# TARGET T0264 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 367 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.022 0.058 0.052 0.057 0.088 0.637 2 A 0.214 0.055 0.049 0.055 0.065 0.091 0.472 3 R 0.215 0.032 0.042 0.042 0.175 0.141 0.353 4 G 0.187 0.018 0.039 0.035 0.201 0.203 0.317 5 R 0.137 0.018 0.022 0.018 0.191 0.080 0.535 6 E 0.122 0.075 0.026 0.006 0.163 0.041 0.567 7 A 0.090 0.016 0.040 0.005 0.255 0.386 0.210 8 V 0.161 0.004 0.013 0.001 0.391 0.193 0.238 9 T 0.840 0.004 0.001 0.001 0.034 0.002 0.119 10 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 11 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 12 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 14 G 0.870 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.112 15 W 0.534 0.015 0.005 0.001 0.055 0.006 0.385 16 G 0.273 0.042 0.010 0.001 0.133 0.018 0.524 17 Y 0.049 0.009 0.049 0.005 0.245 0.257 0.386 18 A 0.006 0.005 0.044 0.005 0.266 0.369 0.306 19 P 0.005 0.007 0.152 0.015 0.264 0.236 0.320 20 G 0.003 0.002 0.098 0.042 0.315 0.442 0.098 21 M 0.009 0.008 0.119 0.113 0.169 0.437 0.144 22 Q 0.043 0.058 0.033 0.353 0.094 0.043 0.375 23 T 0.045 0.020 0.004 0.624 0.029 0.012 0.265 24 L 0.002 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.006 25 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.009 0.004 26 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.003 27 L 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.002 0.003 28 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 0.002 29 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.008 0.001 30 V 0.001 0.001 0.017 0.952 0.002 0.023 0.005 31 R 0.001 0.001 0.022 0.730 0.007 0.237 0.003 32 R 0.002 0.001 0.017 0.226 0.012 0.725 0.017 33 A 0.006 0.001 0.001 0.007 0.156 0.010 0.819 34 D 0.039 0.001 0.001 0.001 0.860 0.005 0.095 35 V 0.979 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 36 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 V 0.956 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.036 39 E 0.388 0.003 0.012 0.008 0.151 0.043 0.395 40 S 0.088 0.002 0.072 0.047 0.350 0.181 0.260 41 Y 0.082 0.038 0.150 0.073 0.205 0.180 0.273 42 T 0.141 0.050 0.076 0.117 0.237 0.099 0.280 43 M 0.119 0.017 0.027 0.143 0.140 0.048 0.506 44 P 0.029 0.006 0.064 0.601 0.069 0.091 0.140 45 G 0.026 0.005 0.090 0.670 0.046 0.094 0.070 46 S 0.020 0.005 0.117 0.693 0.037 0.058 0.069 47 S 0.018 0.003 0.073 0.780 0.027 0.043 0.055 48 W 0.020 0.002 0.072 0.746 0.026 0.081 0.054 49 L 0.011 0.004 0.072 0.722 0.027 0.112 0.054 50 Y 0.011 0.007 0.037 0.705 0.053 0.082 0.105 51 K 0.007 0.003 0.031 0.741 0.047 0.071 0.100 52 S 0.005 0.001 0.035 0.809 0.024 0.075 0.051 53 V 0.003 0.001 0.044 0.828 0.018 0.062 0.044 54 V 0.007 0.004 0.047 0.814 0.022 0.067 0.041 55 E 0.019 0.002 0.061 0.723 0.032 0.119 0.044 56 A 0.029 0.004 0.059 0.650 0.061 0.143 0.054 57 A 0.041 0.008 0.039 0.518 0.115 0.118 0.162 58 G 0.070 0.008 0.029 0.249 0.107 0.221 0.316 59 E 0.103 0.005 0.038 0.101 0.117 0.352 0.284 60 A 0.291 0.011 0.031 0.108 0.151 0.101 0.307 61 R 0.522 0.020 0.016 0.094 0.072 0.027 0.248 62 V 0.600 0.027 0.012 0.089 0.041 0.017 0.215 63 V 0.540 0.023 0.019 0.084 0.052 0.033 0.248 64 E 0.375 0.023 0.035 0.099 0.089 0.081 0.297 65 A 0.120 0.010 0.048 0.095 0.203 0.172 0.352 66 S 0.051 0.007 0.035 0.077 0.245 0.219 0.366 67 R 0.029 0.010 0.044 0.132 0.251 0.212 0.322 68 R 0.029 0.015 0.038 0.201 0.267 0.112 0.338 69 D 0.018 0.014 0.036 0.342 0.131 0.078 0.381 70 L 0.003 0.002 0.023 0.849 0.039 0.027 0.058 71 E 0.002 0.001 0.011 0.920 0.018 0.018 0.029 72 E 0.001 0.001 0.007 0.943 0.010 0.022 0.017 73 R 0.001 0.001 0.003 0.950 0.007 0.025 0.013 74 S 0.001 0.001 0.001 0.966 0.005 0.018 0.009 75 R 0.001 0.001 0.001 0.974 0.004 0.015 0.006 76 E 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.009 0.012 77 I 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.005 0.011 78 V 0.001 0.001 0.003 0.977 0.004 0.008 0.006 79 S 0.001 0.001 0.004 0.962 0.002 0.027 0.003 80 R 0.001 0.001 0.004 0.905 0.005 0.077 0.007 81 A 0.001 0.002 0.015 0.775 0.026 0.140 0.041 82 L 0.001 0.001 0.022 0.142 0.027 0.784 0.024 83 D 0.001 0.001 0.021 0.015 0.046 0.890 0.026 84 A 0.027 0.004 0.006 0.003 0.409 0.049 0.502 85 V 0.137 0.005 0.002 0.001 0.180 0.017 0.659 86 V 0.916 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.065 87 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 88 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 89 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 90 T 0.722 0.007 0.003 0.001 0.029 0.018 0.221 91 A 0.296 0.007 0.013 0.004 0.196 0.199 0.284 92 G 0.044 0.012 0.019 0.005 0.501 0.255 0.165 93 D 0.031 0.032 0.025 0.016 0.300 0.085 0.510 94 P 0.025 0.016 0.116 0.062 0.158 0.461 0.162 95 M 0.040 0.012 0.109 0.063 0.144 0.570 0.062 96 V 0.104 0.034 0.195 0.103 0.154 0.266 0.143 97 A 0.087 0.042 0.060 0.154 0.164 0.146 0.348 98 T 0.031 0.026 0.056 0.248 0.255 0.139 0.244 99 T 0.007 0.010 0.035 0.408 0.188 0.129 0.224 100 H 0.001 0.001 0.007 0.913 0.024 0.020 0.033 101 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 0.001 102 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 108 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.012 0.001 109 E 0.001 0.001 0.004 0.892 0.002 0.100 0.002 110 A 0.001 0.001 0.002 0.148 0.011 0.837 0.002 111 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.971 0.015 112 V 0.017 0.002 0.001 0.001 0.065 0.003 0.912 113 A 0.557 0.008 0.001 0.001 0.063 0.001 0.370 114 V 0.941 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 115 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 116 Y 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 117 I 0.773 0.003 0.001 0.001 0.018 0.005 0.200 118 P 0.103 0.004 0.007 0.006 0.394 0.321 0.165 119 G 0.019 0.002 0.007 0.005 0.340 0.441 0.186 120 V 0.031 0.013 0.073 0.351 0.180 0.080 0.272 121 S 0.034 0.030 0.062 0.616 0.050 0.056 0.152 122 G 0.008 0.003 0.059 0.847 0.014 0.050 0.019 123 V 0.004 0.001 0.017 0.921 0.006 0.033 0.017 124 Q 0.002 0.001 0.009 0.941 0.010 0.026 0.012 125 A 0.003 0.001 0.004 0.960 0.011 0.012 0.009 126 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.003 0.005 127 R 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.004 0.002 128 G 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.002 129 A 0.001 0.001 0.005 0.952 0.002 0.039 0.002 130 T 0.001 0.001 0.004 0.520 0.014 0.453 0.008 131 M 0.001 0.001 0.003 0.037 0.048 0.813 0.097 132 L 0.018 0.008 0.004 0.014 0.132 0.017 0.807 133 S 0.191 0.047 0.012 0.013 0.060 0.015 0.662 134 F 0.312 0.050 0.064 0.024 0.072 0.070 0.408 135 Y 0.309 0.025 0.049 0.016 0.170 0.107 0.325 136 R 0.233 0.013 0.070 0.018 0.250 0.140 0.277 137 F 0.086 0.006 0.058 0.014 0.260 0.439 0.137 138 G 0.131 0.007 0.038 0.005 0.285 0.337 0.197 139 G 0.474 0.010 0.011 0.002 0.150 0.034 0.318 140 T 0.831 0.018 0.003 0.001 0.018 0.008 0.122 141 V 0.938 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.044 142 T 0.965 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.025 143 L 0.949 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 144 P 0.869 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.113 145 G 0.692 0.019 0.004 0.003 0.031 0.017 0.235 146 P 0.409 0.021 0.017 0.006 0.143 0.098 0.306 147 W 0.160 0.020 0.045 0.015 0.260 0.161 0.339 148 R 0.067 0.016 0.088 0.027 0.265 0.240 0.298 149 G 0.081 0.015 0.070 0.025 0.266 0.261 0.282 150 V 0.087 0.039 0.052 0.026 0.290 0.110 0.396 151 T 0.064 0.047 0.021 0.026 0.214 0.043 0.585 152 P 0.044 0.021 0.021 0.028 0.137 0.106 0.643 153 I 0.018 0.011 0.039 0.048 0.268 0.195 0.421 154 S 0.013 0.018 0.033 0.099 0.238 0.063 0.537 155 V 0.006 0.006 0.048 0.583 0.067 0.052 0.238 156 A 0.005 0.002 0.025 0.794 0.025 0.050 0.099 157 R 0.005 0.003 0.015 0.880 0.018 0.040 0.039 158 R 0.003 0.002 0.005 0.931 0.017 0.015 0.027 159 I 0.004 0.001 0.002 0.957 0.008 0.010 0.016 160 Y 0.008 0.001 0.003 0.952 0.007 0.017 0.013 161 L 0.008 0.001 0.004 0.931 0.008 0.033 0.016 162 N 0.009 0.002 0.007 0.902 0.014 0.038 0.028 163 L 0.004 0.002 0.014 0.880 0.021 0.048 0.031 164 C 0.003 0.001 0.020 0.792 0.025 0.128 0.031 165 A 0.001 0.001 0.018 0.453 0.041 0.454 0.032 166 G 0.002 0.001 0.014 0.154 0.063 0.683 0.082 167 L 0.020 0.008 0.029 0.200 0.133 0.210 0.399 168 H 0.086 0.033 0.056 0.258 0.139 0.137 0.292 169 T 0.222 0.025 0.035 0.262 0.095 0.070 0.290 170 T 0.298 0.029 0.047 0.249 0.058 0.071 0.247 171 A 0.325 0.025 0.050 0.253 0.067 0.073 0.207 172 L 0.144 0.012 0.157 0.426 0.042 0.076 0.142 173 L 0.067 0.006 0.265 0.426 0.044 0.103 0.089 174 D 0.059 0.006 0.209 0.402 0.085 0.105 0.134 175 V 0.037 0.010 0.248 0.392 0.069 0.107 0.137 176 D 0.052 0.006 0.190 0.299 0.093 0.211 0.149 177 E 0.042 0.009 0.141 0.220 0.154 0.249 0.185 178 R 0.038 0.008 0.059 0.095 0.270 0.245 0.285 179 G 0.047 0.006 0.029 0.036 0.239 0.251 0.392 180 V 0.153 0.007 0.021 0.031 0.342 0.095 0.350 181 Q 0.703 0.018 0.009 0.035 0.041 0.020 0.174 182 L 0.856 0.007 0.004 0.031 0.008 0.004 0.091 183 S 0.877 0.006 0.006 0.043 0.007 0.005 0.055 184 P 0.783 0.009 0.017 0.080 0.017 0.019 0.075 185 G 0.593 0.007 0.051 0.088 0.063 0.053 0.145 186 Q 0.233 0.011 0.112 0.094 0.180 0.086 0.285 187 G 0.122 0.009 0.086 0.096 0.163 0.056 0.469 188 V 0.015 0.004 0.351 0.385 0.052 0.120 0.072 189 S 0.010 0.007 0.166 0.503 0.111 0.135 0.067 190 L 0.004 0.004 0.057 0.662 0.064 0.086 0.123 191 L 0.001 0.001 0.006 0.919 0.022 0.017 0.033 192 L 0.001 0.001 0.002 0.966 0.007 0.013 0.011 193 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.009 0.006 194 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.007 0.004 195 D 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.011 0.003 196 R 0.002 0.001 0.002 0.958 0.004 0.028 0.007 197 E 0.002 0.001 0.004 0.935 0.007 0.030 0.023 198 Y 0.007 0.003 0.011 0.866 0.017 0.048 0.049 199 A 0.008 0.006 0.025 0.736 0.022 0.158 0.045 200 R 0.004 0.004 0.018 0.592 0.062 0.221 0.100 201 E 0.003 0.004 0.023 0.415 0.086 0.218 0.252 202 A 0.003 0.003 0.028 0.265 0.132 0.445 0.124 203 G 0.005 0.004 0.054 0.134 0.181 0.523 0.100 204 A 0.018 0.013 0.034 0.098 0.385 0.091 0.360 205 P 0.037 0.047 0.044 0.100 0.120 0.197 0.455 206 A 0.063 0.033 0.069 0.093 0.143 0.273 0.326 207 L 0.048 0.015 0.075 0.048 0.111 0.252 0.451 208 L 0.034 0.034 0.084 0.052 0.157 0.161 0.478 209 A 0.028 0.035 0.135 0.066 0.144 0.132 0.460 210 R 0.015 0.010 0.100 0.061 0.127 0.439 0.248 211 L 0.015 0.009 0.039 0.037 0.263 0.439 0.198 212 P 0.039 0.017 0.002 0.011 0.511 0.018 0.402 213 S 0.107 0.012 0.001 0.006 0.083 0.008 0.783 214 V 0.714 0.007 0.001 0.004 0.036 0.002 0.236 215 L 0.959 0.002 0.001 0.004 0.015 0.001 0.018 216 V 0.984 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 217 E 0.980 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 218 A 0.961 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.017 219 G 0.849 0.002 0.004 0.021 0.029 0.014 0.081 220 A 0.382 0.005 0.005 0.018 0.232 0.075 0.283 221 G 0.135 0.026 0.003 0.004 0.312 0.066 0.454 222 G 0.062 0.014 0.019 0.003 0.278 0.070 0.553 223 G 0.067 0.012 0.075 0.007 0.293 0.408 0.137 224 H 0.131 0.004 0.107 0.009 0.201 0.385 0.162 225 R 0.546 0.006 0.020 0.010 0.131 0.024 0.263 226 V 0.903 0.011 0.003 0.007 0.013 0.004 0.058 227 L 0.950 0.005 0.002 0.003 0.005 0.002 0.032 228 Y 0.946 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.036 229 W 0.901 0.003 0.001 0.004 0.014 0.004 0.073 230 S 0.642 0.014 0.002 0.004 0.081 0.009 0.249 231 S 0.320 0.023 0.001 0.007 0.114 0.006 0.530 232 L 0.010 0.001 0.085 0.793 0.034 0.041 0.036 233 E 0.003 0.001 0.092 0.801 0.029 0.059 0.016 234 R 0.001 0.001 0.132 0.777 0.013 0.059 0.016 235 L 0.003 0.003 0.042 0.850 0.030 0.037 0.036 236 S 0.005 0.002 0.033 0.808 0.023 0.076 0.052 237 T 0.007 0.002 0.042 0.686 0.026 0.179 0.059 238 A 0.005 0.003 0.043 0.647 0.040 0.160 0.102 239 D 0.013 0.020 0.089 0.411 0.094 0.160 0.212 240 V 0.007 0.004 0.076 0.140 0.094 0.598 0.081 241 E 0.005 0.004 0.047 0.041 0.110 0.696 0.097 242 G 0.026 0.015 0.014 0.014 0.218 0.063 0.650 243 G 0.056 0.016 0.004 0.002 0.193 0.041 0.688 244 V 0.121 0.008 0.009 0.002 0.513 0.059 0.287 245 Y 0.400 0.008 0.006 0.001 0.104 0.024 0.457 246 S 0.932 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.054 247 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 248 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 249 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 250 P 0.882 0.003 0.001 0.001 0.012 0.003 0.100 251 A 0.458 0.008 0.010 0.005 0.158 0.069 0.292 252 R 0.189 0.013 0.032 0.009 0.353 0.180 0.224 253 L 0.153 0.028 0.054 0.030 0.253 0.140 0.342 254 S 0.085 0.022 0.028 0.047 0.238 0.062 0.517 255 G 0.045 0.018 0.058 0.220 0.171 0.138 0.350 256 V 0.011 0.005 0.089 0.581 0.077 0.110 0.126 257 E 0.006 0.002 0.051 0.746 0.043 0.061 0.090 258 E 0.005 0.001 0.025 0.840 0.030 0.034 0.066 259 W 0.005 0.001 0.009 0.907 0.017 0.019 0.042 260 L 0.005 0.001 0.006 0.926 0.015 0.017 0.030 261 L 0.005 0.001 0.005 0.939 0.013 0.018 0.019 262 A 0.004 0.001 0.006 0.941 0.010 0.024 0.015 263 A 0.002 0.001 0.011 0.909 0.009 0.054 0.014 264 A 0.003 0.002 0.015 0.836 0.019 0.099 0.027 265 S 0.002 0.002 0.023 0.681 0.032 0.214 0.046 266 G 0.002 0.002 0.026 0.423 0.069 0.395 0.084 267 Q 0.003 0.005 0.041 0.243 0.131 0.276 0.300 268 R 0.006 0.009 0.074 0.285 0.179 0.112 0.334 269 R 0.011 0.006 0.088 0.336 0.114 0.160 0.286 270 P 0.017 0.008 0.103 0.345 0.092 0.217 0.218 271 L 0.060 0.016 0.094 0.318 0.113 0.153 0.246 272 E 0.094 0.015 0.092 0.364 0.092 0.111 0.232 273 Y 0.105 0.012 0.086 0.415 0.086 0.129 0.168 274 D 0.145 0.013 0.058 0.335 0.084 0.154 0.211 275 R 0.224 0.020 0.034 0.298 0.097 0.068 0.260 276 S 0.232 0.017 0.033 0.354 0.066 0.045 0.252 277 V 0.185 0.015 0.036 0.392 0.117 0.076 0.179 278 Y 0.112 0.009 0.038 0.349 0.064 0.103 0.325 279 E 0.089 0.009 0.048 0.338 0.087 0.286 0.142 280 T 0.072 0.014 0.036 0.314 0.106 0.298 0.160 281 V 0.081 0.014 0.030 0.214 0.219 0.092 0.352 282 E 0.114 0.020 0.027 0.265 0.146 0.076 0.352 283 E 0.143 0.017 0.036 0.251 0.183 0.112 0.258 284 N 0.093 0.009 0.082 0.193 0.136 0.232 0.255 285 C 0.156 0.024 0.111 0.139 0.178 0.163 0.230 286 K 0.233 0.015 0.133 0.142 0.107 0.134 0.236 287 K 0.159 0.011 0.094 0.093 0.152 0.356 0.135 288 G 0.232 0.005 0.038 0.041 0.087 0.368 0.229 289 V 0.433 0.011 0.008 0.015 0.091 0.045 0.397 290 Y 0.740 0.022 0.003 0.010 0.035 0.009 0.180 291 M 0.686 0.006 0.002 0.008 0.036 0.009 0.254 292 E 0.508 0.014 0.003 0.009 0.065 0.012 0.390 293 P 0.383 0.021 0.002 0.003 0.003 0.013 0.575 294 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999