# TARGET T0266 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.123 0.049 0.015 0.186 0.009 0.018 0.192 0.112 0.129 0.054 2 L 0.125 0.119 0.041 0.011 0.118 0.009 0.021 0.173 0.130 0.184 0.070 3 E 0.012 0.488 0.218 0.049 0.080 0.017 0.008 0.093 0.023 0.008 0.005 4 K 0.042 0.128 0.033 0.003 0.063 0.002 0.005 0.617 0.069 0.020 0.018 5 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.813 0.143 0.030 0.003 6 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.914 0.075 0.003 0.001 7 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.942 0.042 0.003 0.001 8 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.039 0.003 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.070 0.006 0.002 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.813 0.158 0.003 0.001 11 A 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.003 0.053 0.731 0.179 0.016 0.001 12 R 0.001 0.759 0.203 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 13 G 0.140 0.006 0.002 0.002 0.020 0.001 0.002 0.004 0.013 0.333 0.478 14 L 0.088 0.469 0.051 0.002 0.345 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.020 15 T 0.215 0.046 0.010 0.038 0.285 0.058 0.124 0.038 0.031 0.037 0.117 16 W 0.365 0.116 0.028 0.008 0.407 0.003 0.001 0.002 0.006 0.019 0.047 17 R 0.099 0.192 0.021 0.003 0.662 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.009 18 L 0.509 0.018 0.002 0.001 0.405 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 19 L 0.089 0.283 0.043 0.017 0.526 0.006 0.005 0.004 0.002 0.006 0.019 20 I 0.296 0.097 0.025 0.005 0.407 0.008 0.016 0.017 0.015 0.030 0.084 21 M 0.112 0.241 0.148 0.039 0.262 0.015 0.021 0.021 0.022 0.053 0.067 22 Q 0.053 0.332 0.188 0.049 0.170 0.023 0.042 0.043 0.038 0.033 0.027 23 K 0.054 0.255 0.145 0.046 0.122 0.047 0.060 0.052 0.065 0.107 0.045 24 P 0.114 0.192 0.112 0.019 0.362 0.011 0.011 0.032 0.048 0.061 0.037 25 T 0.039 0.083 0.024 0.008 0.067 0.013 0.041 0.251 0.295 0.139 0.040 26 R 0.013 0.057 0.023 0.013 0.036 0.031 0.098 0.300 0.145 0.262 0.022 27 T 0.029 0.501 0.168 0.004 0.062 0.001 0.001 0.157 0.036 0.031 0.011 28 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.839 0.146 0.009 0.001 29 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.046 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.042 0.004 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.923 0.067 0.004 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.857 0.102 0.003 0.001 34 L 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.141 0.736 0.097 0.010 0.001 35 L 0.001 0.811 0.111 0.002 0.053 0.003 0.004 0.005 0.005 0.004 0.001 36 G 0.095 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.539 0.342 37 V 0.004 0.391 0.538 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 38 S 0.052 0.560 0.173 0.010 0.154 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.039 39 E 0.006 0.011 0.005 0.002 0.024 0.007 0.017 0.292 0.622 0.012 0.002 40 S 0.003 0.011 0.005 0.003 0.008 0.010 0.054 0.562 0.269 0.071 0.004 41 E 0.023 0.027 0.005 0.001 0.057 0.003 0.067 0.370 0.094 0.342 0.012 42 I 0.041 0.041 0.009 0.002 0.048 0.009 0.069 0.505 0.126 0.129 0.022 43 V 0.104 0.052 0.014 0.013 0.146 0.008 0.025 0.263 0.101 0.168 0.107 44 K 0.028 0.113 0.052 0.037 0.097 0.061 0.206 0.309 0.043 0.043 0.012 45 T 0.213 0.107 0.016 0.005 0.513 0.007 0.026 0.073 0.012 0.013 0.017 46 L 0.263 0.044 0.004 0.004 0.595 0.009 0.010 0.036 0.005 0.005 0.025 47 I 0.273 0.064 0.005 0.001 0.570 0.005 0.006 0.019 0.003 0.014 0.039 48 V 0.248 0.133 0.012 0.001 0.519 0.003 0.004 0.016 0.003 0.013 0.047 49 L 0.225 0.160 0.029 0.013 0.385 0.016 0.012 0.033 0.013 0.043 0.072 50 D 0.095 0.248 0.243 0.104 0.127 0.026 0.019 0.053 0.029 0.022 0.034 51 N 0.011 0.036 0.067 0.150 0.016 0.111 0.100 0.254 0.178 0.066 0.011 52 A 0.011 0.159 0.119 0.194 0.034 0.091 0.151 0.114 0.075 0.041 0.010 53 G 0.025 0.070 0.058 0.105 0.041 0.080 0.096 0.047 0.084 0.305 0.089 54 G 0.027 0.449 0.202 0.029 0.192 0.023 0.028 0.014 0.016 0.013 0.006 55 V 0.319 0.053 0.004 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 56 Y 0.199 0.040 0.002 0.002 0.732 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 57 A 0.191 0.051 0.003 0.001 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 58 V 0.185 0.056 0.003 0.001 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 59 V 0.444 0.026 0.002 0.001 0.284 0.002 0.003 0.002 0.003 0.070 0.164 60 I 0.042 0.465 0.209 0.032 0.223 0.003 0.005 0.004 0.001 0.006 0.010 61 P 0.044 0.342 0.264 0.062 0.116 0.033 0.022 0.042 0.023 0.025 0.025 62 G 0.014 0.069 0.097 0.072 0.035 0.070 0.116 0.264 0.187 0.054 0.023 63 D 0.017 0.062 0.031 0.019 0.042 0.038 0.072 0.283 0.284 0.139 0.013 64 K 0.009 0.041 0.029 0.013 0.024 0.013 0.050 0.292 0.244 0.267 0.019 65 R 0.077 0.132 0.035 0.004 0.160 0.007 0.033 0.261 0.128 0.124 0.038 66 L 0.044 0.243 0.039 0.007 0.240 0.026 0.054 0.195 0.061 0.061 0.030 67 N 0.247 0.256 0.100 0.002 0.298 0.001 0.001 0.033 0.007 0.010 0.046 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.674 0.306 0.012 0.001 69 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.924 0.062 0.001 0.001 70 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.067 0.013 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.098 0.011 0.001 72 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.822 0.154 0.006 0.001 73 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.128 0.741 0.107 0.012 0.001 74 L 0.010 0.019 0.017 0.019 0.012 0.026 0.282 0.408 0.095 0.105 0.007 75 A 0.037 0.377 0.124 0.035 0.126 0.027 0.044 0.093 0.049 0.069 0.020 76 G 0.038 0.025 0.032 0.154 0.016 0.022 0.009 0.029 0.045 0.529 0.101 77 K 0.011 0.239 0.339 0.083 0.064 0.023 0.027 0.084 0.045 0.069 0.016 78 P 0.082 0.250 0.069 0.013 0.224 0.012 0.025 0.096 0.098 0.076 0.056 79 V 0.290 0.135 0.018 0.005 0.382 0.005 0.007 0.023 0.037 0.042 0.056 80 R 0.049 0.292 0.153 0.014 0.275 0.019 0.060 0.061 0.031 0.032 0.014 81 L 0.179 0.324 0.134 0.003 0.196 0.001 0.001 0.007 0.010 0.064 0.083 82 A 0.027 0.469 0.244 0.018 0.179 0.016 0.014 0.014 0.004 0.008 0.008 83 R 0.008 0.701 0.250 0.002 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.245 0.005 0.001 85 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.067 0.002 0.001 86 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.891 0.076 0.025 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.059 0.005 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.885 0.099 0.005 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.817 0.126 0.006 0.001 90 L 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.007 0.210 0.689 0.069 0.013 0.001 91 T 0.005 0.748 0.127 0.004 0.083 0.002 0.004 0.008 0.008 0.010 0.001 92 G 0.106 0.006 0.006 0.023 0.016 0.005 0.004 0.009 0.028 0.443 0.353 93 Y 0.040 0.442 0.229 0.007 0.218 0.002 0.003 0.011 0.014 0.018 0.015 94 P 0.110 0.301 0.151 0.053 0.237 0.021 0.017 0.027 0.017 0.013 0.052 95 V 0.060 0.070 0.058 0.071 0.082 0.174 0.278 0.069 0.061 0.047 0.029 96 G 0.044 0.073 0.103 0.229 0.067 0.052 0.028 0.034 0.053 0.244 0.074 97 G 0.080 0.184 0.167 0.071 0.175 0.021 0.023 0.038 0.039 0.154 0.049 98 V 0.058 0.328 0.262 0.043 0.154 0.008 0.009 0.026 0.025 0.056 0.031 99 P 0.030 0.217 0.266 0.061 0.103 0.035 0.075 0.111 0.056 0.027 0.019 100 P 0.097 0.113 0.091 0.026 0.126 0.030 0.042 0.228 0.114 0.086 0.047 101 V 0.034 0.165 0.087 0.045 0.082 0.035 0.072 0.196 0.129 0.126 0.030 102 A 0.034 0.108 0.142 0.124 0.061 0.033 0.026 0.072 0.075 0.257 0.067 103 L 0.051 0.274 0.148 0.019 0.149 0.006 0.026 0.145 0.102 0.056 0.024 104 P 0.050 0.264 0.177 0.026 0.107 0.022 0.052 0.136 0.079 0.066 0.021 105 P 0.013 0.242 0.169 0.047 0.077 0.055 0.126 0.168 0.076 0.023 0.005 106 N 0.133 0.024 0.013 0.004 0.057 0.005 0.016 0.028 0.067 0.458 0.195 107 I 0.067 0.498 0.118 0.004 0.279 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.019 108 V 0.073 0.234 0.027 0.005 0.453 0.027 0.064 0.082 0.022 0.006 0.007 109 L 0.293 0.089 0.010 0.003 0.528 0.003 0.005 0.020 0.009 0.007 0.032 110 V 0.294 0.075 0.008 0.003 0.548 0.005 0.009 0.012 0.002 0.005 0.040 111 V 0.112 0.297 0.122 0.008 0.303 0.005 0.002 0.004 0.002 0.036 0.109 112 D 0.039 0.544 0.185 0.017 0.193 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.013 113 R 0.004 0.005 0.002 0.007 0.006 0.007 0.022 0.383 0.517 0.039 0.007 114 I 0.002 0.013 0.007 0.002 0.006 0.005 0.083 0.568 0.283 0.029 0.002 115 L 0.010 0.011 0.001 0.002 0.014 0.004 0.023 0.302 0.374 0.247 0.013 116 L 0.020 0.064 0.020 0.012 0.044 0.022 0.097 0.338 0.292 0.073 0.018 117 S 0.031 0.026 0.013 0.005 0.029 0.007 0.052 0.065 0.128 0.569 0.074 118 R 0.188 0.162 0.014 0.001 0.378 0.002 0.005 0.021 0.048 0.068 0.111 119 K 0.016 0.017 0.005 0.022 0.030 0.083 0.320 0.259 0.186 0.049 0.013 120 K 0.160 0.032 0.006 0.008 0.221 0.007 0.030 0.121 0.099 0.266 0.050 121 V 0.184 0.072 0.003 0.003 0.690 0.002 0.004 0.011 0.004 0.010 0.016 122 Y 0.346 0.031 0.007 0.002 0.459 0.001 0.003 0.007 0.003 0.025 0.116 123 G 0.108 0.263 0.076 0.021 0.349 0.005 0.013 0.026 0.013 0.052 0.073 124 G 0.077 0.225 0.322 0.128 0.142 0.016 0.007 0.012 0.008 0.031 0.032 125 G 0.012 0.044 0.020 0.044 0.031 0.129 0.368 0.196 0.110 0.037 0.008 126 G 0.043 0.016 0.017 0.024 0.025 0.020 0.027 0.064 0.096 0.502 0.166 127 R 0.126 0.219 0.170 0.037 0.247 0.021 0.014 0.039 0.036 0.054 0.038 128 E 0.028 0.046 0.032 0.097 0.045 0.207 0.321 0.113 0.062 0.032 0.016 129 N 0.068 0.041 0.025 0.034 0.075 0.011 0.010 0.032 0.084 0.465 0.154 130 A 0.145 0.227 0.032 0.011 0.418 0.008 0.012 0.020 0.029 0.065 0.033 131 L 0.295 0.067 0.011 0.005 0.489 0.008 0.013 0.014 0.019 0.023 0.054 132 L 0.149 0.160 0.023 0.013 0.540 0.011 0.012 0.012 0.013 0.023 0.044 133 E 0.319 0.084 0.015 0.001 0.441 0.001 0.002 0.003 0.004 0.035 0.096 134 F 0.057 0.420 0.096 0.005 0.351 0.007 0.006 0.004 0.005 0.021 0.027 135 S 0.096 0.435 0.108 0.001 0.343 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 136 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.378 0.584 0.018 0.002 137 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.746 0.211 0.012 0.001 138 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.761 0.139 0.063 0.001 139 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.723 0.204 0.057 0.003 140 V 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.017 0.737 0.209 0.015 0.003 141 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.080 0.659 0.214 0.028 0.002 142 A 0.018 0.014 0.005 0.006 0.016 0.011 0.214 0.474 0.128 0.106 0.009 143 T 0.020 0.470 0.092 0.015 0.139 0.031 0.053 0.078 0.066 0.031 0.005 144 G 0.126 0.006 0.006 0.012 0.020 0.002 0.003 0.012 0.037 0.478 0.298 145 A 0.091 0.383 0.119 0.009 0.283 0.003 0.002 0.014 0.017 0.040 0.039 146 V 0.062 0.253 0.061 0.016 0.320 0.014 0.038 0.151 0.049 0.020 0.016 147 V 0.395 0.056 0.019 0.010 0.248 0.006 0.008 0.067 0.043 0.062 0.086 148 A 0.075 0.266 0.066 0.065 0.293 0.056 0.036 0.078 0.022 0.020 0.022 149 D 0.248 0.113 0.037 0.005 0.397 0.004 0.008 0.069 0.028 0.024 0.066 150 V 0.177 0.077 0.038 0.020 0.205 0.013 0.021 0.173 0.095 0.094 0.087 151 S 0.073 0.183 0.045 0.032 0.209 0.054 0.090 0.176 0.064 0.047 0.027 152 E 0.104 0.172 0.094 0.035 0.167 0.021 0.031 0.124 0.077 0.113 0.063