# TARGET T0265 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 269 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.165 0.150 0.139 0.081 0.067 0.072 0.046 0.041 0.027 0.019 2 M 0.077 0.019 0.038 0.038 0.038 0.075 0.162 0.148 0.169 0.145 0.091 3 K 0.016 0.032 0.104 0.131 0.147 0.167 0.221 0.096 0.055 0.023 0.007 4 E 0.030 0.052 0.562 0.175 0.075 0.041 0.028 0.015 0.011 0.007 0.003 5 K 0.041 0.049 0.140 0.165 0.168 0.161 0.142 0.058 0.044 0.023 0.010 6 L 0.027 0.025 0.091 0.051 0.041 0.074 0.172 0.159 0.173 0.128 0.060 7 E 0.046 0.070 0.242 0.190 0.155 0.118 0.107 0.040 0.022 0.009 0.003 8 S 0.105 0.124 0.405 0.140 0.082 0.050 0.044 0.022 0.015 0.008 0.004 9 K 0.060 0.080 0.116 0.138 0.123 0.135 0.167 0.077 0.058 0.032 0.014 10 K 0.155 0.124 0.145 0.159 0.119 0.102 0.091 0.044 0.035 0.018 0.008 11 D 0.133 0.122 0.196 0.187 0.120 0.095 0.074 0.035 0.022 0.010 0.005 12 E 0.152 0.147 0.227 0.191 0.119 0.074 0.050 0.020 0.012 0.005 0.002 13 I 0.052 0.038 0.059 0.088 0.085 0.100 0.179 0.138 0.125 0.085 0.051 14 R 0.033 0.064 0.120 0.201 0.189 0.157 0.119 0.056 0.036 0.018 0.008 15 C 0.020 0.048 0.104 0.147 0.152 0.140 0.154 0.099 0.077 0.039 0.021 16 C 0.049 0.056 0.068 0.137 0.149 0.140 0.170 0.102 0.066 0.038 0.025 17 Y 0.026 0.030 0.031 0.070 0.094 0.125 0.212 0.153 0.131 0.086 0.042 18 K 0.289 0.203 0.077 0.206 0.123 0.056 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 19 I 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.010 0.044 0.087 0.203 0.271 0.368 20 T 0.111 0.412 0.103 0.207 0.096 0.041 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 21 D 0.435 0.171 0.053 0.158 0.095 0.049 0.025 0.007 0.004 0.001 0.001 22 T 0.058 0.069 0.033 0.080 0.086 0.120 0.182 0.123 0.115 0.073 0.060 23 D 0.001 0.007 0.011 0.042 0.073 0.145 0.274 0.180 0.149 0.075 0.043 24 V 0.005 0.008 0.013 0.040 0.068 0.119 0.256 0.187 0.147 0.102 0.058 25 A 0.009 0.036 0.154 0.290 0.212 0.151 0.087 0.035 0.016 0.007 0.003 26 V 0.001 0.001 0.005 0.009 0.008 0.012 0.074 0.150 0.274 0.290 0.177 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.041 0.081 0.176 0.295 0.396 28 L 0.001 0.001 0.086 0.112 0.160 0.211 0.235 0.097 0.063 0.026 0.008 29 K 0.001 0.001 0.015 0.055 0.131 0.261 0.340 0.128 0.049 0.016 0.004 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.104 0.260 0.351 0.241 31 V 0.001 0.001 0.003 0.021 0.055 0.099 0.278 0.247 0.176 0.087 0.033 32 E 0.012 0.066 0.334 0.245 0.165 0.097 0.051 0.017 0.008 0.003 0.001 33 I 0.004 0.010 0.010 0.034 0.066 0.155 0.354 0.186 0.105 0.056 0.021 34 E 0.506 0.245 0.044 0.082 0.046 0.025 0.027 0.013 0.008 0.003 0.001 35 K 0.505 0.193 0.059 0.111 0.060 0.035 0.023 0.009 0.003 0.002 0.001 36 P 0.644 0.145 0.031 0.087 0.046 0.023 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 37 I 0.007 0.016 0.006 0.029 0.054 0.104 0.234 0.226 0.173 0.103 0.048 38 T 0.033 0.455 0.075 0.173 0.099 0.069 0.045 0.021 0.014 0.010 0.006 39 S 0.014 0.012 0.013 0.047 0.107 0.211 0.258 0.152 0.106 0.053 0.027 40 E 0.663 0.144 0.069 0.073 0.031 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.008 0.043 0.071 0.451 0.252 0.110 0.050 0.010 0.003 0.001 0.001 42 L 0.003 0.004 0.020 0.011 0.011 0.016 0.060 0.115 0.217 0.291 0.252 43 A 0.001 0.002 0.042 0.051 0.119 0.230 0.347 0.125 0.058 0.019 0.006 44 D 0.005 0.020 0.758 0.167 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.001 0.008 0.030 0.050 0.127 0.266 0.355 0.099 0.039 0.017 0.007 46 F 0.007 0.007 0.024 0.015 0.014 0.022 0.105 0.168 0.246 0.223 0.170 47 K 0.410 0.225 0.202 0.103 0.040 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.024 0.045 0.160 0.097 0.103 0.104 0.167 0.115 0.098 0.061 0.026 49 S 0.109 0.388 0.152 0.128 0.076 0.053 0.052 0.021 0.011 0.006 0.004 50 K 0.126 0.127 0.134 0.190 0.155 0.130 0.093 0.023 0.013 0.005 0.003 51 T 0.455 0.155 0.135 0.083 0.050 0.042 0.045 0.017 0.010 0.005 0.002 52 T 0.020 0.067 0.074 0.237 0.202 0.176 0.141 0.050 0.022 0.008 0.004 53 V 0.003 0.003 0.014 0.008 0.010 0.020 0.114 0.167 0.234 0.249 0.178 54 E 0.006 0.012 0.122 0.233 0.239 0.222 0.119 0.029 0.012 0.004 0.001 55 N 0.013 0.042 0.550 0.258 0.090 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 56 S 0.001 0.001 0.011 0.015 0.027 0.090 0.324 0.222 0.156 0.105 0.048 57 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.007 0.018 0.163 0.179 0.234 0.225 0.159 58 K 0.001 0.008 0.623 0.193 0.100 0.045 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 59 K 0.001 0.021 0.209 0.309 0.258 0.142 0.052 0.008 0.002 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.018 0.002 0.002 0.004 0.044 0.100 0.295 0.285 0.247 61 I 0.001 0.001 0.013 0.039 0.106 0.210 0.422 0.131 0.050 0.021 0.007 62 E 0.005 0.021 0.897 0.056 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.001 0.003 0.016 0.098 0.166 0.296 0.278 0.099 0.028 0.013 0.002 64 G 0.504 0.238 0.052 0.065 0.040 0.031 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 65 L 0.002 0.018 0.039 0.105 0.126 0.155 0.217 0.124 0.106 0.068 0.041 66 V 0.001 0.004 0.009 0.012 0.023 0.044 0.165 0.183 0.234 0.212 0.114 67 V 0.011 0.085 0.075 0.343 0.253 0.111 0.073 0.028 0.013 0.005 0.002 68 R 0.010 0.019 0.016 0.044 0.069 0.085 0.204 0.181 0.185 0.129 0.057 69 T 0.040 0.093 0.049 0.273 0.234 0.144 0.095 0.039 0.021 0.008 0.004 70 K 0.049 0.072 0.030 0.154 0.166 0.171 0.180 0.088 0.054 0.026 0.009 71 T 0.103 0.155 0.081 0.180 0.134 0.097 0.105 0.065 0.040 0.027 0.012 72 E 0.382 0.275 0.087 0.132 0.060 0.026 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 73 G 0.644 0.166 0.040 0.066 0.033 0.019 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 74 K 0.314 0.207 0.059 0.176 0.096 0.058 0.042 0.021 0.015 0.008 0.004 75 K 0.136 0.126 0.066 0.171 0.119 0.111 0.115 0.063 0.050 0.027 0.014 76 I 0.131 0.095 0.059 0.129 0.109 0.104 0.136 0.094 0.077 0.044 0.021 77 G 0.296 0.145 0.065 0.116 0.086 0.077 0.078 0.052 0.042 0.027 0.015 78 R 0.075 0.140 0.044 0.170 0.149 0.118 0.122 0.078 0.060 0.032 0.013 79 P 0.097 0.059 0.038 0.126 0.123 0.124 0.134 0.098 0.092 0.064 0.044 80 K 0.058 0.074 0.053 0.189 0.186 0.146 0.144 0.077 0.046 0.020 0.007 81 Y 0.015 0.036 0.031 0.125 0.161 0.178 0.209 0.130 0.074 0.030 0.010 82 Y 0.004 0.010 0.014 0.035 0.040 0.060 0.127 0.177 0.219 0.188 0.126 83 Y 0.007 0.020 0.030 0.088 0.126 0.144 0.227 0.157 0.115 0.058 0.027 84 S 0.232 0.147 0.154 0.174 0.101 0.064 0.064 0.033 0.019 0.009 0.004 85 I 0.010 0.022 0.014 0.046 0.079 0.124 0.226 0.168 0.150 0.109 0.051 86 S 0.040 0.110 0.051 0.091 0.082 0.097 0.160 0.126 0.116 0.080 0.047 87 S 0.200 0.121 0.152 0.257 0.149 0.064 0.038 0.010 0.006 0.002 0.001 88 N 0.494 0.158 0.204 0.087 0.032 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 89 I 0.003 0.010 0.014 0.033 0.042 0.117 0.269 0.202 0.159 0.102 0.050 90 L 0.004 0.007 0.026 0.040 0.083 0.168 0.334 0.169 0.100 0.048 0.020 91 E 0.085 0.061 0.787 0.054 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 K 0.013 0.036 0.276 0.251 0.210 0.135 0.063 0.011 0.003 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.013 0.070 0.115 0.224 0.292 0.266 94 R 0.003 0.010 0.106 0.160 0.239 0.255 0.178 0.034 0.011 0.003 0.001 95 N 0.037 0.035 0.863 0.051 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 D 0.005 0.017 0.054 0.078 0.139 0.269 0.319 0.074 0.027 0.012 0.005 97 L 0.001 0.003 0.028 0.007 0.008 0.024 0.171 0.192 0.249 0.196 0.120 98 L 0.011 0.023 0.359 0.241 0.193 0.110 0.050 0.010 0.003 0.001 0.001 99 N 0.044 0.051 0.808 0.075 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 C 0.001 0.002 0.022 0.014 0.023 0.090 0.325 0.201 0.175 0.104 0.045 101 A 0.001 0.002 0.042 0.014 0.026 0.069 0.322 0.213 0.173 0.094 0.044 102 K 0.006 0.019 0.811 0.119 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.004 0.023 0.292 0.194 0.216 0.172 0.078 0.015 0.005 0.002 0.001 104 M 0.001 0.001 0.022 0.004 0.003 0.006 0.051 0.105 0.254 0.298 0.255 105 E 0.003 0.006 0.080 0.101 0.172 0.235 0.281 0.079 0.029 0.011 0.004 106 L 0.005 0.022 0.780 0.120 0.047 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 107 A 0.018 0.029 0.067 0.068 0.120 0.217 0.311 0.094 0.045 0.021 0.009 108 A 0.032 0.020 0.044 0.019 0.015 0.021 0.084 0.114 0.208 0.236 0.206 109 T 0.137 0.195 0.116 0.151 0.139 0.091 0.078 0.040 0.026 0.017 0.009