# TARGET T0264 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 828 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.003 0.035 0.006 0.011 0.940 2 A 0.014 0.011 0.020 0.113 0.014 0.057 0.770 3 R 0.020 0.012 0.085 0.099 0.116 0.341 0.328 4 G 0.018 0.002 0.083 0.017 0.125 0.247 0.508 5 R 0.033 0.005 0.121 0.015 0.199 0.106 0.521 6 E 0.065 0.010 0.148 0.015 0.195 0.150 0.417 7 A 0.166 0.013 0.038 0.003 0.118 0.091 0.571 8 V 0.383 0.008 0.003 0.001 0.068 0.020 0.517 9 T 0.908 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.070 10 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 14 G 0.668 0.002 0.002 0.001 0.032 0.005 0.292 15 W 0.208 0.006 0.008 0.001 0.230 0.024 0.523 16 G 0.093 0.014 0.016 0.002 0.279 0.060 0.536 17 Y 0.028 0.024 0.013 0.004 0.450 0.040 0.441 18 A 0.006 0.010 0.008 0.002 0.199 0.008 0.767 19 P 0.001 0.002 0.176 0.021 0.049 0.718 0.033 20 G 0.001 0.001 0.147 0.023 0.030 0.764 0.034 21 M 0.004 0.014 0.314 0.095 0.149 0.230 0.195 22 Q 0.007 0.039 0.034 0.151 0.236 0.127 0.406 23 T 0.005 0.008 0.010 0.260 0.174 0.040 0.502 24 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 30 V 0.001 0.001 0.010 0.950 0.002 0.036 0.001 31 R 0.001 0.001 0.039 0.740 0.003 0.217 0.001 32 R 0.001 0.001 0.043 0.196 0.013 0.739 0.007 33 A 0.016 0.003 0.013 0.016 0.320 0.123 0.509 34 D 0.026 0.001 0.003 0.002 0.680 0.025 0.263 35 V 0.926 0.003 0.003 0.001 0.015 0.010 0.041 36 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 37 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 V 0.875 0.003 0.007 0.009 0.005 0.005 0.096 39 E 0.267 0.003 0.078 0.013 0.132 0.077 0.430 40 S 0.045 0.002 0.238 0.027 0.215 0.261 0.211 41 Y 0.027 0.021 0.280 0.041 0.152 0.249 0.230 42 T 0.024 0.017 0.031 0.031 0.490 0.064 0.344 43 M 0.012 0.004 0.011 0.016 0.239 0.024 0.694 44 P 0.004 0.003 0.095 0.171 0.078 0.604 0.046 45 G 0.007 0.003 0.125 0.185 0.052 0.553 0.074 46 S 0.031 0.018 0.163 0.319 0.060 0.109 0.301 47 S 0.045 0.018 0.048 0.466 0.066 0.085 0.271 48 W 0.012 0.005 0.067 0.691 0.049 0.097 0.080 49 L 0.012 0.014 0.054 0.738 0.021 0.085 0.075 50 Y 0.007 0.003 0.039 0.809 0.018 0.037 0.088 51 K 0.004 0.001 0.041 0.907 0.009 0.016 0.022 52 S 0.002 0.001 0.047 0.911 0.005 0.024 0.010 53 V 0.004 0.002 0.046 0.887 0.005 0.043 0.013 54 V 0.007 0.003 0.039 0.882 0.012 0.039 0.018 55 E 0.011 0.001 0.042 0.851 0.012 0.049 0.033 56 A 0.010 0.002 0.031 0.826 0.018 0.074 0.040 57 A 0.011 0.004 0.026 0.656 0.029 0.155 0.119 58 G 0.029 0.006 0.024 0.392 0.078 0.293 0.179 59 E 0.092 0.004 0.017 0.221 0.161 0.238 0.268 60 A 0.261 0.007 0.007 0.140 0.134 0.052 0.398 61 R 0.569 0.020 0.006 0.097 0.043 0.017 0.249 62 V 0.712 0.036 0.008 0.090 0.021 0.007 0.127 63 V 0.600 0.015 0.021 0.107 0.032 0.016 0.208 64 E 0.417 0.012 0.048 0.108 0.072 0.055 0.288 65 A 0.128 0.015 0.076 0.083 0.125 0.149 0.424 66 S 0.039 0.006 0.058 0.054 0.214 0.213 0.415 67 R 0.031 0.009 0.044 0.073 0.233 0.199 0.412 68 R 0.034 0.014 0.015 0.106 0.365 0.085 0.381 69 D 0.034 0.021 0.013 0.125 0.152 0.048 0.608 70 L 0.002 0.001 0.012 0.938 0.005 0.011 0.031 71 E 0.001 0.001 0.007 0.981 0.002 0.005 0.005 72 E 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.002 73 R 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.006 0.006 74 S 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.003 75 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 79 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 80 R 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.018 0.002 81 A 0.001 0.001 0.010 0.930 0.005 0.046 0.009 82 L 0.002 0.002 0.029 0.771 0.020 0.160 0.017 83 D 0.002 0.001 0.028 0.164 0.032 0.763 0.010 84 A 0.009 0.001 0.006 0.011 0.123 0.716 0.134 85 V 0.072 0.003 0.001 0.001 0.224 0.035 0.664 86 V 0.848 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.138 87 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 88 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 89 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 90 T 0.689 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.294 91 A 0.183 0.006 0.015 0.008 0.160 0.406 0.223 92 G 0.029 0.009 0.013 0.006 0.310 0.420 0.213 93 D 0.021 0.018 0.012 0.007 0.334 0.026 0.582 94 P 0.018 0.011 0.068 0.097 0.135 0.469 0.203 95 M 0.036 0.016 0.163 0.137 0.112 0.412 0.124 96 V 0.083 0.048 0.160 0.256 0.107 0.161 0.185 97 A 0.079 0.043 0.036 0.360 0.108 0.118 0.256 98 T 0.071 0.019 0.020 0.260 0.296 0.126 0.208 99 T 0.033 0.014 0.014 0.452 0.160 0.101 0.226 100 H 0.002 0.001 0.004 0.932 0.013 0.024 0.024 101 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.003 0.003 102 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 105 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 109 E 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.030 0.001 110 A 0.001 0.001 0.005 0.199 0.003 0.793 0.001 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 112 V 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.982 113 A 0.372 0.006 0.001 0.001 0.037 0.002 0.583 114 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 115 R 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 116 Y 0.979 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 117 I 0.465 0.003 0.001 0.001 0.028 0.006 0.497 118 P 0.043 0.002 0.002 0.001 0.332 0.121 0.499 119 G 0.012 0.004 0.008 0.014 0.466 0.127 0.368 120 V 0.008 0.012 0.037 0.377 0.141 0.042 0.383 121 S 0.005 0.009 0.025 0.861 0.020 0.020 0.060 122 G 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.004 0.002 123 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 124 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.002 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 127 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.004 0.001 128 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.012 0.001 129 A 0.001 0.001 0.010 0.916 0.002 0.070 0.002 130 T 0.001 0.001 0.019 0.571 0.008 0.393 0.006 131 M 0.002 0.002 0.024 0.169 0.052 0.703 0.049 132 L 0.010 0.010 0.023 0.043 0.270 0.045 0.599 133 S 0.048 0.014 0.075 0.044 0.149 0.078 0.592 134 F 0.103 0.053 0.226 0.084 0.124 0.152 0.258 135 Y 0.152 0.027 0.198 0.075 0.117 0.153 0.278 136 R 0.151 0.026 0.117 0.064 0.171 0.151 0.320 137 F 0.077 0.015 0.062 0.047 0.185 0.448 0.166 138 G 0.046 0.004 0.060 0.021 0.199 0.522 0.149 139 G 0.246 0.024 0.055 0.026 0.182 0.139 0.329 140 T 0.601 0.058 0.023 0.011 0.049 0.038 0.221 141 V 0.762 0.032 0.011 0.005 0.047 0.018 0.126 142 T 0.743 0.029 0.009 0.005 0.046 0.026 0.142 143 L 0.535 0.017 0.011 0.005 0.136 0.031 0.266 144 P 0.433 0.027 0.018 0.006 0.141 0.062 0.314 145 G 0.273 0.037 0.030 0.007 0.146 0.112 0.395 146 P 0.206 0.040 0.040 0.012 0.139 0.146 0.417 147 W 0.130 0.042 0.049 0.011 0.170 0.134 0.464 148 R 0.070 0.026 0.061 0.013 0.205 0.482 0.144 149 G 0.060 0.012 0.032 0.007 0.301 0.313 0.276 150 V 0.106 0.053 0.009 0.007 0.261 0.024 0.540 151 T 0.152 0.054 0.004 0.007 0.136 0.014 0.634 152 P 0.161 0.041 0.034 0.073 0.101 0.057 0.532 153 I 0.102 0.032 0.049 0.183 0.198 0.073 0.363 154 S 0.063 0.016 0.050 0.294 0.132 0.038 0.407 155 V 0.005 0.001 0.041 0.884 0.009 0.021 0.037 156 A 0.004 0.001 0.020 0.923 0.006 0.025 0.021 157 R 0.004 0.001 0.011 0.947 0.006 0.014 0.018 158 R 0.010 0.001 0.006 0.948 0.004 0.007 0.023 159 I 0.013 0.002 0.004 0.949 0.007 0.010 0.016 160 Y 0.005 0.001 0.003 0.962 0.005 0.017 0.008 161 L 0.002 0.001 0.002 0.966 0.003 0.022 0.005 162 N 0.004 0.001 0.007 0.955 0.005 0.014 0.014 163 L 0.003 0.001 0.017 0.949 0.006 0.014 0.010 164 C 0.004 0.001 0.041 0.904 0.007 0.030 0.012 165 A 0.001 0.001 0.035 0.753 0.004 0.205 0.002 166 G 0.003 0.001 0.017 0.422 0.029 0.502 0.027 167 L 0.032 0.014 0.008 0.122 0.201 0.050 0.572 168 H 0.165 0.018 0.012 0.220 0.119 0.118 0.348 169 T 0.392 0.027 0.022 0.332 0.051 0.051 0.125 170 T 0.474 0.012 0.030 0.370 0.034 0.029 0.052 171 A 0.444 0.013 0.037 0.330 0.026 0.034 0.116 172 L 0.231 0.009 0.079 0.472 0.024 0.038 0.148 173 L 0.134 0.007 0.158 0.492 0.058 0.048 0.103 174 D 0.099 0.006 0.184 0.482 0.042 0.057 0.129 175 V 0.052 0.016 0.204 0.569 0.023 0.070 0.065 176 D 0.020 0.003 0.239 0.469 0.030 0.157 0.082 177 E 0.024 0.003 0.172 0.395 0.084 0.249 0.072 178 R 0.014 0.002 0.040 0.044 0.146 0.672 0.082 179 G 0.029 0.001 0.012 0.003 0.177 0.588 0.190 180 V 0.199 0.004 0.004 0.003 0.179 0.032 0.579 181 Q 0.880 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.096 182 L 0.945 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 183 S 0.916 0.008 0.001 0.004 0.006 0.001 0.064 184 P 0.606 0.005 0.028 0.035 0.021 0.056 0.249 185 G 0.263 0.009 0.040 0.036 0.196 0.151 0.305 186 Q 0.157 0.015 0.047 0.057 0.315 0.095 0.313 187 G 0.123 0.023 0.048 0.143 0.156 0.073 0.436 188 V 0.046 0.006 0.093 0.574 0.053 0.083 0.145 189 S 0.026 0.005 0.062 0.694 0.048 0.106 0.060 190 L 0.016 0.006 0.025 0.806 0.040 0.038 0.069 191 L 0.011 0.002 0.031 0.854 0.016 0.033 0.053 192 L 0.023 0.003 0.035 0.773 0.019 0.081 0.065 193 E 0.030 0.006 0.030 0.674 0.043 0.088 0.128 194 A 0.019 0.011 0.016 0.675 0.064 0.087 0.129 195 D 0.016 0.009 0.012 0.507 0.023 0.185 0.249 196 R 0.002 0.001 0.014 0.913 0.004 0.024 0.042 197 E 0.001 0.001 0.009 0.972 0.003 0.006 0.009 198 Y 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.002 0.005 199 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.002 0.002 200 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 201 E 0.001 0.001 0.006 0.922 0.003 0.065 0.003 202 A 0.001 0.001 0.008 0.539 0.008 0.432 0.012 203 G 0.001 0.001 0.005 0.089 0.025 0.816 0.063 204 A 0.001 0.003 0.006 0.008 0.059 0.011 0.912 205 P 0.006 0.006 0.240 0.046 0.116 0.142 0.444 206 A 0.010 0.021 0.362 0.085 0.118 0.216 0.188 207 L 0.014 0.026 0.259 0.091 0.195 0.135 0.280 208 L 0.012 0.020 0.197 0.103 0.064 0.134 0.470 209 A 0.006 0.003 0.142 0.102 0.060 0.612 0.075 210 R 0.011 0.010 0.090 0.045 0.133 0.575 0.135 211 L 0.038 0.006 0.001 0.001 0.626 0.004 0.324 212 P 0.094 0.003 0.001 0.001 0.121 0.016 0.764 213 S 0.899 0.005 0.001 0.001 0.035 0.009 0.050 214 V 0.985 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 215 L 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 216 V 0.982 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 217 E 0.935 0.002 0.002 0.008 0.005 0.002 0.046 218 A 0.718 0.006 0.017 0.020 0.036 0.028 0.176 219 G 0.276 0.006 0.054 0.024 0.243 0.119 0.278 220 A 0.268 0.022 0.053 0.021 0.177 0.104 0.354 221 G 0.173 0.041 0.014 0.012 0.306 0.066 0.387 222 G 0.071 0.007 0.019 0.005 0.365 0.072 0.461 223 G 0.019 0.002 0.057 0.009 0.247 0.601 0.065 224 H 0.080 0.002 0.060 0.008 0.197 0.529 0.124 225 R 0.651 0.016 0.015 0.011 0.067 0.023 0.216 226 V 0.935 0.005 0.001 0.005 0.006 0.002 0.046 227 L 0.957 0.003 0.001 0.007 0.004 0.002 0.026 228 Y 0.959 0.003 0.001 0.011 0.003 0.004 0.020 229 W 0.888 0.004 0.001 0.005 0.015 0.013 0.074 230 S 0.682 0.012 0.001 0.002 0.144 0.009 0.151 231 S 0.472 0.019 0.001 0.004 0.126 0.005 0.372 232 L 0.013 0.001 0.115 0.827 0.003 0.031 0.011 233 E 0.004 0.001 0.135 0.826 0.003 0.028 0.003 234 R 0.003 0.001 0.212 0.749 0.002 0.019 0.015 235 L 0.009 0.003 0.067 0.869 0.005 0.015 0.032 236 S 0.010 0.002 0.039 0.865 0.008 0.039 0.037 237 T 0.009 0.001 0.047 0.858 0.011 0.046 0.028 238 A 0.020 0.002 0.046 0.802 0.021 0.060 0.048 239 D 0.044 0.013 0.082 0.647 0.040 0.115 0.060 240 V 0.016 0.005 0.070 0.541 0.045 0.244 0.079 241 E 0.011 0.002 0.056 0.270 0.055 0.525 0.080 242 G 0.005 0.001 0.024 0.030 0.098 0.787 0.055 243 G 0.020 0.003 0.017 0.002 0.166 0.541 0.251 244 V 0.122 0.012 0.002 0.001 0.114 0.012 0.738 245 Y 0.588 0.006 0.001 0.001 0.069 0.004 0.333 246 S 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 247 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 248 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 249 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 250 P 0.776 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.211 251 A 0.207 0.004 0.009 0.003 0.230 0.079 0.469 252 R 0.158 0.010 0.022 0.021 0.290 0.116 0.383 253 L 0.098 0.014 0.040 0.109 0.172 0.107 0.459 254 S 0.053 0.014 0.020 0.281 0.218 0.155 0.260 255 G 0.046 0.006 0.014 0.385 0.179 0.115 0.255 256 V 0.029 0.004 0.008 0.807 0.019 0.020 0.113 257 E 0.015 0.002 0.006 0.935 0.007 0.008 0.028 258 E 0.012 0.001 0.008 0.955 0.005 0.006 0.013 259 W 0.009 0.001 0.011 0.956 0.003 0.012 0.009 260 L 0.011 0.002 0.018 0.923 0.005 0.028 0.013 261 L 0.013 0.002 0.041 0.851 0.011 0.052 0.030 262 A 0.012 0.002 0.049 0.783 0.013 0.104 0.037 263 A 0.011 0.005 0.050 0.626 0.039 0.143 0.125 264 A 0.010 0.008 0.047 0.423 0.092 0.211 0.209 265 S 0.009 0.008 0.051 0.176 0.117 0.366 0.273 266 G 0.007 0.003 0.064 0.054 0.187 0.390 0.294 267 Q 0.011 0.008 0.063 0.051 0.176 0.385 0.307 268 R 0.023 0.031 0.050 0.057 0.231 0.167 0.442 269 R 0.021 0.014 0.009 0.028 0.191 0.020 0.717 270 P 0.017 0.012 0.077 0.314 0.066 0.124 0.389 271 L 0.021 0.009 0.119 0.476 0.071 0.158 0.145 272 E 0.038 0.017 0.137 0.449 0.038 0.100 0.220 273 Y 0.059 0.014 0.052 0.581 0.041 0.071 0.183 274 D 0.074 0.007 0.025 0.561 0.038 0.094 0.201 275 R 0.039 0.004 0.017 0.676 0.072 0.066 0.127 276 S 0.036 0.007 0.011 0.730 0.033 0.040 0.142 277 V 0.015 0.002 0.011 0.898 0.010 0.030 0.034 278 Y 0.014 0.001 0.010 0.914 0.009 0.023 0.028 279 E 0.011 0.001 0.007 0.945 0.008 0.010 0.019 280 T 0.012 0.001 0.005 0.954 0.005 0.008 0.014 281 V 0.023 0.002 0.004 0.939 0.006 0.015 0.011 282 E 0.024 0.002 0.007 0.928 0.007 0.018 0.015 283 E 0.017 0.001 0.009 0.855 0.018 0.079 0.021 284 N 0.038 0.004 0.011 0.656 0.032 0.179 0.079 285 C 0.078 0.016 0.010 0.400 0.101 0.057 0.338 286 K 0.101 0.013 0.023 0.330 0.051 0.064 0.419 287 K 0.040 0.004 0.057 0.297 0.099 0.418 0.084 288 G 0.046 0.003 0.068 0.052 0.089 0.530 0.212 289 V 0.151 0.010 0.062 0.040 0.108 0.152 0.478 290 Y 0.434 0.019 0.014 0.025 0.041 0.036 0.430 291 M 0.518 0.017 0.005 0.010 0.042 0.007 0.400 292 E 0.499 0.031 0.005 0.005 0.051 0.008 0.399 293 P 0.129 0.011 0.001 0.003 0.013 0.001 0.842 294 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992