# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.270 0.091 0.006 0.117 0.002 0.008 0.289 0.060 0.080 0.026 2 L 0.026 0.023 0.005 0.001 0.036 0.002 0.005 0.701 0.156 0.029 0.017 3 E 0.001 0.013 0.005 0.001 0.005 0.004 0.012 0.899 0.055 0.003 0.001 4 K 0.007 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.914 0.040 0.017 0.004 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.085 0.013 0.001 6 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.051 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.967 0.020 0.004 0.001 8 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.960 0.025 0.006 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.055 0.007 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.811 0.166 0.004 0.001 11 A 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.141 0.780 0.057 0.007 0.001 12 R 0.001 0.712 0.251 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.092 0.003 0.004 0.007 0.006 0.005 0.003 0.006 0.008 0.360 0.507 14 L 0.090 0.454 0.070 0.003 0.316 0.003 0.003 0.011 0.010 0.018 0.020 15 T 0.174 0.121 0.026 0.021 0.328 0.034 0.063 0.059 0.045 0.061 0.068 16 W 0.292 0.153 0.022 0.003 0.462 0.004 0.005 0.005 0.007 0.014 0.030 17 R 0.122 0.166 0.023 0.002 0.665 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 18 L 0.441 0.037 0.003 0.001 0.466 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 19 L 0.106 0.224 0.038 0.003 0.607 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 20 I 0.375 0.086 0.009 0.002 0.403 0.002 0.007 0.007 0.004 0.020 0.085 21 M 0.068 0.388 0.150 0.018 0.322 0.008 0.007 0.013 0.007 0.008 0.011 22 Q 0.128 0.237 0.110 0.019 0.291 0.016 0.036 0.044 0.023 0.046 0.051 23 K 0.040 0.380 0.312 0.033 0.143 0.008 0.019 0.030 0.014 0.010 0.012 24 P 0.034 0.188 0.066 0.027 0.110 0.041 0.077 0.263 0.129 0.041 0.025 25 T 0.055 0.119 0.075 0.014 0.088 0.023 0.045 0.162 0.158 0.206 0.054 26 R 0.045 0.285 0.159 0.021 0.155 0.018 0.032 0.153 0.034 0.060 0.038 27 T 0.025 0.564 0.162 0.002 0.058 0.001 0.001 0.144 0.015 0.025 0.005 28 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.086 0.004 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.898 0.087 0.004 0.001 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.859 0.068 0.005 0.001 35 L 0.001 0.801 0.163 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.080 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.332 0.580 37 V 0.007 0.654 0.235 0.003 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.008 0.645 0.271 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.670 0.003 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.772 0.207 0.013 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.443 0.318 0.231 0.001 42 I 0.095 0.005 0.002 0.001 0.055 0.001 0.006 0.580 0.175 0.062 0.019 43 V 0.015 0.060 0.032 0.022 0.062 0.035 0.078 0.467 0.133 0.087 0.009 44 K 0.107 0.067 0.012 0.007 0.215 0.009 0.053 0.404 0.045 0.053 0.027 45 T 0.337 0.069 0.006 0.004 0.501 0.003 0.006 0.035 0.008 0.007 0.024 46 L 0.296 0.033 0.002 0.003 0.603 0.007 0.008 0.023 0.005 0.002 0.017 47 I 0.351 0.050 0.002 0.001 0.531 0.001 0.002 0.009 0.002 0.007 0.045 48 V 0.306 0.162 0.015 0.001 0.426 0.002 0.005 0.009 0.002 0.021 0.051 49 L 0.067 0.337 0.037 0.005 0.467 0.009 0.009 0.016 0.006 0.031 0.015 50 D 0.076 0.192 0.298 0.021 0.120 0.006 0.017 0.182 0.059 0.011 0.018 51 N 0.008 0.005 0.014 0.025 0.003 0.048 0.123 0.483 0.235 0.045 0.009 52 A 0.001 0.627 0.171 0.140 0.012 0.013 0.024 0.010 0.002 0.001 0.001 53 G 0.008 0.016 0.029 0.032 0.003 0.003 0.002 0.002 0.006 0.626 0.273 54 G 0.005 0.407 0.469 0.035 0.038 0.013 0.004 0.004 0.004 0.017 0.003 55 V 0.520 0.020 0.001 0.001 0.413 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 56 Y 0.148 0.069 0.017 0.076 0.489 0.124 0.057 0.004 0.002 0.002 0.013 57 A 0.171 0.066 0.003 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 58 V 0.178 0.042 0.002 0.001 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 59 V 0.364 0.027 0.003 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.133 60 I 0.075 0.366 0.209 0.022 0.277 0.006 0.006 0.005 0.002 0.007 0.026 61 P 0.100 0.322 0.111 0.036 0.191 0.026 0.047 0.056 0.027 0.045 0.040 62 G 0.031 0.095 0.107 0.090 0.045 0.065 0.031 0.070 0.159 0.255 0.053 63 D 0.123 0.112 0.063 0.034 0.278 0.022 0.039 0.076 0.107 0.082 0.062 64 K 0.016 0.021 0.012 0.007 0.023 0.014 0.041 0.299 0.409 0.140 0.016 65 R 0.064 0.072 0.013 0.002 0.125 0.006 0.056 0.222 0.113 0.280 0.047 66 L 0.072 0.393 0.094 0.006 0.274 0.008 0.010 0.023 0.016 0.059 0.044 67 N 0.338 0.125 0.039 0.001 0.419 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.072 68 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.472 0.486 0.029 0.003 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.900 0.086 0.001 0.001 70 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.079 0.035 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.753 0.218 0.024 0.001 72 K 0.001 0.009 0.004 0.001 0.004 0.009 0.018 0.721 0.227 0.007 0.001 73 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.088 0.719 0.139 0.041 0.003 74 L 0.002 0.005 0.009 0.007 0.003 0.059 0.343 0.312 0.128 0.127 0.004 75 A 0.033 0.612 0.073 0.017 0.189 0.006 0.017 0.019 0.009 0.009 0.016 76 G 0.016 0.002 0.004 0.018 0.004 0.012 0.008 0.021 0.081 0.717 0.117 77 K 0.006 0.482 0.410 0.009 0.066 0.002 0.005 0.011 0.004 0.003 0.001 78 P 0.123 0.270 0.033 0.004 0.409 0.003 0.010 0.051 0.024 0.021 0.053 79 V 0.179 0.164 0.030 0.005 0.366 0.011 0.015 0.054 0.086 0.039 0.052 80 R 0.079 0.180 0.041 0.007 0.368 0.010 0.060 0.109 0.055 0.045 0.046 81 L 0.201 0.124 0.077 0.003 0.162 0.003 0.005 0.018 0.022 0.258 0.126 82 A 0.016 0.539 0.287 0.012 0.123 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.004 83 R 0.003 0.704 0.264 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.613 0.383 0.002 0.001 85 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.078 0.003 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.863 0.091 0.046 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.093 0.006 0.001 88 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.816 0.150 0.007 0.001 89 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.775 0.100 0.025 0.002 90 L 0.004 0.021 0.017 0.007 0.010 0.041 0.285 0.481 0.101 0.030 0.003 91 T 0.019 0.539 0.136 0.053 0.112 0.009 0.023 0.017 0.012 0.058 0.022 92 G 0.063 0.016 0.033 0.056 0.019 0.028 0.012 0.016 0.035 0.455 0.267 93 Y 0.020 0.429 0.316 0.037 0.113 0.009 0.011 0.023 0.014 0.017 0.012 94 P 0.051 0.350 0.191 0.023 0.246 0.011 0.018 0.052 0.023 0.015 0.019 95 V 0.061 0.133 0.043 0.027 0.107 0.066 0.167 0.175 0.139 0.055 0.029 96 G 0.040 0.063 0.084 0.094 0.075 0.039 0.039 0.043 0.072 0.348 0.102 97 G 0.094 0.139 0.149 0.046 0.148 0.020 0.026 0.050 0.067 0.194 0.067 98 V 0.032 0.388 0.290 0.024 0.123 0.008 0.028 0.042 0.027 0.024 0.013 99 P 0.014 0.400 0.382 0.034 0.083 0.010 0.011 0.030 0.019 0.010 0.007 100 P 0.072 0.114 0.043 0.015 0.121 0.036 0.058 0.236 0.224 0.044 0.036 101 V 0.046 0.086 0.049 0.025 0.079 0.032 0.078 0.146 0.196 0.198 0.063 102 A 0.074 0.098 0.079 0.030 0.082 0.034 0.037 0.072 0.093 0.351 0.050 103 L 0.050 0.403 0.234 0.024 0.137 0.005 0.018 0.053 0.026 0.029 0.019 104 P 0.019 0.278 0.485 0.040 0.067 0.011 0.005 0.038 0.034 0.012 0.011 105 P 0.004 0.090 0.050 0.013 0.022 0.065 0.235 0.383 0.131 0.004 0.002 106 N 0.054 0.006 0.003 0.001 0.020 0.001 0.005 0.023 0.069 0.618 0.200 107 I 0.024 0.616 0.092 0.001 0.263 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.104 0.261 0.018 0.001 0.580 0.002 0.010 0.011 0.004 0.003 0.008 109 L 0.216 0.089 0.010 0.001 0.643 0.002 0.006 0.006 0.003 0.001 0.023 110 V 0.260 0.078 0.008 0.002 0.569 0.003 0.008 0.013 0.004 0.006 0.047 111 V 0.090 0.338 0.087 0.023 0.309 0.006 0.014 0.048 0.013 0.029 0.042 112 D 0.082 0.394 0.069 0.009 0.292 0.003 0.007 0.068 0.015 0.020 0.040 113 R 0.006 0.009 0.003 0.001 0.008 0.006 0.017 0.404 0.513 0.030 0.004 114 I 0.008 0.022 0.015 0.010 0.013 0.009 0.047 0.582 0.207 0.076 0.011 115 L 0.008 0.006 0.001 0.003 0.006 0.007 0.030 0.411 0.368 0.147 0.012 116 L 0.018 0.056 0.020 0.007 0.032 0.027 0.107 0.406 0.282 0.032 0.012 117 S 0.024 0.031 0.011 0.004 0.030 0.005 0.045 0.118 0.197 0.489 0.047 118 R 0.237 0.136 0.050 0.005 0.367 0.003 0.007 0.015 0.028 0.048 0.104 119 K 0.008 0.010 0.004 0.031 0.013 0.167 0.400 0.236 0.109 0.015 0.007 120 K 0.174 0.117 0.024 0.008 0.439 0.004 0.014 0.041 0.047 0.096 0.037 121 V 0.284 0.058 0.004 0.002 0.579 0.004 0.004 0.008 0.005 0.006 0.046 122 Y 0.296 0.034 0.007 0.004 0.486 0.004 0.006 0.006 0.003 0.021 0.133 123 G 0.136 0.124 0.078 0.078 0.180 0.034 0.045 0.034 0.020 0.156 0.114 124 G 0.056 0.083 0.169 0.284 0.080 0.079 0.021 0.012 0.013 0.157 0.045 125 G 0.033 0.091 0.073 0.140 0.078 0.169 0.145 0.109 0.068 0.067 0.028 126 G 0.024 0.038 0.128 0.191 0.024 0.066 0.027 0.039 0.059 0.327 0.077 127 R 0.049 0.168 0.249 0.128 0.104 0.054 0.035 0.062 0.059 0.069 0.023 128 E 0.020 0.126 0.071 0.070 0.054 0.128 0.237 0.161 0.075 0.043 0.016 129 N 0.087 0.031 0.013 0.016 0.054 0.014 0.015 0.015 0.040 0.474 0.242 130 A 0.100 0.329 0.053 0.007 0.443 0.005 0.006 0.013 0.010 0.021 0.014 131 L 0.280 0.082 0.007 0.001 0.585 0.002 0.004 0.005 0.003 0.006 0.025 132 L 0.141 0.156 0.010 0.004 0.657 0.007 0.005 0.004 0.002 0.002 0.012 133 E 0.260 0.063 0.005 0.001 0.575 0.001 0.002 0.004 0.002 0.014 0.073 134 F 0.122 0.317 0.127 0.009 0.304 0.007 0.011 0.009 0.004 0.029 0.061 135 S 0.123 0.369 0.099 0.001 0.385 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 136 P 0.010 0.043 0.009 0.001 0.022 0.001 0.002 0.339 0.535 0.031 0.007 137 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.725 0.234 0.009 0.001 138 E 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.780 0.136 0.057 0.002 139 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.768 0.170 0.041 0.002 140 V 0.004 0.014 0.003 0.001 0.013 0.004 0.010 0.733 0.199 0.016 0.003 141 E 0.012 0.009 0.005 0.002 0.011 0.005 0.085 0.658 0.154 0.049 0.010 142 A 0.022 0.035 0.022 0.010 0.038 0.020 0.195 0.386 0.113 0.145 0.015 143 T 0.054 0.297 0.143 0.043 0.109 0.029 0.065 0.094 0.045 0.087 0.034 144 G 0.033 0.068 0.158 0.235 0.038 0.051 0.022 0.054 0.062 0.223 0.057 145 A 0.131 0.218 0.066 0.015 0.252 0.013 0.021 0.093 0.060 0.081 0.051 146 V 0.111 0.225 0.042 0.007 0.429 0.009 0.027 0.069 0.029 0.027 0.024 147 V 0.353 0.071 0.013 0.004 0.367 0.009 0.027 0.047 0.028 0.028 0.053 148 A 0.043 0.377 0.145 0.027 0.311 0.020 0.016 0.035 0.011 0.008 0.008 149 D 0.350 0.109 0.014 0.001 0.445 0.001 0.003 0.014 0.003 0.006 0.056 150 V 0.150 0.061 0.009 0.007 0.131 0.013 0.017 0.168 0.205 0.152 0.088 151 S 0.040 0.155 0.057 0.036 0.116 0.045 0.082 0.258 0.155 0.044 0.011 152 E 0.099 0.097 0.036 0.015 0.131 0.012 0.052 0.280 0.121 0.117 0.041