# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.069 0.004 0.005 0.917 2 L 0.011 0.008 0.007 0.578 0.006 0.008 0.381 3 E 0.006 0.002 0.010 0.933 0.010 0.007 0.033 4 K 0.004 0.001 0.015 0.955 0.003 0.006 0.016 5 V 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.002 0.003 6 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 8 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 11 A 0.001 0.001 0.002 0.963 0.001 0.034 0.001 12 R 0.001 0.001 0.006 0.348 0.005 0.639 0.003 13 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.964 0.019 14 L 0.009 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.967 15 T 0.239 0.019 0.006 0.002 0.049 0.007 0.679 16 W 0.716 0.009 0.007 0.001 0.034 0.007 0.226 17 R 0.859 0.001 0.003 0.001 0.027 0.003 0.106 18 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 19 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 20 I 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 21 M 0.827 0.002 0.001 0.001 0.019 0.004 0.146 22 Q 0.429 0.013 0.001 0.001 0.114 0.013 0.429 23 K 0.070 0.009 0.001 0.001 0.264 0.011 0.645 24 P 0.025 0.010 0.006 0.003 0.249 0.134 0.572 25 T 0.020 0.010 0.008 0.016 0.327 0.166 0.453 26 R 0.031 0.013 0.004 0.054 0.329 0.030 0.539 27 T 0.065 0.057 0.005 0.251 0.074 0.014 0.533 28 V 0.005 0.001 0.005 0.972 0.001 0.003 0.012 29 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 30 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 34 L 0.001 0.001 0.002 0.968 0.001 0.028 0.001 35 L 0.001 0.001 0.003 0.463 0.005 0.525 0.003 36 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.892 0.064 37 V 0.002 0.009 0.001 0.001 0.083 0.001 0.903 38 S 0.007 0.009 0.001 0.002 0.015 0.001 0.968 39 E 0.001 0.001 0.226 0.699 0.002 0.066 0.004 40 S 0.004 0.001 0.368 0.523 0.007 0.095 0.004 41 E 0.012 0.002 0.334 0.578 0.015 0.033 0.026 42 I 0.295 0.033 0.069 0.420 0.046 0.049 0.088 43 V 0.657 0.018 0.020 0.136 0.041 0.039 0.089 44 K 0.895 0.003 0.007 0.037 0.023 0.016 0.019 45 T 0.946 0.001 0.001 0.019 0.005 0.008 0.020 46 L 0.944 0.002 0.002 0.011 0.004 0.010 0.027 47 I 0.963 0.003 0.001 0.012 0.002 0.004 0.015 48 V 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 49 L 0.961 0.009 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 50 D 0.743 0.007 0.004 0.003 0.024 0.046 0.174 51 N 0.071 0.002 0.018 0.001 0.089 0.754 0.065 52 A 0.014 0.001 0.015 0.001 0.139 0.808 0.023 53 G 0.020 0.001 0.010 0.001 0.542 0.347 0.080 54 G 0.240 0.008 0.003 0.001 0.154 0.041 0.555 55 V 0.836 0.011 0.001 0.001 0.019 0.001 0.133 56 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 57 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 60 I 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 61 P 0.340 0.002 0.001 0.001 0.075 0.029 0.553 62 G 0.059 0.004 0.026 0.018 0.287 0.420 0.185 63 D 0.042 0.007 0.102 0.064 0.216 0.435 0.135 64 K 0.071 0.005 0.086 0.051 0.219 0.385 0.183 65 R 0.333 0.038 0.033 0.070 0.113 0.123 0.290 66 L 0.496 0.114 0.004 0.070 0.114 0.016 0.185 67 N 0.209 0.025 0.004 0.070 0.023 0.014 0.655 68 I 0.003 0.001 0.023 0.947 0.001 0.016 0.010 69 N 0.001 0.001 0.018 0.970 0.002 0.007 0.002 70 S 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.002 0.003 71 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 73 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.013 0.001 74 L 0.001 0.001 0.005 0.951 0.002 0.038 0.003 75 A 0.001 0.001 0.008 0.608 0.007 0.368 0.007 76 G 0.002 0.002 0.012 0.068 0.201 0.539 0.176 77 K 0.011 0.002 0.001 0.003 0.293 0.004 0.686 78 P 0.046 0.012 0.003 0.004 0.038 0.011 0.886 79 V 0.300 0.090 0.020 0.009 0.072 0.013 0.496 80 R 0.549 0.018 0.061 0.015 0.068 0.022 0.268 81 L 0.644 0.034 0.059 0.021 0.065 0.025 0.154 82 A 0.263 0.040 0.006 0.016 0.353 0.010 0.312 83 R 0.039 0.017 0.002 0.006 0.062 0.002 0.872 84 A 0.001 0.001 0.057 0.929 0.001 0.012 0.002 85 N 0.001 0.001 0.037 0.956 0.001 0.006 0.001 86 E 0.001 0.001 0.019 0.979 0.001 0.002 0.001 87 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.001 88 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.004 0.001 89 E 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.018 0.001 90 L 0.002 0.001 0.005 0.945 0.005 0.034 0.008 91 T 0.004 0.005 0.013 0.569 0.022 0.354 0.033 92 G 0.005 0.006 0.010 0.036 0.178 0.609 0.155 93 Y 0.014 0.008 0.002 0.001 0.413 0.009 0.553 94 P 0.055 0.016 0.005 0.002 0.156 0.040 0.726 95 V 0.129 0.114 0.018 0.003 0.154 0.122 0.459 96 G 0.209 0.052 0.022 0.003 0.204 0.203 0.307 97 G 0.202 0.047 0.014 0.002 0.199 0.101 0.436 98 V 0.216 0.073 0.008 0.003 0.224 0.038 0.437 99 P 0.138 0.033 0.009 0.003 0.078 0.020 0.720 100 P 0.142 0.048 0.217 0.033 0.061 0.119 0.380 101 V 0.146 0.026 0.208 0.046 0.169 0.168 0.237 102 A 0.139 0.031 0.166 0.035 0.209 0.129 0.291 103 L 0.072 0.065 0.008 0.008 0.290 0.016 0.540 104 P 0.035 0.008 0.010 0.003 0.056 0.024 0.863 105 P 0.005 0.002 0.032 0.010 0.093 0.825 0.033 106 N 0.028 0.006 0.031 0.006 0.103 0.743 0.085 107 I 0.107 0.006 0.002 0.002 0.102 0.003 0.778 108 V 0.492 0.004 0.001 0.003 0.095 0.008 0.398 109 L 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 110 V 0.991 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 111 V 0.957 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 0.023 112 D 0.390 0.003 0.002 0.039 0.020 0.002 0.544 113 R 0.103 0.001 0.073 0.308 0.131 0.041 0.344 114 I 0.098 0.006 0.192 0.471 0.062 0.069 0.102 115 L 0.038 0.013 0.396 0.380 0.029 0.098 0.045 116 L 0.034 0.006 0.299 0.248 0.038 0.336 0.038 117 S 0.036 0.013 0.115 0.089 0.053 0.615 0.079 118 R 0.035 0.005 0.060 0.013 0.312 0.092 0.484 119 K 0.030 0.001 0.047 0.009 0.515 0.152 0.244 120 K 0.487 0.011 0.054 0.010 0.100 0.131 0.207 121 V 0.913 0.023 0.004 0.005 0.005 0.003 0.048 122 Y 0.951 0.007 0.001 0.002 0.005 0.001 0.032 123 G 0.814 0.007 0.003 0.004 0.014 0.015 0.143 124 G 0.542 0.017 0.005 0.003 0.057 0.036 0.340 125 G 0.255 0.014 0.025 0.005 0.162 0.348 0.191 126 G 0.138 0.017 0.054 0.006 0.225 0.298 0.264 127 R 0.163 0.014 0.101 0.009 0.415 0.085 0.213 128 E 0.112 0.017 0.130 0.008 0.164 0.449 0.121 129 N 0.118 0.006 0.108 0.002 0.190 0.457 0.119 130 A 0.416 0.011 0.027 0.002 0.158 0.087 0.299 131 L 0.833 0.017 0.007 0.002 0.028 0.013 0.101 132 L 0.949 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.036 133 E 0.959 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 134 F 0.804 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.161 135 S 0.094 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.873 136 P 0.002 0.001 0.043 0.893 0.003 0.048 0.011 137 R 0.001 0.001 0.059 0.910 0.002 0.027 0.002 138 E 0.001 0.001 0.106 0.870 0.001 0.012 0.008 139 L 0.003 0.002 0.060 0.902 0.003 0.022 0.008 140 V 0.004 0.002 0.065 0.849 0.007 0.067 0.006 141 E 0.006 0.002 0.055 0.712 0.005 0.203 0.018 142 A 0.021 0.005 0.050 0.518 0.063 0.091 0.253 143 T 0.039 0.010 0.053 0.328 0.175 0.169 0.226 144 G 0.043 0.008 0.042 0.085 0.344 0.282 0.196 145 A 0.141 0.006 0.028 0.054 0.193 0.067 0.511 146 V 0.468 0.010 0.027 0.038 0.122 0.040 0.295 147 V 0.780 0.021 0.017 0.042 0.020 0.017 0.103 148 A 0.776 0.008 0.012 0.039 0.018 0.016 0.131 149 D 0.738 0.011 0.013 0.027 0.025 0.024 0.164 150 V 0.412 0.015 0.014 0.020 0.044 0.050 0.445 151 S 0.252 0.012 0.014 0.012 0.105 0.071 0.535 152 E 0.083 0.005 0.012 0.012 0.112 0.035 0.741