# TARGET T0263 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.463 0.232 0.162 0.101 0.033 0.008 0.001 2 A 0.492 0.254 0.124 0.080 0.036 0.012 0.002 3 T 0.150 0.207 0.185 0.195 0.169 0.078 0.015 4 L 0.065 0.083 0.115 0.182 0.236 0.252 0.067 5 L 0.034 0.049 0.085 0.174 0.237 0.302 0.118 6 Q 0.080 0.103 0.135 0.184 0.226 0.221 0.051 7 L 0.028 0.038 0.054 0.115 0.295 0.418 0.053 8 H 0.030 0.095 0.248 0.389 0.182 0.052 0.003 9 F 0.026 0.044 0.071 0.215 0.411 0.218 0.015 10 A 0.111 0.338 0.360 0.151 0.035 0.004 0.001 11 F 0.175 0.218 0.204 0.252 0.126 0.024 0.001 12 N 0.450 0.382 0.123 0.037 0.008 0.002 0.001 13 G 0.228 0.209 0.202 0.221 0.108 0.031 0.001 14 P 0.402 0.300 0.179 0.080 0.030 0.008 0.001 15 F 0.227 0.280 0.202 0.175 0.094 0.021 0.001 16 G 0.134 0.259 0.305 0.210 0.075 0.015 0.001 17 D 0.661 0.282 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 18 A 0.148 0.423 0.298 0.108 0.020 0.002 0.001 19 M 0.012 0.034 0.100 0.288 0.430 0.133 0.003 20 A 0.028 0.266 0.389 0.249 0.061 0.007 0.001 21 E 0.269 0.547 0.144 0.032 0.007 0.001 0.001 22 Q 0.007 0.053 0.251 0.440 0.214 0.034 0.001 23 L 0.009 0.016 0.033 0.129 0.390 0.394 0.029 24 K 0.059 0.279 0.334 0.236 0.077 0.014 0.001 25 P 0.133 0.354 0.298 0.151 0.051 0.012 0.001 26 L 0.019 0.039 0.067 0.180 0.342 0.321 0.032 27 A 0.030 0.067 0.131 0.264 0.335 0.161 0.011 28 E 0.264 0.370 0.215 0.110 0.033 0.008 0.001 29 S 0.144 0.266 0.268 0.215 0.085 0.021 0.002 30 I 0.033 0.052 0.104 0.268 0.356 0.172 0.016 31 N 0.307 0.325 0.202 0.108 0.045 0.011 0.001 32 Q 0.564 0.291 0.093 0.041 0.009 0.002 0.001 33 E 0.312 0.247 0.187 0.160 0.073 0.019 0.002 34 P 0.418 0.247 0.156 0.104 0.053 0.020 0.003 35 G 0.362 0.201 0.143 0.134 0.098 0.052 0.008 36 F 0.107 0.094 0.131 0.213 0.240 0.181 0.033 37 L 0.134 0.142 0.161 0.206 0.204 0.124 0.028 38 W 0.040 0.062 0.086 0.166 0.261 0.306 0.080 39 K 0.035 0.053 0.087 0.157 0.241 0.341 0.087 40 V 0.032 0.031 0.059 0.131 0.200 0.370 0.177 41 W 0.054 0.064 0.097 0.184 0.281 0.269 0.051 42 T 0.065 0.054 0.072 0.155 0.313 0.294 0.047 43 E 0.192 0.224 0.218 0.215 0.112 0.036 0.004 44 S 0.308 0.335 0.207 0.113 0.031 0.005 0.001 45 E 0.378 0.272 0.171 0.119 0.051 0.010 0.001 46 K 0.569 0.252 0.102 0.050 0.020 0.006 0.001 47 N 0.441 0.290 0.163 0.079 0.022 0.004 0.001 48 H 0.346 0.325 0.173 0.102 0.041 0.011 0.002 49 E 0.186 0.241 0.222 0.192 0.110 0.043 0.007 50 A 0.114 0.120 0.149 0.213 0.213 0.154 0.036 51 G 0.078 0.109 0.140 0.211 0.213 0.174 0.075 52 G 0.057 0.067 0.091 0.152 0.201 0.252 0.180 53 I 0.030 0.042 0.067 0.114 0.193 0.343 0.211 54 Y 0.026 0.065 0.117 0.197 0.241 0.246 0.108 55 L 0.049 0.132 0.201 0.243 0.222 0.135 0.018 56 F 0.027 0.069 0.133 0.313 0.337 0.115 0.007 57 T 0.228 0.361 0.255 0.117 0.032 0.007 0.001 58 D 0.357 0.392 0.159 0.074 0.016 0.002 0.001 59 E 0.214 0.345 0.276 0.130 0.030 0.004 0.001 60 K 0.696 0.246 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 61 S 0.230 0.447 0.238 0.069 0.014 0.002 0.001 62 A 0.028 0.065 0.165 0.361 0.318 0.062 0.001 63 L 0.128 0.443 0.303 0.103 0.021 0.002 0.001 64 A 0.269 0.502 0.163 0.051 0.012 0.002 0.001 65 Y 0.025 0.100 0.262 0.405 0.180 0.027 0.001 66 L 0.031 0.059 0.157 0.361 0.318 0.072 0.002 67 E 0.365 0.473 0.125 0.031 0.005 0.001 0.001 68 K 0.233 0.386 0.247 0.102 0.027 0.005 0.001 69 H 0.037 0.072 0.120 0.274 0.332 0.154 0.012 70 T 0.111 0.293 0.292 0.203 0.083 0.017 0.001 71 A 0.338 0.394 0.169 0.075 0.019 0.003 0.001 72 R 0.082 0.179 0.254 0.278 0.166 0.039 0.002 73 L 0.087 0.127 0.172 0.294 0.240 0.076 0.005 74 K 0.358 0.376 0.162 0.074 0.023 0.006 0.001 75 N 0.358 0.354 0.169 0.086 0.027 0.006 0.001 76 L 0.140 0.229 0.231 0.214 0.130 0.051 0.006 77 G 0.136 0.168 0.191 0.224 0.191 0.082 0.008 78 V 0.162 0.160 0.164 0.225 0.185 0.092 0.012 79 E 0.186 0.293 0.235 0.179 0.081 0.023 0.002 80 E 0.155 0.334 0.272 0.159 0.062 0.016 0.002 81 V 0.017 0.052 0.105 0.261 0.344 0.200 0.022 82 V 0.025 0.138 0.258 0.339 0.181 0.055 0.005 83 A 0.007 0.011 0.026 0.091 0.303 0.473 0.089 84 K 0.019 0.141 0.288 0.328 0.164 0.054 0.006 85 V 0.013 0.051 0.116 0.229 0.294 0.257 0.040 86 F 0.010 0.043 0.086 0.193 0.327 0.302 0.040 87 D 0.049 0.209 0.262 0.262 0.147 0.064 0.008 88 V 0.017 0.049 0.094 0.198 0.289 0.291 0.062 89 N 0.038 0.109 0.151 0.252 0.269 0.160 0.022 90 E 0.144 0.276 0.250 0.192 0.102 0.032 0.004 91 P 0.065 0.188 0.260 0.269 0.149 0.061 0.008 92 L 0.037 0.046 0.080 0.194 0.344 0.269 0.031 93 S 0.103 0.220 0.247 0.233 0.145 0.047 0.005 94 Q 0.290 0.334 0.230 0.109 0.029 0.008 0.001 95 I 0.179 0.151 0.190 0.226 0.187 0.060 0.007 96 N 0.327 0.257 0.187 0.132 0.068 0.025 0.004 97 Q 0.493 0.222 0.142 0.089 0.040 0.013 0.002 98 A 0.591 0.209 0.088 0.060 0.034 0.016 0.003 99 K 0.522 0.223 0.121 0.082 0.037 0.013 0.002 100 L 0.511 0.186 0.129 0.099 0.054 0.018 0.002 101 A 0.619 0.208 0.086 0.052 0.024 0.009 0.001