# TARGET T0263 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.008 0.719 0.005 0.010 0.012 0.001 0.001 0.009 0.133 0.023 0.038 0.038 2 A 0.027 0.010 0.575 0.018 0.005 0.005 0.006 0.001 0.045 0.131 0.018 0.052 0.107 3 T 0.225 0.010 0.128 0.016 0.001 0.003 0.045 0.007 0.129 0.036 0.006 0.130 0.264 4 L 0.394 0.002 0.044 0.112 0.001 0.003 0.092 0.024 0.076 0.007 0.001 0.049 0.197 5 L 0.541 0.001 0.022 0.007 0.001 0.002 0.102 0.014 0.025 0.002 0.001 0.221 0.063 6 Q 0.527 0.001 0.017 0.011 0.001 0.003 0.149 0.018 0.022 0.001 0.001 0.027 0.222 7 L 0.426 0.002 0.049 0.010 0.001 0.004 0.136 0.015 0.042 0.004 0.001 0.228 0.084 8 H 0.297 0.004 0.080 0.018 0.001 0.003 0.106 0.004 0.063 0.014 0.004 0.041 0.363 9 F 0.072 0.006 0.329 0.010 0.004 0.006 0.015 0.001 0.055 0.083 0.015 0.288 0.115 10 A 0.016 0.014 0.386 0.005 0.013 0.005 0.003 0.001 0.021 0.243 0.113 0.026 0.155 11 F 0.002 0.027 0.387 0.003 0.021 0.006 0.001 0.001 0.012 0.315 0.183 0.029 0.015 12 N 0.001 0.013 0.493 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.004 0.290 0.141 0.008 0.027 13 G 0.001 0.019 0.587 0.001 0.018 0.012 0.001 0.001 0.004 0.299 0.047 0.004 0.010 14 P 0.001 0.023 0.552 0.001 0.051 0.055 0.001 0.001 0.003 0.164 0.132 0.005 0.013 15 F 0.001 0.014 0.377 0.001 0.065 0.113 0.001 0.001 0.001 0.199 0.223 0.003 0.006 16 G 0.001 0.007 0.298 0.001 0.025 0.350 0.001 0.001 0.001 0.233 0.084 0.001 0.002 17 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 25 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.010 0.901 0.001 0.001 0.001 0.008 0.060 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.033 0.001 0.017 0.886 0.001 0.001 0.001 0.028 0.035 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.038 0.868 0.001 0.001 0.001 0.009 0.064 0.001 0.001 29 S 0.001 0.001 0.018 0.001 0.051 0.857 0.001 0.001 0.001 0.014 0.057 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.034 0.001 0.091 0.794 0.001 0.001 0.001 0.019 0.059 0.001 0.001 31 N 0.001 0.004 0.031 0.001 0.094 0.581 0.001 0.001 0.001 0.020 0.265 0.001 0.002 32 Q 0.001 0.005 0.060 0.001 0.054 0.444 0.001 0.001 0.001 0.086 0.345 0.001 0.004 33 E 0.001 0.006 0.445 0.001 0.029 0.138 0.001 0.001 0.001 0.296 0.075 0.005 0.004 34 P 0.001 0.003 0.110 0.001 0.078 0.036 0.001 0.001 0.001 0.086 0.679 0.001 0.006 35 G 0.001 0.003 0.086 0.002 0.072 0.010 0.001 0.001 0.002 0.114 0.697 0.008 0.005 36 F 0.057 0.034 0.329 0.003 0.059 0.011 0.015 0.003 0.052 0.139 0.065 0.029 0.204 37 L 0.328 0.013 0.149 0.019 0.005 0.004 0.044 0.006 0.128 0.036 0.008 0.178 0.082 38 W 0.593 0.002 0.037 0.028 0.001 0.001 0.020 0.002 0.033 0.015 0.002 0.041 0.226 39 K 0.550 0.001 0.052 0.036 0.002 0.002 0.022 0.005 0.029 0.006 0.001 0.168 0.125 40 V 0.683 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.022 0.002 0.006 0.006 0.001 0.077 0.171 41 W 0.647 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.029 0.001 0.005 0.001 0.001 0.091 0.189 42 T 0.551 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.005 0.002 0.001 0.215 0.184 43 E 0.379 0.012 0.061 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.012 0.003 0.056 0.441 44 S 0.014 0.015 0.576 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.098 0.023 0.044 0.219 45 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.159 0.803 0.002 0.001 46 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.162 0.801 0.001 0.001 47 N 0.001 0.006 0.202 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.535 0.197 0.011 0.029 48 H 0.006 0.017 0.672 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.129 0.065 0.034 0.059 49 E 0.040 0.150 0.206 0.016 0.004 0.003 0.009 0.001 0.006 0.074 0.022 0.058 0.412 50 A 0.082 0.034 0.252 0.063 0.004 0.002 0.017 0.002 0.009 0.040 0.022 0.311 0.162 51 G 0.062 0.004 0.184 0.274 0.004 0.003 0.013 0.001 0.004 0.154 0.048 0.100 0.148 52 G 0.257 0.011 0.157 0.013 0.006 0.004 0.081 0.006 0.016 0.029 0.013 0.177 0.231 53 I 0.443 0.005 0.040 0.009 0.006 0.006 0.229 0.011 0.015 0.009 0.004 0.041 0.182 54 Y 0.527 0.004 0.022 0.003 0.002 0.004 0.199 0.013 0.038 0.004 0.003 0.143 0.038 55 L 0.396 0.005 0.054 0.006 0.002 0.005 0.145 0.030 0.114 0.008 0.009 0.025 0.202 56 F 0.223 0.015 0.181 0.035 0.004 0.009 0.063 0.006 0.102 0.084 0.027 0.154 0.098 57 T 0.029 0.032 0.382 0.002 0.003 0.012 0.005 0.001 0.055 0.275 0.012 0.124 0.068 58 D 0.001 0.032 0.582 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.019 0.122 0.007 0.002 0.205 59 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 0.908 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 61 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.907 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.035 0.001 0.007 0.906 0.001 0.001 0.001 0.022 0.029 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.011 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 69 H 0.001 0.001 0.020 0.001 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.019 0.903 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 0.001 0.001 75 N 0.001 0.001 0.025 0.002 0.033 0.684 0.001 0.001 0.002 0.031 0.219 0.001 0.002 76 L 0.001 0.003 0.088 0.001 0.040 0.343 0.001 0.002 0.005 0.090 0.418 0.003 0.006 77 G 0.001 0.022 0.239 0.001 0.042 0.121 0.001 0.006 0.023 0.114 0.403 0.011 0.015 78 V 0.001 0.010 0.560 0.004 0.039 0.051 0.001 0.004 0.019 0.166 0.097 0.010 0.037 79 E 0.001 0.011 0.203 0.098 0.038 0.033 0.001 0.006 0.027 0.432 0.109 0.029 0.012 80 E 0.005 0.008 0.232 0.084 0.046 0.031 0.004 0.010 0.090 0.268 0.136 0.034 0.053 81 V 0.041 0.009 0.298 0.011 0.007 0.017 0.038 0.049 0.251 0.046 0.017 0.043 0.172 82 V 0.054 0.008 0.050 0.005 0.001 0.006 0.086 0.231 0.361 0.008 0.004 0.144 0.042 83 A 0.060 0.004 0.023 0.005 0.001 0.010 0.109 0.354 0.295 0.006 0.001 0.015 0.116 84 K 0.103 0.002 0.056 0.050 0.002 0.013 0.125 0.244 0.277 0.006 0.003 0.100 0.020 85 V 0.120 0.006 0.050 0.017 0.006 0.024 0.151 0.166 0.261 0.011 0.009 0.018 0.162 86 F 0.165 0.008 0.107 0.031 0.017 0.042 0.100 0.086 0.128 0.038 0.026 0.181 0.070 87 D 0.081 0.010 0.241 0.023 0.022 0.061 0.037 0.016 0.102 0.099 0.054 0.050 0.203 88 V 0.040 0.012 0.278 0.016 0.033 0.157 0.012 0.004 0.027 0.130 0.080 0.093 0.116 89 N 0.034 0.018 0.215 0.029 0.045 0.270 0.010 0.003 0.019 0.092 0.126 0.023 0.115 90 E 0.025 0.008 0.215 0.023 0.029 0.335 0.006 0.001 0.020 0.139 0.056 0.105 0.037 91 P 0.026 0.015 0.221 0.005 0.027 0.424 0.006 0.005 0.023 0.038 0.060 0.025 0.126 92 L 0.045 0.022 0.154 0.015 0.029 0.545 0.007 0.004 0.010 0.031 0.040 0.026 0.071 93 S 0.046 0.013 0.128 0.019 0.047 0.527 0.008 0.004 0.010 0.051 0.047 0.055 0.044 94 Q 0.034 0.006 0.066 0.007 0.107 0.558 0.008 0.001 0.007 0.039 0.105 0.008 0.053 95 I 0.054 0.011 0.075 0.004 0.060 0.486 0.010 0.001 0.008 0.051 0.159 0.037 0.046 96 N 0.020 0.013 0.114 0.004 0.040 0.194 0.005 0.001 0.005 0.065 0.475 0.037 0.028 97 Q 0.008 0.006 0.210 0.009 0.015 0.086 0.001 0.001 0.003 0.237 0.378 0.014 0.034 98 A 0.005 0.011 0.419 0.004 0.007 0.052 0.001 0.001 0.002 0.312 0.032 0.101 0.053 99 K 0.003 0.082 0.537 0.001 0.005 0.036 0.003 0.001 0.008 0.070 0.031 0.020 0.204 100 L 0.001 0.012 0.922 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.015 0.022 101 A 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006