# TARGET T0266 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0266.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.654 0.185 0.079 0.055 0.021 0.005 0.001 2 L 0.168 0.286 0.301 0.172 0.059 0.012 0.001 3 E 0.566 0.295 0.087 0.035 0.012 0.004 0.001 4 K 0.125 0.264 0.298 0.206 0.086 0.019 0.001 5 V 0.015 0.019 0.061 0.234 0.457 0.203 0.010 6 E 0.067 0.259 0.387 0.235 0.046 0.005 0.001 7 E 0.318 0.550 0.113 0.017 0.002 0.001 0.001 8 W 0.023 0.064 0.201 0.419 0.256 0.037 0.001 9 I 0.020 0.038 0.120 0.374 0.382 0.064 0.001 10 K 0.429 0.444 0.110 0.015 0.001 0.001 0.001 11 A 0.661 0.267 0.057 0.013 0.002 0.001 0.001 12 R 0.243 0.283 0.265 0.153 0.047 0.008 0.001 13 G 0.519 0.331 0.108 0.033 0.007 0.001 0.001 14 L 0.151 0.132 0.223 0.298 0.166 0.029 0.001 15 T 0.369 0.376 0.161 0.065 0.021 0.007 0.001 16 W 0.127 0.174 0.223 0.257 0.166 0.049 0.004 17 R 0.191 0.261 0.235 0.179 0.094 0.035 0.005 18 L 0.048 0.106 0.188 0.273 0.251 0.119 0.015 19 L 0.060 0.117 0.185 0.263 0.234 0.127 0.013 20 I 0.110 0.260 0.267 0.208 0.111 0.038 0.005 21 M 0.056 0.092 0.162 0.299 0.281 0.102 0.008 22 Q 0.252 0.351 0.224 0.113 0.045 0.014 0.002 23 K 0.289 0.301 0.208 0.137 0.049 0.014 0.002 24 P 0.421 0.292 0.157 0.089 0.031 0.008 0.001 25 T 0.507 0.275 0.125 0.062 0.025 0.006 0.001 26 R 0.332 0.335 0.201 0.088 0.033 0.010 0.001 27 T 0.065 0.222 0.255 0.235 0.155 0.060 0.007 28 V 0.019 0.036 0.088 0.283 0.372 0.173 0.029 29 A 0.102 0.369 0.323 0.151 0.043 0.011 0.001 30 E 0.079 0.282 0.349 0.217 0.061 0.011 0.001 31 A 0.019 0.022 0.045 0.180 0.376 0.328 0.030 32 A 0.033 0.077 0.191 0.335 0.280 0.079 0.005 33 A 0.221 0.454 0.214 0.083 0.021 0.006 0.001 34 L 0.130 0.223 0.259 0.229 0.114 0.042 0.004 35 L 0.043 0.076 0.169 0.276 0.274 0.143 0.019 36 G 0.431 0.343 0.133 0.060 0.023 0.009 0.001 37 V 0.204 0.222 0.233 0.210 0.108 0.022 0.002 38 S 0.504 0.286 0.123 0.054 0.025 0.007 0.001 39 E 0.302 0.341 0.214 0.108 0.030 0.005 0.001 40 S 0.239 0.257 0.229 0.174 0.082 0.017 0.001 41 E 0.053 0.221 0.280 0.274 0.144 0.026 0.002 42 I 0.001 0.005 0.036 0.192 0.409 0.322 0.034 43 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.058 0.452 0.475 44 K 0.001 0.001 0.005 0.034 0.145 0.410 0.404 45 T 0.001 0.001 0.007 0.037 0.111 0.394 0.450 46 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.470 0.461 47 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.105 0.600 0.279 48 V 0.001 0.002 0.009 0.064 0.317 0.519 0.088 49 L 0.002 0.045 0.187 0.371 0.300 0.092 0.002 50 D 0.024 0.193 0.384 0.319 0.076 0.005 0.001 51 N 0.447 0.383 0.135 0.031 0.004 0.001 0.001 52 A 0.725 0.217 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 53 G 0.341 0.433 0.181 0.041 0.004 0.001 0.001 54 G 0.011 0.110 0.287 0.389 0.178 0.025 0.001 55 V 0.001 0.001 0.015 0.110 0.424 0.423 0.027 56 Y 0.001 0.001 0.002 0.013 0.121 0.643 0.221 57 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.290 0.687 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.159 0.829 59 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.238 0.722 60 I 0.001 0.001 0.005 0.034 0.161 0.458 0.340 61 P 0.005 0.036 0.104 0.229 0.294 0.255 0.077 62 G 0.029 0.111 0.192 0.271 0.242 0.135 0.020 63 D 0.165 0.275 0.250 0.174 0.091 0.038 0.007 64 K 0.118 0.199 0.233 0.222 0.153 0.067 0.008 65 R 0.178 0.316 0.269 0.146 0.064 0.024 0.003 66 L 0.034 0.061 0.113 0.247 0.344 0.179 0.021 67 N 0.061 0.186 0.223 0.233 0.171 0.107 0.019 68 I 0.046 0.115 0.181 0.295 0.248 0.106 0.009 69 N 0.217 0.425 0.249 0.087 0.018 0.003 0.001 70 S 0.037 0.155 0.311 0.338 0.134 0.024 0.001 71 M 0.017 0.021 0.049 0.208 0.447 0.247 0.012 72 K 0.105 0.319 0.339 0.186 0.046 0.004 0.001 73 E 0.421 0.435 0.112 0.026 0.005 0.001 0.001 74 L 0.097 0.212 0.310 0.270 0.093 0.018 0.001 75 A 0.170 0.187 0.244 0.241 0.129 0.027 0.001 76 G 0.631 0.229 0.087 0.038 0.013 0.003 0.001 77 K 0.499 0.296 0.136 0.052 0.014 0.003 0.001 78 P 0.337 0.298 0.183 0.113 0.051 0.017 0.001 79 V 0.155 0.155 0.195 0.242 0.180 0.066 0.007 80 R 0.197 0.318 0.237 0.148 0.067 0.028 0.004 81 L 0.130 0.155 0.187 0.256 0.188 0.075 0.009 82 A 0.080 0.113 0.181 0.297 0.234 0.087 0.008 83 R 0.445 0.339 0.144 0.053 0.015 0.004 0.001 84 A 0.376 0.356 0.180 0.068 0.016 0.003 0.001 85 N 0.555 0.303 0.097 0.032 0.010 0.003 0.001 86 E 0.103 0.292 0.319 0.202 0.068 0.015 0.001 87 V 0.032 0.046 0.099 0.285 0.370 0.159 0.009 88 V 0.120 0.294 0.305 0.201 0.066 0.012 0.001 89 E 0.238 0.412 0.209 0.094 0.032 0.013 0.002 90 L 0.065 0.111 0.163 0.249 0.244 0.145 0.024 91 T 0.060 0.084 0.137 0.223 0.269 0.183 0.045 92 G 0.133 0.237 0.220 0.184 0.119 0.081 0.027 93 Y 0.030 0.062 0.099 0.208 0.304 0.236 0.061 94 P 0.067 0.220 0.237 0.216 0.138 0.085 0.037 95 V 0.018 0.041 0.072 0.162 0.280 0.299 0.128 96 G 0.009 0.016 0.034 0.089 0.202 0.353 0.297 97 G 0.004 0.005 0.011 0.028 0.083 0.323 0.546 98 V 0.002 0.002 0.003 0.009 0.038 0.229 0.717 99 P 0.002 0.005 0.009 0.027 0.078 0.268 0.611 100 P 0.003 0.008 0.012 0.028 0.092 0.298 0.559 101 V 0.001 0.004 0.010 0.035 0.133 0.384 0.432 102 A 0.001 0.006 0.016 0.048 0.164 0.454 0.310 103 L 0.001 0.008 0.030 0.127 0.342 0.422 0.068 104 P 0.017 0.108 0.263 0.357 0.207 0.044 0.003 105 P 0.067 0.272 0.319 0.228 0.094 0.019 0.002 106 N 0.222 0.486 0.207 0.066 0.014 0.004 0.001 107 I 0.001 0.002 0.015 0.115 0.411 0.422 0.034 108 V 0.001 0.012 0.071 0.230 0.395 0.259 0.031 109 L 0.001 0.001 0.007 0.030 0.134 0.589 0.239 110 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.370 0.586 111 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.330 0.613 112 D 0.001 0.001 0.005 0.029 0.131 0.413 0.422 113 R 0.002 0.032 0.086 0.186 0.251 0.335 0.109 114 I 0.001 0.025 0.105 0.252 0.307 0.264 0.047 115 L 0.001 0.004 0.015 0.073 0.288 0.520 0.099 116 L 0.035 0.141 0.224 0.284 0.231 0.079 0.007 117 S 0.094 0.323 0.284 0.187 0.084 0.025 0.003 118 R 0.023 0.091 0.205 0.345 0.244 0.086 0.007 119 K 0.092 0.428 0.292 0.133 0.043 0.012 0.001 120 K 0.009 0.036 0.146 0.372 0.330 0.097 0.011 121 V 0.003 0.006 0.013 0.040 0.159 0.573 0.207 122 Y 0.002 0.005 0.014 0.067 0.222 0.453 0.238 123 G 0.004 0.007 0.011 0.021 0.061 0.305 0.592 124 G 0.006 0.014 0.016 0.039 0.112 0.329 0.484 125 G 0.003 0.008 0.021 0.071 0.174 0.365 0.357 126 G 0.025 0.076 0.118 0.201 0.256 0.233 0.093 127 R 0.084 0.192 0.225 0.236 0.160 0.082 0.022 128 E 0.102 0.219 0.247 0.221 0.135 0.061 0.014 129 N 0.115 0.191 0.204 0.195 0.161 0.102 0.031 130 A 0.024 0.066 0.150 0.241 0.260 0.208 0.052 131 L 0.024 0.063 0.110 0.181 0.236 0.284 0.102 132 L 0.007 0.014 0.030 0.089 0.212 0.436 0.211 133 E 0.023 0.072 0.113 0.168 0.209 0.280 0.136 134 F 0.006 0.012 0.031 0.093 0.213 0.416 0.229 135 S 0.022 0.059 0.095 0.154 0.228 0.313 0.128 136 P 0.016 0.032 0.073 0.162 0.268 0.333 0.117 137 R 0.126 0.237 0.235 0.205 0.122 0.059 0.016 138 E 0.078 0.163 0.220 0.236 0.182 0.102 0.020 139 L 0.036 0.048 0.072 0.158 0.269 0.320 0.097 140 V 0.058 0.125 0.194 0.260 0.220 0.123 0.020 141 E 0.159 0.259 0.243 0.180 0.098 0.048 0.012 142 A 0.082 0.081 0.096 0.167 0.232 0.253 0.089 143 T 0.128 0.134 0.160 0.204 0.192 0.143 0.038 144 G 0.190 0.219 0.204 0.176 0.113 0.074 0.025 145 A 0.169 0.138 0.141 0.184 0.185 0.135 0.049 146 V 0.137 0.168 0.185 0.190 0.166 0.122 0.032 147 V 0.156 0.116 0.119 0.166 0.190 0.195 0.057 148 A 0.173 0.145 0.156 0.200 0.182 0.120 0.024 149 D 0.208 0.265 0.208 0.159 0.095 0.055 0.010 150 V 0.202 0.146 0.153 0.199 0.175 0.105 0.019 151 S 0.347 0.242 0.180 0.132 0.069 0.025 0.004 152 E 0.616 0.225 0.092 0.043 0.016 0.006 0.002