# TARGET T0265 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0265.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7518 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.692 0.201 0.062 0.032 0.010 0.002 0.001 2 M 0.314 0.228 0.227 0.168 0.057 0.006 0.001 3 K 0.596 0.248 0.109 0.039 0.008 0.001 0.001 4 E 0.686 0.237 0.062 0.013 0.002 0.001 0.001 5 K 0.417 0.403 0.146 0.030 0.004 0.001 0.001 6 L 0.034 0.095 0.276 0.414 0.167 0.013 0.001 7 E 0.523 0.327 0.106 0.034 0.008 0.001 0.001 8 S 0.637 0.262 0.071 0.024 0.005 0.001 0.001 9 K 0.413 0.301 0.174 0.089 0.021 0.002 0.001 10 K 0.300 0.388 0.219 0.080 0.013 0.001 0.001 11 D 0.407 0.411 0.145 0.032 0.005 0.001 0.001 12 E 0.036 0.137 0.271 0.310 0.197 0.048 0.002 13 I 0.016 0.036 0.082 0.242 0.405 0.206 0.012 14 R 0.025 0.149 0.279 0.336 0.165 0.044 0.003 15 C 0.013 0.032 0.066 0.174 0.301 0.378 0.037 16 C 0.005 0.028 0.076 0.169 0.315 0.365 0.042 17 Y 0.006 0.016 0.049 0.167 0.376 0.343 0.043 18 K 0.030 0.221 0.349 0.265 0.103 0.028 0.004 19 I 0.011 0.033 0.102 0.284 0.402 0.161 0.007 20 T 0.342 0.444 0.160 0.043 0.009 0.002 0.001 21 D 0.211 0.383 0.273 0.105 0.026 0.003 0.001 22 T 0.031 0.081 0.205 0.346 0.274 0.062 0.002 23 D 0.026 0.134 0.191 0.235 0.241 0.156 0.018 24 V 0.001 0.004 0.032 0.197 0.451 0.305 0.011 25 A 0.004 0.057 0.241 0.367 0.267 0.061 0.004 26 V 0.001 0.001 0.007 0.037 0.185 0.630 0.140 27 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.548 0.401 28 L 0.001 0.012 0.076 0.230 0.347 0.284 0.052 29 K 0.001 0.014 0.115 0.401 0.362 0.100 0.007 30 M 0.001 0.001 0.003 0.023 0.174 0.694 0.104 31 V 0.001 0.011 0.058 0.292 0.485 0.150 0.003 32 E 0.100 0.468 0.324 0.091 0.016 0.001 0.001 33 I 0.160 0.389 0.314 0.119 0.017 0.001 0.001 34 E 0.490 0.305 0.134 0.058 0.013 0.001 0.001 35 K 0.481 0.356 0.123 0.034 0.006 0.001 0.001 36 P 0.582 0.269 0.105 0.037 0.007 0.001 0.001 37 I 0.069 0.164 0.279 0.308 0.157 0.023 0.001 38 T 0.187 0.496 0.223 0.074 0.017 0.003 0.001 39 S 0.015 0.071 0.204 0.400 0.263 0.044 0.001 40 E 0.445 0.396 0.122 0.030 0.006 0.001 0.001 41 E 0.083 0.344 0.376 0.167 0.027 0.002 0.001 42 L 0.012 0.015 0.042 0.260 0.464 0.204 0.004 43 A 0.036 0.166 0.369 0.314 0.103 0.010 0.001 44 D 0.441 0.452 0.086 0.017 0.003 0.001 0.001 45 I 0.100 0.223 0.328 0.255 0.077 0.016 0.001 46 F 0.061 0.053 0.128 0.265 0.372 0.117 0.005 47 K 0.543 0.313 0.108 0.029 0.005 0.001 0.001 48 L 0.499 0.288 0.125 0.062 0.021 0.005 0.001 49 S 0.388 0.247 0.191 0.115 0.048 0.010 0.001 50 K 0.478 0.294 0.133 0.071 0.021 0.004 0.001 51 T 0.673 0.194 0.074 0.037 0.016 0.006 0.001 52 T 0.408 0.287 0.162 0.097 0.035 0.010 0.001 53 V 0.193 0.094 0.114 0.249 0.232 0.108 0.010 54 E 0.221 0.265 0.240 0.184 0.069 0.018 0.002 55 N 0.309 0.382 0.196 0.081 0.025 0.006 0.001 56 S 0.171 0.136 0.212 0.240 0.181 0.057 0.003 57 L 0.123 0.055 0.079 0.166 0.331 0.232 0.014 58 K 0.318 0.381 0.210 0.076 0.013 0.002 0.001 59 K 0.285 0.344 0.220 0.118 0.029 0.003 0.001 60 L 0.084 0.058 0.091 0.245 0.340 0.171 0.011 61 I 0.124 0.167 0.212 0.279 0.164 0.051 0.003 62 E 0.294 0.389 0.195 0.081 0.030 0.009 0.001 63 L 0.091 0.162 0.254 0.283 0.162 0.045 0.005 64 G 0.050 0.148 0.211 0.241 0.207 0.129 0.014 65 L 0.014 0.042 0.092 0.200 0.336 0.283 0.034 66 V 0.007 0.015 0.035 0.127 0.367 0.406 0.044 67 V 0.024 0.141 0.261 0.319 0.194 0.058 0.004 68 R 0.033 0.124 0.246 0.360 0.199 0.037 0.001 69 T 0.304 0.398 0.202 0.076 0.017 0.002 0.001 70 K 0.285 0.311 0.220 0.140 0.039 0.004 0.001 71 T 0.593 0.252 0.105 0.039 0.009 0.001 0.001 72 E 0.737 0.204 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 73 G 0.602 0.223 0.111 0.051 0.011 0.001 0.001 74 K 0.726 0.206 0.048 0.015 0.004 0.001 0.001 75 K 0.667 0.215 0.083 0.029 0.006 0.001 0.001 76 I 0.464 0.307 0.139 0.066 0.020 0.004 0.001 77 G 0.279 0.245 0.215 0.171 0.073 0.017 0.002 78 R 0.089 0.290 0.312 0.195 0.092 0.020 0.002 79 P 0.033 0.102 0.186 0.278 0.259 0.121 0.020 80 K 0.033 0.211 0.293 0.284 0.137 0.036 0.005 81 Y 0.007 0.028 0.067 0.170 0.309 0.367 0.051 82 Y 0.004 0.060 0.219 0.401 0.237 0.074 0.006 83 Y 0.003 0.009 0.027 0.117 0.343 0.450 0.051 84 S 0.015 0.142 0.342 0.351 0.126 0.022 0.002 85 I 0.023 0.086 0.154 0.293 0.311 0.128 0.006 86 S 0.094 0.361 0.359 0.146 0.033 0.005 0.001 87 S 0.549 0.322 0.097 0.027 0.005 0.001 0.001 88 N 0.412 0.375 0.155 0.047 0.010 0.002 0.001 89 I 0.030 0.074 0.155 0.353 0.322 0.065 0.001 90 L 0.041 0.198 0.348 0.301 0.098 0.013 0.001 91 E 0.380 0.505 0.097 0.016 0.002 0.001 0.001 92 K 0.025 0.140 0.384 0.345 0.095 0.010 0.001 93 I 0.006 0.011 0.037 0.203 0.522 0.218 0.004 94 R 0.044 0.285 0.436 0.201 0.032 0.002 0.001 95 N 0.336 0.536 0.105 0.019 0.003 0.001 0.001 96 D 0.017 0.109 0.284 0.376 0.179 0.035 0.001 97 L 0.009 0.023 0.076 0.298 0.434 0.154 0.005 98 L 0.192 0.412 0.282 0.092 0.019 0.003 0.001 99 N 0.298 0.498 0.161 0.037 0.006 0.001 0.001 100 C 0.018 0.045 0.121 0.348 0.370 0.096 0.002 101 A 0.033 0.082 0.225 0.397 0.230 0.032 0.001 102 K 0.496 0.413 0.080 0.011 0.001 0.001 0.001 103 R 0.304 0.416 0.219 0.055 0.005 0.001 0.001 104 M 0.064 0.082 0.173 0.383 0.263 0.034 0.001 105 E 0.428 0.342 0.165 0.055 0.009 0.001 0.001 106 L 0.845 0.136 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 107 A 0.774 0.159 0.049 0.015 0.002 0.001 0.001 108 A 0.765 0.170 0.049 0.014 0.002 0.001 0.001 109 T 0.843 0.113 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001