# TARGET T0264 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 367 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.481 0.268 0.142 0.075 0.027 0.007 0.001 2 A 0.328 0.202 0.170 0.173 0.095 0.029 0.003 3 R 0.408 0.235 0.121 0.107 0.080 0.042 0.007 4 G 0.607 0.227 0.090 0.048 0.021 0.006 0.001 5 R 0.451 0.260 0.141 0.096 0.039 0.012 0.001 6 E 0.481 0.268 0.129 0.081 0.033 0.008 0.001 7 A 0.297 0.408 0.191 0.084 0.017 0.002 0.001 8 V 0.032 0.089 0.155 0.297 0.304 0.118 0.006 9 T 0.003 0.039 0.152 0.370 0.321 0.107 0.008 10 L 0.001 0.002 0.010 0.050 0.195 0.547 0.195 11 L 0.001 0.003 0.012 0.052 0.168 0.391 0.373 12 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.225 0.737 13 V 0.003 0.006 0.014 0.032 0.079 0.300 0.565 14 G 0.019 0.035 0.062 0.111 0.182 0.345 0.246 15 W 0.043 0.083 0.074 0.148 0.200 0.311 0.141 16 G 0.091 0.121 0.122 0.191 0.243 0.178 0.054 17 Y 0.159 0.169 0.164 0.174 0.171 0.125 0.038 18 A 0.286 0.256 0.209 0.166 0.059 0.018 0.005 19 P 0.348 0.234 0.156 0.114 0.095 0.044 0.010 20 G 0.097 0.185 0.196 0.232 0.171 0.098 0.022 21 M 0.056 0.166 0.240 0.234 0.168 0.108 0.027 22 Q 0.003 0.010 0.036 0.127 0.287 0.436 0.101 23 T 0.004 0.025 0.062 0.151 0.330 0.360 0.068 24 L 0.051 0.121 0.189 0.223 0.214 0.168 0.035 25 E 0.015 0.124 0.273 0.339 0.167 0.063 0.019 26 A 0.002 0.004 0.007 0.038 0.204 0.564 0.181 27 L 0.002 0.025 0.105 0.296 0.390 0.170 0.012 28 D 0.013 0.247 0.389 0.272 0.068 0.010 0.001 29 A 0.001 0.006 0.040 0.213 0.476 0.254 0.010 30 V 0.001 0.003 0.006 0.042 0.289 0.603 0.057 31 R 0.014 0.171 0.329 0.327 0.127 0.030 0.003 32 R 0.037 0.226 0.377 0.274 0.070 0.014 0.001 33 A 0.004 0.021 0.041 0.128 0.379 0.386 0.041 34 D 0.005 0.041 0.123 0.283 0.346 0.186 0.017 35 V 0.004 0.019 0.064 0.164 0.265 0.399 0.085 36 V 0.001 0.001 0.004 0.023 0.100 0.403 0.468 37 Y 0.001 0.001 0.003 0.014 0.065 0.327 0.589 38 V 0.001 0.003 0.007 0.023 0.074 0.293 0.599 39 E 0.005 0.018 0.035 0.082 0.157 0.301 0.402 40 S 0.008 0.025 0.054 0.113 0.200 0.326 0.275 41 Y 0.015 0.033 0.061 0.117 0.231 0.375 0.169 42 T 0.029 0.069 0.111 0.201 0.240 0.251 0.098 43 M 0.050 0.078 0.103 0.160 0.234 0.270 0.104 44 P 0.077 0.145 0.186 0.217 0.192 0.141 0.042 45 G 0.129 0.197 0.189 0.184 0.151 0.117 0.034 46 S 0.059 0.102 0.133 0.192 0.235 0.217 0.062 47 S 0.039 0.044 0.066 0.143 0.247 0.362 0.100 48 W 0.098 0.159 0.168 0.190 0.186 0.165 0.034 49 L 0.090 0.176 0.223 0.228 0.169 0.095 0.018 50 Y 0.055 0.095 0.119 0.194 0.276 0.225 0.036 51 K 0.136 0.206 0.246 0.236 0.123 0.047 0.006 52 S 0.432 0.363 0.132 0.051 0.016 0.005 0.001 53 V 0.208 0.261 0.242 0.171 0.088 0.027 0.003 54 V 0.085 0.095 0.153 0.265 0.267 0.125 0.010 55 E 0.323 0.318 0.189 0.108 0.046 0.015 0.002 56 A 0.323 0.325 0.185 0.108 0.044 0.014 0.001 57 A 0.128 0.154 0.179 0.247 0.200 0.084 0.008 58 G 0.226 0.191 0.216 0.190 0.121 0.050 0.005 59 E 0.416 0.267 0.155 0.101 0.045 0.014 0.002 60 A 0.362 0.243 0.173 0.134 0.067 0.018 0.002 61 R 0.376 0.269 0.161 0.107 0.059 0.024 0.004 62 V 0.137 0.156 0.179 0.225 0.195 0.095 0.013 63 V 0.185 0.159 0.169 0.212 0.174 0.088 0.013 64 E 0.301 0.228 0.162 0.144 0.099 0.054 0.010 65 A 0.248 0.185 0.166 0.174 0.138 0.076 0.014 66 S 0.307 0.207 0.155 0.148 0.108 0.062 0.014 67 R 0.323 0.215 0.155 0.147 0.095 0.054 0.012 68 R 0.340 0.216 0.140 0.125 0.100 0.065 0.014 69 D 0.231 0.242 0.188 0.166 0.111 0.051 0.011 70 L 0.108 0.196 0.231 0.238 0.148 0.068 0.011 71 E 0.292 0.309 0.202 0.119 0.054 0.020 0.003 72 E 0.289 0.354 0.200 0.093 0.044 0.018 0.003 73 R 0.018 0.066 0.147 0.273 0.334 0.149 0.014 74 S 0.012 0.043 0.108 0.241 0.341 0.232 0.023 75 R 0.180 0.443 0.256 0.091 0.024 0.006 0.001 76 E 0.048 0.225 0.368 0.258 0.086 0.015 0.001 77 I 0.004 0.007 0.016 0.082 0.369 0.481 0.039 78 V 0.009 0.051 0.192 0.407 0.265 0.073 0.004 79 S 0.181 0.561 0.193 0.051 0.011 0.003 0.001 80 R 0.023 0.139 0.333 0.360 0.126 0.018 0.001 81 A 0.008 0.023 0.070 0.284 0.479 0.134 0.003 82 L 0.265 0.474 0.201 0.052 0.008 0.001 0.001 83 D 0.518 0.405 0.063 0.013 0.001 0.001 0.001 84 A 0.061 0.302 0.363 0.223 0.047 0.004 0.001 85 V 0.074 0.346 0.312 0.190 0.068 0.011 0.001 86 V 0.002 0.011 0.049 0.193 0.406 0.310 0.029 87 A 0.001 0.002 0.008 0.047 0.221 0.565 0.157 88 V 0.001 0.008 0.037 0.113 0.247 0.403 0.190 89 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.279 0.675 90 T 0.004 0.033 0.084 0.162 0.199 0.265 0.252 91 A 0.005 0.021 0.043 0.099 0.174 0.322 0.335 92 G 0.014 0.043 0.069 0.127 0.196 0.336 0.215 93 D 0.013 0.026 0.045 0.106 0.213 0.377 0.222 94 P 0.015 0.020 0.037 0.071 0.161 0.322 0.373 95 M 0.032 0.044 0.063 0.099 0.136 0.261 0.364 96 V 0.017 0.017 0.028 0.056 0.111 0.306 0.464 97 A 0.011 0.015 0.024 0.066 0.151 0.342 0.390 98 T 0.010 0.030 0.060 0.102 0.168 0.313 0.316 99 T 0.006 0.026 0.052 0.151 0.224 0.315 0.227 100 H 0.003 0.010 0.018 0.053 0.164 0.390 0.363 101 S 0.008 0.043 0.112 0.211 0.255 0.263 0.108 102 S 0.013 0.095 0.172 0.252 0.248 0.171 0.048 103 L 0.001 0.004 0.011 0.049 0.212 0.540 0.184 104 A 0.001 0.003 0.009 0.067 0.279 0.562 0.080 105 A 0.013 0.218 0.319 0.272 0.132 0.041 0.005 106 E 0.007 0.070 0.260 0.392 0.206 0.062 0.002 107 A 0.002 0.013 0.029 0.144 0.506 0.298 0.008 108 L 0.056 0.206 0.401 0.274 0.054 0.008 0.001 109 E 0.592 0.339 0.052 0.013 0.003 0.001 0.001 110 A 0.039 0.261 0.456 0.220 0.023 0.001 0.001 111 G 0.387 0.489 0.102 0.019 0.003 0.001 0.001 112 V 0.003 0.023 0.104 0.315 0.429 0.122 0.004 113 A 0.020 0.158 0.280 0.366 0.148 0.026 0.001 114 V 0.001 0.003 0.012 0.065 0.308 0.510 0.101 115 R 0.001 0.012 0.045 0.139 0.291 0.367 0.145 116 Y 0.001 0.001 0.005 0.022 0.098 0.417 0.456 117 I 0.001 0.002 0.006 0.021 0.081 0.327 0.563 118 P 0.001 0.003 0.009 0.029 0.081 0.332 0.546 119 G 0.001 0.003 0.008 0.029 0.094 0.294 0.571 120 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.076 0.284 0.615 121 S 0.001 0.003 0.007 0.025 0.080 0.267 0.617 122 G 0.001 0.002 0.004 0.013 0.033 0.159 0.789 123 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 0.175 0.786 124 Q 0.001 0.002 0.004 0.018 0.059 0.244 0.672 125 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.054 0.218 0.703 126 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.032 0.201 0.751 127 R 0.001 0.003 0.007 0.028 0.091 0.340 0.529 128 G 0.001 0.006 0.016 0.051 0.159 0.397 0.369 129 A 0.002 0.009 0.026 0.073 0.169 0.397 0.323 130 T 0.004 0.011 0.027 0.079 0.193 0.419 0.267 131 M 0.014 0.054 0.107 0.187 0.267 0.270 0.101 132 L 0.011 0.026 0.058 0.139 0.252 0.355 0.160 133 S 0.028 0.066 0.116 0.188 0.243 0.252 0.106 134 F 0.014 0.018 0.037 0.092 0.202 0.400 0.237 135 Y 0.031 0.061 0.089 0.164 0.253 0.274 0.129 136 R 0.064 0.110 0.130 0.192 0.212 0.198 0.095 137 F 0.082 0.112 0.133 0.180 0.207 0.194 0.092 138 G 0.066 0.105 0.138 0.188 0.202 0.198 0.103 139 G 0.047 0.089 0.137 0.196 0.206 0.215 0.110 140 T 0.022 0.037 0.062 0.123 0.214 0.338 0.204 141 V 0.011 0.020 0.039 0.095 0.183 0.358 0.294 142 T 0.007 0.012 0.023 0.054 0.119 0.343 0.441 143 L 0.004 0.005 0.010 0.027 0.079 0.334 0.542 144 P 0.008 0.019 0.042 0.097 0.185 0.359 0.290 145 G 0.013 0.032 0.072 0.152 0.270 0.329 0.132 146 P 0.035 0.100 0.158 0.236 0.250 0.179 0.042 147 W 0.077 0.179 0.228 0.228 0.175 0.094 0.019 148 R 0.196 0.237 0.220 0.183 0.102 0.053 0.009 149 G 0.257 0.249 0.193 0.160 0.094 0.041 0.005 150 V 0.238 0.231 0.203 0.170 0.109 0.045 0.004 151 T 0.263 0.250 0.209 0.166 0.084 0.026 0.003 152 P 0.400 0.276 0.168 0.096 0.043 0.015 0.001 153 I 0.385 0.250 0.162 0.126 0.057 0.019 0.002 154 S 0.407 0.271 0.155 0.097 0.048 0.018 0.002 155 V 0.214 0.215 0.210 0.192 0.116 0.047 0.006 156 A 0.255 0.192 0.171 0.177 0.134 0.062 0.008 157 R 0.443 0.266 0.143 0.083 0.041 0.020 0.003 158 R 0.305 0.232 0.187 0.155 0.083 0.033 0.006 159 I 0.160 0.152 0.143 0.193 0.205 0.122 0.024 160 Y 0.149 0.208 0.236 0.206 0.131 0.059 0.012 161 L 0.338 0.280 0.173 0.122 0.058 0.023 0.004 162 N 0.131 0.137 0.152 0.207 0.214 0.133 0.025 163 L 0.076 0.084 0.134 0.221 0.266 0.181 0.039 164 C 0.160 0.182 0.172 0.192 0.159 0.101 0.034 165 A 0.107 0.126 0.136 0.170 0.180 0.181 0.099 166 G 0.060 0.068 0.074 0.127 0.201 0.278 0.191 167 L 0.038 0.062 0.086 0.154 0.221 0.262 0.178 168 H 0.041 0.062 0.096 0.176 0.247 0.270 0.109 169 T 0.092 0.095 0.085 0.129 0.206 0.280 0.114 170 T 0.051 0.057 0.072 0.137 0.204 0.329 0.150 171 A 0.015 0.033 0.077 0.163 0.274 0.347 0.090 172 L 0.009 0.013 0.030 0.085 0.199 0.455 0.209 173 L 0.026 0.071 0.100 0.179 0.262 0.268 0.093 174 D 0.031 0.128 0.237 0.269 0.188 0.119 0.027 175 V 0.013 0.040 0.081 0.221 0.368 0.239 0.038 176 D 0.102 0.231 0.256 0.239 0.123 0.042 0.006 177 E 0.329 0.332 0.171 0.105 0.048 0.013 0.001 178 R 0.225 0.321 0.253 0.144 0.047 0.009 0.001 179 G 0.143 0.303 0.242 0.188 0.095 0.027 0.002 180 V 0.018 0.097 0.187 0.306 0.260 0.120 0.012 181 Q 0.002 0.012 0.039 0.134 0.334 0.404 0.075 182 L 0.002 0.003 0.009 0.033 0.123 0.464 0.366 183 S 0.001 0.003 0.008 0.032 0.101 0.383 0.473 184 P 0.001 0.002 0.004 0.012 0.044 0.290 0.648 185 G 0.001 0.007 0.022 0.077 0.195 0.384 0.314 186 Q 0.002 0.013 0.044 0.149 0.285 0.346 0.161 187 G 0.001 0.005 0.010 0.035 0.147 0.496 0.306 188 V 0.001 0.005 0.020 0.081 0.245 0.509 0.140 189 S 0.005 0.070 0.199 0.324 0.260 0.129 0.013 190 L 0.001 0.007 0.042 0.226 0.416 0.279 0.030 191 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.089 0.629 0.270 192 L 0.005 0.061 0.218 0.375 0.240 0.091 0.009 193 E 0.010 0.178 0.395 0.296 0.098 0.022 0.002 194 A 0.001 0.002 0.007 0.055 0.338 0.544 0.052 195 D 0.001 0.009 0.052 0.244 0.453 0.232 0.010 196 R 0.051 0.525 0.317 0.084 0.019 0.004 0.001 197 E 0.021 0.147 0.396 0.355 0.074 0.007 0.001 198 Y 0.005 0.022 0.055 0.225 0.513 0.177 0.003 199 A 0.100 0.374 0.337 0.148 0.036 0.005 0.001 200 R 0.618 0.302 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 201 E 0.288 0.330 0.232 0.108 0.035 0.006 0.001 202 A 0.421 0.219 0.168 0.124 0.055 0.012 0.001 203 G 0.554 0.229 0.098 0.066 0.037 0.013 0.002 204 A 0.299 0.262 0.196 0.142 0.072 0.025 0.004 205 P 0.233 0.197 0.175 0.194 0.130 0.059 0.012 206 A 0.163 0.158 0.159 0.184 0.190 0.124 0.022 207 L 0.154 0.195 0.188 0.223 0.156 0.071 0.012 208 L 0.174 0.188 0.183 0.229 0.159 0.059 0.008 209 A 0.290 0.244 0.171 0.156 0.097 0.038 0.005 210 R 0.255 0.282 0.225 0.158 0.065 0.015 0.001 211 L 0.167 0.380 0.254 0.143 0.047 0.009 0.001 212 P 0.006 0.046 0.130 0.307 0.358 0.145 0.008 213 S 0.001 0.011 0.051 0.211 0.350 0.328 0.048 214 V 0.001 0.001 0.003 0.017 0.106 0.501 0.373 215 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.324 0.625 216 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.270 0.684 217 E 0.001 0.001 0.002 0.008 0.039 0.284 0.667 218 A 0.001 0.005 0.018 0.070 0.204 0.478 0.224 219 G 0.002 0.019 0.066 0.171 0.322 0.320 0.100 220 A 0.004 0.021 0.058 0.135 0.277 0.397 0.109 221 G 0.019 0.075 0.135 0.246 0.313 0.196 0.016 222 G 0.096 0.234 0.279 0.262 0.104 0.023 0.002 223 G 0.411 0.337 0.146 0.073 0.025 0.007 0.001 224 H 0.330 0.338 0.189 0.100 0.034 0.008 0.001 225 R 0.105 0.179 0.214 0.260 0.174 0.063 0.006 226 V 0.146 0.281 0.247 0.183 0.101 0.038 0.004 227 L 0.030 0.081 0.148 0.254 0.266 0.194 0.028 228 Y 0.020 0.075 0.141 0.255 0.291 0.197 0.021 229 W 0.029 0.151 0.289 0.278 0.169 0.077 0.008 230 S 0.019 0.077 0.132 0.239 0.305 0.208 0.020 231 S 0.031 0.156 0.262 0.304 0.178 0.064 0.006 232 L 0.005 0.016 0.048 0.212 0.456 0.248 0.014 233 E 0.099 0.445 0.301 0.119 0.030 0.005 0.001 234 R 0.069 0.304 0.335 0.213 0.066 0.012 0.001 235 L 0.007 0.026 0.074 0.247 0.439 0.203 0.005 236 S 0.054 0.187 0.277 0.319 0.136 0.026 0.001 237 T 0.375 0.461 0.114 0.036 0.010 0.003 0.001 238 A 0.120 0.305 0.355 0.169 0.043 0.008 0.001 239 D 0.219 0.266 0.206 0.194 0.093 0.020 0.001 240 V 0.286 0.298 0.215 0.136 0.054 0.010 0.001 241 E 0.473 0.301 0.131 0.069 0.022 0.003 0.001 242 G 0.152 0.277 0.254 0.220 0.085 0.012 0.001 243 G 0.100 0.402 0.303 0.148 0.041 0.006 0.001 244 V 0.005 0.030 0.102 0.301 0.385 0.170 0.007 245 Y 0.001 0.010 0.053 0.244 0.401 0.268 0.024 246 S 0.001 0.001 0.003 0.016 0.098 0.525 0.357 247 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.249 0.729 248 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.240 0.732 249 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.051 0.336 0.599 250 P 0.001 0.006 0.029 0.107 0.248 0.440 0.169 251 A 0.003 0.019 0.053 0.148 0.346 0.350 0.082 252 R 0.033 0.166 0.286 0.269 0.168 0.066 0.011 253 L 0.047 0.109 0.169 0.258 0.261 0.140 0.016 254 S 0.110 0.182 0.220 0.247 0.164 0.070 0.007 255 G 0.295 0.298 0.187 0.122 0.064 0.030 0.004 256 V 0.131 0.151 0.194 0.234 0.196 0.085 0.009 257 E 0.242 0.231 0.180 0.165 0.116 0.059 0.008 258 E 0.377 0.269 0.161 0.107 0.057 0.025 0.004 259 W 0.296 0.288 0.209 0.123 0.056 0.023 0.004 260 L 0.110 0.116 0.152 0.228 0.235 0.142 0.018 261 L 0.118 0.119 0.162 0.212 0.222 0.147 0.021 262 A 0.291 0.240 0.168 0.145 0.097 0.053 0.007 263 A 0.275 0.215 0.171 0.160 0.111 0.060 0.008 264 A 0.161 0.122 0.150 0.211 0.208 0.131 0.016 265 S 0.294 0.199 0.164 0.158 0.120 0.059 0.007 266 G 0.452 0.242 0.140 0.100 0.048 0.016 0.002 267 Q 0.547 0.236 0.113 0.068 0.028 0.008 0.001 268 R 0.493 0.254 0.135 0.079 0.030 0.008 0.001 269 R 0.594 0.239 0.095 0.048 0.018 0.006 0.001 270 P 0.523 0.265 0.122 0.059 0.023 0.006 0.001 271 L 0.277 0.174 0.167 0.198 0.137 0.044 0.003 272 E 0.404 0.290 0.158 0.094 0.040 0.013 0.001 273 Y 0.284 0.231 0.190 0.164 0.094 0.035 0.003 274 D 0.327 0.249 0.185 0.138 0.072 0.026 0.003 275 R 0.250 0.193 0.180 0.180 0.133 0.058 0.006 276 S 0.216 0.179 0.184 0.205 0.151 0.060 0.006 277 V 0.376 0.282 0.164 0.108 0.052 0.017 0.002 278 Y 0.349 0.280 0.177 0.121 0.055 0.016 0.002 279 E 0.349 0.257 0.187 0.134 0.058 0.014 0.001 280 T 0.551 0.277 0.104 0.048 0.016 0.004 0.001 281 V 0.317 0.240 0.205 0.162 0.062 0.012 0.001 282 E 0.591 0.240 0.103 0.048 0.014 0.003 0.001 283 E 0.732 0.209 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 284 N 0.694 0.223 0.059 0.019 0.004 0.001 0.001 285 C 0.310 0.246 0.225 0.161 0.052 0.006 0.001 286 K 0.434 0.271 0.158 0.100 0.032 0.004 0.001 287 K 0.416 0.313 0.171 0.077 0.020 0.003 0.001 288 G 0.384 0.260 0.186 0.118 0.044 0.008 0.001 289 V 0.195 0.212 0.201 0.200 0.141 0.048 0.004 290 Y 0.223 0.141 0.154 0.202 0.174 0.094 0.011 291 M 0.362 0.189 0.146 0.128 0.096 0.067 0.012 292 E 0.487 0.209 0.118 0.096 0.056 0.028 0.005 293 P 0.457 0.195 0.135 0.118 0.067 0.024 0.004 294 V 0.620 0.169 0.089 0.068 0.038 0.014 0.002