# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.017 0.693 0.020 0.019 0.026 0.002 0.001 0.005 0.083 0.029 0.027 0.072 2 A 0.034 0.006 0.489 0.061 0.023 0.012 0.006 0.001 0.014 0.099 0.022 0.087 0.145 3 T 0.183 0.004 0.153 0.104 0.015 0.007 0.046 0.006 0.043 0.148 0.017 0.139 0.135 4 L 0.363 0.003 0.017 0.002 0.002 0.002 0.127 0.035 0.107 0.005 0.002 0.105 0.230 5 L 0.522 0.001 0.018 0.040 0.001 0.001 0.179 0.052 0.054 0.004 0.002 0.081 0.046 6 Q 0.624 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.144 0.061 0.057 0.001 0.001 0.045 0.058 7 L 0.577 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.117 0.060 0.060 0.004 0.002 0.086 0.064 8 H 0.370 0.004 0.071 0.005 0.001 0.001 0.139 0.045 0.147 0.018 0.005 0.058 0.136 9 F 0.166 0.011 0.224 0.012 0.003 0.003 0.053 0.035 0.122 0.042 0.020 0.189 0.119 10 A 0.047 0.021 0.450 0.007 0.021 0.007 0.015 0.009 0.052 0.075 0.155 0.031 0.111 11 F 0.005 0.024 0.302 0.004 0.040 0.013 0.003 0.003 0.018 0.186 0.356 0.019 0.027 12 N 0.001 0.015 0.290 0.004 0.022 0.017 0.001 0.001 0.006 0.337 0.287 0.006 0.013 13 G 0.001 0.006 0.354 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.606 0.017 0.005 0.001 14 P 0.001 0.035 0.577 0.001 0.021 0.037 0.001 0.001 0.002 0.168 0.147 0.001 0.012 15 F 0.001 0.065 0.385 0.001 0.048 0.108 0.001 0.001 0.003 0.231 0.152 0.003 0.005 16 G 0.001 0.003 0.134 0.001 0.034 0.749 0.001 0.001 0.001 0.046 0.032 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.019 0.934 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 25 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.902 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.024 0.924 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.096 0.820 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.001 0.001 29 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.102 0.802 0.001 0.001 0.001 0.006 0.078 0.001 0.001 30 I 0.001 0.003 0.026 0.001 0.131 0.760 0.001 0.001 0.001 0.022 0.057 0.001 0.001 31 N 0.001 0.004 0.041 0.001 0.052 0.499 0.001 0.001 0.001 0.033 0.366 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.005 0.086 0.002 0.041 0.225 0.001 0.001 0.002 0.161 0.473 0.001 0.002 33 E 0.001 0.003 0.394 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.577 0.011 0.002 0.001 34 P 0.001 0.004 0.363 0.004 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.114 0.473 0.001 0.004 35 G 0.002 0.029 0.201 0.003 0.039 0.014 0.001 0.001 0.007 0.164 0.510 0.016 0.013 36 F 0.018 0.054 0.435 0.010 0.054 0.027 0.007 0.002 0.038 0.092 0.046 0.020 0.197 37 L 0.092 0.009 0.242 0.258 0.018 0.015 0.035 0.004 0.040 0.040 0.024 0.133 0.091 38 W 0.496 0.002 0.037 0.006 0.005 0.003 0.037 0.004 0.015 0.013 0.004 0.213 0.165 39 K 0.620 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.043 0.003 0.009 0.004 0.001 0.097 0.203 40 V 0.622 0.001 0.011 0.020 0.001 0.002 0.046 0.003 0.008 0.003 0.001 0.190 0.095 41 W 0.633 0.001 0.018 0.009 0.001 0.003 0.050 0.003 0.011 0.004 0.004 0.072 0.191 42 T 0.619 0.002 0.023 0.004 0.001 0.002 0.032 0.001 0.004 0.004 0.003 0.109 0.196 43 E 0.459 0.020 0.075 0.023 0.001 0.003 0.020 0.001 0.005 0.031 0.009 0.170 0.183 44 S 0.019 0.012 0.602 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.074 0.022 0.051 0.203 45 E 0.002 0.003 0.051 0.002 0.042 0.033 0.001 0.001 0.001 0.072 0.776 0.006 0.014 46 K 0.002 0.002 0.029 0.003 0.029 0.014 0.001 0.001 0.001 0.076 0.827 0.011 0.006 47 N 0.002 0.010 0.167 0.005 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.487 0.251 0.021 0.013 48 H 0.009 0.015 0.392 0.005 0.023 0.016 0.001 0.001 0.001 0.214 0.210 0.016 0.100 49 E 0.090 0.200 0.149 0.014 0.032 0.013 0.012 0.001 0.003 0.107 0.092 0.074 0.213 50 A 0.140 0.060 0.205 0.032 0.039 0.013 0.013 0.001 0.005 0.047 0.074 0.150 0.221 51 G 0.144 0.010 0.222 0.159 0.022 0.010 0.010 0.001 0.004 0.107 0.127 0.070 0.114 52 G 0.346 0.007 0.090 0.011 0.011 0.008 0.019 0.003 0.011 0.079 0.063 0.224 0.126 53 I 0.482 0.007 0.081 0.009 0.006 0.006 0.055 0.007 0.018 0.020 0.013 0.073 0.223 54 Y 0.512 0.005 0.033 0.005 0.004 0.005 0.076 0.011 0.016 0.009 0.005 0.241 0.080 55 L 0.397 0.005 0.042 0.014 0.008 0.009 0.071 0.009 0.016 0.015 0.018 0.033 0.363 56 F 0.138 0.021 0.232 0.026 0.016 0.023 0.036 0.004 0.033 0.060 0.050 0.241 0.118 57 T 0.023 0.034 0.341 0.004 0.009 0.018 0.004 0.001 0.020 0.327 0.054 0.069 0.095 58 D 0.001 0.007 0.671 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.004 0.207 0.014 0.004 0.059 59 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.001 0.001 69 H 0.001 0.001 0.021 0.001 0.017 0.930 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 75 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.056 0.757 0.001 0.001 0.002 0.011 0.158 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.042 0.251 0.001 0.001 0.002 0.018 0.666 0.001 0.001 77 G 0.001 0.010 0.195 0.002 0.013 0.038 0.001 0.001 0.006 0.052 0.674 0.003 0.003 78 V 0.001 0.012 0.828 0.003 0.015 0.014 0.001 0.001 0.013 0.048 0.029 0.007 0.028 79 E 0.003 0.010 0.227 0.071 0.053 0.027 0.002 0.002 0.048 0.313 0.134 0.095 0.017 80 E 0.007 0.005 0.190 0.092 0.088 0.021 0.006 0.007 0.073 0.153 0.210 0.016 0.132 81 V 0.030 0.011 0.199 0.019 0.015 0.009 0.052 0.058 0.374 0.034 0.012 0.076 0.112 82 V 0.047 0.007 0.048 0.015 0.002 0.002 0.086 0.117 0.517 0.009 0.004 0.087 0.060 83 A 0.093 0.003 0.075 0.010 0.001 0.003 0.105 0.102 0.395 0.005 0.002 0.033 0.174 84 K 0.044 0.002 0.080 0.063 0.001 0.003 0.046 0.058 0.422 0.034 0.006 0.221 0.021 85 V 0.054 0.005 0.088 0.009 0.002 0.003 0.067 0.051 0.345 0.021 0.009 0.015 0.331 86 F 0.080 0.012 0.148 0.020 0.002 0.003 0.063 0.028 0.184 0.028 0.010 0.372 0.050 87 D 0.043 0.023 0.306 0.013 0.005 0.004 0.036 0.018 0.154 0.055 0.021 0.040 0.282 88 V 0.008 0.015 0.474 0.023 0.019 0.013 0.008 0.011 0.062 0.116 0.140 0.067 0.044 89 N 0.003 0.010 0.505 0.010 0.029 0.015 0.002 0.002 0.024 0.239 0.112 0.007 0.041 90 E 0.001 0.009 0.399 0.002 0.036 0.053 0.001 0.001 0.012 0.399 0.043 0.039 0.007 91 P 0.001 0.022 0.637 0.002 0.045 0.148 0.001 0.001 0.012 0.034 0.043 0.003 0.052 92 L 0.003 0.044 0.300 0.011 0.174 0.306 0.002 0.003 0.014 0.044 0.063 0.011 0.025 93 S 0.006 0.008 0.140 0.020 0.181 0.347 0.002 0.002 0.007 0.132 0.113 0.029 0.013 94 Q 0.012 0.013 0.114 0.004 0.175 0.337 0.005 0.009 0.030 0.064 0.154 0.018 0.065 95 I 0.015 0.039 0.184 0.008 0.081 0.292 0.008 0.007 0.034 0.066 0.167 0.043 0.055 96 N 0.011 0.023 0.220 0.029 0.043 0.124 0.005 0.003 0.025 0.150 0.280 0.045 0.042 97 Q 0.016 0.011 0.227 0.023 0.059 0.105 0.003 0.003 0.022 0.213 0.204 0.037 0.077 98 A 0.020 0.018 0.341 0.014 0.073 0.067 0.005 0.002 0.020 0.158 0.119 0.089 0.074 99 K 0.018 0.036 0.477 0.003 0.041 0.038 0.007 0.003 0.028 0.085 0.072 0.059 0.134 100 L 0.003 0.023 0.813 0.004 0.007 0.012 0.002 0.001 0.008 0.045 0.023 0.014 0.045 101 A 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.004 0.004