# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.004 0.143 0.069 0.774 2 L 0.009 0.003 0.009 0.848 0.027 0.104 3 E 0.029 0.006 0.014 0.779 0.057 0.116 4 K 0.047 0.010 0.020 0.725 0.059 0.138 5 V 0.016 0.002 0.009 0.943 0.009 0.021 6 E 0.010 0.001 0.008 0.961 0.007 0.013 7 E 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 8 W 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 9 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 10 K 0.001 0.001 0.010 0.976 0.006 0.008 11 A 0.001 0.001 0.015 0.943 0.012 0.029 12 R 0.001 0.001 0.033 0.828 0.028 0.110 13 G 0.001 0.001 0.003 0.006 0.049 0.939 14 L 0.015 0.002 0.003 0.001 0.099 0.880 15 T 0.101 0.003 0.003 0.001 0.102 0.791 16 W 0.671 0.007 0.004 0.001 0.057 0.259 17 R 0.923 0.002 0.001 0.001 0.018 0.055 18 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 19 L 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 20 I 0.922 0.002 0.001 0.002 0.011 0.063 21 M 0.690 0.006 0.001 0.002 0.048 0.253 22 Q 0.216 0.013 0.003 0.003 0.207 0.557 23 K 0.058 0.020 0.004 0.005 0.539 0.373 24 P 0.015 0.011 0.004 0.012 0.567 0.393 25 T 0.008 0.006 0.005 0.029 0.431 0.521 26 R 0.032 0.028 0.004 0.182 0.294 0.461 27 T 0.031 0.016 0.001 0.483 0.047 0.422 28 V 0.005 0.001 0.001 0.976 0.003 0.015 29 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 35 L 0.001 0.001 0.012 0.948 0.017 0.021 36 G 0.001 0.001 0.003 0.013 0.094 0.889 37 V 0.005 0.021 0.001 0.005 0.128 0.840 38 S 0.006 0.006 0.001 0.004 0.036 0.947 39 E 0.001 0.001 0.328 0.641 0.019 0.010 40 S 0.008 0.001 0.546 0.373 0.057 0.016 41 E 0.020 0.002 0.528 0.386 0.057 0.008 42 I 0.298 0.017 0.104 0.368 0.134 0.080 43 V 0.474 0.009 0.062 0.263 0.120 0.070 44 K 0.716 0.002 0.015 0.159 0.062 0.046 45 T 0.872 0.001 0.003 0.081 0.018 0.024 46 L 0.881 0.001 0.002 0.078 0.011 0.027 47 I 0.942 0.001 0.001 0.029 0.007 0.020 48 V 0.977 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 49 L 0.963 0.003 0.001 0.002 0.007 0.024 50 D 0.624 0.014 0.002 0.003 0.330 0.027 51 N 0.050 0.003 0.012 0.002 0.922 0.012 52 A 0.007 0.001 0.018 0.001 0.964 0.008 53 G 0.043 0.007 0.006 0.001 0.924 0.020 54 G 0.328 0.012 0.001 0.001 0.108 0.553 55 V 0.906 0.007 0.001 0.001 0.008 0.079 56 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 57 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 I 0.939 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 61 P 0.375 0.003 0.002 0.001 0.332 0.287 62 G 0.039 0.005 0.014 0.002 0.711 0.230 63 D 0.015 0.006 0.038 0.004 0.845 0.092 64 K 0.063 0.009 0.054 0.004 0.729 0.141 65 R 0.374 0.047 0.036 0.007 0.215 0.321 66 L 0.362 0.075 0.005 0.005 0.141 0.411 67 N 0.088 0.008 0.001 0.005 0.052 0.847 68 I 0.004 0.001 0.016 0.949 0.008 0.022 69 N 0.002 0.001 0.016 0.974 0.005 0.003 70 S 0.001 0.001 0.009 0.985 0.003 0.001 71 M 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 74 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.008 75 A 0.001 0.001 0.002 0.953 0.014 0.030 76 G 0.001 0.002 0.004 0.067 0.195 0.732 77 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.147 0.846 78 P 0.013 0.005 0.007 0.004 0.215 0.757 79 V 0.087 0.024 0.054 0.009 0.324 0.502 80 R 0.362 0.019 0.056 0.016 0.198 0.349 81 L 0.599 0.018 0.041 0.014 0.114 0.213 82 A 0.263 0.027 0.007 0.014 0.128 0.563 83 R 0.044 0.005 0.002 0.013 0.056 0.879 84 A 0.001 0.001 0.025 0.963 0.004 0.007 85 N 0.001 0.001 0.015 0.982 0.002 0.001 86 E 0.001 0.001 0.018 0.978 0.003 0.001 87 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 88 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 89 E 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 90 L 0.001 0.001 0.003 0.975 0.009 0.011 91 T 0.002 0.003 0.005 0.819 0.038 0.133 92 G 0.002 0.002 0.002 0.006 0.092 0.897 93 Y 0.015 0.010 0.002 0.001 0.151 0.821 94 P 0.044 0.027 0.005 0.002 0.179 0.743 95 V 0.091 0.053 0.019 0.003 0.309 0.526 96 G 0.099 0.027 0.021 0.003 0.409 0.440 97 G 0.190 0.050 0.023 0.007 0.390 0.339 98 V 0.171 0.078 0.015 0.011 0.373 0.352 99 P 0.146 0.032 0.021 0.016 0.435 0.350 100 P 0.077 0.022 0.151 0.043 0.508 0.199 101 V 0.091 0.053 0.173 0.051 0.414 0.219 102 A 0.166 0.049 0.156 0.044 0.368 0.217 103 L 0.104 0.054 0.033 0.019 0.333 0.458 104 P 0.042 0.022 0.018 0.007 0.862 0.050 105 P 0.009 0.003 0.028 0.007 0.923 0.030 106 N 0.005 0.001 0.008 0.002 0.932 0.052 107 I 0.321 0.027 0.004 0.002 0.559 0.086 108 V 0.840 0.005 0.001 0.006 0.024 0.124 109 L 0.988 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 110 V 0.979 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 111 V 0.945 0.001 0.001 0.027 0.005 0.022 112 D 0.569 0.002 0.004 0.094 0.075 0.256 113 R 0.144 0.003 0.113 0.251 0.251 0.238 114 I 0.077 0.008 0.260 0.266 0.280 0.109 115 L 0.043 0.009 0.329 0.246 0.334 0.038 116 L 0.073 0.009 0.204 0.258 0.384 0.073 117 S 0.057 0.009 0.119 0.273 0.325 0.217 118 R 0.038 0.006 0.180 0.114 0.477 0.185 119 K 0.082 0.002 0.083 0.045 0.432 0.355 120 K 0.442 0.006 0.040 0.015 0.226 0.271 121 V 0.890 0.006 0.004 0.004 0.032 0.064 122 Y 0.953 0.004 0.001 0.002 0.011 0.029 123 G 0.934 0.007 0.001 0.001 0.014 0.043 124 G 0.759 0.006 0.002 0.001 0.131 0.101 125 G 0.470 0.012 0.006 0.001 0.251 0.260 126 G 0.200 0.019 0.012 0.001 0.571 0.197 127 R 0.092 0.013 0.040 0.002 0.824 0.028 128 E 0.077 0.005 0.044 0.004 0.816 0.054 129 N 0.091 0.004 0.053 0.007 0.787 0.057 130 A 0.577 0.014 0.006 0.003 0.279 0.121 131 L 0.816 0.008 0.002 0.002 0.041 0.131 132 L 0.962 0.003 0.001 0.001 0.008 0.026 133 E 0.973 0.003 0.001 0.001 0.005 0.018 134 F 0.854 0.013 0.001 0.001 0.016 0.116 135 S 0.268 0.004 0.001 0.002 0.081 0.643 136 P 0.012 0.001 0.099 0.786 0.044 0.059 137 R 0.003 0.001 0.095 0.873 0.023 0.007 138 E 0.003 0.001 0.134 0.833 0.026 0.003 139 L 0.006 0.002 0.028 0.933 0.023 0.007 140 V 0.011 0.004 0.024 0.930 0.023 0.008 141 E 0.009 0.001 0.022 0.920 0.036 0.013 142 A 0.023 0.005 0.019 0.739 0.113 0.100 143 T 0.013 0.007 0.019 0.638 0.118 0.205 144 G 0.023 0.005 0.012 0.051 0.226 0.684 145 A 0.074 0.002 0.035 0.038 0.306 0.545 146 V 0.493 0.010 0.029 0.031 0.136 0.300 147 V 0.869 0.012 0.011 0.025 0.028 0.055 148 A 0.830 0.006 0.006 0.024 0.037 0.096 149 D 0.802 0.004 0.006 0.013 0.047 0.127 150 V 0.495 0.022 0.006 0.018 0.076 0.383 151 S 0.161 0.014 0.005 0.012 0.152 0.657 152 E 0.060 0.004 0.013 0.017 0.190 0.716