# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.340 0.074 0.175 0.187 0.031 0.085 0.051 0.012 0.036 0.006 0.001 2 L 0.822 0.037 0.051 0.061 0.004 0.012 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 3 E 0.872 0.029 0.045 0.028 0.009 0.005 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 4 K 0.887 0.009 0.049 0.019 0.005 0.018 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 5 V 0.976 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 W 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.182 0.001 0.005 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.008 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.391 0.573 0.003 0.013 0.001 14 L 0.023 0.240 0.642 0.015 0.019 0.043 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 15 T 0.088 0.155 0.548 0.087 0.025 0.075 0.007 0.003 0.007 0.002 0.002 16 W 0.054 0.449 0.140 0.033 0.277 0.010 0.009 0.006 0.017 0.004 0.001 17 R 0.028 0.628 0.234 0.010 0.035 0.032 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 18 L 0.022 0.464 0.427 0.007 0.013 0.045 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 19 L 0.013 0.758 0.136 0.005 0.030 0.019 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 20 I 0.013 0.234 0.684 0.002 0.002 0.051 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 M 0.033 0.623 0.195 0.015 0.047 0.031 0.006 0.001 0.049 0.001 0.001 22 Q 0.067 0.173 0.601 0.022 0.018 0.078 0.009 0.001 0.023 0.003 0.005 23 K 0.020 0.334 0.496 0.006 0.029 0.020 0.007 0.001 0.087 0.001 0.001 24 P 0.108 0.012 0.814 0.007 0.001 0.037 0.003 0.001 0.003 0.003 0.012 25 T 0.263 0.102 0.199 0.225 0.060 0.031 0.041 0.049 0.009 0.017 0.003 26 R 0.114 0.202 0.251 0.097 0.212 0.025 0.053 0.022 0.009 0.014 0.001 27 T 0.023 0.196 0.569 0.007 0.114 0.050 0.001 0.001 0.034 0.006 0.001 28 V 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.979 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.158 0.001 0.004 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.493 0.498 0.001 0.002 0.001 37 V 0.002 0.187 0.757 0.005 0.008 0.034 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 38 S 0.001 0.051 0.856 0.001 0.020 0.061 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.978 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.863 0.002 0.004 0.124 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.597 0.017 0.045 0.294 0.005 0.022 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 42 I 0.631 0.119 0.142 0.058 0.008 0.026 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 43 V 0.306 0.390 0.083 0.175 0.027 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 K 0.130 0.495 0.217 0.011 0.120 0.011 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 45 T 0.103 0.662 0.109 0.015 0.079 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 46 L 0.074 0.778 0.084 0.008 0.042 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 47 I 0.050 0.809 0.076 0.007 0.027 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 48 V 0.026 0.781 0.134 0.010 0.012 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 49 L 0.048 0.501 0.312 0.023 0.021 0.055 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 50 D 0.156 0.196 0.400 0.050 0.064 0.062 0.019 0.003 0.029 0.020 0.001 51 N 0.470 0.035 0.026 0.308 0.026 0.023 0.080 0.010 0.014 0.007 0.001 52 A 0.127 0.061 0.084 0.485 0.027 0.011 0.167 0.009 0.023 0.005 0.001 53 G 0.007 0.006 0.032 0.019 0.045 0.001 0.111 0.721 0.001 0.057 0.001 54 G 0.020 0.083 0.387 0.029 0.184 0.009 0.048 0.096 0.004 0.140 0.001 55 V 0.003 0.429 0.503 0.002 0.040 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 56 Y 0.020 0.768 0.087 0.055 0.041 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 57 A 0.001 0.886 0.080 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 V 0.001 0.936 0.036 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 59 V 0.001 0.762 0.174 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 60 I 0.001 0.547 0.167 0.001 0.009 0.060 0.001 0.001 0.215 0.001 0.001 61 P 0.055 0.011 0.839 0.009 0.001 0.069 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 62 G 0.288 0.077 0.181 0.062 0.163 0.018 0.072 0.061 0.008 0.069 0.001 63 D 0.515 0.028 0.056 0.324 0.013 0.019 0.025 0.006 0.007 0.002 0.003 64 K 0.265 0.240 0.168 0.125 0.075 0.021 0.062 0.013 0.026 0.004 0.001 65 R 0.311 0.276 0.223 0.070 0.024 0.043 0.018 0.003 0.025 0.004 0.003 66 L 0.216 0.278 0.365 0.043 0.032 0.047 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 67 N 0.028 0.065 0.261 0.007 0.032 0.438 0.008 0.001 0.155 0.003 0.001 68 I 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.965 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.899 0.002 0.008 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.393 0.008 0.115 0.476 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.020 0.001 0.007 0.016 0.002 0.001 0.069 0.781 0.002 0.102 0.001 77 K 0.006 0.078 0.883 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 78 P 0.032 0.033 0.794 0.017 0.001 0.101 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 79 V 0.011 0.439 0.441 0.012 0.030 0.041 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 80 R 0.038 0.709 0.105 0.012 0.024 0.052 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 81 L 0.015 0.294 0.520 0.022 0.013 0.099 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 82 A 0.012 0.329 0.504 0.011 0.071 0.052 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 83 R 0.001 0.108 0.797 0.001 0.015 0.058 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 84 A 0.984 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 N 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.952 0.005 0.008 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 T 0.276 0.006 0.042 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 G 0.009 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.170 0.779 0.002 0.015 0.001 93 Y 0.002 0.118 0.817 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 94 P 0.011 0.016 0.918 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 95 V 0.095 0.129 0.667 0.045 0.005 0.035 0.002 0.001 0.019 0.001 0.002 96 G 0.023 0.016 0.065 0.012 0.127 0.002 0.052 0.490 0.003 0.210 0.001 97 G 0.089 0.062 0.416 0.139 0.096 0.041 0.031 0.057 0.004 0.063 0.004 98 V 0.018 0.526 0.280 0.007 0.048 0.011 0.005 0.001 0.102 0.001 0.001 99 P 0.031 0.007 0.915 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 100 P 0.488 0.008 0.380 0.022 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 101 V 0.340 0.183 0.155 0.251 0.037 0.016 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 102 A 0.112 0.146 0.256 0.174 0.109 0.040 0.096 0.024 0.030 0.011 0.001 103 L 0.008 0.324 0.501 0.001 0.016 0.020 0.003 0.001 0.128 0.001 0.001 104 P 0.028 0.003 0.910 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 105 P 0.331 0.004 0.594 0.018 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 106 N 0.037 0.021 0.025 0.579 0.014 0.021 0.169 0.112 0.021 0.001 0.001 107 I 0.001 0.317 0.618 0.001 0.007 0.032 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 108 V 0.033 0.417 0.470 0.007 0.002 0.052 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 109 L 0.004 0.798 0.148 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 110 V 0.006 0.734 0.142 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 111 V 0.012 0.566 0.242 0.009 0.032 0.094 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 112 D 0.019 0.076 0.574 0.002 0.041 0.210 0.003 0.001 0.069 0.003 0.002 113 R 0.965 0.001 0.002 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.964 0.003 0.005 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.865 0.006 0.008 0.112 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.927 0.006 0.031 0.022 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.616 0.007 0.021 0.326 0.004 0.005 0.006 0.012 0.003 0.001 0.001 118 R 0.339 0.060 0.368 0.120 0.008 0.034 0.033 0.004 0.031 0.002 0.001 119 K 0.644 0.038 0.185 0.102 0.007 0.009 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 120 K 0.303 0.189 0.133 0.226 0.064 0.022 0.037 0.007 0.016 0.002 0.001 121 V 0.090 0.584 0.202 0.033 0.032 0.030 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 122 Y 0.072 0.655 0.079 0.049 0.043 0.052 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 123 G 0.087 0.448 0.242 0.058 0.091 0.030 0.008 0.004 0.024 0.006 0.001 124 G 0.119 0.190 0.193 0.061 0.234 0.014 0.026 0.058 0.026 0.078 0.002 125 G 0.098 0.053 0.576 0.088 0.058 0.008 0.048 0.008 0.004 0.057 0.001 126 G 0.016 0.002 0.026 0.030 0.016 0.005 0.138 0.693 0.002 0.071 0.001 127 R 0.042 0.335 0.507 0.012 0.010 0.038 0.004 0.001 0.051 0.001 0.001 128 E 0.092 0.067 0.707 0.046 0.002 0.051 0.020 0.001 0.008 0.002 0.004 129 N 0.039 0.059 0.084 0.120 0.084 0.019 0.424 0.152 0.013 0.005 0.001 130 A 0.036 0.513 0.275 0.028 0.105 0.019 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 131 L 0.018 0.577 0.318 0.013 0.018 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 132 L 0.013 0.787 0.093 0.012 0.064 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 133 E 0.005 0.706 0.184 0.004 0.034 0.044 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 134 F 0.006 0.685 0.202 0.005 0.057 0.029 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 135 S 0.002 0.252 0.489 0.001 0.031 0.071 0.001 0.001 0.152 0.001 0.001 136 P 0.951 0.002 0.028 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 137 R 0.964 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.955 0.003 0.005 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 L 0.932 0.004 0.008 0.050 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.944 0.011 0.024 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.839 0.010 0.027 0.109 0.004 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 142 A 0.508 0.062 0.260 0.103 0.008 0.025 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 143 T 0.378 0.057 0.272 0.272 0.009 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 144 G 0.065 0.008 0.041 0.053 0.036 0.002 0.088 0.558 0.006 0.142 0.001 145 A 0.023 0.147 0.753 0.009 0.034 0.023 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 146 V 0.045 0.748 0.123 0.023 0.038 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 147 V 0.026 0.661 0.217 0.012 0.022 0.035 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 148 A 0.064 0.658 0.095 0.014 0.101 0.019 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 149 D 0.035 0.140 0.403 0.019 0.024 0.280 0.025 0.001 0.070 0.001 0.003 150 V 0.408 0.222 0.185 0.129 0.011 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 151 S 0.373 0.199 0.189 0.135 0.040 0.026 0.009 0.005 0.014 0.010 0.001 152 E 0.298 0.185 0.146 0.145 0.085 0.019 0.069 0.015 0.024 0.013 0.001