# TARGET T0264 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 828 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.010 0.007 0.016 0.125 0.819 2 A 0.044 0.025 0.034 0.065 0.264 0.568 3 R 0.029 0.015 0.058 0.058 0.414 0.426 4 G 0.035 0.016 0.096 0.027 0.517 0.308 5 R 0.084 0.023 0.107 0.018 0.439 0.328 6 E 0.137 0.012 0.106 0.012 0.393 0.341 7 A 0.230 0.012 0.032 0.006 0.373 0.347 8 V 0.390 0.007 0.004 0.001 0.199 0.400 9 T 0.837 0.003 0.001 0.001 0.035 0.124 10 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 11 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 14 G 0.788 0.002 0.001 0.001 0.056 0.154 15 W 0.293 0.006 0.003 0.001 0.238 0.459 16 G 0.057 0.014 0.009 0.002 0.342 0.576 17 Y 0.015 0.018 0.005 0.003 0.329 0.629 18 A 0.011 0.026 0.012 0.013 0.459 0.479 19 P 0.001 0.004 0.578 0.069 0.313 0.035 20 G 0.002 0.002 0.588 0.089 0.297 0.022 21 M 0.003 0.003 0.711 0.089 0.176 0.018 22 Q 0.011 0.029 0.074 0.308 0.215 0.364 23 T 0.008 0.011 0.012 0.514 0.094 0.362 24 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 25 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 26 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 28 D 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.003 30 V 0.002 0.001 0.014 0.959 0.017 0.008 31 R 0.003 0.001 0.032 0.894 0.053 0.017 32 R 0.015 0.005 0.033 0.664 0.151 0.132 33 A 0.024 0.003 0.012 0.092 0.329 0.540 34 D 0.065 0.001 0.005 0.007 0.286 0.636 35 V 0.880 0.007 0.002 0.005 0.029 0.077 36 V 0.980 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 37 Y 0.971 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 38 V 0.841 0.006 0.003 0.010 0.027 0.113 39 E 0.450 0.005 0.024 0.006 0.193 0.321 40 S 0.175 0.011 0.098 0.014 0.434 0.268 41 Y 0.055 0.034 0.144 0.020 0.463 0.285 42 T 0.034 0.045 0.028 0.046 0.398 0.449 43 M 0.009 0.010 0.008 0.073 0.417 0.483 44 P 0.001 0.001 0.062 0.796 0.122 0.019 45 G 0.001 0.002 0.064 0.787 0.130 0.016 46 S 0.003 0.004 0.094 0.798 0.089 0.012 47 S 0.006 0.004 0.078 0.792 0.073 0.046 48 W 0.009 0.004 0.108 0.732 0.092 0.055 49 L 0.011 0.004 0.068 0.788 0.076 0.054 50 Y 0.017 0.006 0.029 0.807 0.057 0.083 51 K 0.011 0.002 0.038 0.827 0.058 0.065 52 S 0.008 0.001 0.059 0.845 0.054 0.032 53 V 0.010 0.002 0.051 0.865 0.047 0.026 54 V 0.011 0.003 0.044 0.845 0.053 0.044 55 E 0.011 0.002 0.051 0.794 0.067 0.075 56 A 0.020 0.002 0.052 0.719 0.088 0.118 57 A 0.032 0.005 0.045 0.650 0.124 0.144 58 G 0.067 0.006 0.043 0.327 0.229 0.329 59 E 0.110 0.004 0.039 0.336 0.199 0.313 60 A 0.321 0.006 0.031 0.279 0.136 0.226 61 R 0.515 0.009 0.017 0.203 0.084 0.171 62 V 0.637 0.012 0.017 0.138 0.056 0.141 63 V 0.616 0.012 0.021 0.116 0.069 0.166 64 E 0.442 0.012 0.032 0.130 0.174 0.210 65 A 0.180 0.011 0.083 0.106 0.329 0.291 66 S 0.050 0.009 0.063 0.089 0.415 0.374 67 R 0.043 0.014 0.065 0.078 0.360 0.441 68 R 0.032 0.018 0.019 0.081 0.238 0.612 69 D 0.012 0.010 0.007 0.061 0.133 0.778 70 L 0.001 0.001 0.022 0.963 0.009 0.006 71 E 0.001 0.001 0.027 0.948 0.015 0.008 72 E 0.001 0.001 0.035 0.927 0.028 0.009 73 R 0.001 0.001 0.021 0.950 0.013 0.015 74 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 75 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 76 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 77 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 78 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 79 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 80 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 81 A 0.001 0.001 0.014 0.954 0.027 0.004 82 L 0.003 0.002 0.030 0.797 0.151 0.018 83 D 0.004 0.001 0.039 0.381 0.426 0.149 84 A 0.030 0.004 0.009 0.013 0.454 0.490 85 V 0.176 0.003 0.001 0.001 0.118 0.701 86 V 0.929 0.003 0.001 0.001 0.014 0.052 87 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 88 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 89 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 90 T 0.830 0.003 0.001 0.001 0.062 0.104 91 A 0.340 0.009 0.002 0.001 0.286 0.361 92 G 0.086 0.026 0.004 0.002 0.489 0.392 93 D 0.059 0.034 0.010 0.009 0.592 0.296 94 P 0.043 0.012 0.055 0.038 0.668 0.184 95 M 0.094 0.029 0.103 0.076 0.530 0.167 96 V 0.148 0.043 0.077 0.234 0.376 0.122 97 A 0.085 0.054 0.022 0.199 0.314 0.325 98 T 0.022 0.021 0.009 0.245 0.321 0.382 99 T 0.006 0.005 0.010 0.645 0.141 0.194 100 H 0.001 0.001 0.003 0.976 0.012 0.008 101 S 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.003 102 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 103 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 104 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.012 0.985 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.019 0.950 0.005 0.026 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 112 V 0.034 0.004 0.001 0.001 0.026 0.937 113 A 0.597 0.003 0.001 0.001 0.038 0.361 114 V 0.943 0.005 0.001 0.001 0.007 0.045 115 R 0.950 0.003 0.001 0.001 0.009 0.038 116 Y 0.834 0.007 0.001 0.001 0.022 0.136 117 I 0.320 0.010 0.002 0.001 0.146 0.520 118 P 0.037 0.006 0.002 0.004 0.219 0.733 119 G 0.007 0.004 0.002 0.010 0.190 0.787 120 V 0.011 0.022 0.007 0.404 0.203 0.353 121 S 0.007 0.016 0.008 0.708 0.076 0.184 122 G 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 123 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.003 0.004 124 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 125 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.001 126 A 0.001 0.001 0.006 0.987 0.006 0.001 127 R 0.001 0.001 0.014 0.973 0.011 0.001 128 G 0.001 0.001 0.017 0.970 0.009 0.002 129 A 0.001 0.001 0.023 0.952 0.014 0.009 130 T 0.002 0.001 0.033 0.836 0.035 0.094 131 M 0.004 0.002 0.013 0.061 0.068 0.851 132 L 0.037 0.016 0.033 0.045 0.156 0.712 133 S 0.116 0.017 0.031 0.031 0.218 0.588 134 F 0.191 0.026 0.061 0.037 0.240 0.446 135 Y 0.296 0.039 0.041 0.026 0.265 0.333 136 R 0.331 0.021 0.059 0.029 0.361 0.199 137 F 0.214 0.014 0.038 0.023 0.480 0.230 138 G 0.206 0.008 0.037 0.010 0.505 0.234 139 G 0.446 0.020 0.022 0.005 0.285 0.223 140 T 0.675 0.033 0.011 0.003 0.116 0.163 141 V 0.723 0.015 0.008 0.002 0.095 0.157 142 T 0.836 0.015 0.004 0.001 0.048 0.095 143 L 0.767 0.017 0.005 0.001 0.071 0.139 144 P 0.662 0.016 0.006 0.002 0.105 0.209 145 G 0.489 0.019 0.010 0.002 0.184 0.296 146 P 0.294 0.051 0.018 0.003 0.271 0.362 147 W 0.168 0.066 0.034 0.007 0.602 0.123 148 R 0.070 0.020 0.034 0.008 0.762 0.106 149 G 0.034 0.006 0.026 0.009 0.789 0.136 150 V 0.128 0.057 0.014 0.009 0.572 0.220 151 T 0.137 0.066 0.007 0.012 0.249 0.528 152 P 0.087 0.038 0.010 0.027 0.298 0.539 153 I 0.033 0.015 0.026 0.086 0.245 0.595 154 S 0.030 0.012 0.025 0.230 0.223 0.481 155 V 0.008 0.003 0.074 0.750 0.089 0.076 156 A 0.004 0.002 0.027 0.895 0.040 0.033 157 R 0.005 0.001 0.019 0.927 0.028 0.020 158 R 0.004 0.001 0.007 0.968 0.009 0.011 159 I 0.003 0.001 0.003 0.980 0.006 0.007 160 Y 0.003 0.001 0.003 0.980 0.007 0.007 161 L 0.002 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 162 N 0.002 0.001 0.005 0.981 0.007 0.005 163 L 0.001 0.001 0.009 0.973 0.011 0.005 164 C 0.001 0.001 0.009 0.954 0.020 0.014 165 A 0.002 0.002 0.019 0.824 0.073 0.080 166 G 0.007 0.007 0.038 0.384 0.303 0.261 167 L 0.011 0.005 0.054 0.261 0.427 0.241 168 H 0.041 0.006 0.069 0.208 0.388 0.288 169 T 0.182 0.019 0.053 0.335 0.170 0.240 170 T 0.405 0.012 0.059 0.303 0.086 0.134 171 A 0.563 0.017 0.072 0.187 0.063 0.097 172 L 0.506 0.013 0.093 0.205 0.072 0.112 173 L 0.291 0.012 0.093 0.261 0.146 0.197 174 D 0.163 0.011 0.152 0.239 0.240 0.194 175 V 0.019 0.006 0.374 0.364 0.173 0.064 176 D 0.011 0.003 0.354 0.394 0.184 0.054 177 E 0.008 0.004 0.468 0.229 0.231 0.060 178 R 0.021 0.015 0.142 0.183 0.371 0.269 179 G 0.028 0.006 0.034 0.025 0.406 0.501 180 V 0.088 0.003 0.006 0.002 0.223 0.678 181 Q 0.739 0.022 0.003 0.002 0.050 0.185 182 L 0.880 0.020 0.002 0.002 0.020 0.076 183 S 0.857 0.011 0.005 0.002 0.032 0.094 184 P 0.711 0.005 0.014 0.006 0.074 0.191 185 G 0.378 0.010 0.023 0.013 0.154 0.423 186 Q 0.145 0.018 0.029 0.042 0.275 0.492 187 G 0.046 0.014 0.064 0.085 0.284 0.508 188 V 0.015 0.005 0.284 0.471 0.138 0.087 189 S 0.013 0.006 0.286 0.545 0.102 0.048 190 L 0.007 0.005 0.322 0.579 0.062 0.024 191 L 0.011 0.010 0.139 0.611 0.158 0.071 192 L 0.009 0.003 0.114 0.552 0.215 0.107 193 E 0.012 0.005 0.066 0.678 0.169 0.070 194 A 0.008 0.008 0.026 0.735 0.132 0.091 195 D 0.003 0.003 0.028 0.798 0.049 0.119 196 R 0.002 0.001 0.022 0.892 0.029 0.054 197 E 0.001 0.001 0.013 0.958 0.015 0.011 198 Y 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.002 199 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.003 0.001 200 R 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 201 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 202 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.005 0.013 203 G 0.001 0.002 0.001 0.035 0.069 0.893 204 A 0.002 0.004 0.089 0.048 0.239 0.618 205 P 0.016 0.009 0.389 0.037 0.345 0.205 206 A 0.011 0.008 0.643 0.043 0.204 0.091 207 L 0.025 0.025 0.459 0.109 0.206 0.176 208 L 0.047 0.042 0.138 0.071 0.516 0.187 209 A 0.016 0.006 0.106 0.062 0.650 0.159 210 R 0.025 0.011 0.029 0.014 0.614 0.306 211 L 0.061 0.010 0.011 0.004 0.602 0.311 212 P 0.093 0.004 0.004 0.001 0.278 0.620 213 S 0.850 0.011 0.002 0.001 0.038 0.099 214 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 215 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 216 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 217 E 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 218 A 0.891 0.003 0.002 0.002 0.025 0.078 219 G 0.758 0.013 0.010 0.003 0.103 0.113 220 A 0.592 0.016 0.020 0.006 0.186 0.181 221 G 0.211 0.012 0.023 0.006 0.502 0.246 222 G 0.113 0.008 0.039 0.006 0.711 0.123 223 G 0.096 0.006 0.028 0.012 0.681 0.177 224 H 0.144 0.007 0.020 0.010 0.603 0.216 225 R 0.688 0.010 0.007 0.012 0.160 0.123 226 V 0.921 0.003 0.001 0.011 0.020 0.044 227 L 0.978 0.002 0.001 0.005 0.006 0.009 228 Y 0.975 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 229 W 0.885 0.002 0.001 0.005 0.025 0.083 230 S 0.452 0.012 0.002 0.007 0.103 0.425 231 S 0.150 0.017 0.005 0.013 0.098 0.716 232 L 0.003 0.001 0.301 0.653 0.030 0.012 233 E 0.004 0.001 0.418 0.541 0.031 0.005 234 R 0.005 0.001 0.320 0.639 0.031 0.004 235 L 0.014 0.005 0.083 0.805 0.055 0.038 236 S 0.017 0.004 0.061 0.758 0.085 0.075 237 T 0.017 0.004 0.104 0.678 0.122 0.075 238 A 0.023 0.007 0.082 0.607 0.146 0.134 239 D 0.029 0.015 0.117 0.386 0.266 0.188 240 V 0.031 0.012 0.107 0.271 0.383 0.196 241 E 0.039 0.011 0.073 0.164 0.507 0.207 242 G 0.027 0.008 0.033 0.047 0.547 0.338 243 G 0.030 0.005 0.010 0.003 0.416 0.536 244 V 0.185 0.022 0.006 0.001 0.260 0.526 245 Y 0.560 0.006 0.002 0.001 0.105 0.327 246 S 0.955 0.002 0.001 0.001 0.011 0.031 247 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 248 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 249 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 250 P 0.763 0.001 0.001 0.001 0.037 0.198 251 A 0.252 0.004 0.003 0.001 0.162 0.578 252 R 0.091 0.017 0.008 0.005 0.283 0.596 253 L 0.061 0.025 0.036 0.028 0.401 0.449 254 S 0.062 0.018 0.020 0.057 0.370 0.472 255 G 0.040 0.011 0.010 0.153 0.232 0.555 256 V 0.008 0.002 0.007 0.917 0.029 0.037 257 E 0.012 0.002 0.006 0.949 0.016 0.016 258 E 0.010 0.001 0.009 0.946 0.021 0.012 259 W 0.013 0.002 0.013 0.941 0.019 0.014 260 L 0.008 0.001 0.015 0.948 0.016 0.012 261 L 0.006 0.001 0.026 0.921 0.023 0.023 262 A 0.006 0.001 0.032 0.861 0.042 0.057 263 A 0.013 0.006 0.041 0.777 0.074 0.089 264 A 0.017 0.009 0.053 0.575 0.162 0.184 265 S 0.012 0.006 0.060 0.318 0.319 0.284 266 G 0.010 0.005 0.096 0.135 0.453 0.302 267 Q 0.026 0.009 0.076 0.070 0.452 0.367 268 R 0.053 0.034 0.050 0.072 0.328 0.463 269 R 0.052 0.024 0.018 0.051 0.290 0.566 270 P 0.039 0.013 0.040 0.084 0.309 0.515 271 L 0.052 0.011 0.077 0.162 0.325 0.374 272 E 0.089 0.022 0.117 0.199 0.327 0.246 273 Y 0.086 0.019 0.125 0.224 0.299 0.248 274 D 0.091 0.016 0.056 0.141 0.268 0.428 275 R 0.093 0.018 0.030 0.187 0.201 0.471 276 S 0.095 0.014 0.008 0.232 0.087 0.564 277 V 0.024 0.002 0.004 0.904 0.018 0.049 278 Y 0.020 0.001 0.003 0.940 0.014 0.021 279 E 0.018 0.001 0.003 0.959 0.012 0.007 280 T 0.034 0.001 0.007 0.925 0.019 0.013 281 V 0.019 0.001 0.010 0.944 0.012 0.013 282 E 0.017 0.001 0.017 0.930 0.024 0.011 283 E 0.013 0.001 0.017 0.893 0.043 0.033 284 N 0.029 0.004 0.024 0.525 0.177 0.241 285 C 0.162 0.050 0.015 0.133 0.264 0.377 286 K 0.185 0.029 0.018 0.121 0.201 0.447 287 K 0.124 0.013 0.094 0.179 0.292 0.297 288 G 0.124 0.007 0.147 0.066 0.313 0.344 289 V 0.264 0.016 0.167 0.077 0.249 0.228 290 Y 0.351 0.022 0.070 0.072 0.180 0.305 291 M 0.370 0.021 0.019 0.023 0.127 0.440 292 E 0.374 0.024 0.009 0.019 0.093 0.481 293 P 0.221 0.020 0.007 0.013 0.093 0.646 294 V 0.059 0.010 0.005 0.005 0.077 0.845