# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.966 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.548 0.046 0.071 0.242 0.013 0.025 0.031 0.008 0.012 0.003 0.001 2 L 0.630 0.088 0.114 0.095 0.009 0.032 0.014 0.002 0.012 0.003 0.001 3 E 0.659 0.097 0.127 0.029 0.046 0.015 0.006 0.003 0.008 0.009 0.001 4 K 0.908 0.005 0.038 0.012 0.004 0.023 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 5 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.145 0.001 0.002 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.401 0.590 0.001 0.002 0.001 14 L 0.002 0.222 0.713 0.002 0.006 0.042 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 15 T 0.035 0.157 0.644 0.039 0.008 0.107 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 16 W 0.008 0.573 0.077 0.009 0.313 0.005 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 17 R 0.004 0.806 0.109 0.001 0.031 0.019 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 18 L 0.008 0.431 0.477 0.002 0.005 0.060 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 L 0.014 0.716 0.147 0.006 0.031 0.028 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 20 I 0.020 0.272 0.636 0.004 0.007 0.048 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 M 0.035 0.509 0.250 0.027 0.076 0.039 0.013 0.001 0.048 0.001 0.001 22 Q 0.070 0.218 0.528 0.038 0.032 0.060 0.011 0.003 0.030 0.006 0.004 23 K 0.039 0.255 0.550 0.011 0.052 0.021 0.010 0.002 0.055 0.005 0.001 24 P 0.061 0.018 0.805 0.012 0.002 0.074 0.005 0.001 0.007 0.002 0.012 25 T 0.511 0.095 0.167 0.121 0.036 0.018 0.016 0.021 0.005 0.009 0.002 26 R 0.387 0.092 0.132 0.193 0.087 0.022 0.047 0.023 0.008 0.010 0.001 27 T 0.104 0.168 0.445 0.022 0.113 0.072 0.004 0.002 0.062 0.007 0.001 28 V 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.980 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.167 0.001 0.004 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.473 0.516 0.001 0.003 0.001 37 V 0.002 0.191 0.755 0.005 0.007 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 38 S 0.002 0.045 0.871 0.001 0.015 0.057 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 E 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.912 0.001 0.002 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.701 0.011 0.030 0.227 0.003 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 42 I 0.757 0.066 0.091 0.052 0.005 0.018 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 43 V 0.407 0.305 0.072 0.176 0.023 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 44 K 0.199 0.455 0.206 0.013 0.101 0.012 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 45 T 0.159 0.635 0.088 0.015 0.078 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 L 0.122 0.742 0.076 0.008 0.039 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 47 I 0.099 0.755 0.079 0.010 0.024 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 48 V 0.048 0.771 0.115 0.014 0.014 0.015 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 49 L 0.064 0.488 0.301 0.032 0.019 0.057 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 50 D 0.163 0.192 0.392 0.058 0.071 0.057 0.019 0.003 0.027 0.018 0.001 51 N 0.478 0.037 0.031 0.305 0.034 0.022 0.064 0.009 0.011 0.008 0.001 52 A 0.160 0.089 0.085 0.481 0.035 0.012 0.102 0.006 0.025 0.004 0.001 53 G 0.012 0.011 0.049 0.036 0.068 0.001 0.129 0.627 0.001 0.064 0.001 54 G 0.017 0.064 0.345 0.025 0.199 0.007 0.046 0.121 0.003 0.171 0.001 55 V 0.004 0.467 0.451 0.003 0.053 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 56 Y 0.012 0.789 0.097 0.032 0.042 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 57 A 0.001 0.889 0.080 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 V 0.001 0.934 0.038 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 59 V 0.001 0.749 0.183 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 60 I 0.001 0.553 0.146 0.001 0.010 0.055 0.001 0.001 0.234 0.001 0.001 61 P 0.051 0.012 0.841 0.008 0.001 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 62 G 0.323 0.074 0.197 0.068 0.142 0.021 0.057 0.050 0.009 0.058 0.002 63 D 0.527 0.023 0.050 0.331 0.011 0.017 0.023 0.006 0.006 0.002 0.003 64 K 0.251 0.212 0.153 0.145 0.082 0.022 0.087 0.018 0.027 0.004 0.001 65 R 0.311 0.265 0.221 0.080 0.024 0.043 0.020 0.003 0.027 0.004 0.003 66 L 0.171 0.280 0.401 0.044 0.035 0.050 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 67 N 0.020 0.063 0.282 0.006 0.029 0.431 0.006 0.001 0.159 0.003 0.001 68 I 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.969 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.893 0.003 0.010 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.374 0.009 0.139 0.470 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.018 0.001 0.008 0.017 0.002 0.001 0.068 0.785 0.002 0.098 0.001 77 K 0.005 0.078 0.885 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 P 0.030 0.030 0.806 0.014 0.001 0.097 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 79 V 0.012 0.462 0.419 0.011 0.031 0.039 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 80 R 0.043 0.709 0.107 0.013 0.025 0.050 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 81 L 0.016 0.318 0.499 0.024 0.015 0.092 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 82 A 0.010 0.385 0.449 0.009 0.078 0.045 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 83 R 0.001 0.097 0.804 0.001 0.012 0.065 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 84 A 0.982 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 N 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.956 0.004 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 T 0.264 0.006 0.036 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 G 0.010 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.179 0.763 0.002 0.017 0.001 93 Y 0.002 0.130 0.797 0.001 0.004 0.031 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 94 P 0.012 0.016 0.913 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 95 V 0.100 0.153 0.617 0.056 0.006 0.040 0.003 0.001 0.023 0.001 0.002 96 G 0.025 0.018 0.074 0.011 0.154 0.002 0.043 0.435 0.003 0.235 0.001 97 G 0.104 0.066 0.391 0.155 0.097 0.041 0.028 0.054 0.004 0.056 0.004 98 V 0.024 0.494 0.279 0.010 0.053 0.012 0.007 0.001 0.118 0.002 0.001 99 P 0.041 0.008 0.893 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.005 0.011 0.024 100 P 0.424 0.010 0.420 0.023 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 101 V 0.300 0.212 0.167 0.249 0.038 0.016 0.005 0.004 0.009 0.001 0.001 102 A 0.106 0.136 0.264 0.160 0.102 0.048 0.114 0.028 0.028 0.014 0.001 103 L 0.008 0.380 0.417 0.001 0.017 0.018 0.003 0.001 0.155 0.001 0.001 104 P 0.027 0.003 0.896 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 105 P 0.224 0.004 0.696 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 106 N 0.047 0.043 0.053 0.503 0.022 0.032 0.162 0.105 0.031 0.001 0.001 107 I 0.001 0.305 0.623 0.001 0.006 0.035 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 108 V 0.026 0.440 0.461 0.005 0.002 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 109 L 0.005 0.747 0.190 0.001 0.009 0.029 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 110 V 0.006 0.734 0.138 0.001 0.007 0.057 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 111 V 0.017 0.530 0.252 0.010 0.031 0.111 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 112 D 0.029 0.084 0.562 0.002 0.041 0.206 0.003 0.001 0.067 0.003 0.002 113 R 0.962 0.001 0.003 0.026 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 114 I 0.962 0.003 0.006 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.868 0.007 0.009 0.109 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.929 0.006 0.031 0.021 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.664 0.006 0.019 0.287 0.003 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 118 R 0.332 0.056 0.376 0.131 0.008 0.032 0.029 0.004 0.030 0.002 0.001 119 K 0.596 0.040 0.232 0.096 0.008 0.011 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 120 K 0.291 0.224 0.151 0.209 0.059 0.022 0.024 0.004 0.014 0.002 0.001 121 V 0.077 0.591 0.208 0.032 0.029 0.032 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 122 Y 0.057 0.654 0.088 0.046 0.047 0.053 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 123 G 0.075 0.422 0.284 0.057 0.083 0.034 0.009 0.005 0.026 0.005 0.001 124 G 0.111 0.188 0.195 0.061 0.229 0.016 0.026 0.064 0.026 0.082 0.002 125 G 0.086 0.068 0.501 0.107 0.078 0.010 0.065 0.014 0.006 0.064 0.001 126 G 0.017 0.003 0.037 0.021 0.028 0.003 0.088 0.627 0.001 0.174 0.001 127 R 0.050 0.345 0.484 0.012 0.014 0.032 0.005 0.001 0.056 0.001 0.001 128 E 0.086 0.036 0.789 0.028 0.001 0.038 0.010 0.001 0.005 0.002 0.005 129 N 0.039 0.034 0.063 0.108 0.062 0.017 0.441 0.218 0.012 0.005 0.001 130 A 0.044 0.486 0.308 0.028 0.085 0.022 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 131 L 0.023 0.517 0.360 0.014 0.015 0.047 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 132 L 0.029 0.733 0.115 0.026 0.056 0.020 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 133 E 0.008 0.621 0.206 0.008 0.050 0.066 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 134 F 0.010 0.647 0.230 0.010 0.059 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 135 S 0.002 0.214 0.535 0.001 0.032 0.075 0.001 0.001 0.137 0.001 0.001 136 P 0.950 0.002 0.028 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 R 0.976 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.970 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 L 0.965 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.960 0.008 0.013 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.936 0.008 0.020 0.026 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.764 0.036 0.078 0.095 0.006 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 143 T 0.393 0.042 0.144 0.406 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 G 0.033 0.004 0.018 0.058 0.021 0.002 0.130 0.644 0.006 0.085 0.001 145 A 0.006 0.127 0.806 0.004 0.036 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 146 V 0.019 0.753 0.163 0.009 0.031 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 147 V 0.009 0.694 0.238 0.003 0.012 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 148 A 0.019 0.768 0.082 0.004 0.059 0.018 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 149 D 0.020 0.274 0.429 0.005 0.014 0.205 0.007 0.001 0.044 0.001 0.002 150 V 0.099 0.530 0.247 0.036 0.015 0.045 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 151 S 0.116 0.432 0.253 0.052 0.072 0.046 0.004 0.002 0.018 0.004 0.001 152 E 0.245 0.327 0.177 0.072 0.090 0.026 0.026 0.004 0.025 0.006 0.001