# TARGET T0265 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7518 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.140 0.052 0.014 0.159 0.016 0.033 0.297 0.062 0.079 0.039 2 M 0.101 0.181 0.046 0.009 0.212 0.006 0.013 0.283 0.070 0.053 0.027 3 K 0.094 0.092 0.022 0.007 0.159 0.013 0.039 0.370 0.113 0.058 0.032 4 E 0.064 0.179 0.042 0.005 0.198 0.006 0.026 0.359 0.078 0.025 0.018 5 K 0.101 0.111 0.035 0.005 0.180 0.010 0.039 0.358 0.064 0.062 0.034 6 L 0.062 0.251 0.076 0.013 0.123 0.006 0.015 0.232 0.089 0.103 0.031 7 E 0.013 0.104 0.081 0.023 0.039 0.029 0.045 0.415 0.192 0.048 0.011 8 S 0.010 0.086 0.047 0.007 0.024 0.009 0.069 0.475 0.196 0.066 0.011 9 K 0.021 0.052 0.020 0.005 0.031 0.007 0.036 0.301 0.214 0.279 0.033 10 K 0.032 0.263 0.075 0.009 0.092 0.010 0.018 0.334 0.101 0.048 0.019 11 D 0.022 0.049 0.019 0.006 0.055 0.007 0.024 0.630 0.122 0.048 0.018 12 E 0.019 0.043 0.013 0.002 0.032 0.002 0.008 0.729 0.091 0.054 0.006 13 I 0.032 0.013 0.002 0.001 0.042 0.001 0.004 0.751 0.111 0.032 0.009 14 R 0.024 0.019 0.005 0.005 0.053 0.013 0.041 0.732 0.091 0.012 0.006 15 C 0.031 0.022 0.011 0.008 0.055 0.011 0.090 0.655 0.079 0.027 0.012 16 C 0.043 0.023 0.013 0.007 0.054 0.019 0.136 0.469 0.145 0.074 0.017 17 Y 0.034 0.494 0.042 0.007 0.197 0.013 0.021 0.091 0.041 0.043 0.016 18 K 0.170 0.035 0.011 0.001 0.056 0.002 0.004 0.013 0.021 0.424 0.262 19 I 0.171 0.309 0.046 0.017 0.322 0.009 0.007 0.017 0.013 0.033 0.056 20 T 0.003 0.387 0.350 0.075 0.023 0.019 0.018 0.073 0.032 0.019 0.001 21 D 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.003 0.009 0.604 0.348 0.019 0.003 22 T 0.001 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.003 0.877 0.086 0.008 0.002 23 D 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.871 0.072 0.037 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.081 0.008 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.002 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.033 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.944 0.040 0.002 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.849 0.104 0.023 0.001 31 V 0.003 0.021 0.003 0.001 0.005 0.005 0.048 0.676 0.212 0.022 0.003 32 E 0.016 0.021 0.006 0.003 0.017 0.009 0.096 0.545 0.163 0.109 0.016 33 I 0.018 0.328 0.125 0.015 0.146 0.019 0.104 0.150 0.050 0.035 0.009 34 E 0.111 0.042 0.035 0.027 0.062 0.017 0.045 0.065 0.068 0.334 0.194 35 K 0.027 0.343 0.245 0.048 0.128 0.018 0.048 0.064 0.030 0.030 0.019 36 P 0.112 0.206 0.113 0.009 0.168 0.011 0.008 0.061 0.037 0.159 0.115 37 I 0.028 0.560 0.142 0.007 0.223 0.005 0.007 0.007 0.002 0.009 0.011 38 T 0.012 0.739 0.189 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.154 0.002 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.002 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.003 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.077 0.004 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.837 0.114 0.019 0.001 45 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.734 0.169 0.038 0.001 46 F 0.031 0.564 0.056 0.003 0.204 0.001 0.004 0.068 0.033 0.026 0.009 47 K 0.186 0.023 0.009 0.003 0.069 0.006 0.014 0.053 0.052 0.338 0.248 48 L 0.084 0.352 0.125 0.007 0.232 0.003 0.010 0.057 0.030 0.048 0.050 49 S 0.033 0.203 0.076 0.015 0.127 0.027 0.109 0.288 0.070 0.033 0.020 50 K 0.026 0.031 0.010 0.002 0.038 0.002 0.006 0.406 0.353 0.107 0.019 51 T 0.010 0.053 0.027 0.004 0.044 0.010 0.020 0.664 0.126 0.031 0.012 52 T 0.006 0.048 0.021 0.002 0.012 0.001 0.003 0.782 0.064 0.058 0.004 53 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.079 0.011 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.018 0.001 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.030 0.008 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.015 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.030 0.003 0.001 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.855 0.139 0.003 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.889 0.053 0.006 0.001 63 L 0.001 0.647 0.292 0.006 0.026 0.001 0.005 0.014 0.003 0.004 0.001 64 G 0.082 0.008 0.010 0.016 0.012 0.006 0.005 0.037 0.020 0.418 0.386 65 L 0.160 0.284 0.030 0.006 0.353 0.008 0.023 0.064 0.024 0.026 0.023 66 V 0.257 0.107 0.018 0.003 0.517 0.004 0.005 0.016 0.007 0.010 0.057 67 V 0.112 0.319 0.053 0.004 0.485 0.004 0.009 0.007 0.002 0.002 0.004 68 R 0.383 0.071 0.013 0.002 0.461 0.003 0.007 0.009 0.004 0.006 0.042 69 T 0.161 0.216 0.046 0.015 0.424 0.025 0.027 0.034 0.010 0.012 0.029 70 K 0.274 0.121 0.028 0.010 0.343 0.008 0.011 0.034 0.015 0.056 0.100 71 T 0.069 0.305 0.148 0.060 0.225 0.032 0.035 0.063 0.021 0.023 0.019 72 E 0.081 0.191 0.113 0.085 0.131 0.053 0.064 0.120 0.051 0.065 0.046 73 G 0.056 0.149 0.118 0.108 0.109 0.058 0.034 0.108 0.082 0.129 0.049 74 K 0.067 0.225 0.105 0.037 0.150 0.033 0.050 0.125 0.096 0.084 0.030 75 K 0.080 0.086 0.075 0.052 0.106 0.072 0.140 0.190 0.097 0.064 0.037 76 I 0.031 0.167 0.121 0.125 0.080 0.065 0.140 0.090 0.058 0.096 0.027 77 G 0.092 0.079 0.135 0.080 0.081 0.025 0.020 0.022 0.043 0.303 0.120 78 R 0.035 0.541 0.165 0.008 0.196 0.005 0.007 0.020 0.009 0.007 0.006 79 P 0.331 0.133 0.020 0.001 0.438 0.001 0.003 0.005 0.005 0.010 0.053 80 K 0.185 0.080 0.022 0.024 0.280 0.104 0.145 0.039 0.044 0.041 0.035 81 Y 0.143 0.189 0.026 0.002 0.615 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.013 82 Y 0.442 0.042 0.004 0.002 0.410 0.002 0.004 0.005 0.004 0.011 0.076 83 Y 0.117 0.269 0.038 0.006 0.477 0.006 0.010 0.011 0.008 0.017 0.042 84 S 0.117 0.392 0.058 0.001 0.378 0.001 0.002 0.006 0.004 0.010 0.031 85 I 0.147 0.245 0.057 0.024 0.183 0.025 0.035 0.066 0.051 0.057 0.112 86 S 0.026 0.335 0.295 0.066 0.109 0.018 0.013 0.075 0.040 0.013 0.010 87 S 0.003 0.020 0.012 0.004 0.009 0.020 0.034 0.712 0.168 0.013 0.004 88 N 0.007 0.021 0.010 0.004 0.012 0.002 0.014 0.712 0.092 0.114 0.013 89 I 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.863 0.076 0.039 0.003 90 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.002 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.019 0.001 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.976 0.016 0.002 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.034 0.007 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.038 0.002 0.001 95 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.954 0.021 0.002 0.001 96 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.033 0.022 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.045 0.008 0.001 98 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.943 0.045 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.962 0.021 0.005 0.001 100 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.036 0.016 0.001 101 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.909 0.075 0.008 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.933 0.052 0.002 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.885 0.055 0.028 0.001 104 M 0.018 0.033 0.008 0.002 0.032 0.002 0.012 0.719 0.104 0.061 0.008 105 E 0.020 0.023 0.007 0.005 0.026 0.010 0.024 0.607 0.174 0.093 0.011 106 L 0.016 0.098 0.052 0.009 0.058 0.012 0.059 0.473 0.152 0.064 0.009 107 A 0.059 0.123 0.047 0.012 0.117 0.017 0.069 0.299 0.108 0.106 0.042 108 A 0.115 0.102 0.028 0.011 0.154 0.010 0.034 0.200 0.133 0.154 0.060 109 T 0.065 0.153 0.057 0.018 0.140 0.028 0.057 0.236 0.124 0.093 0.030