# TARGET T0264 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 367 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.010 0.023 0.053 0.287 0.575 2 A 0.099 0.034 0.021 0.044 0.314 0.489 3 R 0.097 0.028 0.014 0.025 0.354 0.483 4 G 0.075 0.014 0.019 0.010 0.504 0.378 5 R 0.059 0.027 0.018 0.007 0.436 0.454 6 E 0.082 0.046 0.010 0.003 0.339 0.520 7 A 0.109 0.007 0.004 0.001 0.236 0.643 8 V 0.395 0.005 0.002 0.001 0.120 0.477 9 T 0.895 0.008 0.001 0.001 0.021 0.075 10 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 11 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 12 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 14 G 0.877 0.002 0.001 0.001 0.014 0.106 15 W 0.543 0.018 0.001 0.001 0.053 0.385 16 G 0.168 0.031 0.004 0.001 0.206 0.591 17 Y 0.062 0.010 0.033 0.003 0.453 0.438 18 A 0.011 0.014 0.045 0.003 0.702 0.225 19 P 0.006 0.014 0.042 0.013 0.854 0.070 20 G 0.004 0.002 0.028 0.067 0.756 0.143 21 M 0.015 0.021 0.023 0.211 0.493 0.237 22 Q 0.023 0.041 0.016 0.589 0.189 0.142 23 T 0.028 0.012 0.007 0.707 0.041 0.205 24 L 0.005 0.001 0.005 0.977 0.005 0.007 25 E 0.004 0.001 0.005 0.984 0.003 0.003 26 A 0.003 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 27 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 30 V 0.001 0.001 0.010 0.984 0.005 0.001 31 R 0.001 0.001 0.023 0.953 0.019 0.005 32 R 0.003 0.001 0.020 0.580 0.228 0.168 33 A 0.009 0.001 0.009 0.083 0.359 0.540 34 D 0.052 0.001 0.004 0.008 0.262 0.672 35 V 0.883 0.006 0.001 0.002 0.041 0.067 36 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 37 Y 0.979 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 38 V 0.866 0.003 0.005 0.003 0.045 0.079 39 E 0.325 0.007 0.069 0.016 0.321 0.262 40 S 0.060 0.003 0.147 0.052 0.529 0.209 41 Y 0.081 0.019 0.134 0.079 0.473 0.215 42 T 0.093 0.047 0.060 0.104 0.359 0.337 43 M 0.052 0.011 0.042 0.188 0.337 0.371 44 P 0.020 0.002 0.080 0.473 0.258 0.167 45 G 0.009 0.003 0.069 0.658 0.176 0.085 46 S 0.010 0.002 0.080 0.747 0.111 0.049 47 S 0.013 0.003 0.065 0.766 0.099 0.055 48 W 0.010 0.002 0.064 0.796 0.084 0.043 49 L 0.006 0.003 0.052 0.814 0.070 0.056 50 Y 0.005 0.003 0.030 0.713 0.076 0.173 51 K 0.004 0.002 0.056 0.718 0.096 0.124 52 S 0.003 0.002 0.077 0.749 0.088 0.082 53 V 0.002 0.001 0.082 0.821 0.062 0.032 54 V 0.004 0.002 0.075 0.799 0.083 0.036 55 E 0.007 0.002 0.062 0.766 0.112 0.052 56 A 0.009 0.002 0.042 0.734 0.125 0.087 57 A 0.019 0.005 0.036 0.572 0.183 0.184 58 G 0.033 0.009 0.041 0.378 0.249 0.291 59 E 0.062 0.008 0.044 0.315 0.250 0.321 60 A 0.116 0.005 0.030 0.171 0.236 0.442 61 R 0.283 0.016 0.022 0.130 0.145 0.404 62 V 0.394 0.025 0.016 0.102 0.120 0.344 63 V 0.369 0.020 0.020 0.100 0.143 0.349 64 E 0.245 0.020 0.041 0.101 0.329 0.264 65 A 0.108 0.009 0.088 0.077 0.491 0.227 66 S 0.034 0.004 0.059 0.062 0.603 0.238 67 R 0.032 0.007 0.059 0.086 0.554 0.261 68 R 0.047 0.022 0.021 0.139 0.386 0.384 69 D 0.035 0.023 0.014 0.129 0.234 0.565 70 L 0.011 0.002 0.028 0.824 0.071 0.063 71 E 0.008 0.001 0.025 0.885 0.053 0.029 72 E 0.004 0.001 0.025 0.901 0.042 0.027 73 R 0.003 0.001 0.010 0.939 0.022 0.025 74 S 0.002 0.001 0.004 0.955 0.018 0.021 75 R 0.001 0.001 0.003 0.968 0.015 0.013 76 E 0.001 0.001 0.003 0.967 0.015 0.014 77 I 0.001 0.001 0.003 0.976 0.012 0.008 78 V 0.001 0.001 0.005 0.978 0.011 0.004 79 S 0.001 0.001 0.007 0.959 0.024 0.008 80 R 0.001 0.001 0.011 0.944 0.028 0.017 81 A 0.003 0.002 0.025 0.827 0.092 0.051 82 L 0.002 0.004 0.039 0.592 0.207 0.156 83 D 0.004 0.001 0.013 0.028 0.316 0.638 84 A 0.021 0.001 0.004 0.003 0.314 0.657 85 V 0.239 0.006 0.002 0.001 0.139 0.613 86 V 0.926 0.006 0.001 0.001 0.011 0.056 87 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 88 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 89 V 0.961 0.003 0.001 0.001 0.007 0.027 90 T 0.720 0.004 0.003 0.003 0.072 0.197 91 A 0.311 0.010 0.007 0.009 0.255 0.409 92 G 0.100 0.045 0.005 0.004 0.297 0.549 93 D 0.065 0.035 0.004 0.005 0.426 0.465 94 P 0.060 0.006 0.063 0.026 0.532 0.312 95 M 0.082 0.024 0.127 0.037 0.583 0.147 96 V 0.098 0.026 0.157 0.118 0.528 0.073 97 A 0.079 0.019 0.071 0.150 0.445 0.236 98 T 0.026 0.020 0.029 0.221 0.461 0.242 99 T 0.004 0.005 0.044 0.633 0.210 0.105 100 H 0.002 0.004 0.017 0.807 0.065 0.105 101 S 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.005 102 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 103 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 108 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.002 109 E 0.001 0.001 0.003 0.969 0.013 0.014 110 A 0.002 0.001 0.004 0.771 0.046 0.177 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.959 112 V 0.041 0.001 0.001 0.001 0.049 0.908 113 A 0.543 0.005 0.001 0.001 0.033 0.419 114 V 0.928 0.007 0.001 0.001 0.006 0.058 115 R 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 116 Y 0.905 0.009 0.001 0.001 0.009 0.075 117 I 0.458 0.011 0.002 0.005 0.155 0.369 118 P 0.089 0.009 0.002 0.006 0.305 0.591 119 G 0.006 0.007 0.001 0.009 0.218 0.758 120 V 0.011 0.047 0.008 0.311 0.275 0.348 121 S 0.005 0.011 0.005 0.567 0.063 0.349 122 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 123 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 124 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 127 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 128 G 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.003 129 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.010 0.005 130 T 0.001 0.001 0.008 0.903 0.029 0.059 131 M 0.001 0.001 0.002 0.028 0.070 0.898 132 L 0.020 0.006 0.005 0.011 0.160 0.797 133 S 0.136 0.023 0.015 0.011 0.263 0.552 134 F 0.297 0.043 0.046 0.017 0.362 0.236 135 Y 0.298 0.023 0.060 0.019 0.430 0.171 136 R 0.231 0.015 0.082 0.024 0.555 0.092 137 F 0.111 0.004 0.069 0.017 0.691 0.107 138 G 0.194 0.008 0.023 0.006 0.618 0.150 139 G 0.607 0.024 0.006 0.004 0.170 0.189 140 T 0.833 0.010 0.002 0.002 0.045 0.109 141 V 0.903 0.005 0.001 0.002 0.025 0.064 142 T 0.900 0.005 0.001 0.003 0.029 0.062 143 L 0.863 0.007 0.002 0.006 0.038 0.084 144 P 0.760 0.006 0.003 0.007 0.071 0.153 145 G 0.633 0.011 0.006 0.011 0.141 0.199 146 P 0.368 0.018 0.014 0.015 0.252 0.333 147 W 0.194 0.020 0.030 0.018 0.422 0.316 148 R 0.110 0.011 0.068 0.027 0.522 0.262 149 G 0.131 0.019 0.050 0.041 0.413 0.345 150 V 0.137 0.036 0.035 0.063 0.346 0.382 151 T 0.088 0.021 0.020 0.054 0.315 0.502 152 P 0.062 0.020 0.024 0.089 0.282 0.523 153 I 0.030 0.012 0.024 0.154 0.284 0.495 154 S 0.025 0.012 0.023 0.224 0.215 0.501 155 V 0.022 0.010 0.029 0.587 0.133 0.219 156 A 0.014 0.003 0.023 0.788 0.080 0.093 157 R 0.011 0.002 0.017 0.904 0.035 0.031 158 R 0.010 0.002 0.013 0.918 0.029 0.028 159 I 0.007 0.001 0.007 0.940 0.020 0.025 160 Y 0.008 0.001 0.005 0.958 0.016 0.013 161 L 0.005 0.001 0.005 0.961 0.017 0.011 162 N 0.003 0.001 0.007 0.960 0.018 0.012 163 L 0.002 0.001 0.015 0.940 0.026 0.017 164 C 0.001 0.001 0.020 0.933 0.032 0.014 165 A 0.001 0.001 0.011 0.917 0.035 0.035 166 G 0.002 0.001 0.011 0.228 0.211 0.546 167 L 0.014 0.002 0.016 0.145 0.280 0.543 168 H 0.121 0.014 0.028 0.235 0.262 0.340 169 T 0.376 0.022 0.037 0.284 0.144 0.137 170 T 0.499 0.018 0.035 0.270 0.066 0.113 171 A 0.404 0.009 0.040 0.296 0.072 0.179 172 L 0.171 0.004 0.114 0.478 0.100 0.132 173 L 0.055 0.004 0.164 0.516 0.138 0.125 174 D 0.025 0.003 0.189 0.538 0.154 0.091 175 V 0.021 0.006 0.148 0.520 0.200 0.104 176 D 0.017 0.004 0.133 0.484 0.257 0.106 177 E 0.018 0.003 0.068 0.364 0.363 0.184 178 R 0.023 0.004 0.037 0.201 0.381 0.353 179 G 0.037 0.004 0.016 0.074 0.403 0.465 180 V 0.179 0.006 0.015 0.098 0.252 0.450 181 Q 0.755 0.009 0.005 0.091 0.045 0.095 182 L 0.865 0.005 0.003 0.078 0.014 0.035 183 S 0.871 0.006 0.003 0.075 0.010 0.035 184 P 0.688 0.004 0.014 0.152 0.030 0.113 185 G 0.247 0.003 0.051 0.302 0.105 0.292 186 Q 0.062 0.004 0.119 0.356 0.179 0.279 187 G 0.048 0.007 0.151 0.431 0.207 0.156 188 V 0.032 0.005 0.122 0.529 0.213 0.099 189 S 0.019 0.006 0.085 0.602 0.185 0.103 190 L 0.009 0.004 0.045 0.704 0.112 0.126 191 L 0.002 0.001 0.007 0.936 0.021 0.032 192 L 0.001 0.001 0.003 0.971 0.013 0.012 193 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.009 0.007 194 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.007 195 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 196 R 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.006 197 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 198 Y 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.006 199 A 0.001 0.001 0.010 0.962 0.019 0.008 200 R 0.001 0.001 0.012 0.898 0.055 0.034 201 E 0.002 0.001 0.025 0.680 0.164 0.129 202 A 0.005 0.004 0.026 0.312 0.305 0.349 203 G 0.010 0.007 0.018 0.058 0.371 0.535 204 A 0.041 0.010 0.040 0.046 0.466 0.398 205 P 0.089 0.029 0.073 0.038 0.389 0.383 206 A 0.106 0.029 0.108 0.045 0.365 0.347 207 L 0.106 0.067 0.043 0.032 0.304 0.447 208 L 0.064 0.052 0.018 0.033 0.235 0.597 209 A 0.036 0.025 0.017 0.012 0.814 0.095 210 R 0.016 0.007 0.020 0.010 0.883 0.064 211 L 0.015 0.003 0.019 0.004 0.893 0.066 212 P 0.176 0.016 0.007 0.002 0.694 0.105 213 S 0.537 0.012 0.002 0.002 0.090 0.357 214 V 0.937 0.009 0.001 0.002 0.010 0.042 215 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 216 V 0.981 0.002 0.001 0.003 0.002 0.011 217 E 0.968 0.001 0.002 0.007 0.007 0.015 218 A 0.899 0.001 0.006 0.020 0.030 0.043 219 G 0.746 0.007 0.015 0.044 0.101 0.087 220 A 0.412 0.019 0.023 0.036 0.288 0.223 221 G 0.156 0.014 0.006 0.010 0.339 0.475 222 G 0.109 0.017 0.016 0.010 0.643 0.205 223 G 0.089 0.010 0.048 0.030 0.715 0.109 224 H 0.087 0.005 0.088 0.038 0.680 0.101 225 R 0.407 0.014 0.042 0.036 0.374 0.128 226 V 0.775 0.015 0.009 0.015 0.066 0.120 227 L 0.893 0.015 0.004 0.007 0.022 0.059 228 Y 0.912 0.003 0.003 0.005 0.021 0.055 229 W 0.896 0.005 0.004 0.006 0.025 0.064 230 S 0.646 0.027 0.004 0.011 0.072 0.241 231 S 0.219 0.014 0.003 0.036 0.151 0.577 232 L 0.006 0.001 0.157 0.710 0.092 0.033 233 E 0.003 0.001 0.172 0.703 0.099 0.021 234 R 0.002 0.001 0.180 0.728 0.079 0.010 235 L 0.005 0.001 0.032 0.824 0.085 0.054 236 S 0.007 0.003 0.024 0.858 0.076 0.032 237 T 0.008 0.003 0.036 0.796 0.112 0.046 238 A 0.005 0.001 0.050 0.748 0.138 0.058 239 D 0.007 0.005 0.055 0.706 0.156 0.071 240 V 0.007 0.003 0.067 0.613 0.195 0.115 241 E 0.009 0.003 0.034 0.101 0.436 0.417 242 G 0.014 0.006 0.021 0.022 0.416 0.522 243 G 0.022 0.014 0.014 0.005 0.307 0.638 244 V 0.077 0.006 0.005 0.002 0.281 0.629 245 Y 0.269 0.004 0.003 0.001 0.121 0.603 246 S 0.954 0.002 0.001 0.001 0.007 0.037 247 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 248 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 249 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 250 P 0.849 0.005 0.001 0.001 0.027 0.118 251 A 0.212 0.002 0.009 0.002 0.292 0.482 252 R 0.107 0.009 0.018 0.005 0.448 0.413 253 L 0.092 0.034 0.044 0.022 0.402 0.406 254 S 0.088 0.027 0.035 0.077 0.381 0.392 255 G 0.052 0.008 0.066 0.245 0.358 0.271 256 V 0.015 0.004 0.101 0.586 0.199 0.095 257 E 0.009 0.001 0.055 0.740 0.131 0.065 258 E 0.009 0.001 0.033 0.827 0.080 0.049 259 W 0.023 0.003 0.024 0.787 0.086 0.077 260 L 0.018 0.003 0.014 0.862 0.051 0.052 261 L 0.026 0.003 0.024 0.803 0.081 0.063 262 A 0.018 0.002 0.023 0.790 0.098 0.069 263 A 0.015 0.003 0.029 0.734 0.116 0.103 264 A 0.015 0.003 0.022 0.741 0.105 0.114 265 S 0.020 0.007 0.027 0.570 0.209 0.167 266 G 0.011 0.003 0.032 0.501 0.253 0.200 267 Q 0.010 0.003 0.022 0.142 0.417 0.406 268 R 0.013 0.006 0.064 0.266 0.431 0.220 269 R 0.033 0.011 0.058 0.233 0.420 0.245 270 P 0.059 0.009 0.062 0.214 0.355 0.302 271 L 0.124 0.016 0.052 0.226 0.287 0.295 272 E 0.180 0.015 0.056 0.260 0.288 0.201 273 Y 0.176 0.011 0.060 0.317 0.235 0.200 274 D 0.207 0.006 0.052 0.237 0.266 0.233 275 R 0.293 0.009 0.036 0.286 0.217 0.159 276 S 0.375 0.012 0.018 0.250 0.171 0.174 277 V 0.308 0.009 0.016 0.269 0.226 0.172 278 Y 0.212 0.006 0.028 0.307 0.272 0.174 279 E 0.379 0.012 0.031 0.231 0.208 0.139 280 T 0.498 0.017 0.025 0.141 0.171 0.150 281 V 0.424 0.010 0.029 0.140 0.205 0.192 282 E 0.392 0.020 0.031 0.098 0.249 0.210 283 E 0.288 0.016 0.060 0.087 0.368 0.181 284 N 0.112 0.002 0.176 0.081 0.495 0.133 285 C 0.113 0.013 0.217 0.061 0.482 0.113 286 K 0.202 0.019 0.114 0.036 0.514 0.115 287 K 0.221 0.004 0.035 0.033 0.465 0.242 288 G 0.368 0.008 0.010 0.007 0.289 0.317 289 V 0.737 0.015 0.004 0.003 0.096 0.145 290 Y 0.842 0.005 0.002 0.003 0.044 0.105 291 M 0.865 0.006 0.001 0.002 0.029 0.097 292 E 0.743 0.008 0.002 0.004 0.058 0.186 293 P 0.597 0.030 0.002 0.005 0.063 0.303 294 V 0.087 0.019 0.002 0.010 0.129 0.752