# TARGET T0265 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 269 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.667 0.212 0.084 0.029 0.007 0.001 0.001 2 M 0.511 0.216 0.122 0.097 0.044 0.009 0.001 3 K 0.430 0.226 0.141 0.115 0.066 0.020 0.002 4 E 0.619 0.213 0.098 0.048 0.016 0.005 0.001 5 K 0.504 0.251 0.125 0.076 0.033 0.010 0.001 6 L 0.372 0.187 0.142 0.133 0.113 0.048 0.004 7 E 0.466 0.214 0.155 0.107 0.046 0.011 0.001 8 S 0.478 0.313 0.126 0.057 0.020 0.006 0.001 9 K 0.330 0.273 0.189 0.139 0.056 0.011 0.001 10 K 0.433 0.234 0.158 0.121 0.045 0.009 0.001 11 D 0.718 0.204 0.054 0.019 0.004 0.001 0.001 12 E 0.652 0.228 0.080 0.032 0.007 0.001 0.001 13 I 0.325 0.231 0.188 0.166 0.075 0.015 0.001 14 R 0.287 0.204 0.188 0.188 0.105 0.027 0.001 15 C 0.343 0.323 0.185 0.102 0.037 0.009 0.001 16 C 0.236 0.246 0.217 0.190 0.086 0.022 0.001 17 Y 0.086 0.133 0.187 0.277 0.228 0.085 0.004 18 K 0.238 0.360 0.225 0.120 0.045 0.012 0.001 19 I 0.035 0.050 0.116 0.298 0.346 0.141 0.014 20 T 0.170 0.359 0.256 0.151 0.052 0.010 0.001 21 D 0.138 0.294 0.257 0.185 0.093 0.030 0.004 22 T 0.017 0.078 0.138 0.257 0.292 0.189 0.030 23 D 0.002 0.018 0.060 0.157 0.345 0.359 0.059 24 V 0.003 0.029 0.095 0.217 0.346 0.266 0.045 25 A 0.006 0.064 0.185 0.355 0.259 0.117 0.015 26 V 0.001 0.003 0.006 0.028 0.133 0.559 0.270 27 L 0.001 0.001 0.005 0.036 0.165 0.568 0.224 28 L 0.002 0.047 0.182 0.350 0.261 0.144 0.014 29 K 0.001 0.008 0.053 0.246 0.456 0.228 0.009 30 M 0.001 0.004 0.008 0.042 0.277 0.605 0.065 31 V 0.006 0.060 0.224 0.391 0.245 0.070 0.004 32 E 0.134 0.513 0.258 0.082 0.013 0.001 0.001 33 I 0.144 0.297 0.311 0.206 0.040 0.002 0.001 34 E 0.454 0.370 0.127 0.040 0.008 0.001 0.001 35 K 0.469 0.363 0.125 0.037 0.006 0.001 0.001 36 P 0.475 0.352 0.114 0.045 0.012 0.002 0.001 37 I 0.097 0.199 0.290 0.237 0.143 0.032 0.001 38 T 0.103 0.311 0.287 0.209 0.077 0.012 0.001 39 S 0.043 0.130 0.228 0.314 0.217 0.063 0.004 40 E 0.320 0.451 0.170 0.049 0.010 0.002 0.001 41 E 0.088 0.338 0.320 0.182 0.059 0.011 0.001 42 L 0.008 0.022 0.066 0.241 0.465 0.191 0.007 43 A 0.025 0.134 0.314 0.350 0.150 0.027 0.001 44 D 0.328 0.518 0.121 0.026 0.005 0.001 0.001 45 I 0.045 0.159 0.314 0.335 0.125 0.020 0.001 46 F 0.019 0.044 0.119 0.322 0.363 0.128 0.006 47 K 0.331 0.455 0.159 0.042 0.010 0.002 0.001 48 L 0.216 0.233 0.234 0.206 0.090 0.020 0.001 49 S 0.338 0.343 0.176 0.101 0.033 0.008 0.001 50 K 0.207 0.325 0.254 0.146 0.054 0.012 0.001 51 T 0.372 0.304 0.168 0.102 0.042 0.010 0.001 52 T 0.075 0.253 0.281 0.244 0.115 0.029 0.003 53 V 0.020 0.035 0.068 0.178 0.364 0.301 0.034 54 E 0.037 0.197 0.328 0.284 0.116 0.034 0.004 55 N 0.087 0.362 0.280 0.178 0.072 0.020 0.002 56 S 0.009 0.029 0.077 0.221 0.372 0.263 0.029 57 L 0.005 0.015 0.037 0.184 0.396 0.336 0.027 58 K 0.083 0.451 0.291 0.131 0.036 0.007 0.001 59 K 0.061 0.199 0.326 0.281 0.109 0.023 0.001 60 L 0.021 0.061 0.100 0.241 0.391 0.179 0.006 61 I 0.097 0.247 0.311 0.256 0.076 0.012 0.001 62 E 0.448 0.379 0.112 0.044 0.013 0.003 0.001 63 L 0.056 0.226 0.389 0.252 0.067 0.010 0.001 64 G 0.192 0.310 0.237 0.160 0.076 0.023 0.002 65 L 0.018 0.057 0.174 0.301 0.321 0.124 0.006 66 V 0.019 0.043 0.089 0.237 0.386 0.214 0.012 67 V 0.060 0.203 0.313 0.252 0.130 0.039 0.003 68 R 0.070 0.160 0.225 0.265 0.207 0.069 0.004 69 T 0.149 0.326 0.288 0.176 0.052 0.008 0.001 70 K 0.242 0.256 0.236 0.180 0.073 0.013 0.001 71 T 0.576 0.241 0.108 0.054 0.017 0.004 0.001 72 E 0.764 0.170 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001 73 G 0.734 0.168 0.060 0.029 0.008 0.002 0.001 74 K 0.712 0.181 0.063 0.031 0.010 0.002 0.001 75 K 0.635 0.208 0.086 0.051 0.016 0.003 0.001 76 I 0.583 0.241 0.105 0.052 0.016 0.003 0.001 77 G 0.396 0.280 0.161 0.109 0.042 0.010 0.001 78 R 0.218 0.253 0.224 0.187 0.093 0.024 0.002 79 P 0.151 0.223 0.228 0.230 0.128 0.039 0.003 80 K 0.092 0.112 0.151 0.243 0.264 0.129 0.009 81 Y 0.080 0.171 0.227 0.262 0.182 0.073 0.005 82 Y 0.036 0.050 0.097 0.214 0.319 0.260 0.025 83 Y 0.046 0.097 0.154 0.276 0.280 0.134 0.012 84 S 0.167 0.247 0.213 0.182 0.127 0.058 0.007 85 I 0.183 0.279 0.238 0.183 0.088 0.026 0.003 86 S 0.190 0.240 0.209 0.202 0.115 0.041 0.003 87 S 0.338 0.305 0.181 0.115 0.046 0.013 0.001 88 N 0.469 0.342 0.127 0.044 0.014 0.004 0.001 89 I 0.101 0.180 0.218 0.259 0.184 0.055 0.003 90 L 0.070 0.171 0.271 0.294 0.155 0.037 0.002 91 E 0.483 0.381 0.098 0.030 0.007 0.001 0.001 92 K 0.177 0.378 0.295 0.123 0.024 0.003 0.001 93 I 0.018 0.043 0.092 0.251 0.417 0.173 0.006 94 R 0.065 0.241 0.315 0.265 0.096 0.016 0.001 95 N 0.314 0.516 0.133 0.030 0.005 0.001 0.001 96 D 0.017 0.084 0.259 0.400 0.207 0.032 0.001 97 L 0.008 0.033 0.077 0.213 0.396 0.257 0.015 98 L 0.241 0.417 0.226 0.089 0.023 0.003 0.001 99 N 0.247 0.486 0.215 0.045 0.006 0.001 0.001 100 C 0.024 0.059 0.135 0.341 0.352 0.086 0.002 101 A 0.044 0.117 0.210 0.312 0.256 0.060 0.002 102 K 0.418 0.413 0.130 0.032 0.005 0.001 0.001 103 R 0.193 0.322 0.319 0.138 0.026 0.002 0.001 104 M 0.094 0.121 0.135 0.236 0.305 0.105 0.003 105 E 0.136 0.207 0.325 0.251 0.072 0.008 0.001 106 L 0.619 0.309 0.057 0.013 0.002 0.001 0.001 107 A 0.434 0.294 0.170 0.081 0.019 0.002 0.001 108 A 0.414 0.219 0.173 0.137 0.049 0.007 0.001 109 T 0.760 0.179 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001