# TARGET T0265 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 269 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.058 0.027 0.012 0.069 0.010 0.012 0.616 0.094 0.033 0.022 2 M 0.025 0.032 0.014 0.004 0.038 0.004 0.006 0.778 0.073 0.018 0.008 3 K 0.018 0.021 0.006 0.002 0.029 0.003 0.007 0.833 0.067 0.010 0.005 4 E 0.011 0.015 0.005 0.005 0.020 0.005 0.008 0.839 0.078 0.009 0.005 5 K 0.008 0.017 0.007 0.004 0.017 0.006 0.019 0.838 0.068 0.013 0.004 6 L 0.016 0.010 0.002 0.001 0.018 0.003 0.014 0.801 0.094 0.030 0.009 7 E 0.013 0.028 0.010 0.007 0.024 0.011 0.026 0.709 0.128 0.036 0.009 8 S 0.016 0.054 0.019 0.008 0.030 0.013 0.047 0.634 0.107 0.057 0.015 9 K 0.018 0.022 0.008 0.004 0.027 0.007 0.031 0.740 0.094 0.041 0.010 10 K 0.011 0.047 0.017 0.006 0.017 0.016 0.028 0.652 0.150 0.048 0.008 11 D 0.019 0.020 0.009 0.005 0.031 0.004 0.012 0.685 0.142 0.058 0.014 12 E 0.009 0.017 0.005 0.002 0.015 0.003 0.014 0.799 0.114 0.019 0.004 13 I 0.005 0.007 0.003 0.001 0.014 0.003 0.011 0.803 0.132 0.018 0.002 14 R 0.008 0.009 0.006 0.006 0.013 0.007 0.029 0.736 0.138 0.041 0.005 15 C 0.010 0.021 0.013 0.006 0.019 0.009 0.082 0.607 0.193 0.034 0.006 16 C 0.008 0.016 0.004 0.005 0.013 0.019 0.205 0.573 0.123 0.031 0.004 17 Y 0.007 0.604 0.168 0.009 0.122 0.016 0.018 0.019 0.021 0.013 0.003 18 K 0.146 0.005 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.002 0.013 0.437 0.369 19 I 0.061 0.457 0.184 0.005 0.205 0.001 0.002 0.003 0.009 0.047 0.025 20 T 0.009 0.597 0.309 0.013 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 21 D 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.006 0.014 0.580 0.375 0.009 0.002 22 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.837 0.134 0.016 0.001 23 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.880 0.097 0.019 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.022 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.044 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.037 0.002 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.851 0.123 0.008 0.001 31 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.054 0.750 0.168 0.017 0.001 32 E 0.003 0.014 0.003 0.004 0.008 0.014 0.146 0.485 0.155 0.163 0.006 33 I 0.036 0.190 0.069 0.016 0.119 0.025 0.126 0.166 0.095 0.118 0.041 34 E 0.092 0.147 0.050 0.035 0.104 0.029 0.041 0.053 0.098 0.276 0.077 35 K 0.030 0.219 0.192 0.061 0.110 0.052 0.054 0.097 0.103 0.061 0.020 36 P 0.100 0.112 0.041 0.006 0.085 0.006 0.014 0.035 0.079 0.374 0.147 37 I 0.042 0.513 0.115 0.005 0.231 0.005 0.009 0.016 0.014 0.033 0.017 38 T 0.012 0.671 0.265 0.001 0.039 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.751 0.237 0.007 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.001 0.001 41 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.043 0.008 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.055 0.003 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.894 0.092 0.004 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.846 0.109 0.005 0.001 45 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.088 0.681 0.184 0.035 0.001 46 F 0.008 0.747 0.049 0.001 0.145 0.002 0.004 0.011 0.017 0.013 0.002 47 K 0.157 0.004 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.004 0.019 0.456 0.330 48 L 0.035 0.436 0.260 0.007 0.173 0.002 0.003 0.008 0.014 0.037 0.024 49 S 0.024 0.582 0.206 0.017 0.135 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.015 50 K 0.013 0.022 0.011 0.003 0.043 0.006 0.010 0.417 0.454 0.015 0.004 51 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.808 0.156 0.010 0.001 52 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.847 0.094 0.038 0.001 53 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.886 0.096 0.013 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.937 0.053 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.030 0.001 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.039 0.007 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.066 0.007 0.001 58 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.043 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.959 0.030 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.935 0.047 0.007 0.001 61 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.819 0.150 0.006 0.004 62 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.855 0.103 0.016 0.001 63 L 0.001 0.619 0.349 0.007 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 64 G 0.051 0.021 0.016 0.010 0.016 0.002 0.003 0.018 0.009 0.536 0.317 65 L 0.068 0.315 0.043 0.009 0.259 0.026 0.036 0.144 0.039 0.045 0.018 66 V 0.280 0.084 0.009 0.004 0.512 0.005 0.005 0.032 0.009 0.013 0.046 67 V 0.223 0.136 0.035 0.027 0.403 0.046 0.026 0.044 0.014 0.015 0.031 68 R 0.193 0.176 0.044 0.008 0.449 0.005 0.005 0.027 0.013 0.028 0.053 69 T 0.118 0.293 0.108 0.005 0.405 0.003 0.006 0.019 0.007 0.011 0.026 70 K 0.222 0.165 0.054 0.012 0.320 0.019 0.026 0.044 0.021 0.052 0.066 71 T 0.072 0.384 0.178 0.040 0.222 0.016 0.014 0.031 0.015 0.012 0.016 72 E 0.044 0.079 0.068 0.057 0.054 0.040 0.049 0.310 0.203 0.071 0.027 73 G 0.026 0.102 0.087 0.062 0.051 0.066 0.120 0.220 0.132 0.109 0.024 74 K 0.086 0.202 0.100 0.056 0.157 0.028 0.028 0.077 0.055 0.135 0.077 75 K 0.074 0.112 0.067 0.056 0.113 0.053 0.056 0.135 0.100 0.171 0.064 76 I 0.076 0.164 0.103 0.067 0.146 0.035 0.064 0.076 0.062 0.149 0.059 77 G 0.180 0.184 0.107 0.048 0.221 0.012 0.012 0.019 0.020 0.091 0.105 78 R 0.037 0.538 0.122 0.007 0.267 0.005 0.007 0.007 0.004 0.004 0.004 79 P 0.355 0.082 0.013 0.002 0.497 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.038 80 K 0.244 0.131 0.019 0.015 0.465 0.038 0.022 0.012 0.005 0.010 0.039 81 Y 0.125 0.255 0.037 0.002 0.543 0.002 0.002 0.005 0.002 0.006 0.021 82 Y 0.419 0.070 0.012 0.003 0.327 0.003 0.004 0.020 0.012 0.028 0.102 83 Y 0.042 0.430 0.192 0.039 0.212 0.014 0.012 0.026 0.011 0.011 0.011 84 S 0.164 0.168 0.079 0.016 0.208 0.013 0.020 0.178 0.060 0.029 0.065 85 I 0.033 0.057 0.040 0.047 0.045 0.059 0.118 0.337 0.137 0.100 0.028 86 S 0.036 0.184 0.130 0.063 0.070 0.020 0.017 0.226 0.108 0.111 0.036 87 S 0.013 0.070 0.033 0.012 0.036 0.019 0.023 0.542 0.207 0.037 0.008 88 N 0.022 0.035 0.015 0.004 0.034 0.004 0.030 0.675 0.131 0.034 0.017 89 I 0.007 0.025 0.014 0.004 0.010 0.002 0.008 0.629 0.190 0.103 0.008 90 L 0.003 0.010 0.003 0.001 0.007 0.002 0.005 0.788 0.171 0.008 0.001 91 E 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.020 0.861 0.101 0.002 0.001 92 K 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.731 0.126 0.106 0.005 93 I 0.005 0.009 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.716 0.185 0.064 0.006 94 R 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.883 0.094 0.002 0.001 95 N 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.023 0.900 0.058 0.008 0.001 96 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.878 0.074 0.025 0.002 97 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.879 0.097 0.014 0.002 98 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.922 0.062 0.003 0.001 99 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.934 0.034 0.007 0.001 100 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.056 0.011 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.070 0.005 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.049 0.002 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.948 0.035 0.004 0.001 104 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.887 0.097 0.008 0.001 105 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.781 0.186 0.016 0.001 106 L 0.001 0.013 0.003 0.002 0.003 0.009 0.133 0.700 0.125 0.010 0.001 107 A 0.011 0.015 0.007 0.005 0.013 0.013 0.167 0.360 0.124 0.266 0.018 108 A 0.090 0.238 0.084 0.013 0.179 0.017 0.034 0.093 0.063 0.126 0.063 109 T 0.095 0.099 0.066 0.062 0.115 0.031 0.028 0.112 0.086 0.205 0.102