# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.9651 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.069 0.073 0.133 0.104 0.101 0.119 0.092 0.089 0.071 0.059 2 A 0.119 0.123 0.112 0.186 0.157 0.110 0.105 0.045 0.026 0.012 0.005 3 T 0.019 0.055 0.079 0.237 0.215 0.167 0.142 0.052 0.022 0.008 0.004 4 L 0.002 0.003 0.006 0.016 0.024 0.041 0.107 0.170 0.216 0.245 0.168 5 L 0.001 0.002 0.007 0.022 0.040 0.069 0.206 0.214 0.207 0.146 0.086 6 Q 0.001 0.013 0.047 0.120 0.103 0.110 0.161 0.146 0.138 0.102 0.058 7 L 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.027 0.105 0.175 0.259 0.251 0.158 8 H 0.019 0.068 0.063 0.254 0.228 0.140 0.125 0.058 0.029 0.011 0.004 9 F 0.003 0.006 0.007 0.015 0.023 0.033 0.112 0.149 0.220 0.245 0.188 10 A 0.096 0.178 0.129 0.339 0.167 0.055 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 11 F 0.037 0.046 0.023 0.079 0.120 0.151 0.254 0.136 0.091 0.046 0.018 12 N 0.312 0.252 0.084 0.191 0.083 0.037 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 13 G 0.098 0.051 0.013 0.057 0.069 0.085 0.180 0.141 0.146 0.102 0.059 14 P 0.554 0.213 0.047 0.071 0.037 0.023 0.022 0.012 0.009 0.007 0.004 15 F 0.054 0.139 0.024 0.100 0.114 0.149 0.147 0.094 0.083 0.063 0.033 16 G 0.098 0.206 0.052 0.141 0.125 0.118 0.100 0.060 0.051 0.031 0.019 17 D 0.690 0.119 0.065 0.080 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.260 0.143 0.149 0.187 0.115 0.064 0.053 0.016 0.008 0.003 0.002 19 M 0.005 0.008 0.024 0.031 0.031 0.082 0.236 0.221 0.182 0.121 0.060 20 A 0.002 0.005 0.063 0.103 0.171 0.225 0.274 0.093 0.042 0.017 0.005 21 E 0.012 0.018 0.882 0.062 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.008 0.071 0.105 0.179 0.272 0.228 0.074 0.038 0.019 0.006 23 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.005 0.057 0.114 0.241 0.306 0.265 24 K 0.003 0.014 0.324 0.273 0.243 0.097 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 25 P 0.046 0.043 0.846 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.002 0.008 0.015 0.030 0.104 0.346 0.190 0.163 0.096 0.046 27 A 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.037 0.223 0.222 0.245 0.164 0.089 28 E 0.033 0.044 0.743 0.132 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.024 0.086 0.431 0.152 0.127 0.099 0.060 0.013 0.006 0.002 0.001 30 I 0.003 0.002 0.004 0.006 0.009 0.022 0.082 0.116 0.220 0.265 0.270 31 N 0.096 0.099 0.090 0.143 0.155 0.162 0.168 0.049 0.025 0.010 0.004 32 Q 0.113 0.138 0.462 0.173 0.065 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 33 E 0.081 0.081 0.053 0.109 0.125 0.151 0.185 0.096 0.057 0.038 0.024 34 P 0.155 0.129 0.040 0.113 0.088 0.102 0.133 0.082 0.073 0.052 0.033 35 G 0.237 0.116 0.054 0.120 0.117 0.112 0.109 0.053 0.043 0.025 0.014 36 F 0.017 0.017 0.014 0.046 0.048 0.063 0.141 0.158 0.188 0.176 0.133 37 L 0.011 0.026 0.028 0.090 0.107 0.140 0.214 0.148 0.116 0.074 0.047 38 W 0.012 0.030 0.030 0.126 0.126 0.138 0.170 0.139 0.115 0.076 0.039 39 K 0.007 0.008 0.009 0.025 0.036 0.062 0.159 0.210 0.224 0.171 0.089 40 V 0.007 0.021 0.024 0.095 0.113 0.127 0.187 0.151 0.143 0.088 0.044 41 W 0.004 0.012 0.013 0.038 0.047 0.060 0.151 0.169 0.211 0.183 0.111 42 T 0.010 0.022 0.025 0.088 0.097 0.101 0.184 0.167 0.153 0.097 0.054 43 E 0.064 0.101 0.061 0.161 0.158 0.140 0.154 0.080 0.050 0.023 0.009 44 S 0.104 0.161 0.052 0.181 0.138 0.111 0.112 0.064 0.042 0.023 0.011 45 E 0.279 0.143 0.060 0.128 0.101 0.086 0.080 0.048 0.037 0.023 0.014 46 K 0.479 0.187 0.076 0.125 0.061 0.032 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 47 N 0.288 0.228 0.083 0.165 0.094 0.059 0.044 0.020 0.011 0.006 0.003 48 H 0.093 0.104 0.053 0.169 0.153 0.151 0.127 0.068 0.043 0.025 0.013 49 E 0.077 0.161 0.121 0.237 0.175 0.115 0.073 0.022 0.011 0.005 0.002 50 A 0.004 0.004 0.006 0.018 0.028 0.045 0.140 0.173 0.216 0.201 0.165 51 G 0.011 0.033 0.021 0.134 0.172 0.172 0.194 0.112 0.078 0.047 0.026 52 G 0.008 0.016 0.012 0.050 0.073 0.103 0.204 0.182 0.163 0.118 0.071 53 I 0.004 0.006 0.009 0.032 0.043 0.074 0.146 0.161 0.194 0.183 0.148 54 Y 0.001 0.003 0.004 0.016 0.028 0.045 0.157 0.201 0.229 0.197 0.119 55 L 0.005 0.018 0.023 0.096 0.103 0.093 0.186 0.159 0.151 0.106 0.060 56 F 0.001 0.002 0.005 0.009 0.016 0.032 0.137 0.174 0.269 0.216 0.139 57 T 0.085 0.208 0.146 0.318 0.157 0.052 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 58 D 0.017 0.196 0.052 0.124 0.097 0.128 0.179 0.097 0.058 0.036 0.015 59 E 0.102 0.101 0.085 0.231 0.240 0.136 0.073 0.020 0.010 0.003 0.001 60 K 0.816 0.103 0.045 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.006 0.021 0.044 0.168 0.189 0.221 0.212 0.080 0.038 0.015 0.005 62 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.016 0.103 0.176 0.260 0.252 0.178 63 L 0.002 0.007 0.211 0.302 0.260 0.148 0.054 0.011 0.004 0.001 0.001 64 A 0.011 0.028 0.771 0.109 0.049 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.075 0.297 0.213 0.192 0.131 0.065 66 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.022 0.184 0.232 0.268 0.190 0.086 67 E 0.023 0.039 0.687 0.172 0.057 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.033 0.076 0.440 0.179 0.137 0.083 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 69 H 0.001 0.002 0.006 0.006 0.006 0.017 0.083 0.139 0.262 0.266 0.211 70 T 0.008 0.011 0.031 0.083 0.146 0.251 0.280 0.097 0.056 0.025 0.011 71 A 0.038 0.048 0.736 0.086 0.040 0.023 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 72 R 0.005 0.014 0.042 0.090 0.129 0.218 0.302 0.108 0.053 0.026 0.012 73 L 0.004 0.003 0.010 0.006 0.006 0.010 0.047 0.099 0.213 0.297 0.304 74 K 0.012 0.027 0.174 0.228 0.235 0.177 0.095 0.031 0.014 0.006 0.003 75 N 0.094 0.099 0.571 0.139 0.058 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 76 L 0.009 0.015 0.012 0.040 0.074 0.156 0.302 0.165 0.108 0.080 0.038 77 G 0.224 0.253 0.053 0.138 0.096 0.069 0.072 0.035 0.028 0.017 0.013 78 V 0.010 0.010 0.010 0.023 0.034 0.047 0.099 0.123 0.208 0.199 0.236 79 E 0.300 0.201 0.132 0.201 0.090 0.043 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 80 E 0.118 0.185 0.092 0.307 0.164 0.079 0.038 0.010 0.004 0.001 0.001 81 V 0.008 0.004 0.003 0.008 0.011 0.025 0.081 0.127 0.225 0.256 0.253 82 V 0.018 0.084 0.092 0.333 0.245 0.134 0.064 0.016 0.008 0.003 0.002 83 A 0.002 0.003 0.006 0.009 0.011 0.019 0.074 0.126 0.237 0.262 0.252 84 K 0.035 0.062 0.094 0.295 0.231 0.143 0.090 0.029 0.012 0.005 0.003 85 V 0.031 0.062 0.047 0.106 0.098 0.110 0.198 0.138 0.112 0.067 0.030 86 F 0.015 0.018 0.031 0.068 0.070 0.082 0.133 0.135 0.180 0.147 0.122 87 D 0.098 0.193 0.148 0.238 0.155 0.084 0.050 0.017 0.009 0.004 0.002 88 V 0.034 0.047 0.039 0.071 0.063 0.058 0.114 0.136 0.166 0.156 0.116 89 N 0.115 0.131 0.063 0.144 0.150 0.127 0.124 0.063 0.044 0.022 0.017 90 E 0.345 0.188 0.070 0.143 0.094 0.061 0.051 0.022 0.014 0.008 0.004 91 P 0.209 0.133 0.085 0.162 0.136 0.107 0.090 0.036 0.023 0.013 0.006 92 L 0.036 0.023 0.027 0.042 0.036 0.043 0.087 0.107 0.174 0.196 0.228 93 S 0.077 0.133 0.111 0.159 0.130 0.118 0.124 0.063 0.046 0.026 0.014 94 Q 0.184 0.154 0.177 0.213 0.105 0.073 0.050 0.021 0.012 0.007 0.003 95 I 0.049 0.026 0.036 0.042 0.056 0.075 0.149 0.133 0.154 0.145 0.136 96 N 0.103 0.130 0.132 0.179 0.118 0.093 0.101 0.054 0.044 0.027 0.018 97 Q 0.092 0.105 0.086 0.204 0.172 0.118 0.101 0.051 0.035 0.024 0.013 98 A 0.171 0.121 0.133 0.105 0.082 0.082 0.104 0.068 0.061 0.043 0.030 99 K 0.132 0.145 0.163 0.245 0.150 0.082 0.052 0.016 0.009 0.004 0.002 100 L 0.028 0.029 0.034 0.042 0.043 0.054 0.117 0.124 0.176 0.184 0.166 101 A 0.098 0.140 0.111 0.187 0.149 0.101 0.087 0.051 0.040 0.023 0.014