# TARGET T0264 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0264.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 828 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.668 0.215 0.074 0.031 0.009 0.002 0.001 2 A 0.663 0.207 0.078 0.038 0.011 0.002 0.001 3 R 0.719 0.198 0.056 0.021 0.004 0.001 0.001 4 G 0.739 0.188 0.053 0.017 0.003 0.001 0.001 5 R 0.683 0.215 0.075 0.023 0.005 0.001 0.001 6 E 0.406 0.382 0.161 0.043 0.006 0.001 0.001 7 A 0.162 0.434 0.251 0.126 0.025 0.002 0.001 8 V 0.002 0.027 0.133 0.380 0.387 0.070 0.002 9 T 0.002 0.049 0.215 0.429 0.251 0.050 0.004 10 L 0.001 0.001 0.001 0.013 0.131 0.643 0.212 11 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.088 0.473 0.429 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.168 0.822 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.112 0.877 14 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.195 0.780 15 W 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.318 0.583 16 G 0.002 0.013 0.039 0.141 0.278 0.384 0.143 17 Y 0.013 0.064 0.131 0.255 0.292 0.200 0.045 18 A 0.083 0.216 0.261 0.218 0.140 0.064 0.017 19 P 0.134 0.241 0.263 0.197 0.110 0.044 0.011 20 G 0.200 0.229 0.196 0.172 0.123 0.065 0.016 21 M 0.057 0.096 0.159 0.207 0.247 0.194 0.039 22 Q 0.028 0.062 0.113 0.213 0.278 0.259 0.046 23 T 0.023 0.058 0.077 0.139 0.226 0.343 0.134 24 L 0.019 0.074 0.161 0.270 0.268 0.179 0.029 25 E 0.013 0.081 0.220 0.317 0.237 0.110 0.022 26 A 0.002 0.003 0.006 0.024 0.139 0.573 0.253 27 L 0.003 0.023 0.068 0.208 0.344 0.317 0.037 28 D 0.010 0.175 0.368 0.295 0.120 0.028 0.003 29 A 0.001 0.003 0.022 0.149 0.413 0.383 0.030 30 V 0.001 0.002 0.005 0.028 0.192 0.617 0.154 31 R 0.017 0.192 0.334 0.294 0.131 0.031 0.002 32 R 0.007 0.092 0.324 0.422 0.139 0.016 0.001 33 A 0.001 0.001 0.005 0.033 0.213 0.605 0.142 34 D 0.001 0.018 0.076 0.263 0.411 0.210 0.021 35 V 0.001 0.003 0.025 0.117 0.340 0.408 0.107 36 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.045 0.404 0.541 37 Y 0.001 0.001 0.002 0.012 0.065 0.318 0.602 38 V 0.001 0.001 0.003 0.015 0.077 0.299 0.605 39 E 0.002 0.018 0.056 0.147 0.245 0.321 0.212 40 S 0.008 0.053 0.098 0.177 0.222 0.291 0.151 41 Y 0.008 0.032 0.073 0.170 0.297 0.303 0.118 42 T 0.070 0.109 0.133 0.181 0.217 0.225 0.065 43 M 0.071 0.107 0.159 0.209 0.197 0.187 0.071 44 P 0.238 0.249 0.200 0.151 0.085 0.054 0.022 45 G 0.205 0.202 0.178 0.163 0.132 0.090 0.029 46 S 0.123 0.085 0.089 0.130 0.194 0.253 0.125 47 S 0.083 0.112 0.145 0.216 0.221 0.174 0.048 48 W 0.087 0.225 0.269 0.212 0.125 0.064 0.018 49 L 0.024 0.052 0.098 0.220 0.320 0.237 0.050 50 Y 0.018 0.028 0.059 0.133 0.301 0.364 0.097 51 K 0.073 0.187 0.275 0.268 0.138 0.052 0.008 52 S 0.266 0.380 0.213 0.096 0.033 0.011 0.003 53 V 0.046 0.100 0.159 0.258 0.265 0.152 0.020 54 V 0.044 0.055 0.102 0.237 0.315 0.220 0.028 55 E 0.267 0.355 0.216 0.109 0.038 0.012 0.003 56 A 0.205 0.274 0.242 0.169 0.077 0.028 0.004 57 A 0.084 0.124 0.170 0.248 0.230 0.130 0.013 58 G 0.235 0.179 0.193 0.196 0.131 0.057 0.009 59 E 0.420 0.295 0.161 0.082 0.031 0.009 0.001 60 A 0.259 0.246 0.217 0.163 0.085 0.026 0.003 61 R 0.239 0.299 0.217 0.144 0.069 0.028 0.004 62 V 0.083 0.126 0.191 0.265 0.230 0.096 0.008 63 V 0.119 0.150 0.208 0.258 0.197 0.064 0.005 64 E 0.281 0.296 0.212 0.130 0.058 0.021 0.003 65 A 0.202 0.227 0.231 0.200 0.102 0.035 0.004 66 S 0.345 0.239 0.176 0.137 0.073 0.027 0.002 67 R 0.387 0.266 0.170 0.111 0.049 0.015 0.001 68 R 0.420 0.241 0.148 0.102 0.060 0.026 0.003 69 D 0.439 0.276 0.136 0.085 0.045 0.017 0.002 70 L 0.148 0.267 0.287 0.203 0.080 0.016 0.001 71 E 0.434 0.362 0.144 0.046 0.011 0.002 0.001 72 E 0.433 0.402 0.124 0.032 0.007 0.001 0.001 73 R 0.018 0.107 0.250 0.360 0.218 0.045 0.001 74 S 0.010 0.028 0.079 0.291 0.414 0.170 0.008 75 R 0.071 0.340 0.376 0.171 0.037 0.005 0.001 76 E 0.031 0.223 0.427 0.255 0.059 0.005 0.001 77 I 0.002 0.003 0.009 0.064 0.363 0.536 0.023 78 V 0.001 0.013 0.086 0.354 0.430 0.114 0.003 79 S 0.081 0.628 0.240 0.045 0.005 0.001 0.001 80 R 0.004 0.084 0.318 0.447 0.131 0.015 0.001 81 A 0.002 0.007 0.036 0.228 0.511 0.212 0.005 82 L 0.093 0.387 0.344 0.149 0.027 0.001 0.001 83 D 0.676 0.274 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 84 A 0.080 0.306 0.397 0.177 0.036 0.004 0.001 85 V 0.070 0.320 0.338 0.200 0.062 0.011 0.001 86 V 0.006 0.028 0.092 0.261 0.402 0.195 0.016 87 A 0.002 0.012 0.031 0.086 0.247 0.509 0.113 88 V 0.001 0.015 0.057 0.161 0.294 0.348 0.124 89 V 0.001 0.001 0.003 0.023 0.134 0.469 0.370 90 T 0.005 0.039 0.094 0.184 0.242 0.265 0.171 91 A 0.005 0.028 0.058 0.120 0.203 0.366 0.221 92 G 0.003 0.015 0.048 0.134 0.245 0.335 0.219 93 D 0.003 0.006 0.018 0.062 0.184 0.417 0.310 94 P 0.004 0.007 0.011 0.025 0.068 0.288 0.597 95 M 0.006 0.009 0.013 0.029 0.080 0.300 0.562 96 V 0.004 0.007 0.011 0.022 0.067 0.267 0.622 97 A 0.004 0.009 0.015 0.041 0.110 0.319 0.502 98 T 0.007 0.023 0.054 0.127 0.215 0.353 0.220 99 T 0.012 0.027 0.044 0.105 0.210 0.369 0.234 100 H 0.011 0.019 0.031 0.057 0.128 0.335 0.418 101 S 0.015 0.047 0.106 0.198 0.246 0.271 0.116 102 S 0.024 0.103 0.186 0.227 0.221 0.157 0.081 103 L 0.003 0.013 0.030 0.081 0.233 0.458 0.182 104 A 0.006 0.010 0.017 0.062 0.219 0.504 0.183 105 A 0.014 0.137 0.301 0.329 0.159 0.055 0.005 106 E 0.002 0.042 0.209 0.438 0.254 0.052 0.003 107 A 0.002 0.004 0.011 0.073 0.329 0.514 0.067 108 L 0.006 0.076 0.263 0.421 0.208 0.026 0.001 109 E 0.332 0.485 0.151 0.028 0.004 0.001 0.001 110 A 0.098 0.342 0.381 0.154 0.024 0.002 0.001 111 G 0.278 0.474 0.194 0.047 0.006 0.001 0.001 112 V 0.009 0.041 0.142 0.361 0.378 0.068 0.001 113 A 0.077 0.346 0.364 0.163 0.042 0.007 0.001 114 V 0.001 0.007 0.030 0.150 0.376 0.399 0.037 115 R 0.003 0.025 0.081 0.213 0.358 0.271 0.050 116 Y 0.001 0.003 0.014 0.061 0.194 0.476 0.250 117 I 0.001 0.004 0.011 0.033 0.093 0.337 0.521 118 P 0.001 0.005 0.012 0.033 0.086 0.295 0.568 119 G 0.001 0.003 0.007 0.024 0.073 0.243 0.650 120 V 0.001 0.003 0.006 0.016 0.055 0.255 0.664 121 S 0.002 0.005 0.012 0.036 0.089 0.275 0.581 122 G 0.001 0.003 0.006 0.017 0.062 0.268 0.644 123 V 0.003 0.005 0.008 0.024 0.085 0.282 0.594 124 Q 0.004 0.008 0.016 0.034 0.067 0.208 0.662 125 A 0.006 0.009 0.015 0.029 0.057 0.180 0.704 126 A 0.007 0.011 0.014 0.028 0.053 0.180 0.706 127 R 0.009 0.015 0.029 0.073 0.142 0.255 0.476 128 G 0.009 0.021 0.029 0.054 0.085 0.254 0.549 129 A 0.005 0.012 0.022 0.061 0.136 0.305 0.458 130 T 0.004 0.015 0.028 0.055 0.103 0.331 0.466 131 M 0.008 0.025 0.057 0.152 0.214 0.274 0.270 132 L 0.012 0.027 0.044 0.072 0.123 0.323 0.397 133 S 0.014 0.040 0.067 0.140 0.203 0.284 0.252 134 F 0.007 0.015 0.029 0.063 0.135 0.346 0.404 135 Y 0.023 0.063 0.090 0.170 0.246 0.247 0.161 136 R 0.035 0.079 0.123 0.165 0.207 0.237 0.155 137 F 0.050 0.074 0.091 0.142 0.194 0.251 0.198 138 G 0.078 0.109 0.134 0.149 0.160 0.190 0.180 139 G 0.047 0.054 0.067 0.113 0.162 0.257 0.300 140 T 0.055 0.040 0.038 0.066 0.133 0.270 0.399 141 V 0.038 0.037 0.044 0.074 0.115 0.234 0.457 142 T 0.036 0.026 0.034 0.056 0.093 0.206 0.549 143 L 0.029 0.019 0.019 0.032 0.065 0.184 0.652 144 P 0.030 0.021 0.021 0.036 0.071 0.199 0.623 145 G 0.034 0.026 0.028 0.047 0.092 0.222 0.552 146 P 0.028 0.028 0.034 0.059 0.111 0.253 0.488 147 W 0.020 0.032 0.052 0.100 0.168 0.295 0.332 148 R 0.040 0.064 0.092 0.159 0.219 0.257 0.169 149 G 0.042 0.050 0.073 0.127 0.220 0.301 0.187 150 V 0.044 0.064 0.098 0.158 0.217 0.290 0.128 151 T 0.042 0.088 0.145 0.228 0.244 0.193 0.061 152 P 0.128 0.190 0.195 0.199 0.158 0.099 0.031 153 I 0.150 0.176 0.196 0.211 0.153 0.092 0.022 154 S 0.381 0.254 0.135 0.099 0.065 0.049 0.018 155 V 0.116 0.143 0.177 0.204 0.187 0.136 0.037 156 A 0.092 0.145 0.184 0.214 0.194 0.142 0.029 157 R 0.257 0.319 0.203 0.115 0.060 0.035 0.012 158 R 0.140 0.216 0.231 0.194 0.125 0.075 0.019 159 I 0.100 0.111 0.124 0.181 0.209 0.211 0.064 160 Y 0.097 0.150 0.183 0.214 0.179 0.130 0.047 161 L 0.094 0.160 0.177 0.195 0.183 0.149 0.042 162 N 0.065 0.103 0.123 0.158 0.208 0.223 0.120 163 L 0.020 0.040 0.065 0.126 0.208 0.334 0.207 164 C 0.024 0.046 0.071 0.124 0.205 0.305 0.225 165 A 0.012 0.033 0.069 0.144 0.214 0.280 0.249 166 G 0.012 0.017 0.031 0.064 0.141 0.296 0.439 167 L 0.005 0.008 0.013 0.031 0.068 0.228 0.647 168 H 0.004 0.004 0.008 0.019 0.054 0.207 0.704 169 T 0.003 0.006 0.011 0.028 0.082 0.241 0.629 170 T 0.002 0.004 0.008 0.024 0.089 0.292 0.581 171 A 0.001 0.003 0.006 0.024 0.102 0.388 0.476 172 L 0.001 0.003 0.006 0.021 0.099 0.411 0.460 173 L 0.002 0.022 0.071 0.197 0.322 0.310 0.075 174 D 0.004 0.057 0.170 0.300 0.263 0.164 0.042 175 V 0.001 0.007 0.034 0.148 0.357 0.380 0.074 176 D 0.048 0.177 0.244 0.263 0.186 0.072 0.009 177 E 0.231 0.371 0.229 0.110 0.044 0.012 0.002 178 R 0.108 0.263 0.287 0.209 0.095 0.033 0.005 179 G 0.064 0.201 0.231 0.230 0.155 0.102 0.017 180 V 0.007 0.031 0.098 0.251 0.364 0.217 0.032 181 Q 0.007 0.010 0.034 0.109 0.258 0.419 0.163 182 L 0.005 0.005 0.006 0.014 0.060 0.387 0.523 183 S 0.005 0.005 0.007 0.018 0.058 0.242 0.665 184 P 0.005 0.008 0.013 0.028 0.067 0.213 0.666 185 G 0.008 0.015 0.025 0.060 0.141 0.287 0.464 186 Q 0.009 0.028 0.060 0.117 0.174 0.303 0.310 187 G 0.012 0.020 0.036 0.086 0.184 0.389 0.273 188 V 0.035 0.055 0.080 0.143 0.230 0.321 0.136 189 S 0.042 0.109 0.177 0.249 0.225 0.156 0.043 190 L 0.020 0.064 0.128 0.217 0.266 0.239 0.066 191 L 0.010 0.016 0.026 0.066 0.200 0.478 0.203 192 L 0.048 0.115 0.178 0.266 0.228 0.143 0.023 193 E 0.083 0.284 0.299 0.204 0.091 0.034 0.006 194 A 0.014 0.045 0.120 0.272 0.348 0.182 0.020 195 D 0.046 0.108 0.171 0.254 0.268 0.141 0.013 196 R 0.152 0.298 0.282 0.185 0.067 0.014 0.001 197 E 0.413 0.391 0.142 0.042 0.010 0.002 0.001 198 Y 0.076 0.228 0.319 0.266 0.090 0.021 0.001 199 A 0.026 0.054 0.131 0.336 0.364 0.087 0.002 200 R 0.252 0.376 0.264 0.088 0.019 0.002 0.001 201 E 0.616 0.287 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 202 A 0.325 0.237 0.201 0.157 0.066 0.013 0.001 203 G 0.502 0.199 0.133 0.107 0.048 0.010 0.001 204 A 0.503 0.247 0.145 0.077 0.025 0.004 0.001 205 P 0.514 0.337 0.107 0.032 0.008 0.002 0.001 206 A 0.194 0.267 0.233 0.190 0.091 0.023 0.002 207 L 0.093 0.151 0.233 0.281 0.186 0.052 0.004 208 L 0.254 0.260 0.210 0.179 0.079 0.017 0.001 209 A 0.259 0.316 0.218 0.139 0.055 0.012 0.001 210 R 0.127 0.300 0.244 0.191 0.095 0.037 0.007 211 L 0.004 0.026 0.094 0.262 0.388 0.200 0.027 212 P 0.001 0.007 0.033 0.139 0.302 0.393 0.125 213 S 0.001 0.001 0.003 0.008 0.056 0.419 0.512 214 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.247 0.708 215 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.158 0.812 216 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.206 0.755 217 E 0.001 0.007 0.020 0.058 0.126 0.301 0.487 218 A 0.001 0.006 0.016 0.053 0.159 0.409 0.355 219 G 0.020 0.076 0.124 0.216 0.238 0.221 0.106 220 A 0.030 0.057 0.081 0.154 0.241 0.330 0.107 221 G 0.073 0.155 0.200 0.243 0.188 0.113 0.028 222 G 0.160 0.212 0.250 0.213 0.113 0.042 0.010 223 G 0.507 0.295 0.117 0.051 0.018 0.008 0.004 224 H 0.341 0.294 0.178 0.112 0.052 0.019 0.005 225 R 0.093 0.133 0.194 0.229 0.201 0.122 0.028 226 V 0.095 0.178 0.220 0.211 0.163 0.104 0.030 227 L 0.026 0.059 0.109 0.183 0.251 0.268 0.104 228 Y 0.015 0.040 0.078 0.174 0.275 0.320 0.098 229 W 0.024 0.088 0.166 0.242 0.237 0.192 0.050 230 S 0.040 0.121 0.178 0.232 0.232 0.159 0.038 231 S 0.016 0.104 0.192 0.252 0.245 0.164 0.027 232 L 0.006 0.013 0.046 0.198 0.405 0.304 0.030 233 E 0.150 0.476 0.267 0.087 0.017 0.003 0.001 234 R 0.048 0.253 0.374 0.257 0.060 0.008 0.001 235 L 0.006 0.012 0.042 0.221 0.477 0.234 0.008 236 S 0.045 0.243 0.381 0.255 0.070 0.006 0.001 237 T 0.425 0.425 0.115 0.029 0.005 0.001 0.001 238 A 0.094 0.280 0.328 0.221 0.065 0.011 0.001 239 D 0.131 0.226 0.283 0.248 0.096 0.015 0.001 240 V 0.491 0.307 0.129 0.056 0.015 0.002 0.001 241 E 0.638 0.237 0.084 0.031 0.008 0.001 0.001 242 G 0.185 0.297 0.267 0.179 0.062 0.010 0.001 243 G 0.136 0.351 0.266 0.166 0.061 0.017 0.002 244 V 0.003 0.021 0.084 0.251 0.390 0.223 0.028 245 Y 0.001 0.003 0.020 0.100 0.310 0.463 0.104 246 S 0.001 0.001 0.005 0.024 0.116 0.517 0.336 247 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.302 0.660 248 V 0.001 0.001 0.003 0.014 0.068 0.329 0.585 249 I 0.001 0.001 0.003 0.023 0.135 0.465 0.373 250 P 0.002 0.014 0.048 0.152 0.308 0.376 0.101 251 A 0.015 0.073 0.147 0.249 0.279 0.205 0.032 252 R 0.094 0.262 0.264 0.203 0.112 0.056 0.010 253 L 0.074 0.104 0.158 0.253 0.250 0.145 0.016 254 S 0.324 0.259 0.172 0.127 0.071 0.039 0.009 255 G 0.356 0.306 0.162 0.092 0.047 0.027 0.009 256 V 0.103 0.142 0.177 0.219 0.206 0.127 0.027 257 E 0.092 0.179 0.213 0.219 0.165 0.106 0.027 258 E 0.155 0.263 0.228 0.162 0.103 0.068 0.021 259 W 0.065 0.134 0.196 0.235 0.200 0.137 0.032 260 L 0.043 0.056 0.090 0.193 0.278 0.271 0.068 261 L 0.063 0.103 0.155 0.222 0.227 0.184 0.046 262 A 0.147 0.181 0.190 0.200 0.151 0.105 0.025 263 A 0.135 0.128 0.142 0.191 0.217 0.156 0.030 264 A 0.165 0.162 0.194 0.231 0.166 0.073 0.009 265 S 0.393 0.256 0.159 0.109 0.057 0.023 0.003 266 G 0.428 0.264 0.163 0.097 0.038 0.010 0.001 267 Q 0.622 0.227 0.087 0.042 0.016 0.005 0.001 268 R 0.291 0.239 0.208 0.158 0.079 0.024 0.002 269 R 0.236 0.223 0.227 0.185 0.098 0.028 0.003 270 P 0.339 0.263 0.177 0.129 0.068 0.022 0.002 271 L 0.155 0.185 0.233 0.232 0.146 0.046 0.004 272 E 0.247 0.269 0.202 0.157 0.089 0.033 0.003 273 Y 0.102 0.157 0.246 0.281 0.166 0.045 0.003 274 D 0.392 0.290 0.165 0.095 0.044 0.014 0.001 275 R 0.324 0.286 0.210 0.122 0.045 0.011 0.001 276 S 0.399 0.259 0.161 0.117 0.049 0.013 0.001 277 V 0.244 0.233 0.230 0.188 0.083 0.021 0.001 278 Y 0.418 0.273 0.169 0.094 0.037 0.008 0.001 279 E 0.520 0.306 0.117 0.042 0.012 0.003 0.001 280 T 0.164 0.190 0.244 0.252 0.125 0.025 0.001 281 V 0.196 0.257 0.258 0.193 0.079 0.017 0.001 282 E 0.453 0.306 0.154 0.066 0.019 0.003 0.001 283 E 0.523 0.281 0.128 0.052 0.014 0.002 0.001 284 N 0.431 0.321 0.148 0.073 0.022 0.005 0.001 285 C 0.141 0.199 0.277 0.263 0.102 0.016 0.001 286 K 0.669 0.229 0.068 0.026 0.007 0.001 0.001 287 K 0.610 0.247 0.100 0.035 0.008 0.001 0.001 288 G 0.452 0.291 0.162 0.074 0.019 0.003 0.001 289 V 0.499 0.307 0.130 0.049 0.013 0.003 0.001 290 Y 0.159 0.196 0.246 0.245 0.123 0.030 0.001 291 M 0.126 0.115 0.154 0.247 0.243 0.109 0.006 292 E 0.213 0.235 0.205 0.195 0.111 0.037 0.004 293 P 0.326 0.278 0.202 0.124 0.050 0.018 0.002 294 V 0.321 0.229 0.197 0.146 0.079 0.025 0.003