# TARGET T0265 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7518 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.500 0.168 0.079 0.087 0.051 0.038 0.032 0.018 0.014 0.009 0.006 2 M 0.059 0.064 0.033 0.070 0.080 0.114 0.179 0.139 0.119 0.092 0.052 3 K 0.114 0.141 0.114 0.222 0.177 0.106 0.073 0.030 0.015 0.006 0.002 4 E 0.271 0.145 0.259 0.136 0.088 0.046 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 5 K 0.074 0.143 0.202 0.280 0.163 0.075 0.042 0.012 0.006 0.003 0.002 6 L 0.008 0.006 0.008 0.013 0.021 0.048 0.152 0.171 0.218 0.209 0.147 7 E 0.148 0.200 0.252 0.228 0.105 0.041 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 8 S 0.343 0.193 0.258 0.104 0.043 0.025 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 9 K 0.166 0.176 0.081 0.190 0.117 0.100 0.090 0.034 0.023 0.014 0.009 10 K 0.064 0.079 0.048 0.125 0.147 0.175 0.171 0.080 0.057 0.031 0.022 11 D 0.242 0.198 0.145 0.181 0.093 0.065 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 12 E 0.042 0.080 0.102 0.246 0.209 0.161 0.107 0.031 0.014 0.005 0.002 13 I 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.052 0.118 0.223 0.283 0.297 14 R 0.003 0.018 0.043 0.251 0.284 0.222 0.105 0.042 0.020 0.008 0.003 15 C 0.001 0.010 0.028 0.063 0.084 0.114 0.205 0.188 0.167 0.095 0.046 16 C 0.002 0.003 0.007 0.029 0.047 0.074 0.184 0.209 0.186 0.140 0.119 17 Y 0.003 0.004 0.006 0.022 0.041 0.072 0.228 0.209 0.212 0.139 0.065 18 K 0.059 0.160 0.078 0.332 0.207 0.089 0.051 0.014 0.007 0.003 0.001 19 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.040 0.088 0.211 0.275 0.371 20 T 0.203 0.398 0.079 0.213 0.075 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.453 0.259 0.041 0.133 0.070 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 22 T 0.032 0.057 0.017 0.080 0.097 0.134 0.189 0.142 0.121 0.078 0.053 23 D 0.004 0.058 0.031 0.151 0.217 0.247 0.176 0.058 0.036 0.014 0.009 24 V 0.001 0.003 0.002 0.009 0.020 0.046 0.196 0.207 0.235 0.176 0.105 25 A 0.028 0.060 0.064 0.361 0.239 0.149 0.064 0.021 0.009 0.004 0.002 26 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.011 0.076 0.160 0.280 0.275 0.181 27 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.042 0.095 0.188 0.297 0.363 28 L 0.001 0.001 0.027 0.059 0.102 0.194 0.298 0.138 0.105 0.055 0.022 29 K 0.001 0.001 0.024 0.073 0.138 0.238 0.308 0.135 0.057 0.020 0.005 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.073 0.159 0.283 0.308 0.165 31 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.029 0.127 0.208 0.265 0.219 0.126 32 E 0.008 0.061 0.159 0.260 0.236 0.147 0.085 0.027 0.012 0.003 0.001 33 I 0.010 0.019 0.022 0.062 0.095 0.173 0.309 0.164 0.091 0.041 0.013 34 E 0.534 0.265 0.054 0.085 0.036 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 35 K 0.394 0.196 0.047 0.132 0.086 0.062 0.053 0.019 0.007 0.003 0.001 36 P 0.685 0.125 0.025 0.070 0.043 0.023 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 37 I 0.009 0.018 0.006 0.028 0.051 0.104 0.236 0.221 0.170 0.107 0.050 38 T 0.038 0.599 0.073 0.144 0.064 0.035 0.022 0.010 0.007 0.005 0.003 39 S 0.027 0.021 0.016 0.073 0.165 0.278 0.227 0.102 0.057 0.024 0.010 40 E 0.778 0.124 0.044 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.008 0.042 0.081 0.466 0.245 0.103 0.044 0.008 0.002 0.001 0.001 42 L 0.003 0.004 0.014 0.009 0.010 0.017 0.068 0.133 0.227 0.289 0.227 43 A 0.001 0.002 0.052 0.070 0.154 0.277 0.299 0.093 0.037 0.011 0.003 44 D 0.005 0.022 0.774 0.156 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.002 0.008 0.029 0.051 0.122 0.261 0.360 0.102 0.040 0.018 0.007 46 F 0.005 0.005 0.022 0.013 0.013 0.022 0.112 0.174 0.240 0.223 0.171 47 K 0.359 0.231 0.261 0.101 0.034 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.032 0.056 0.203 0.114 0.111 0.108 0.157 0.092 0.070 0.040 0.016 49 S 0.134 0.429 0.157 0.112 0.060 0.040 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 50 K 0.093 0.103 0.152 0.210 0.173 0.141 0.091 0.020 0.010 0.004 0.002 51 T 0.520 0.151 0.156 0.067 0.036 0.028 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 52 T 0.013 0.059 0.085 0.288 0.219 0.166 0.110 0.038 0.015 0.005 0.002 53 V 0.007 0.006 0.027 0.011 0.013 0.027 0.142 0.185 0.227 0.217 0.138 54 E 0.009 0.017 0.245 0.297 0.212 0.139 0.062 0.013 0.005 0.001 0.001 55 N 0.011 0.038 0.621 0.211 0.076 0.026 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 56 S 0.001 0.003 0.033 0.028 0.039 0.107 0.323 0.196 0.136 0.091 0.043 57 L 0.001 0.001 0.034 0.006 0.012 0.035 0.270 0.210 0.202 0.150 0.081 58 K 0.002 0.009 0.741 0.155 0.059 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 59 K 0.002 0.023 0.268 0.268 0.243 0.134 0.052 0.008 0.002 0.001 0.001 60 L 0.003 0.003 0.078 0.007 0.005 0.008 0.064 0.108 0.273 0.244 0.205 61 I 0.001 0.001 0.038 0.053 0.128 0.208 0.398 0.109 0.043 0.016 0.005 62 E 0.005 0.019 0.875 0.070 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.001 0.007 0.036 0.124 0.180 0.276 0.239 0.086 0.031 0.017 0.003 64 G 0.217 0.177 0.088 0.074 0.063 0.067 0.125 0.082 0.061 0.033 0.013 65 L 0.007 0.031 0.091 0.147 0.147 0.145 0.177 0.097 0.078 0.052 0.029 66 V 0.003 0.012 0.040 0.031 0.047 0.071 0.201 0.171 0.193 0.161 0.071 67 V 0.017 0.096 0.101 0.365 0.243 0.088 0.052 0.022 0.010 0.003 0.001 68 R 0.014 0.019 0.017 0.038 0.064 0.086 0.202 0.184 0.186 0.130 0.058 69 T 0.048 0.153 0.117 0.312 0.191 0.092 0.052 0.019 0.010 0.004 0.002 70 K 0.025 0.042 0.035 0.135 0.162 0.174 0.204 0.106 0.070 0.035 0.011 71 T 0.088 0.125 0.087 0.179 0.136 0.099 0.120 0.076 0.048 0.029 0.014 72 E 0.348 0.283 0.117 0.140 0.059 0.023 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 73 G 0.496 0.154 0.044 0.074 0.045 0.039 0.051 0.035 0.028 0.021 0.013 74 K 0.337 0.247 0.058 0.176 0.085 0.043 0.026 0.013 0.009 0.005 0.002 75 K 0.307 0.168 0.073 0.152 0.091 0.074 0.062 0.030 0.023 0.013 0.008 76 I 0.203 0.176 0.056 0.170 0.117 0.086 0.090 0.048 0.032 0.015 0.006 77 G 0.394 0.118 0.036 0.091 0.072 0.074 0.075 0.051 0.042 0.028 0.020 78 R 0.040 0.156 0.055 0.254 0.192 0.120 0.094 0.043 0.028 0.013 0.005 79 P 0.024 0.015 0.010 0.049 0.056 0.074 0.151 0.159 0.191 0.155 0.115 80 K 0.017 0.047 0.042 0.280 0.259 0.170 0.106 0.046 0.021 0.008 0.003 81 Y 0.001 0.004 0.005 0.034 0.068 0.121 0.244 0.255 0.171 0.074 0.022 82 Y 0.001 0.006 0.013 0.090 0.150 0.195 0.211 0.171 0.097 0.046 0.021 83 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.033 0.144 0.213 0.265 0.210 0.107 84 S 0.055 0.099 0.067 0.311 0.242 0.099 0.083 0.029 0.011 0.003 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.034 0.094 0.239 0.344 0.278 86 S 0.028 0.325 0.093 0.271 0.160 0.069 0.036 0.010 0.005 0.001 0.001 87 S 0.497 0.182 0.051 0.136 0.064 0.032 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 88 N 0.782 0.119 0.035 0.042 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.003 0.013 0.008 0.032 0.041 0.127 0.272 0.213 0.165 0.088 0.037 90 L 0.002 0.008 0.023 0.066 0.142 0.232 0.300 0.128 0.061 0.026 0.012 91 E 0.111 0.068 0.752 0.053 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 K 0.003 0.017 0.103 0.280 0.294 0.194 0.087 0.016 0.004 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.004 0.038 0.091 0.234 0.320 0.303 94 R 0.001 0.003 0.077 0.213 0.323 0.246 0.111 0.018 0.005 0.001 0.001 95 N 0.022 0.029 0.904 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 D 0.001 0.003 0.017 0.028 0.061 0.222 0.457 0.129 0.052 0.023 0.007 97 L 0.001 0.001 0.013 0.004 0.006 0.018 0.172 0.204 0.248 0.213 0.121 98 L 0.008 0.020 0.599 0.207 0.101 0.042 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 99 N 0.023 0.051 0.732 0.123 0.051 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 100 C 0.001 0.003 0.016 0.009 0.014 0.047 0.225 0.205 0.236 0.160 0.085 101 A 0.002 0.004 0.048 0.052 0.112 0.200 0.369 0.119 0.063 0.022 0.007 102 K 0.034 0.038 0.881 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.009 0.033 0.188 0.196 0.228 0.204 0.109 0.022 0.007 0.002 0.001 104 M 0.008 0.005 0.012 0.005 0.007 0.017 0.095 0.148 0.262 0.256 0.184 105 E 0.088 0.137 0.265 0.231 0.148 0.074 0.043 0.009 0.003 0.001 0.001 106 L 0.066 0.128 0.491 0.143 0.081 0.047 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 107 A 0.287 0.200 0.116 0.143 0.090 0.066 0.051 0.023 0.013 0.008 0.004 108 A 0.263 0.073 0.064 0.063 0.069 0.097 0.148 0.084 0.069 0.045 0.025 109 T 0.355 0.309 0.093 0.106 0.059 0.028 0.023 0.012 0.008 0.005 0.003