# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.287 0.073 0.137 0.082 0.081 0.073 0.052 0.047 0.040 0.025 2 L 0.045 0.045 0.027 0.078 0.141 0.181 0.222 0.117 0.084 0.040 0.021 3 E 0.522 0.189 0.141 0.090 0.033 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 4 K 0.035 0.093 0.105 0.313 0.242 0.124 0.060 0.018 0.007 0.002 0.001 5 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.062 0.123 0.239 0.288 0.266 6 E 0.001 0.002 0.026 0.132 0.237 0.296 0.200 0.060 0.031 0.011 0.003 7 E 0.013 0.037 0.788 0.115 0.031 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 W 0.001 0.001 0.007 0.018 0.042 0.161 0.401 0.191 0.103 0.051 0.025 9 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.034 0.095 0.220 0.328 0.314 10 K 0.007 0.041 0.574 0.225 0.111 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.022 0.048 0.687 0.122 0.065 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 12 R 0.011 0.011 0.006 0.033 0.066 0.159 0.365 0.168 0.097 0.054 0.028 13 G 0.589 0.239 0.050 0.069 0.025 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.004 0.007 0.009 0.016 0.024 0.043 0.102 0.131 0.197 0.229 0.238 15 T 0.278 0.344 0.090 0.167 0.068 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 16 W 0.022 0.019 0.011 0.036 0.050 0.081 0.177 0.161 0.197 0.137 0.108 17 R 0.129 0.160 0.095 0.257 0.150 0.094 0.063 0.023 0.015 0.008 0.007 18 L 0.007 0.013 0.013 0.042 0.066 0.106 0.190 0.179 0.184 0.122 0.079 19 L 0.012 0.020 0.028 0.090 0.120 0.162 0.206 0.140 0.106 0.073 0.044 20 I 0.025 0.070 0.070 0.155 0.172 0.141 0.165 0.089 0.060 0.033 0.020 21 M 0.007 0.013 0.016 0.045 0.065 0.083 0.203 0.183 0.176 0.126 0.081 22 Q 0.401 0.214 0.097 0.155 0.071 0.031 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 23 K 0.056 0.093 0.036 0.126 0.157 0.144 0.189 0.091 0.061 0.033 0.014 24 P 0.317 0.149 0.057 0.115 0.089 0.073 0.076 0.048 0.038 0.026 0.013 25 T 0.517 0.149 0.036 0.102 0.067 0.046 0.048 0.016 0.010 0.005 0.003 26 R 0.178 0.114 0.050 0.125 0.115 0.109 0.122 0.083 0.057 0.033 0.014 27 T 0.030 0.313 0.040 0.136 0.111 0.106 0.082 0.061 0.052 0.042 0.027 28 V 0.005 0.008 0.004 0.027 0.066 0.135 0.207 0.182 0.174 0.117 0.076 29 A 0.231 0.083 0.061 0.141 0.172 0.146 0.105 0.032 0.019 0.007 0.002 30 E 0.005 0.044 0.120 0.429 0.228 0.096 0.052 0.015 0.006 0.002 0.001 31 A 0.001 0.002 0.004 0.008 0.009 0.012 0.047 0.120 0.215 0.279 0.304 32 A 0.001 0.001 0.007 0.009 0.021 0.050 0.148 0.176 0.233 0.201 0.153 33 A 0.002 0.012 0.542 0.261 0.110 0.047 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 34 L 0.001 0.005 0.033 0.053 0.123 0.260 0.359 0.096 0.044 0.018 0.009 35 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.103 0.176 0.241 0.271 0.185 36 G 0.705 0.187 0.028 0.048 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.002 0.003 0.006 0.011 0.017 0.034 0.106 0.157 0.223 0.224 0.217 38 S 0.284 0.502 0.060 0.090 0.035 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.210 0.136 0.062 0.188 0.144 0.126 0.085 0.026 0.014 0.006 0.003 40 S 0.396 0.136 0.051 0.101 0.079 0.070 0.066 0.033 0.029 0.021 0.018 41 E 0.007 0.050 0.060 0.255 0.237 0.197 0.131 0.038 0.017 0.006 0.003 42 I 0.003 0.004 0.002 0.014 0.028 0.052 0.167 0.211 0.204 0.192 0.124 43 V 0.002 0.002 0.005 0.021 0.038 0.061 0.162 0.185 0.207 0.190 0.127 44 K 0.001 0.002 0.003 0.023 0.039 0.073 0.239 0.216 0.207 0.138 0.060 45 T 0.001 0.002 0.003 0.022 0.024 0.046 0.118 0.176 0.222 0.231 0.155 46 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.079 0.192 0.280 0.285 0.142 47 I 0.001 0.002 0.003 0.015 0.022 0.034 0.113 0.189 0.245 0.225 0.152 48 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.017 0.029 0.099 0.161 0.263 0.263 0.153 49 L 0.001 0.004 0.004 0.065 0.114 0.166 0.263 0.198 0.126 0.043 0.014 50 D 0.009 0.018 0.009 0.058 0.077 0.140 0.245 0.203 0.147 0.067 0.026 51 N 0.210 0.187 0.072 0.220 0.103 0.085 0.062 0.030 0.017 0.009 0.004 52 A 0.430 0.273 0.072 0.132 0.047 0.023 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 53 G 0.401 0.242 0.068 0.148 0.068 0.029 0.021 0.011 0.007 0.004 0.002 54 G 0.011 0.085 0.046 0.221 0.288 0.185 0.109 0.036 0.014 0.004 0.002 55 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.069 0.195 0.273 0.223 0.138 0.068 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.061 0.210 0.273 0.200 0.142 0.097 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.123 0.229 0.317 0.298 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.082 0.196 0.338 0.363 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.070 0.193 0.315 0.395 60 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.067 0.138 0.232 0.264 0.272 61 P 0.018 0.043 0.026 0.136 0.165 0.161 0.207 0.133 0.067 0.031 0.012 62 G 0.130 0.109 0.047 0.185 0.188 0.122 0.109 0.057 0.031 0.015 0.007 63 D 0.061 0.082 0.033 0.137 0.146 0.121 0.131 0.098 0.090 0.058 0.043 64 K 0.080 0.120 0.055 0.172 0.172 0.169 0.131 0.051 0.030 0.014 0.007 65 R 0.177 0.128 0.082 0.212 0.142 0.104 0.088 0.035 0.020 0.009 0.004 66 L 0.013 0.007 0.008 0.017 0.027 0.052 0.140 0.170 0.214 0.203 0.149 67 N 0.010 0.131 0.085 0.158 0.111 0.102 0.124 0.086 0.083 0.064 0.045 68 I 0.007 0.013 0.019 0.063 0.122 0.179 0.226 0.136 0.110 0.076 0.048 69 N 0.349 0.139 0.269 0.125 0.062 0.029 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 70 S 0.007 0.027 0.042 0.246 0.248 0.182 0.160 0.049 0.024 0.010 0.005 71 M 0.003 0.003 0.014 0.006 0.006 0.007 0.035 0.082 0.210 0.302 0.332 72 K 0.002 0.003 0.049 0.094 0.205 0.287 0.247 0.069 0.032 0.009 0.003 73 E 0.023 0.043 0.807 0.095 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.004 0.009 0.019 0.052 0.166 0.405 0.174 0.104 0.049 0.018 75 A 0.010 0.004 0.004 0.006 0.007 0.016 0.077 0.139 0.221 0.243 0.274 76 G 0.575 0.226 0.107 0.061 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.091 0.115 0.116 0.184 0.155 0.160 0.107 0.041 0.019 0.009 0.003 78 P 0.302 0.232 0.054 0.149 0.121 0.070 0.044 0.015 0.008 0.004 0.002 79 V 0.012 0.004 0.003 0.009 0.016 0.034 0.114 0.132 0.275 0.203 0.199 80 R 0.098 0.196 0.213 0.227 0.121 0.068 0.048 0.014 0.007 0.004 0.002 81 L 0.044 0.048 0.038 0.104 0.109 0.149 0.231 0.131 0.085 0.041 0.019 82 A 0.005 0.004 0.003 0.007 0.018 0.042 0.119 0.169 0.191 0.222 0.222 83 R 0.027 0.680 0.116 0.129 0.032 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.042 0.042 0.023 0.147 0.273 0.247 0.149 0.044 0.021 0.009 0.004 85 N 0.929 0.050 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.004 0.017 0.041 0.319 0.243 0.191 0.143 0.028 0.010 0.003 0.001 87 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.010 0.052 0.133 0.242 0.296 0.252 88 V 0.001 0.003 0.047 0.103 0.222 0.332 0.196 0.059 0.025 0.008 0.004 89 E 0.012 0.044 0.774 0.130 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.003 0.005 0.018 0.048 0.166 0.406 0.183 0.097 0.047 0.027 91 T 0.006 0.003 0.002 0.004 0.006 0.016 0.089 0.157 0.231 0.235 0.251 92 G 0.467 0.303 0.076 0.101 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.006 0.017 0.019 0.040 0.054 0.073 0.162 0.182 0.204 0.143 0.101 94 P 0.494 0.217 0.056 0.100 0.060 0.032 0.021 0.009 0.005 0.003 0.003 95 V 0.017 0.020 0.012 0.053 0.082 0.145 0.232 0.153 0.127 0.085 0.074 96 G 0.022 0.020 0.011 0.038 0.049 0.071 0.123 0.137 0.174 0.170 0.185 97 G 0.005 0.004 0.003 0.011 0.017 0.036 0.100 0.132 0.189 0.218 0.284 98 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.010 0.019 0.067 0.135 0.211 0.260 0.286 99 P 0.009 0.008 0.005 0.022 0.032 0.058 0.137 0.175 0.205 0.169 0.179 100 P 0.013 0.010 0.007 0.029 0.032 0.052 0.120 0.157 0.180 0.210 0.191 101 V 0.007 0.007 0.004 0.022 0.030 0.046 0.115 0.149 0.212 0.210 0.197 102 A 0.019 0.025 0.013 0.045 0.046 0.062 0.122 0.140 0.201 0.175 0.152 103 L 0.008 0.010 0.004 0.028 0.033 0.049 0.092 0.133 0.177 0.202 0.263 104 P 0.101 0.138 0.050 0.166 0.160 0.125 0.106 0.065 0.043 0.024 0.023 105 P 0.272 0.125 0.040 0.174 0.142 0.104 0.082 0.034 0.016 0.008 0.004 106 N 0.410 0.202 0.075 0.164 0.086 0.037 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 107 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.060 0.123 0.237 0.285 0.264 108 V 0.003 0.041 0.035 0.184 0.248 0.250 0.154 0.049 0.021 0.010 0.006 109 L 0.001 0.003 0.003 0.011 0.021 0.052 0.184 0.212 0.234 0.170 0.109 110 V 0.002 0.002 0.002 0.014 0.028 0.053 0.171 0.220 0.195 0.178 0.134 111 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.038 0.092 0.227 0.304 0.322 112 D 0.001 0.003 0.006 0.058 0.098 0.126 0.199 0.159 0.160 0.112 0.078 113 R 0.078 0.076 0.139 0.259 0.178 0.116 0.089 0.034 0.018 0.008 0.003 114 I 0.009 0.018 0.023 0.116 0.143 0.175 0.274 0.134 0.067 0.030 0.012 115 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.008 0.017 0.068 0.115 0.226 0.266 0.285 116 L 0.006 0.018 0.043 0.116 0.172 0.206 0.226 0.102 0.061 0.032 0.019 117 S 0.073 0.178 0.329 0.210 0.100 0.053 0.036 0.011 0.006 0.003 0.001 118 R 0.013 0.022 0.022 0.091 0.142 0.166 0.240 0.142 0.088 0.049 0.024 119 K 0.311 0.174 0.073 0.156 0.102 0.070 0.060 0.028 0.015 0.007 0.004 120 K 0.013 0.049 0.053 0.211 0.229 0.222 0.133 0.050 0.023 0.010 0.006 121 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.054 0.150 0.264 0.291 0.223 122 Y 0.002 0.004 0.006 0.022 0.034 0.073 0.216 0.199 0.197 0.128 0.118 123 G 0.001 0.003 0.005 0.007 0.007 0.014 0.057 0.100 0.201 0.295 0.310 124 G 0.006 0.011 0.007 0.048 0.063 0.094 0.173 0.178 0.177 0.140 0.101 125 G 0.013 0.012 0.006 0.019 0.024 0.038 0.106 0.161 0.221 0.221 0.178 126 G 0.068 0.063 0.026 0.112 0.128 0.131 0.155 0.111 0.093 0.067 0.047 127 R 0.074 0.124 0.051 0.152 0.144 0.129 0.132 0.078 0.058 0.035 0.022 128 E 0.195 0.133 0.058 0.174 0.129 0.099 0.086 0.045 0.036 0.027 0.018 129 N 0.211 0.103 0.066 0.163 0.127 0.102 0.089 0.051 0.042 0.028 0.018 130 A 0.030 0.031 0.026 0.084 0.100 0.135 0.234 0.157 0.108 0.063 0.034 131 L 0.008 0.023 0.027 0.104 0.147 0.171 0.201 0.133 0.093 0.057 0.036 132 L 0.003 0.005 0.010 0.019 0.025 0.042 0.122 0.166 0.224 0.225 0.159 133 E 0.030 0.045 0.057 0.234 0.211 0.151 0.144 0.061 0.039 0.018 0.008 134 F 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.063 0.129 0.248 0.292 0.234 135 S 0.018 0.176 0.061 0.204 0.164 0.133 0.114 0.058 0.039 0.023 0.012 136 P 0.012 0.019 0.009 0.037 0.066 0.108 0.189 0.169 0.180 0.132 0.080 137 R 0.490 0.178 0.081 0.123 0.075 0.030 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 138 E 0.065 0.095 0.079 0.321 0.197 0.116 0.077 0.025 0.014 0.006 0.004 139 L 0.011 0.008 0.010 0.018 0.019 0.027 0.068 0.119 0.202 0.239 0.278 140 V 0.008 0.006 0.018 0.044 0.079 0.176 0.269 0.173 0.127 0.067 0.034 141 E 0.016 0.050 0.571 0.200 0.082 0.044 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 142 A 0.002 0.008 0.024 0.030 0.050 0.096 0.221 0.161 0.156 0.132 0.119 143 T 0.065 0.024 0.019 0.041 0.038 0.053 0.111 0.132 0.189 0.181 0.146 144 G 0.446 0.216 0.091 0.124 0.060 0.035 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 145 A 0.016 0.018 0.024 0.046 0.051 0.079 0.144 0.154 0.193 0.158 0.118 146 V 0.118 0.233 0.090 0.189 0.151 0.096 0.067 0.027 0.016 0.008 0.006 147 V 0.038 0.029 0.020 0.051 0.050 0.060 0.125 0.128 0.168 0.156 0.177 148 A 0.039 0.045 0.040 0.089 0.108 0.142 0.187 0.119 0.107 0.073 0.052 149 D 0.086 0.153 0.101 0.227 0.165 0.101 0.080 0.039 0.026 0.014 0.008 150 V 0.021 0.015 0.012 0.026 0.027 0.036 0.082 0.110 0.179 0.229 0.262 151 S 0.139 0.146 0.084 0.159 0.142 0.105 0.100 0.050 0.039 0.022 0.014 152 E 0.327 0.190 0.055 0.142 0.092 0.060 0.058 0.032 0.023 0.013 0.008