067 0.021 0.010 0.004 0.002 31 A 0.001 0.002 0.005 0.010 0.010 0.013 0.048 0.113 0.207 0.270 0.320 32 A 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 0.036 0.118 0.161 0.244 0.228 0.182 33 A 0.002 0.010 0.474 0.258 0.139 0.071 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 34 L 0.001 0.006 0.045 0.063 0.136 0.264 0.328 0.089 0.042 0.017 0.009 35 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.020 0.117 0.178 0.233 0.264 0.178 36 G 0.684 0.189 0.030 0.054 0.019 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 37 V 0.002 0.004 0.006 0.011 0.017 0.033 0.102 0.152 0.217 0.224 0.233 38 S 0.296 0.502 0.060 0.085 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.245 0.133 0.061 0.181 0.135 0.117 0.080 0.024 0.014 0.006 0.003 40 S 0.434 0.135 0.051 0.092 0.072 0.065 0.061 0.029 0.026 0.018 0.016 41 E 0.011 0.058 0.074 0.263 0.223 0.180 0.126 0.038 0.018 0.006 0.003 42 I 0.006 0.008 0.005 0.026 0.047 0.080 0.201 0.206 0.172 0.154 0.095 43 V 0.002 0.003 0.009 0.024 0.041 0.062 0.164 0.182 0.205 0.186 0.123 44 K 0.001 0.002 0.005 0.031 0.050 0.086 0.256 0.210 0.187 0.120 0.051 45 T 0.001 0.003 0.004 0.024 0.025 0.048 0.113 0.164 0.210 0.237 0.171 46 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.091 0.200 0.282 0.266 0.131 47 I 0.001 0.002 0.004 0.015 0.023 0.036 0.121 0.191 0.239 0.218 0.151 48 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.014 0.022 0.080 0.139 0.252 0.289 0.191 49 L 0.001 0.005 0.005 0.071 0.123 0.168 0.257 0.189 0.121 0.043 0.016 50 D 0.015 0.028 0.016 0.078 0.093 0.153 0.243 0.178 0.121 0.055 0.021 51 N 0.179 0.149 0.071 0.211 0.112 0.101 0.083 0.044 0.027 0.015 0.008 52 A 0.433 0.264 0.075 0.127 0.047 0.025 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 53 G 0.350 0.233 0.070 0.159 0.082 0.039 0.030 0.016 0.011 0.007 0.003 54 G 0.017 0.101 0.051 0.225 0.264 0.165 0.107 0.042 0.018 0.006 0.003 55 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.104 0.244 0.260 0.185 0.104 0.050 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.050 0.177 0.259 0.212 0.166 0.119 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.132 0.232 0.310 0.287 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.085 0.205 0.336 0.352 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.067 0.186 0.316 0.406 60 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.070 0.142 0.237 0.263 0.259 61 P 0.015 0.038 0.023 0.122 0.154 0.159 0.215 0.144 0.078 0.037 0.015 62 G 0.099 0.086 0.043 0.167 0.183 0.131 0.133 0.078 0.046 0.024 0.011 63 D 0.071 0.093 0.036 0.144 0.151 0.122 0.124 0.090 0.080 0.051 0.037 64 K 0.079 0.110 0.049 0.162 0.167 0.172 0.140 0.060 0.035 0.018 0.008 65 R 0.161 0.112 0.075 0.204 0.146 0.114 0.102 0.042 0.025 0.012 0.005 66 L 0.011 0.007 0.008 0.016 0.025 0.046 0.131 0.167 0.221 0.211 0.157 67 N 0.009 0.117 0.079 0.152 0.107 0.102 0.129 0.093 0.091 0.071 0.050 68 I 0.006 0.011 0.017 0.056 0.113 0.173 0.225 0.142 0.120 0.085 0.055 69 N 0.348 0.136 0.274 0.121 0.062 0.030 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 70 S 0.006 0.025 0.040 0.250 0.247 0.183 0.162 0.049 0.023 0.009 0.005 71 M 0.002 0.003 0.012 0.005 0.005 0.006 0.032 0.078 0.206 0.309 0.343 72 K 0.001 0.003 0.048 0.098 0.210 0.289 0.241 0.067 0.031 0.009 0.003 73 E 0.020 0.039 0.814 0.092 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.003 0.008 0.018 0.051 0.171 0.417 0.172 0.097 0.045 0.016 75 A 0.013 0.005 0.004 0.007 0.008 0.017 0.083 0.147 0.227 0.241 0.248 76 G 0.560 0.227 0.110 0.066 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.109 0.136 0.123 0.184 0.148 0.143 0.093 0.035 0.017 0.008 0.003 78 P 0.241 0.216 0.055 0.158 0.139 0.088 0.059 0.021 0.012 0.006 0.003 79 V 0.017 0.005 0.005 0.011 0.021 0.042 0.131 0.137 0.269 0.188 0.175 80 R 0.095 0.182 0.231 0.235 0.121 0.065 0.045 0.013 0.007 0.004 0.002 81 L 0.042 0.049 0.041 0.106 0.110 0.147 0.230 0.130 0.084 0.041 0.020 82 A 0.005 0.003 0.004 0.007 0.019 0.043 0.120 0.168 0.190 0.218 0.223 83 R 0.028 0.667 0.124 0.131 0.032 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.030 0.038 0.024 0.141 0.271 0.255 0.160 0.046 0.022 0.009 0.004 85 N 0.923 0.055 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.004 0.021 0.043 0.344 0.253 0.181 0.121 0.022 0.007 0.002 0.001 87 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.008 0.046 0.125 0.243 0.302 0.263 88 V 0.001 0.002 0.034 0.097 0.220 0.342 0.203 0.062 0.026 0.009 0.004 89 E 0.011 0.042 0.772 0.131 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.002 0.004 0.017 0.046 0.165 0.413 0.185 0.095 0.046 0.026 91 T 0.005 0.003 0.002 0.004 0.005 0.013 0.078 0.150 0.227 0.241 0.273 92 G 0.478 0.298 0.073 0.100 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.008 0.021 0.024 0.048 0.065 0.085 0.173 0.180 0.189 0.125 0.082 94 P 0.471 0.204 0.055 0.104 0.068 0.040 0.029 0.013 0.007 0.004 0.005 95 V 0.014 0.017 0.010 0.046 0.070 0.130 0.220 0.154 0.140 0.101 0.098 96 G 0.017 0.017 0.010 0.033 0.043 0.065 0.119 0.139 0.181 0.179 0.196 97 G 0.005 0.004 0.003 0.010 0.015 0.032 0.091 0.129 0.192 0.224 0.296 98 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.010 0.020 0.069 0.134 0.207 0.255 0.291 99 P 0.008 0.008 0.005 0.023 0.034 0.062 0.141 0.178 0.204 0.167 0.170 100 P 0.013 0.010 0.007 0.029 0.033 0.052 0.126 0.162 0.183 0.205 0.180 101 V 0.006 0.005 0.003 0.017 0.021 0.034 0.091 0.132 0.213 0.234 0.244 102 A 0.018 0.025 0.013 0.045 0.048 0.065 0.125 0.141 0.199 0.172 0.150 103 L 0.010 0.013 0.005 0.034 0.039 0.057 0.103 0.141 0.174 0.189 0.235 104 P 0.100 0.123 0.046 0.155 0.157 0.126 0.113 0.074 0.051 0.029 0.027 105 P 0.272 0.124 0.038 0.180 0.146 0.104 0.079 0.031 0.015 0.007 0.003 106 N 0.426 0.204 0.076 0.163 0.078 0.032 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 107 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.018 0.072 0.139 0.246 0.277 0.230 108 V 0.005 0.061 0.048 0.235 0.262 0.223 0.114 0.031 0.013 0.006 0.003 109 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.012 0.029 0.126 0.188 0.260 0.218 0.155 110 V 0.003 0.004 0.004 0.028 0.053 0.088 0.218 0.216 0.168 0.128 0.090 111 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.041 0.095 0.233 0.300 0.312 112 D 0.001 0.004 0.007 0.071 0.120 0.152 0.209 0.149 0.139 0.089 0.058 113 R 0.098 0.087 0.139 0.254 0.170 0.109 0.083 0.032 0.017 0.007 0.003 114 I 0.010 0.021 0.027 0.129 0.148 0.168 0.256 0.129 0.068 0.031 0.013 115 L 0.002 0.002 0.004 0.008 0.008 0.019 0.074 0.120 0.224 0.259 0.281 116 L 0.006 0.019 0.055 0.131 0.185 0.206 0.212 0.092 0.052 0.027 0.015 117 S 0.063 0.158 0.362 0.202 0.099 0.055 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 118 R 0.015 0.025 0.026 0.099 0.146 0.166 0.237 0.134 0.082 0.046 0.023 119 K 0.270 0.163 0.075 0.157 0.109 0.081 0.075 0.036 0.020 0.009 0.005 120 K 0.016 0.061 0.070 0.240 0.233 0.203 0.110 0.039 0.017 0.008 0.004 121 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.058 0.153 0.266 0.289 0.216 122 Y 0.002 0.005 0.006 0.023 0.038 0.079 0.222 0.198 0.192 0.122 0.114 123 G 0.001 0.003 0.005 0.007 0.007 0.014 0.058 0.099 0.197 0.292 0.317 124 G 0.007 0.013 0.009 0.053 0.067 0.098 0.177 0.175 0.171 0.134 0.098 125 G 0.013 0.012 0.007 0.019 0.023 0.038 0.106 0.156 0.219 0.222 0.185 126 G 0.069 0.065 0.027 0.117 0.136 0.132 0.150 0.107 0.087 0.063 0.047 127 R 0.079 0.135 0.058 0.159 0.148 0.125 0.122 0.071 0.051 0.031 0.020 128 E 0.194 0.131 0.061 0.173 0.137 0.101 0.086 0.043 0.033 0.024 0.016 129 N 0.251 0.107 0.066 0.153 0.120 0.095 0.082 0.048 0.038 0.025 0.017 130 A 0.029 0.033 0.026 0.082 0.103 0.135 0.223 0.152 0.110 0.067 0.040 131 L 0.012 0.028 0.027 0.097 0.144 0.168 0.209 0.128 0.093 0.056 0.038 132 L 0.005 0.005 0.008 0.017 0.023 0.037 0.113 0.152 0.213 0.238 0.188 133 E 0.083 0.077 0.065 0.232 0.186 0.125 0.126 0.049 0.033 0.016 0.009 134 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.059 0.126 0.238 0.290 0.258 135 S 0.023 0.379 0.062 0.178 0.122 0.089 0.069 0.034 0.022 0.014 0.008 136 P 0.018 0.023 0.010 0.061 0.134 0.197 0.222 0.135 0.106 0.061 0.033 137 R 0.743 0.132 0.035 0.047 0.026 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.028 0.074 0.067 0.408 0.224 0.115 0.058 0.015 0.007 0.002 0.002 139 L 0.005 0.004 0.004 0.007 0.008 0.011 0.040 0.099 0.199 0.272 0.350 140 V 0.005 0.003 0.012 0.040 0.090 0.215 0.271 0.159 0.113 0.059 0.033 141 E 0.010 0.035 0.622 0.201 0.073 0.036 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 142 A 0.001 0.004 0.013 0.023 0.047 0.119 0.300 0.175 0.128 0.099 0.091 143 T 0.021 0.008 0.009 0.017 0.014 0.023 0.077 0.136 0.222 0.256 0.217 144 G 0.324 0.253 0.124 0.162 0.076 0.039 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 145 A 0.007 0.008 0.020 0.025 0.027 0.044 0.105 0.139 0.228 0.207 0.190 146 V 0.089 0.184 0.096 0.201 0.175 0.118 0.087 0.028 0.013 0.006 0.004 147 V 0.021 0.024 0.018 0.041 0.035 0.046 0.129 0.130 0.186 0.174 0.196 148 A 0.019 0.020 0.022 0.051 0.065 0.110 0.175 0.137 0.152 0.132 0.116 149 D 0.059 0.137 0.107 0.229 0.171 0.112 0.087 0.043 0.030 0.016 0.009 150 V 0.016 0.014 0.014 0.028 0.026 0.034 0.084 0.117 0.191 0.233 0.243 151 S 0.055 0.079 0.073 0.152 0.152 0.134 0.143 0.077 0.066 0.041 0.027 152 E 0.112 0.141 0.059 0.175 0.151 0.103 0.114 0.065 0.046 0.023 0.012