# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.001 0.024 0.005 0.005 0.951 2 A 0.113 0.014 0.004 0.023 0.008 0.007 0.831 3 T 0.443 0.009 0.012 0.044 0.162 0.013 0.316 4 L 0.832 0.004 0.018 0.027 0.030 0.013 0.077 5 L 0.915 0.004 0.005 0.033 0.004 0.005 0.034 6 Q 0.945 0.004 0.002 0.029 0.004 0.003 0.014 7 L 0.903 0.003 0.001 0.034 0.004 0.011 0.045 8 H 0.648 0.009 0.002 0.041 0.031 0.072 0.196 9 F 0.461 0.023 0.004 0.025 0.064 0.086 0.337 10 A 0.309 0.033 0.007 0.009 0.114 0.103 0.426 11 F 0.109 0.022 0.012 0.005 0.234 0.269 0.349 12 N 0.057 0.019 0.013 0.008 0.330 0.292 0.282 13 G 0.020 0.009 0.006 0.007 0.655 0.051 0.252 14 P 0.022 0.019 0.014 0.036 0.216 0.166 0.526 15 F 0.016 0.041 0.017 0.129 0.253 0.118 0.426 16 G 0.002 0.003 0.012 0.846 0.028 0.034 0.075 17 D 0.001 0.001 0.005 0.978 0.003 0.008 0.006 18 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.004 0.007 19 M 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.007 0.004 20 A 0.001 0.001 0.007 0.967 0.002 0.021 0.002 21 E 0.001 0.001 0.013 0.873 0.003 0.106 0.004 22 Q 0.001 0.001 0.021 0.789 0.005 0.163 0.020 23 L 0.001 0.003 0.035 0.798 0.014 0.102 0.047 24 K 0.001 0.001 0.063 0.880 0.011 0.030 0.015 25 P 0.001 0.001 0.063 0.873 0.004 0.056 0.004 26 L 0.001 0.001 0.030 0.900 0.004 0.053 0.012 27 A 0.001 0.001 0.025 0.953 0.003 0.010 0.008 28 E 0.001 0.001 0.029 0.954 0.002 0.012 0.003 29 S 0.001 0.001 0.048 0.900 0.002 0.045 0.004 30 I 0.001 0.001 0.050 0.850 0.004 0.085 0.008 31 N 0.003 0.003 0.065 0.601 0.019 0.287 0.023 32 Q 0.012 0.004 0.047 0.257 0.330 0.203 0.146 33 E 0.012 0.005 0.028 0.067 0.422 0.052 0.414 34 P 0.012 0.008 0.062 0.081 0.136 0.502 0.198 35 G 0.034 0.008 0.053 0.032 0.113 0.585 0.176 36 F 0.317 0.025 0.030 0.024 0.141 0.064 0.400 37 L 0.691 0.015 0.010 0.014 0.049 0.018 0.204 38 W 0.880 0.005 0.008 0.009 0.022 0.007 0.070 39 K 0.953 0.004 0.003 0.006 0.006 0.003 0.026 40 V 0.947 0.002 0.002 0.007 0.004 0.003 0.035 41 W 0.909 0.005 0.001 0.010 0.007 0.004 0.063 42 T 0.853 0.005 0.001 0.005 0.008 0.005 0.124 43 E 0.723 0.056 0.002 0.005 0.056 0.019 0.139 44 S 0.299 0.022 0.006 0.002 0.065 0.022 0.584 45 E 0.023 0.002 0.052 0.005 0.089 0.800 0.030 46 K 0.005 0.002 0.028 0.001 0.055 0.894 0.016 47 N 0.029 0.006 0.042 0.001 0.478 0.296 0.148 48 H 0.118 0.023 0.007 0.001 0.253 0.049 0.549 49 E 0.626 0.107 0.007 0.001 0.059 0.035 0.166 50 A 0.804 0.033 0.004 0.001 0.027 0.016 0.116 51 G 0.773 0.003 0.002 0.001 0.065 0.014 0.143 52 G 0.949 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.035 53 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 54 Y 0.977 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 55 L 0.955 0.003 0.003 0.002 0.004 0.004 0.029 56 F 0.835 0.008 0.004 0.003 0.017 0.022 0.112 57 T 0.253 0.009 0.002 0.003 0.451 0.052 0.230 58 D 0.081 0.025 0.002 0.013 0.542 0.013 0.324 59 E 0.002 0.001 0.019 0.940 0.004 0.023 0.011 60 K 0.001 0.001 0.020 0.965 0.002 0.011 0.002 61 S 0.001 0.001 0.032 0.951 0.002 0.007 0.007 62 A 0.001 0.001 0.027 0.959 0.001 0.009 0.004 63 L 0.001 0.001 0.014 0.965 0.001 0.019 0.001 64 A 0.001 0.001 0.022 0.921 0.001 0.050 0.005 65 Y 0.001 0.001 0.022 0.886 0.007 0.055 0.029 66 L 0.001 0.004 0.019 0.878 0.013 0.031 0.053 67 E 0.001 0.001 0.015 0.887 0.006 0.086 0.005 68 K 0.001 0.001 0.010 0.896 0.004 0.082 0.008 69 H 0.001 0.001 0.009 0.912 0.007 0.047 0.023 70 T 0.001 0.001 0.006 0.964 0.003 0.015 0.011 71 A 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.008 0.003 72 R 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.008 0.004 73 L 0.001 0.001 0.011 0.967 0.003 0.012 0.006 74 K 0.003 0.001 0.018 0.927 0.005 0.040 0.006 75 N 0.004 0.001 0.034 0.728 0.019 0.198 0.016 76 L 0.007 0.004 0.028 0.326 0.067 0.485 0.083 77 G 0.012 0.010 0.019 0.049 0.118 0.508 0.285 78 V 0.027 0.006 0.037 0.029 0.193 0.070 0.636 79 E 0.094 0.007 0.069 0.029 0.317 0.071 0.412 80 E 0.307 0.012 0.060 0.035 0.119 0.052 0.416 81 V 0.711 0.011 0.011 0.016 0.027 0.009 0.215 82 V 0.916 0.009 0.001 0.003 0.006 0.004 0.060 83 A 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.058 84 K 0.909 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.056 85 V 0.951 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.030 86 F 0.909 0.006 0.003 0.004 0.013 0.007 0.058 87 D 0.857 0.011 0.003 0.006 0.016 0.013 0.094 88 V 0.464 0.011 0.014 0.018 0.041 0.069 0.383 89 N 0.256 0.014 0.052 0.042 0.222 0.146 0.268 90 E 0.197 0.004 0.036 0.043 0.560 0.051 0.108 91 P 0.273 0.037 0.074 0.100 0.104 0.069 0.343 92 L 0.087 0.020 0.333 0.225 0.053 0.065 0.218 93 S 0.049 0.005 0.421 0.201 0.094 0.106 0.124 94 Q 0.062 0.005 0.428 0.271 0.029 0.140 0.065 95 I 0.158 0.038 0.199 0.177 0.110 0.133 0.184 96 N 0.073 0.008 0.087 0.095 0.106 0.448 0.183 97 Q 0.047 0.002 0.060 0.047 0.178 0.500 0.165 98 A 0.084 0.014 0.031 0.014 0.371 0.052 0.434 99 K 0.110 0.024 0.043 0.009 0.242 0.090 0.481 100 L 0.047 0.027 0.004 0.007 0.029 0.008 0.878 101 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994