# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.020 0.556 0.001 0.016 0.276 0.001 0.001 0.007 0.053 0.047 0.005 0.018 2 L 0.001 0.004 0.147 0.001 0.013 0.788 0.001 0.001 0.002 0.020 0.021 0.001 0.004 3 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 6 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.241 0.001 0.001 0.001 0.005 0.749 0.001 0.001 13 G 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.948 0.001 0.001 14 L 0.001 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 15 T 0.001 0.009 0.876 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.065 0.003 0.009 0.009 16 W 0.006 0.016 0.196 0.045 0.056 0.006 0.026 0.010 0.358 0.044 0.013 0.022 0.201 17 R 0.005 0.003 0.059 0.103 0.025 0.006 0.020 0.026 0.554 0.036 0.004 0.141 0.016 18 L 0.013 0.002 0.023 0.008 0.006 0.006 0.050 0.056 0.662 0.003 0.001 0.010 0.161 19 L 0.015 0.002 0.029 0.008 0.001 0.004 0.026 0.043 0.706 0.004 0.001 0.141 0.022 20 I 0.018 0.011 0.084 0.007 0.001 0.005 0.028 0.036 0.615 0.007 0.002 0.017 0.169 21 M 0.008 0.011 0.298 0.033 0.002 0.009 0.016 0.023 0.426 0.048 0.014 0.070 0.041 22 Q 0.006 0.018 0.435 0.010 0.007 0.008 0.007 0.004 0.114 0.192 0.058 0.033 0.108 23 K 0.001 0.014 0.627 0.005 0.008 0.005 0.001 0.001 0.021 0.221 0.059 0.019 0.019 24 P 0.001 0.007 0.401 0.002 0.022 0.014 0.001 0.001 0.007 0.215 0.319 0.003 0.011 25 T 0.001 0.008 0.452 0.001 0.019 0.027 0.001 0.001 0.004 0.276 0.205 0.002 0.005 26 R 0.001 0.029 0.493 0.001 0.008 0.066 0.001 0.001 0.007 0.338 0.032 0.021 0.004 27 T 0.001 0.066 0.644 0.001 0.004 0.148 0.001 0.001 0.012 0.062 0.016 0.001 0.047 28 V 0.001 0.002 0.014 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.326 0.001 0.001 0.001 0.006 0.663 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.035 0.907 0.001 0.001 37 V 0.001 0.008 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.001 0.001 0.001 38 S 0.001 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 39 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.309 0.562 0.001 0.001 0.001 0.006 0.106 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.009 0.007 0.377 0.467 0.001 0.001 0.002 0.017 0.118 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.317 0.582 0.001 0.001 0.004 0.008 0.050 0.006 0.007 42 I 0.020 0.016 0.066 0.004 0.033 0.673 0.006 0.002 0.022 0.019 0.043 0.010 0.087 43 V 0.155 0.020 0.095 0.130 0.029 0.209 0.021 0.007 0.061 0.023 0.045 0.131 0.074 44 K 0.319 0.003 0.052 0.064 0.024 0.071 0.017 0.003 0.017 0.033 0.027 0.091 0.279 45 T 0.575 0.001 0.025 0.074 0.004 0.006 0.010 0.001 0.002 0.020 0.005 0.094 0.183 46 L 0.739 0.001 0.009 0.005 0.001 0.002 0.016 0.001 0.004 0.005 0.002 0.134 0.082 47 I 0.854 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 0.040 0.070 48 V 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.030 49 L 0.816 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.002 0.003 0.049 0.094 50 D 0.186 0.007 0.165 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.049 0.188 0.073 0.311 51 N 0.005 0.002 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.848 0.016 0.015 52 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.849 0.009 0.004 53 G 0.002 0.001 0.060 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.328 0.010 0.005 54 G 0.069 0.005 0.369 0.006 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.250 0.103 0.086 0.100 55 V 0.362 0.011 0.078 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.012 0.001 0.047 0.395 56 Y 0.666 0.001 0.017 0.034 0.001 0.001 0.110 0.002 0.002 0.002 0.001 0.127 0.040 57 A 0.769 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.152 0.006 0.003 0.001 0.001 0.030 0.033 58 V 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.006 0.002 0.001 0.001 0.027 0.018 59 V 0.578 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.286 0.012 0.012 0.001 0.001 0.045 0.056 60 I 0.219 0.002 0.143 0.010 0.001 0.001 0.085 0.011 0.078 0.010 0.001 0.288 0.154 61 P 0.019 0.007 0.479 0.042 0.005 0.001 0.008 0.002 0.039 0.159 0.077 0.022 0.141 62 G 0.002 0.006 0.229 0.019 0.019 0.005 0.001 0.001 0.018 0.294 0.384 0.011 0.012 63 D 0.001 0.010 0.292 0.011 0.056 0.013 0.001 0.001 0.014 0.375 0.207 0.003 0.018 64 K 0.004 0.015 0.209 0.002 0.101 0.027 0.002 0.001 0.023 0.390 0.163 0.033 0.031 65 R 0.012 0.081 0.384 0.003 0.057 0.039 0.006 0.001 0.029 0.100 0.077 0.025 0.187 66 L 0.008 0.189 0.445 0.001 0.007 0.016 0.003 0.001 0.018 0.096 0.015 0.155 0.044 67 N 0.001 0.012 0.832 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.047 0.002 0.002 0.086 68 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 75 A 0.001 0.007 0.040 0.001 0.009 0.601 0.001 0.001 0.003 0.033 0.307 0.001 0.001 76 G 0.001 0.004 0.212 0.002 0.016 0.044 0.001 0.001 0.001 0.133 0.586 0.001 0.001 77 K 0.001 0.005 0.529 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.008 0.375 0.068 0.002 0.001 78 P 0.001 0.019 0.685 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.040 0.071 0.155 0.003 0.011 79 V 0.001 0.041 0.632 0.007 0.005 0.002 0.005 0.002 0.200 0.047 0.009 0.004 0.046 80 R 0.001 0.010 0.172 0.018 0.008 0.002 0.007 0.004 0.521 0.096 0.020 0.130 0.011 81 L 0.001 0.026 0.219 0.005 0.007 0.002 0.009 0.006 0.479 0.050 0.015 0.003 0.176 82 A 0.001 0.047 0.350 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.296 0.104 0.002 0.190 0.004 83 R 0.001 0.014 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.029 0.001 0.001 0.091 84 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 85 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.864 0.001 0.001 0.001 0.005 0.110 0.001 0.001 91 T 0.001 0.011 0.066 0.001 0.007 0.423 0.001 0.001 0.003 0.073 0.415 0.001 0.001 92 G 0.001 0.016 0.308 0.008 0.006 0.028 0.001 0.001 0.002 0.221 0.409 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.019 0.710 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.235 0.008 0.013 0.003 94 P 0.001 0.049 0.752 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.012 0.073 0.059 0.002 0.027 95 V 0.002 0.064 0.279 0.010 0.106 0.037 0.004 0.013 0.062 0.152 0.240 0.015 0.014 96 G 0.004 0.033 0.244 0.014 0.092 0.034 0.008 0.028 0.085 0.171 0.241 0.021 0.025 97 G 0.010 0.086 0.356 0.008 0.042 0.036 0.011 0.021 0.063 0.187 0.088 0.017 0.075 98 V 0.004 0.083 0.456 0.007 0.017 0.032 0.002 0.004 0.030 0.247 0.037 0.052 0.028 99 P 0.002 0.037 0.488 0.006 0.060 0.038 0.001 0.001 0.010 0.163 0.151 0.013 0.030 100 P 0.002 0.014 0.155 0.005 0.267 0.046 0.001 0.001 0.002 0.082 0.409 0.003 0.013 101 V 0.004 0.024 0.145 0.006 0.270 0.040 0.001 0.002 0.005 0.174 0.301 0.018 0.010 102 A 0.006 0.043 0.258 0.003 0.185 0.043 0.002 0.005 0.006 0.206 0.200 0.008 0.035 103 L 0.002 0.066 0.576 0.008 0.020 0.015 0.001 0.001 0.003 0.251 0.036 0.013 0.009 104 P 0.001 0.011 0.899 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 0.017 0.002 0.003 105 P 0.001 0.004 0.094 0.003 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.095 0.769 0.001 0.001 106 N 0.001 0.001 0.084 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.840 0.001 0.001 107 I 0.001 0.005 0.732 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.082 0.133 0.002 0.023 0.014 108 V 0.007 0.006 0.245 0.022 0.001 0.001 0.028 0.043 0.535 0.044 0.001 0.016 0.052 109 L 0.014 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.131 0.411 0.397 0.002 0.001 0.016 0.013 110 V 0.015 0.004 0.013 0.001 0.001 0.003 0.120 0.571 0.254 0.001 0.001 0.007 0.008 111 V 0.017 0.003 0.055 0.001 0.001 0.004 0.057 0.585 0.238 0.003 0.001 0.014 0.022 112 D 0.018 0.006 0.377 0.022 0.003 0.054 0.007 0.054 0.290 0.073 0.006 0.026 0.063 113 R 0.001 0.001 0.055 0.003 0.088 0.727 0.001 0.001 0.005 0.043 0.072 0.002 0.003 114 I 0.001 0.002 0.028 0.001 0.174 0.724 0.001 0.001 0.002 0.016 0.047 0.001 0.004 115 L 0.001 0.003 0.053 0.002 0.250 0.604 0.001 0.001 0.001 0.032 0.049 0.001 0.003 116 L 0.003 0.013 0.056 0.001 0.168 0.547 0.001 0.002 0.004 0.020 0.175 0.004 0.007 117 S 0.003 0.009 0.039 0.002 0.087 0.301 0.001 0.001 0.002 0.031 0.517 0.003 0.004 118 R 0.001 0.007 0.497 0.002 0.056 0.105 0.001 0.001 0.002 0.117 0.199 0.004 0.009 119 K 0.001 0.003 0.243 0.014 0.070 0.074 0.001 0.001 0.003 0.325 0.259 0.004 0.004 120 K 0.003 0.010 0.227 0.012 0.107 0.052 0.002 0.004 0.028 0.254 0.245 0.019 0.036 121 V 0.047 0.034 0.165 0.003 0.040 0.055 0.038 0.085 0.259 0.041 0.030 0.061 0.143 122 Y 0.105 0.038 0.098 0.015 0.006 0.021 0.073 0.166 0.223 0.022 0.022 0.109 0.100 123 G 0.088 0.031 0.283 0.030 0.007 0.012 0.041 0.095 0.152 0.050 0.031 0.059 0.119 124 G 0.015 0.017 0.550 0.018 0.013 0.006 0.004 0.009 0.061 0.105 0.063 0.087 0.052 125 G 0.002 0.013 0.151 0.019 0.027 0.006 0.001 0.001 0.006 0.223 0.515 0.007 0.030 126 G 0.002 0.005 0.140 0.003 0.020 0.003 0.001 0.001 0.002 0.147 0.654 0.011 0.012 127 R 0.006 0.033 0.254 0.005 0.060 0.009 0.001 0.001 0.003 0.301 0.228 0.059 0.040 128 E 0.007 0.016 0.186 0.020 0.058 0.011 0.002 0.001 0.004 0.226 0.370 0.022 0.077 129 N 0.026 0.007 0.147 0.157 0.029 0.004 0.004 0.001 0.003 0.216 0.293 0.051 0.064 130 A 0.173 0.010 0.241 0.011 0.008 0.003 0.027 0.001 0.017 0.054 0.034 0.246 0.175 131 L 0.264 0.011 0.052 0.008 0.001 0.001 0.078 0.002 0.030 0.009 0.001 0.030 0.513 132 L 0.298 0.001 0.022 0.011 0.001 0.001 0.060 0.001 0.023 0.005 0.001 0.533 0.044 133 E 0.207 0.004 0.025 0.003 0.001 0.001 0.059 0.001 0.023 0.006 0.001 0.019 0.651 134 F 0.038 0.006 0.077 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.014 0.001 0.805 0.024 135 S 0.004 0.004 0.332 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.001 0.006 0.616 136 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.047 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 138 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 139 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 140 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 0.900 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 141 E 0.001 0.002 0.013 0.001 0.053 0.796 0.001 0.001 0.001 0.011 0.117 0.001 0.004 142 A 0.002 0.004 0.120 0.001 0.057 0.565 0.001 0.001 0.002 0.049 0.187 0.005 0.006 143 T 0.001 0.013 0.167 0.005 0.051 0.229 0.001 0.001 0.006 0.150 0.370 0.002 0.005 144 G 0.001 0.005 0.285 0.019 0.052 0.045 0.001 0.001 0.011 0.292 0.263 0.017 0.008 145 A 0.012 0.007 0.651 0.009 0.027 0.020 0.005 0.003 0.043 0.086 0.035 0.021 0.082 146 V 0.024 0.026 0.343 0.016 0.021 0.023 0.025 0.025 0.193 0.117 0.035 0.094 0.058 147 V 0.035 0.017 0.163 0.024 0.016 0.013 0.056 0.057 0.377 0.018 0.013 0.021 0.188 148 A 0.043 0.008 0.229 0.034 0.012 0.008 0.047 0.051 0.263 0.036 0.011 0.213 0.045 149 D 0.034 0.013 0.314 0.008 0.012 0.008 0.027 0.025 0.233 0.020 0.008 0.081 0.218 150 V 0.018 0.022 0.375 0.014 0.046 0.016 0.012 0.014 0.123 0.032 0.036 0.039 0.251 151 S 0.008 0.010 0.502 0.057 0.053 0.016 0.004 0.004 0.038 0.102 0.084 0.075 0.047 152 E 0.002 0.007 0.584 0.012 0.064 0.017 0.001 0.001 0.013 0.173 0.042 0.024 0.061